View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10999_low_7 (Length: 308)

Name: NF10999_low_7
Description: NF10999
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10999_low_7
NF10999_low_7
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (1-178)||(22907304-22907481)
chr8 (1-77)||(5238184-5238260)
chr8 (1-77)||(24661338-24661414)
chr8 (1-77)||(43685643-43685719)
chr8 (1-178)||(43373558-43373736)
chr8 (1-173)||(16193806-16193979)
chr8 (243-304)||(22907546-22907607)
chr8 (243-304)||(43685584-43685645)
chr8 (1-178)||(6774336-6774514)
chr8 (1-178)||(24548977-24549155)
chr8 (243-304)||(5238125-5238186)
chr8 (243-304)||(24661412-24661473)
chr8 (82-174)||(16405144-16405236)
chr8 (1-162)||(17345581-17345742)
chr8 (1-178)||(222769-222948)
chr8 (1-178)||(736392-736571)
chr8 (1-178)||(860287-860466)
chr8 (1-43)||(21844650-21844692)
chr8 (3-178)||(21852045-21852222)
chr8 (247-293)||(22321608-22321654)
chr8 (1-162)||(24928881-24929043)
chr8 (62-151)||(23837219-23837308)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (1-178)||(26680196-26680373)
chr4 (1-174)||(15675179-15675353)
chr4 (1-77)||(10488659-10488735)
chr4 (1-77)||(16328016-16328092)
chr4 (12-174)||(31115628-31115791)
chr4 (1-178)||(13246425-13246603)
chr4 (243-304)||(26680070-26680131)
chr4 (82-178)||(54118416-54118512)
chr4 (75-174)||(111394-111493)
chr4 (243-304)||(10488600-10488661)
chr4 (1-178)||(10644214-10644393)
chr4 (119-174)||(10104440-10104495)
chr4 (1-109)||(10104340-10104449)
chr4 (243-287)||(16328090-16328134)
chr4 (62-149)||(15044851-15044938)
chr4 (1-58)||(13048311-13048368)
chr4 (62-151)||(41166083-41166172)
chr4 (1-178)||(47357649-47357828)
chr4 (62-149)||(15109486-15109573)
chr4 (1-43)||(122020-122062)
chr4 (62-156)||(13809647-13809741)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (1-178)||(7293012-7293189)
chr7 (1-77)||(11516324-11516400)
chr7 (1-77)||(15441654-15441730)
chr7 (1-77)||(30262219-30262295)
chr7 (1-174)||(47481121-47481295)
chr7 (1-178)||(36052662-36052837)
chr7 (1-178)||(11580829-11581007)
chr7 (1-178)||(18253925-18254103)
chr7 (1-174)||(16479040-16479214)
chr7 (243-304)||(7292886-7292947)
chr7 (243-304)||(11516265-11516326)
chr7 (243-304)||(15441728-15441789)
chr7 (2-178)||(16211761-16211938)
chr7 (243-304)||(30262293-30262354)
chr7 (1-174)||(3059965-3060139)
chr7 (2-178)||(13037105-13037282)
chr7 (70-178)||(13321009-13321117)
chr7 (1-43)||(13572808-13572850)
chr7 (62-156)||(49047811-49047905)
chr7 (130-178)||(10989405-10989453)
chr7 (62-149)||(13377552-13377639)
chr7 (62-156)||(13274803-13274897)
chr7 (130-178)||(13911234-13911282)
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (1-178)||(16744205-16744382)
chr3 (1-174)||(17912572-17912745)
chr3 (1-178)||(15859114-15859292)
chr3 (1-77)||(2449328-2449404)
chr3 (1-173)||(51158108-51158281)
chr3 (1-178)||(15936717-15936895)
chr3 (1-170)||(15938559-15938729)
chr3 (2-174)||(14842652-14842825)
chr3 (243-304)||(16744447-16744508)
chr3 (1-174)||(2049809-2049983)
chr3 (1-162)||(13838905-13839067)
chr3 (84-178)||(15614829-15614923)
chr3 (64-178)||(47984645-47984759)
chr3 (64-178)||(48003219-48003333)
chr3 (84-178)||(12030321-12030415)
chr3 (64-178)||(47993932-47994046)
chr3 (64-178)||(48012505-48012619)
chr3 (243-304)||(2449402-2449463)
chr3 (132-178)||(15468555-15468601)
chr3 (62-177)||(11329098-11329214)
chr3 (1-43)||(13975811-13975853)
chr3 (62-156)||(17139524-17139618)
chr3 (132-178)||(22275204-22275250)
chr3 (132-178)||(41270070-41270116)
chr3 (1-43)||(45860937-45860979)
chr3 (132-178)||(55316214-55316260)
chr3 (56-177)||(12264932-12265053)
chr3 (1-58)||(13954979-13955036)
chr3 (85-149)||(38811168-38811232)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (1-178)||(37156-37333)
scaffold0078 (243-304)||(37398-37459)
[»] scaffold0195 (2 HSPs)
scaffold0195 (1-178)||(19201-19379)
scaffold0195 (1-178)||(21285-21463)
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (1-178)||(36982531-36982709)
chr2 (1-77)||(19689491-19689567)
chr2 (1-77)||(23820168-23820244)
chr2 (1-178)||(19794794-19794972)
chr2 (1-77)||(14906530-14906606)
chr2 (1-77)||(20015108-20015184)
chr2 (3-174)||(24341481-24341653)
chr2 (1-174)||(7507934-7508108)
chr2 (1-178)||(462733-462911)
chr2 (1-178)||(8891237-8891415)
chr2 (76-174)||(43643123-43643221)
chr2 (1-178)||(25265480-25265658)
chr2 (243-304)||(14906604-14906665)
chr2 (243-304)||(20015049-20015110)
chr2 (243-304)||(23820109-23820170)
chr2 (130-178)||(19886870-19886918)
chr2 (243-278)||(19689565-19689600)
chr2 (9-174)||(20627411-20627577)
chr2 (1-43)||(17396742-17396784)
[»] scaffold0077 (1 HSPs)
scaffold0077 (1-178)||(37003-37181)
[»] chr5 (29 HSPs)
chr5 (1-77)||(20623066-20623142)
chr5 (1-77)||(21233618-21233694)
chr5 (1-174)||(22053923-22054097)
chr5 (1-77)||(16536294-16536370)
chr5 (1-174)||(18531157-18531331)
chr5 (1-178)||(23506960-23507138)
chr5 (1-74)||(37052844-37052917)
chr5 (3-77)||(25900498-25900571)
chr5 (1-178)||(27182637-27182815)
chr5 (243-304)||(20623007-20623068)
chr5 (243-304)||(21233692-21233753)
chr5 (244-304)||(37052782-37052842)
chr5 (72-162)||(34939289-34939379)
chr5 (243-304)||(25900569-25900630)
chr5 (243-304)||(16536235-16536296)
chr5 (130-178)||(12369-12417)
chr5 (1-178)||(4200063-4200242)
chr5 (130-178)||(18778201-18778249)
chr5 (130-178)||(21073804-21073852)
chr5 (130-178)||(22366690-22366738)
chr5 (62-177)||(23493913-23494029)
chr5 (130-178)||(25426623-25426671)
chr5 (1-41)||(27009975-27010015)
chr5 (130-178)||(29190483-29190531)
chr5 (132-178)||(17471803-17471849)
chr5 (56-177)||(35791238-35791359)
chr5 (130-175)||(43443604-43443649)
chr5 (62-126)||(7728466-7728530)
chr5 (130-178)||(19499894-19499942)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (1-77)||(51452589-51452665)
chr1 (64-178)||(20445674-20445788)
chr1 (64-178)||(20531439-20531553)
chr1 (1-178)||(20931340-20931518)
chr1 (1-174)||(22227808-22227982)
chr1 (1-174)||(22232505-22232679)
chr1 (75-178)||(37844616-37844719)
chr1 (84-178)||(2116249-2116343)
chr1 (1-174)||(41394221-41394395)
chr1 (243-304)||(51452530-51452591)
chr1 (1-178)||(20913032-20913203)
chr1 (1-178)||(20893716-20893894)
chr1 (132-178)||(5072599-5072645)
chr1 (132-178)||(18601329-18601375)
chr1 (1-43)||(45051554-45051596)
chr1 (130-178)||(45051437-45051485)
[»] scaffold0141 (4 HSPs)
scaffold0141 (1-77)||(22637-22713)
scaffold0141 (1-77)||(26892-26968)
scaffold0141 (243-304)||(22578-22639)
scaffold0141 (243-304)||(26833-26894)
[»] scaffold0124 (2 HSPs)
scaffold0124 (1-77)||(1672-1748)
scaffold0124 (243-304)||(1746-1807)
[»] scaffold0025 (2 HSPs)
scaffold0025 (1-174)||(8848-9022)
scaffold0025 (1-178)||(148716-148894)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-178)||(14626208-14626386)
chr6 (1-178)||(35009529-35009707)
chr6 (1-178)||(1650183-1650361)
chr6 (1-162)||(1657838-1657999)
chr6 (1-178)||(23153442-23153620)
chr6 (1-178)||(25175558-25175737)
chr6 (72-162)||(15862484-15862573)
chr6 (63-151)||(18381821-18381909)
chr6 (130-178)||(27654192-27654240)
chr6 (70-174)||(27740837-27740941)
chr6 (86-178)||(22361926-22362019)
chr6 (130-178)||(16825963-16826011)
chr6 (62-126)||(25367374-25367438)
[»] scaffold0218 (1 HSPs)
scaffold0218 (1-178)||(5151-5329)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (1-178)||(48182-48360)
[»] scaffold0622 (1 HSPs)
scaffold0622 (75-178)||(9377-9480)
[»] scaffold0302 (1 HSPs)
scaffold0302 (1-178)||(12110-12286)
[»] scaffold0498 (1 HSPs)
scaffold0498 (1-178)||(8873-9051)
[»] scaffold0266 (2 HSPs)
scaffold0266 (1-178)||(1119-1297)
scaffold0266 (1-176)||(3672-3848)
[»] scaffold0023 (2 HSPs)
scaffold0023 (75-178)||(48593-48696)
scaffold0023 (130-178)||(36088-36136)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (1-167)||(272031-272198)
[»] scaffold0215 (2 HSPs)
scaffold0215 (1-178)||(9427-9605)
scaffold0215 (1-178)||(16325-16503)
[»] scaffold0162 (2 HSPs)
scaffold0162 (1-178)||(26505-26683)
scaffold0162 (95-178)||(8362-8445)
[»] scaffold0026 (2 HSPs)
scaffold0026 (1-174)||(107746-107920)
scaffold0026 (1-43)||(64606-64648)
[»] scaffold0001 (2 HSPs)
scaffold0001 (1-162)||(171916-172078)
scaffold0001 (1-162)||(177619-177781)
[»] scaffold0125 (1 HSPs)
scaffold0125 (95-178)||(41643-41726)
[»] scaffold0175 (1 HSPs)
scaffold0175 (1-174)||(1046-1219)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (1-178)||(13501-13679)
[»] scaffold0106 (1 HSPs)
scaffold0106 (9-178)||(41724-41894)
[»] scaffold1542 (1 HSPs)
scaffold1542 (82-178)||(706-802)
[»] scaffold0008 (2 HSPs)
scaffold0008 (74-178)||(128332-128436)
scaffold0008 (130-178)||(31885-31933)
[»] scaffold0529 (1 HSPs)
scaffold0529 (1-178)||(2957-3136)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (75-178)||(247607-247710)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (1-174)||(5294-5467)
[»] scaffold0011 (1 HSPs)
scaffold0011 (1-178)||(123254-123432)
[»] scaffold0075 (1 HSPs)
scaffold0075 (64-174)||(34614-34725)
[»] scaffold0413 (1 HSPs)
scaffold0413 (1-174)||(6154-6327)
[»] scaffold0076 (1 HSPs)
scaffold0076 (1-178)||(42992-43171)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (1-174)||(3721-3896)
[»] scaffold0104 (1 HSPs)
scaffold0104 (84-174)||(48513-48603)
[»] scaffold0066 (2 HSPs)
scaffold0066 (56-177)||(54412-54533)
scaffold0066 (133-177)||(45007-45051)
[»] scaffold0772 (1 HSPs)
scaffold0772 (1-43)||(5660-5702)
[»] scaffold0139 (1 HSPs)
scaffold0139 (1-43)||(14139-14181)
[»] scaffold0116 (1 HSPs)
scaffold0116 (1-43)||(167-209)
[»] scaffold1560 (1 HSPs)
scaffold1560 (130-174)||(72-116)
[»] scaffold0970 (1 HSPs)
scaffold0970 (95-151)||(2476-2532)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 166; Significance: 7e-89; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 22907304 - 22907481
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22907304 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 22907403  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22907404 atgttgttgatgctaatagatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatggattgatgatgagaat 22907481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 5238260 - 5238184
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5238260 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 5238184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 24661338 - 24661414
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24661338 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 24661414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 43685719 - 43685643
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43685719 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 43685643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 43373558 - 43373736
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  43373558 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 43373657  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||| | | | || |||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  43373658 gatgctatggttgttaattgatgttgtggttgatgaataattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 43373736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 16193806 - 16193979
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| | ||  |||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  16193806 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgccaaattgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 16193905  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatg 173  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||    
T  16193906 gatgttatggttgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatg 16193979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 22907546 - 22907607
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  22907546 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgttgatctcatt 22907607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 43685645 - 43685584
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  43685645 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgttgatctcatt 43685584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 6774336 - 6774514
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||| | ||| | ||||| | |||||||||  |||||    
T  6774336 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttattgttaatttgagatttgattcttgctcaatt 6774435  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||| || || | |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  6774436 gatgttattgttgttatttgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 6774514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 24549155 - 24548977
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||  ||| | |||||||  | | ||| | ||| | ||| | | |||||||||  |||||    
T  24549155 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaatggtgctcaattggtgaattttgctaagttattgttaatttgggatttgattcttgctcaatt 24549056  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  24549055 gatgttatggttgttaattgatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 24548977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 5238186 - 5238125
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  5238186 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgatgatgttgatctcatt 5238125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 24661412 - 24661473
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  24661412 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgatgatgttgatctcatt 24661473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 82 - 174
Target Start/End: Original strand, 16405144 - 16405236
Alignment:
Q  82 tatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| || |||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||  |||||| |||||||||||    
T  16405144 tatgattcttgttcaattgatgttattgttgttaattgatgttttagttgatgaatcactgcttgggtatgcaaattcatgaattgatgatga 16405236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 17345742 - 17345581
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||| ||||  | | ||| | || |||||||| |||||||||||| || ||    
T  17345742 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttatgaaaattgtgctcaattgatggattttgctaagttattgt-gaattgagttatgattcttgttcagtt 17345644  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    ||| || ||| || |||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  17345643 gatattattgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatg 17345581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 222769 - 222948
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat--gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| | |||||||  | |  ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||     
T  222769 acatgttcatatatgcaaaaatgataagttatgaagattgtgctaaattggtgaatttctcctaagttgttgttaatttgagttgtgattcttgttcaaa 222868  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  222869 tgatgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 222948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 736392 - 736571
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat--gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| | |||||||  | |  ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||     
T  736392 acatgttcatatatgcaaaaatgataagttatgaagattgtgctaaattggtgaatttctcctaagttgttgttaatttgagttgtgattcttgttcaaa 736491  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  736492 tgatgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 736571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 860287 - 860466
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat--gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| | |||||||  | |  ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||     
T  860287 acatgttcatatatgcaaaaatgataagttatgaagattgtgctaaattggtgaatttctcctaagttgttgttaatttgagttgtgattcttgttcaaa 860386  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  860387 tgatgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 860466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Original strand, 21844650 - 21844692
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  21844650 acatgtttaaatatgtaaaaatgataagttatgaatattgtgc 21844692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 178
Target Start/End: Original strand, 21852045 - 21852222
Alignment:
Q  3 atgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac--atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||| | |||||||  |  | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| ||| ||    
T  21852045 atgtttaaatatgtaaaaatgataagttatgaatattgtgctcaattggtgaatttctcctaagttgttgttaatttgagatgtgattcttgttcaaatg 21852144  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  21852145 atgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaataattgcttgggtttgcatattcattgattgttgatgagaat 21852222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 247 - 293
Target Start/End: Original strand, 22321608 - 22321654
Alignment:
Q  247 tgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatg 293  Q
    ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22321608 tgatggaatgcatgattatatgttgtgattgtggttgattgttgatg 22321654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Original strand, 24928881 - 24929043
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||| |||||| ||||  |||||| |||||    
T  24928881 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaatttcgctaagttgtggttggattgagttatgtctcttgttcaatt 24928980  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    || ||| | | || |||| ||||||||   |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  24928981 gaggttatggttgttaattgatgttgtgattgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatg 24929043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 23837308 - 23837219
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtat 151  Q
    ||||||| ||||||||| | || || || ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||||| |||| ||||||||||    
T  23837308 atgttgttgttgaattgtggtaagagtcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgttgatgattcatggcttgggtat 23837219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 166; Significance: 7e-89; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26680373 - 26680196
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26680373 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatagatgaatttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 26680274  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26680273 atgttgttgatgctaatagatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatggattgatgatgagaat 26680196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 15675179 - 15675353
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  15675179 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagatatgattcatgttcaatt 15675278  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  15675279 gatgttattgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatgaattgatgatga 15675353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 10488735 - 10488659
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10488735 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 10488659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 16328016 - 16328092
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16328016 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 16328092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 31115791 - 31115628
Alignment:
Q  12 tatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttga 110  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| |||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||     
T  31115791 tatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattatgctcaattggtgaattttcctaagttgttgttgaattgagatatgattcatgttcaattgatgttattgt 31115692  T
Q  111 tgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  31115691 tgttaattgatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatgaattgatgatga 31115628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 13246603 - 13246425
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||    
T  13246603 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaatt 13246504  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||    
T  13246503 gatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatgagaat 13246425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 26680131 - 26680070
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  26680131 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgttgatctcatt 26680070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 82 - 178
Target Start/End: Original strand, 54118416 - 54118512
Alignment:
Q  82 tatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  54118416 tatgattcttgttcaattgatgttatagttgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 54118512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 111493 - 111394
Alignment:
Q  75 attgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||    
T  111493 attgagttatgattcttgttcaattgatgttatggttgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatga 111394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 10488661 - 10488600
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  10488661 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 10488600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 10644393 - 10644214
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat--gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||||||||  ||||||| |||| | |||||||  | |  ||||| ||||| ||||| | |||||| ||| ||||    
T  10644393 acatgttcaaatatgtaaaaatgttaagttatgagtattgtgctaaattggtgaatttctcctaagttgttgttgatttgagatgtgattcatgttcaat 10644294  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10644293 tgatgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 10644214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 174
Target Start/End: Original strand, 10104440 - 10104495
Alignment:
Q  119 gatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  10104440 gatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatgaattgatgatga 10104495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 109
Target Start/End: Original strand, 10104340 - 10104449
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  10104340 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagatatgattcatgttcaatt 10104439  T
Q  100 gatgttgttg 109  Q
    ||||||||||    
T  10104440 gatgttgttg 10104449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 287
Target Start/End: Original strand, 16328090 - 16328134
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattg 287  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16328090 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattg 16328134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 15044938 - 15044851
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggt 149  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  15044938 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgatgatgattcatggcttgggt 15044851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 58
Target Start/End: Original strand, 13048311 - 13048368
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt 58  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||  ||| |||||||||    
T  13048311 acatgtttaaatatgtaaaaaggataagttatgaatattgtgctcaattgatgaattt 13048368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 151
Target Start/End: Original strand, 41166083 - 41166172
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtat 151  Q
    ||||||| ||||||||| |  | || || ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  41166083 atgttgttgttgaattgtggcaagagtcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgttgatgaatcatggcttgggtat 41166172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 47357828 - 47357649
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat--gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| | |||||||  | |  ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||     
T  47357828 acatgttcatatatgcaaaaatgataagttatgaagattgtgctaaattggtgaatttctcctaagttgttgttaatttgagttgtgattcttgttcaaa 47357729  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| |||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  47357728 tgatgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaataattgattgggtatgtatattcatggattgatgatgagaat 47357649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 149
Target Start/End: Original strand, 15109486 - 15109573
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggt 149  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  15109486 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtaatgttgttgatgatgattcatggcttgggt 15109573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 122062 - 122020
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  122062 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgc 122020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 156
Target Start/End: Original strand, 13809647 - 13809741
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatg 156  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||| | |||| |||||| ||| ||||    
T  13809647 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgatcaattgatgttgttgttgctaattgatgttgttgatgataattcatggcttggatatgcatg 13809741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 7293189 - 7293012
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7293189 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 7293090  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7293089 atgttgttgatgctaatagatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatggattgatgatgagaat 7293012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 11516400 - 11516324
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11516400 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 11516324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 15441654 - 15441730
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15441654 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 15441730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 30262219 - 30262295
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30262219 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 30262295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 47481121 - 47481295
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||   ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  47481121 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgttcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagttatgattcttgttcaatt 47481220  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| | | |  |||| |||||| | | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  47481221 gatgttatcgctcttaattgatgtttttgttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatga 47481295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36052837 - 36052662
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | |||||   | | ||||| | |||||||||| |||||    
T  36052837 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgt---taatttgagatttgattcttgttcaatt 36052741  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| | || |||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  36052740 gatgttgtggttgttaattgatgttgtggttgatgaataattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 36052662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 11580829 - 11581007
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||    
T  11580829 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaatt 11580928  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||    
T  11580929 gatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatgaattgaggacgagaat 11581007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 18253925 - 18254103
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  18253925 acatgttcaaatgtgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 18254024  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||   |||||||| ||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18254025 gatgttatggatgttaattgatgttgtgattgatgaataattgcctgagtatgcatattcatggattgatgatgagaat 18254103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 16479040 - 16479214
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| |  | ||| |  || | ||||| | |||||||||  |||||    
T  16479040 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgttaagttatttttaatttgagatttgattcttgctcaatt 16479139  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| ||| || || | |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  16479140 gatgttattgttgttatttgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatggattgatgatga 16479214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 7292947 - 7292886
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  7292947 attatgatggagtgtatgattatatgttgtgattgtggttgattgttgatgttgatctcatt 7292886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 11516326 - 11516265
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  11516326 attatgatggagtgtatgagtatatgttatgattgtggttgattgttgatgttgatctcatt 11516265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 15441728 - 15441789
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  15441728 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgatgatgttgatctcatt 15441789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 16211938 - 16211761
Alignment:
Q  2 catgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | ||||||||||  |||||    
T  16211938 catgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttaaattg 16211839  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||| | | || |||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||| ||||||    
T  16211838 atgttatggttgttaattgatgttgtggttgatgattcattgcttgggtatgcatattcatgaattaatgaagagaat 16211761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 30262293 - 30262354
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  30262293 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgatgatgttgatctcatt 30262354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 3060139 - 3059965
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgca-aaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| |||  |||||| ||||||| |  | ||||| |||  |||||| |||||||||||| ||||    
T  3060139 acatgttcaaatatgtaaaaatgataaattgtgaaaattatgctcaaatgg-tgaattttgttaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaat 3060041  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    ||||||| |   || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||    
T  3060040 tgatgttatgactgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatga 3059965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 2 - 178
Target Start/End: Original strand, 13037105 - 13037282
Alignment:
Q  2 catgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||     
T  13037105 catgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaatta 13037204  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||| |  ||  |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||    
T  13037205 atgttatgaatattaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatgagaat 13037282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 13321117 - 13321009
Alignment:
Q  70 gttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgat 169  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||||  ||||||| | ||  |||||| ||||||    
T  13321117 gttgaattgagatatgattcatgttcaattgatgttattgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcatgacttgggtttgcacattcatgaattgat 13321018  T
Q  170 gatgagaat 178  Q
    |||||||||    
T  13321017 gatgagaat 13321009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 13572850 - 13572808
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  13572850 acatgtttaaatatgtaaaaatgataagttatgaatattgtgc 13572808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 156
Target Start/End: Original strand, 49047811 - 49047905
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatg 156  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| | |||| |||||||||| ||||    
T  49047811 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgatcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgctgataattcatggcttgggtatgcatg 49047905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 10989453 - 10989405
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10989453 tgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 10989405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 13377639 - 13377552
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggt 149  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||   ||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  13377639 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtaatgttgttgatgatgattcatggcttgggt 13377552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 13274897 - 13274803
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatg 156  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||||| |||| |||| ||||| ||||    
T  13274897 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgatcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgatgatgattcatggctttggtatgcatg 13274803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 13911234 - 13911282
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  13911234 tgatgaataatttcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 13911282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 16744205 - 16744382
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16744205 acatttttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttatagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 16744304  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16744305 atgttgttgatgctaataaatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 16744382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 17912572 - 17912745
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |    
T  17912572 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaattgatgaatttgatatgttgtagttgaattgagctatgattcatgttcaatcg 17912671  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    ||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  17912672 atgttattgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatga 17912745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 15859114 - 15859292
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  15859114 acatgttcaaatatgaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagttatgattcttgttcaatt 15859213  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  15859214 gatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 15859292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 2449328 - 2449404
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2449328 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 2449404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 173
Target Start/End: Original strand, 51158108 - 51158281
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||    
T  51158108 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaatt 51158207  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatg 173  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||    
T  51158208 gatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatg 51158281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 15936717 - 15936895
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| || | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  15936717 acatgttcaaatgtgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgataagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 15936816  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||   |||||||| ||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  15936817 gatgttatggatgttaattgatgttgtgattgatgaataattgcctgagtatgcatattcatggattgatgatgagaat 15936895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Original strand, 15938559 - 15938729
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| || | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  15938559 acatgttcaaatgtgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgataagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 15938658  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatg 170  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||   |||||||| ||||| || |||| ||| ||||||||||||||    
T  15938659 gatgttatggatgttaattgatgttgtgattgatgaataattgcctgagtatgcatattcatggattgatg 15938729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 174
Target Start/End: Original strand, 14842652 - 14842825
Alignment:
Q  2 catgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| ||||||    
T  14842652 catgttcaaatgtgtaaaaatgataagttatgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaattg 14842751  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    ||||| | |||| |||| |||||| |   |||||||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  14842752 atgttatggatgttaattgatgttatgattgatgaataattgattgggtttgcatattcatggattgatgatga 14842825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 16744447 - 16744508
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  16744447 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgatagttgatgttgatctcatt 16744508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 2049983 - 2049809
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| || || ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | ||||| |||| |||||    
T  2049983 acatgttcaaatatgtaaacatgataacttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgatttttgttcaatt 2049884  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||| | | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  2049883 gatgctatggttgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatga 2049809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 13839067 - 13838905
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  13839067 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgtggttggattgagttatgattcttgttcaatt 13838968  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  13838967 gatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgtttgggtatgcatattcatg 13838905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 84 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 15614923 - 15614829
Alignment:
Q  84 tgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||  ||||||||||| | | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  15614923 tgattcttgctcaattgatgttatggttgttaattgatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 15614829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 64 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 47984759 - 47984645
Alignment:
Q  64 gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatgg 163  Q
    ||||| |||| |||||| | |||||| ||| ||||||||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||||  ||||||||| ||| ||||||     
T  47984759 gttgttgttggattgagatgtgattcatgttcaattgatgtttttgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcatgacttgggtatgcatattcatga 47984660  T
Q  164 attgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||    
T  47984659 attgatgatgagaat 47984645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 64 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 48003333 - 48003219
Alignment:
Q  64 gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatgg 163  Q
    ||||| |||| |||||| | |||||| ||| ||||||||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||||  ||||||||| ||| ||||||     
T  48003333 gttgttgttggattgagatgtgattcatgttcaattgatgtttttgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcatgacttgggtatgcatattcatga 48003234  T
Q  164 attgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||    
T  48003233 attgatgatgagaat 48003219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 178
Target Start/End: Original strand, 12030321 - 12030415
Alignment:
Q  84 tgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||| ||||||||| | | | || |||| |||||| | | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  12030321 tgattcttgttcaattgatgctatggttgttaattgatgttatggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 12030415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 47994046 - 47993932
Alignment:
Q  64 gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatgg 163  Q
    ||||| |||| |||||| | |||||| ||| ||||||||||| ||| || |||| ||| |||| | |||||||||||  ||||||||| ||| ||||||     
T  47994046 gttgttgttggattgagatgtgattcatgttcaattgatgtttttgttgttaattgattttgttgttgatgaatcatgacttgggtatgcatattcatga 47993947  T
Q  164 attgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||    
T  47993946 attgatgatgagaat 47993932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 48012619 - 48012505
Alignment:
Q  64 gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatgg 163  Q
    ||||| |||| |||||| | |||||| ||| ||||||||||| ||| || |||| ||| |||| | |||||||||||  ||||||||| ||| ||||||     
T  48012619 gttgttgttggattgagatgtgattcatgttcaattgatgtttttgttgttaattgattttgttgttgatgaatcatgacttgggtatgcatattcatga 48012520  T
Q  164 attgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||    
T  48012519 attgatgatgagaat 48012505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 2449402 - 2449463
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  2449402 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 2449463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 178
Target Start/End: Original strand, 15468555 - 15468601
Alignment:
Q  132 atgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  15468555 atgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 15468601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 177
Target Start/End: Original strand, 11329098 - 11329214
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatg-ttca 160  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||| | |||| |||||||||| |||| ||||    
T  11329098 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgatcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgatgataattcatggcttgggtatgcatgattca 11329197  T
Q  161 tggattgatgatgagaa 177  Q
    ||  ||| |||||||||    
T  11329198 tgatttgttgatgagaa 11329214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Original strand, 13975811 - 13975853
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  13975811 acatgtttaaataagtaaaaatgataagttatgaatattgtgc 13975853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 17139618 - 17139524
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatg 156  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||| | |||| |||||||||| ||||    
T  17139618 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgatcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgatgataattcatggcttgggtatgcatg 17139524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 22275250 - 22275204
Alignment:
Q  132 atgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  22275250 atgaatcattgcttaggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 22275204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 41270116 - 41270070
Alignment:
Q  132 atgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  41270116 atgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 41270070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 45860979 - 45860937
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  45860979 acatgtttaaataagtaaaaatgataagttatgaatattgtgc 45860937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 55316260 - 55316214
Alignment:
Q  132 atgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  55316260 atgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 55316214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 177
Target Start/End: Original strand, 12264932 - 12265053
Alignment:
Q  56 tttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacat 155  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||| | |||||| ||| | ||||||||||||| |  |||  |||||||| |  | ||||| ||  |||||||||||||    
T  12264932 tttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgtgggtgaattatgacttgggtatacat 12265031  T
Q  156 gttcatggattgatgatgagaa 177  Q
      | ||||||||||||||||||    
T  12265032 aattatggattgatgatgagaa 12265053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 58
Target Start/End: Original strand, 13954979 - 13955036
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt 58  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||  ||| |||||||||    
T  13954979 acatgtttaaataagtaaaaatgatcagttatgaatattgtgctcaattgatgaattt 13955036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 85 - 149
Target Start/End: Original strand, 38811168 - 38811232
Alignment:
Q  85 gattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggt 149  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  38811168 gattcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgatgatgattcatggcttgggt 38811232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 37156 - 37333
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattg 100  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37156 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttggattgagctatgattcttgtgcaattg 37255  T
Q  101 atgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37256 atgttgttgatgctaatagatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatggattgatgatgagaat 37333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 37398 - 37459
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  37398 attatgatggagtgtatgattatatgttgtgattgtggttgattgttaatgttgatctcatt 37459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0195 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 2)
Name: scaffold0195
Description:

Target: scaffold0195; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 19379 - 19201
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  19379 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagttatgattcctgttcaatt 19280  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  19279 gatgttattgctgttaattgatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 19201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0195; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 21463 - 21285
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  21463 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagttatgattcctgttcaatt 21364  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  21363 gatgttattgctgttaattgatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 21285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 36982531 - 36982709
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  36982531 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgccaagttgttgttgaattgagttatgattcctgttcaatt 36982630  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||| || |||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  36982631 gatgttattgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcattgtttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 36982709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 19689491 - 19689567
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19689491 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 19689567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 23820244 - 23820168
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23820244 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 23820168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 19794794 - 19794972
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  19794794 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagttatgattcttgttcaatt 19794893  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||   | |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  19794894 gatgttatttccgttaattgatgttatagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 19794972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 14906530 - 14906606
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14906530 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 14906606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 20015184 - 20015108
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20015184 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 20015108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 3 - 174
Target Start/End: Original strand, 24341481 - 24341653
Alignment:
Q  3 atgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattga 101  Q
    ||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||    
T  24341481 atgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagatatgattcatgttcaattga 24341580  T
Q  102 tgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||| ||| || |||| ||||||   | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  24341581 tgttattgttgttaattgatgttcctgttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatgaattgatgatga 24341653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 7507934 - 7508108
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgc-aat 98  Q
    ||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||   ||| | |||||||| | | ||||| ||| ||||||| |||||||| |||   |||    
T  7507934 acatgttcaaatatgtaaaaataataagttatgaaaattgtgttcaattggtgaatttggctaagttgttgtt-aattgagatatgattcatgttttaat 7508032  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    ||||||| ||| || || | |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  7508033 tgatgttattgttgttatttgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatggattgatgatga 7508108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 462911 - 462733
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||   ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||    
T  462911 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgttcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaatt 462812  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| ||||| ||   |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| |||||    
T  462811 gatgttatggctgttaattgatgtcgtgattgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggataagaat 462733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 8891415 - 8891237
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||    
T  8891415 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaatt 8891316  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | |  |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||    
T  8891315 gatgttatggctattaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatgagaat 8891237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 76 - 174
Target Start/End: Original strand, 43643123 - 43643221
Alignment:
Q  76 ttgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||| | ||| || |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  43643123 ttgagatatgattcttgttcaattgatgctattgctgttaattgatgttgtagttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatga 43643221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 25265480 - 25265658
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | ||||||| ||||||||  | |  ||  | ||| |||||    
T  25265480 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctatgttgttgttgaattatgatgagaaccatgttcaatt 25265579  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||| || |||| |||||||| | | ||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  25265580 gatgttgttgttgttaattgatgttgttgtttatgaatcatggcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 25265658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 14906604 - 14906665
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  14906604 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 14906665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 20015110 - 20015049
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  20015110 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 20015049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 23820170 - 23820109
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  23820170 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 23820109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 19886870 - 19886918
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  19886870 tgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 19886918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 243 - 278
Target Start/End: Original strand, 19689565 - 19689600
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgt 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19689565 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgt 19689600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 20627411 - 20627577
Alignment:
Q  9 aaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgt 107  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||||  ||| | ||||||| |  | ||||| ||| | ||||| | | |||||||| |||||||| || |    
T  20627411 aaatatgtaaaaatgataacttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgttaagttgttgttaatttgagatttaattcttgttcaattgattttat 20627510  T
Q  108 tgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
     | || |||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||| |||||    
T  20627511 ggttgttaattggtgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatggatattcatgaattgaggatga 20627577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Original strand, 17396742 - 17396784
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  17396742 acatgtttaaataagtaaaaatgataagttatgaatattgtgc 17396784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0077 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0077
Description:

Target: scaffold0077; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 37003 - 37181
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||||  | | ||||| |||| |||||| ||||| |||||| |||||    
T  37003 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctaaattggtgaattttgctaagttgtggttggattgagttatgaatcttgttcaatt 37102  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    || ||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  37103 gacgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 37181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 6e-31; HSPs: 29)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 20623142 - 20623066
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20623142 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 20623066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 21233618 - 21233694
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21233618 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 21233694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 22053923 - 22054097
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  22053923 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagatatgattcatgttcaatt 22054022  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  22054023 gatgttattgctgttaattgatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtctacatattcatgaattgatgatga 22054097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 16536370 - 16536294
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16536370 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 16536294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 18531157 - 18531331
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| |||||||||||   ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  18531157 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgttcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagatatgattcatgttcaatt 18531256  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| ||| || |||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  18531257 gatgttattgctgttaattgatgttgttgttgatgaatcattgctcgggtatacatattcatgaattgatgatga 18531331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 23507138 - 23506960
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  23507138 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 23507039  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  23507038 gatgttatggttgttaattgatgttgtggttgatgaataattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 23506960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 37052917 - 37052844
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttga 74  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37052917 acatgtttgaatatgtggaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttga 37052844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 3 - 77
Target Start/End: Original strand, 25900498 - 25900571
Alignment:
Q  3 atgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  25900498 atgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaa-ttgacatgttgttgttgaatt 25900571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 27182637 - 27182815
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||    
T  27182637 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaatt 27182736  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  27182737 gatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgagtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 27182815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 20623068 - 20623007
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  20623068 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgatgatgttgatctcatt 20623007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 21233692 - 21233753
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  21233692 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgatgatgttgatctcatt 21233753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 244 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 37052842 - 37052782
Alignment:
Q  244 ttatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  37052842 ttatgatggagggtatgattatatgttatgattgtggttgattgatgatgttgatctcatt 37052782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 34939379 - 34939289
Alignment:
Q  72 tgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    ||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  34939379 tgaattgagttatgattcttgttcagttgatgttattgctgttaattgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatg 34939289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 25900569 - 25900630
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  25900569 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 25900630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 16536296 - 16536235
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  16536296 attatgatggagggtatgattgtatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 16536235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 12417 - 12369
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12417 tgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 12369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 4200063 - 4200242
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac--atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||| |||| | |||||||  |  ||||||| ||||| ||||| | |||||| ||| ||||    
T  4200063 acatgttcatatatgcaaaaatgataagttatgaatattatgctaaattggtgaatttctcttatgttgttgttgatttgagatgtgattcatgttcaat 4200162  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  4200163 tgatgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaatgattgcttgggtttgcatattcatgggttgatgatgagaat 4200242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 18778201 - 18778249
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18778201 tgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 18778249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 21073804 - 21073852
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  21073804 tgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 21073852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 22366690 - 22366738
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  22366690 tgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 22366738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 23494029 - 23493913
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacat-gttca 160  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||||| |||| |||||||| | |||  ||||    
T  23494029 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgatgatgattcatggcttgggtgttcataattca 23493930  T
Q  161 tggattgatgatgagaa 177  Q
    ||  |||||||||||||    
T  23493929 tgatttgatgatgagaa 23493913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 25426671 - 25426623
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  25426671 tgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 25426623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 27010015 - 27009975
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgt 41  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  27010015 acatgtttaaatatgtaaaaatgataagttatgaatattgt 27009975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 29190483 - 29190531
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  29190483 tgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 29190531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 178
Target Start/End: Original strand, 17471803 - 17471849
Alignment:
Q  132 atgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||    
T  17471803 atgaatcattgcttgggtacgcatattcatgaattgatgatgagaat 17471849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 177
Target Start/End: Original strand, 35791238 - 35791359
Alignment:
Q  56 tttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacat 155  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||| | |||||| ||| | ||||||||||||| |  |||  |||||||| |  | ||||| ||  |||||||||||||    
T  35791238 tttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgagggtgaattatgacttgggtatacat 35791337  T
Q  156 gttcatggattgatgatgagaa 177  Q
      | ||||||||||||||||||    
T  35791338 aattatggattgatgatgagaa 35791359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 175
Target Start/End: Original strand, 43443604 - 43443649
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgag 175  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  43443604 tgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgag 43443649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 7728530 - 7728466
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgt 126  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  7728530 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgt 7728466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 19499942 - 19499894
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||| ||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  19499942 tgattaataattgctttggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 19499894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 69; Significance: 6e-31; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 51452665 - 51452589
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51452665 acatgtttaaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 51452589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 20445788 - 20445674
Alignment:
Q  64 gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatgg 163  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||  ||||||||||| | | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||     
T  20445788 gttgttgttgaattgtgttatgattcttgatcaattgatgttatggctgttaattgatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatga 20445689  T
Q  164 attgatgatgagaat 178  Q
    ||||| |||||||||    
T  20445688 attgaggatgagaat 20445674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 20531553 - 20531439
Alignment:
Q  64 gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatgg 163  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||  ||||||||||| | | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||     
T  20531553 gttgttgttgaattgtgttatgattcttgatcaattgatgttatggctgttaattgatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatga 20531454  T
Q  164 attgatgatgagaat 178  Q
    ||||| |||||||||    
T  20531453 attgaggatgagaat 20531439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 20931518 - 20931340
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||  | |  |||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  20931518 acatgttcatatatgtaaaaatgataagttatgaaaattgtgctaaattggtgaattttgctaaattgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 20931419  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||    
T  20931418 gatgttatggttgttaattgatgttgtggttgatgaataatttcttgggtatgcatattcatgaattaatgatgagaat 20931340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 22227982 - 22227808
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  22227982 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttatgaaaattgtgtccaattgttgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 22227883  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| |  ||| |||| |||||| |   |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  22227882 gatgttatgaatgttaattgatgttatgattgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatga 22227808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 22232679 - 22232505
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  22232679 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttatgaaaattgtgtccaattgttgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 22232580  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| |  ||| |||| |||||| |   |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  22232579 gatgttatgaatgttaattgatgttatgattgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatga 22232505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 178
Target Start/End: Original strand, 37844616 - 37844719
Alignment:
Q  75 attgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| | | || |||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||    
T  37844616 attgagttatgattcttgttcaattgatgttatggttgttaattgatgttgtggttgatgagtcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatga 37844715  T
Q  175 gaat 178  Q
    ||||    
T  37844716 gaat 37844719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 84 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 2116343 - 2116249
Alignment:
Q  84 tgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||  ||||||||||| | | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  2116343 tgattcttgctcaattgatgttatggttgttaattgatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 2116249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 41394395 - 41394221
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||| | |||   ||||| | |||||||||  |||||    
T  41394395 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttattgttatgttgagatttgattcttgctcaatt 41394296  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| ||| || || | |||||||| | |||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  41394295 gatgttattgttgttatttgatgttgttgttgatgaatcactgattgggtatgcatattcatggattgatgatga 41394221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 51452591 - 51452530
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  51452591 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 51452530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 20913203 - 20913032
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat-gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | |||||||  ||  ||||| ||| ||||      |||||||||| |||||    
T  20913203 acatgttcatatatgtaaaaatgataagttatgaaaattgtgctcaattggtgaattttgcaaagttgttgtt-aatt------tgattcttgttcaatt 20913111  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| ||| |||| | |||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  20913110 gatgttatggttgttaattgatcttgtggttgatgaataattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 20913032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 20893716 - 20893894
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||  |||||||||||| |||||    
T  20893716 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgatttatgattcttgttcaatt 20893815  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| |   || |||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||| |||||  |||||||||||||||    
T  20893816 gatgttatgactgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgtttgggtatgcatattcataaattgatgatgagaat 20893894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 178
Target Start/End: Original strand, 5072599 - 5072645
Alignment:
Q  132 atgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  5072599 atgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 5072645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 178
Target Start/End: Original strand, 18601329 - 18601375
Alignment:
Q  132 atgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  18601329 atgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 18601375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 45051596 - 45051554
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  45051596 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgc 45051554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 45051485 - 45051437
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  45051485 tgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 45051437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 4)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 22713 - 22637
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22713 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 22637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 26968 - 26892
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26968 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 26892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 22639 - 22578
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  22639 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 22578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 26894 - 26833
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  26894 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 26833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 1672 - 1748
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgtagttgaatt 77  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1672 acatgtttgaatatgtgaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacatgttgttgttgaatt 1748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 243 - 304
Target Start/End: Original strand, 1746 - 1807
Alignment:
Q  243 attatgatggagtgtatgattatatgttatgattgtggttgattgttgatgtccatctcatt 304  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  1746 attatgatggagggtatgattatatgttatgattgtagttgattgatgatgttgatctcatt 1807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 9022 - 8848
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||||  ||| |||||    
T  9022 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagatatgattaatgttcaatt 8923  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| ||| |  |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  8922 gatgttattgctattaattgatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtatacatattcatgaattgatgatga 8848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 148894 - 148716
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  148894 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 148795  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||    
T  148794 gatgttatggttgttaattgaagttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgtatattcatgaattgatgatgagaat 148716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 14626208 - 14626386
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatt-tgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| | |||||| ||  | ||||| ||| | ||||| | |||||||||  |||||    
T  14626208 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttatgaaaattgtgtgcaattggtgaattatgctaagttgttgttaacttgagatttgattcttgctcaatt 14626307  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  14626308 gatgttatggttgttaattgatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 14626386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 35009529 - 35009707
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | ||||||| ||||||||  | |  ||  | ||| |||||    
T  35009529 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttttgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctatgttgttgttgaattatgatgagaaccatgttcaatt 35009628  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||| || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  35009629 gatgttgttgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 35009707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 1650183 - 1650361
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||| | ||| | ||||| | |||||||||  |||||    
T  1650183 acatgttcaaatatgtaagaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttatggttaatttgagatttgattcttgctcaatt 1650282  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| ||| || || | |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  1650283 gatgttattgttgttatttgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 1650361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Original strand, 1657838 - 1657999
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||| ||||  | | ||| | || |||||||| |||||||||||| || ||    
T  1657838 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttatgaaaattgtgctcaattgatggattttgctaagttattgt-gaattgagttatgattcttgttcagtt 1657936  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    |||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  1657937 gatgttattgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatg 1657999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 23153620 - 23153442
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||    
T  23153620 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaatt 23153521  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||| || | | || |||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||    
T  23153520 gatattatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattacttgggtatacatattcatgaattaaggatgagaat 23153442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 25175737 - 25175558
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat--gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| | |||||||  | |  ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||     
T  25175737 acatgttcatatatgcaaaaatgataagttatgaagattgtgctaaattggtgaatttctcctaagttgttgttaatttgagttgtgattcttgttcaaa 25175638  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  25175637 tgatgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 25175558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 15862573 - 15862484
Alignment:
Q  72 tgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || ||||| ||| || |||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  15862573 tgaattgagttatgattcttgttcattt-atgttattgctgataattgatgttgttgttgatgaatcactgcttgggtatgcatattcatg 15862484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 151
Target Start/End: Original strand, 18381821 - 18381909
Alignment:
Q  63 tgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtat 151  Q
    |||||| ||||||||| | || || || ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||||| |||| ||||||||||    
T  18381821 tgttgttgttgaattgtgataagagtcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgttgatgattcatggcttgggtat 18381909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 27654192 - 27654240
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  27654192 tgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattaatgatgagaat 27654240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27740941 - 27740837
Alignment:
Q  70 gttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgat 169  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||| |  ||   |||||||| |  |||||||||| | |||||||| ||| |||||| ||||||    
T  27740941 gttgaattgagatatgattcatgttcaattgatgtggttgctattatctgatgttgttgtggatgaatcatggtttgggtatgcatattcatgaattgat 27740842  T
Q  170 gatga 174  Q
    |||||    
T  27740841 gatga 27740837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 178
Target Start/End: Original strand, 22361926 - 22362019
Alignment:
Q  86 attcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacat-gttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||  ||| |||| | |||||| |||| |||||||| | |||  |||||| |||||||||||||||    
T  22361926 attcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatattgttgttgatgattcatggcttgggtgttcataattcatgaattgatgatgagaat 22362019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 16825963 - 16826011
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  16825963 tgatgaataattgctttgttatgcatattcatggattgatgatgagaat 16826011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 126
Target Start/End: Original strand, 25367374 - 25367438
Alignment:
Q  62 atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgt 126  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  25367374 atgttgttgttgaattgtgataagattcatgttcaattgatgttgttgttgctaagtgatgttgt 25367438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0218 (Bit Score: 59; Significance: 5e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0218
Description:

Target: scaffold0218; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 5151 - 5329
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat-gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  ||  ||||| |||  | |||| |||||||||||| |||||    
T  5151 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgcaaagttgttgttagaatgagttatgattcttgttcaatt 5250  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| ||||||||   |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||    
T  5251 gatgttatggctgttaattgatgttgtgattgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgaggatgagaat 5329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 59; Significance: 5e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 48360 - 48182
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| |  | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  48360 acatgttcaaatgtgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgttaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 48261  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||   |||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  48260 gatgttatagatgttaattgatgttgtgattgatgaataattgcctgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 48182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0622 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0622
Description:

Target: scaffold0622; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9480 - 9377
Alignment:
Q  75 attgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  9480 attgagttatgattcttgttcaattgatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatga 9381  T
Q  175 gaat 178  Q
    ||||    
T  9380 gaat 9377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0302 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0302
Description:

Target: scaffold0302; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 12286 - 12110
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| | ||||||| |  | ||||| ||  ||||||| | |||||||||| |||||    
T  12286 acatgtttaaatgtgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctaaattggtgaattttgttaagttgttgt--aattgagatttgattcttgttcaatt 12189  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| |  ||| |||| |||||| |   | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12188 gatgttatgaatgttaattgatgttatgattcatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatgagaat 12110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0498 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0498
Description:

Target: scaffold0498; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9051 - 8873
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| |  | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  9051 acatgttcaattatgtaaaaatgttaagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgttaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 8952  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  8951 gatgttatggatgttaattgatgttgtgattgatgaataattgcttgggtatgcatattcatgtattgatgatgagaat 8873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0266 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0266
Description:

Target: scaffold0266; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 1297 - 1119
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  1297 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 1198  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| ||| |||| | |||||||| ||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||    
T  1197 gatgttatggttgttaattgatattgtggttgatgaataattgcttgggtgtgcatattcatgaattgatgatgagaat 1119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0266; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 176
Target Start/End: Original strand, 3672 - 3848
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||| | | |||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  3672 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtaaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 3771  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgaga 176  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||   ||| |||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||    
T  3772 gatgttatggatgttaattgatgttgtgattgaggaataattgcttgggtatgcatattgatggattgatgaggaga 3848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 75 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 48696 - 48593
Alignment:
Q  75 attgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| | | |  |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  48696 attgagttatgattcttgttcaattgatgttatggctattaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatga 48597  T
Q  175 gaat 178  Q
    ||||    
T  48596 gaat 48593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36136 - 36088
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  36136 tgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 36088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 272198 - 272031
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||||  | | ||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  272198 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctaaattggtgaattttgctaagttgtggttggattgagttatgattcttgttcaatt 272099  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattg 167  Q
    | |||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  272098 ggtgttatagctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattg 272031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0215 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0215
Description:

Target: scaffold0215; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 9427 - 9605
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||  ||| | |||||||  | | ||| | ||| | ||||| | |||||||||  ||| |    
T  9427 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaatggtgctcaattggtgaattttgctaagttattgttaatttgagatttgattcttgctcaaat 9526  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  9527 gatgttatggttgttaattgatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 9605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0215; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 16325 - 16503
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||  ||| | |||||||  | | ||| | ||| | ||||| | |||||||||  ||| |    
T  16325 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaatggtgctcaattggtgaattttgctaagttattgttaatttgagatttgattcttgctcaaat 16424  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  16425 gatgttatggttgttaattgatgttgtagttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgattatgagaat 16503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0162
Description:

Target: scaffold0162; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 26505 - 26683
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |  ||| | |||||||  | | ||||| |||  | |||| |||||||||||| |||||    
T  26505 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttgtgaaaattgttctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagaatgagttatgattcttgttcaatt 26604  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| ||||||||   |||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||| |||||||||    
T  26605 gatgttatggctgttaattgatgttgtgattgatgaatcattgcttgggtatgcatattgatgaattgaggatgagaat 26683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 178
Target Start/End: Original strand, 8362 - 8445
Alignment:
Q  95 caattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||||||||||| || |||| |||||||| | | ||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||    
T  8362 caattgatgttgttgttgttaattgatgttgttgtttatgaatcatggcttgggtatgcatatacatgaattgatgatgagaat 8445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 107920 - 107746
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaattt-gacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||| || |||||||| ||||| | ||||||||||  ||| | ||||||| || | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  107920 acatgttcaaatgtgcaaaaatgataagttgtaaaaattgtgctcaattggtgaattttgataagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 107821  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||   |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  107820 gatgttatggatgttaattgatgttgtgattgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatga 107746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Original strand, 64606 - 64648
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  64606 acatgtttaaatatgtaaaaatgataagttatgaatattgtgc 64648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 172078 - 171916
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  172078 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctaaattggtgaattttgctaagttgtggttgaattgagttacgattcttgttcaatt 171979  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  171978 gatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttaggtatgcatattcatg 171916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 177781 - 177619
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||||  | | ||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  177781 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctaaattggtgaattttgctaagttgtggttgaattgagttacgattcttgttcaatt 177682  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  177681 gatgttatggctgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttaggtatgcatattcatg 177619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0125
Description:

Target: scaffold0125; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 95 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 41726 - 41643
Alignment:
Q  95 caattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||||||||||| || |||  |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  41726 caattgatgttgttgttgttaaatgatgttgttgttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaattgatgatgagaat 41643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0175 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0175
Description:

Target: scaffold0175; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 1046 - 1219
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||  ||| |||||||||  | | ||||| ||| ||||||| | | |||||||| ||| |    
T  1046 acatgttcaaatatgtaaaaataataagttgtgaaaattgtgctcaattgatgaattttgctaagttgttgtt-aattgagattttattcttgttcaagt 1144  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| | |||| ||||  ||||| |   |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  1145 gatgttatggatgttaatttatgttatgattgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatga 1219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 13679 - 13501
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| |||||||||  | ||||||| ||||||||  | |  ||  | ||| |||||    
T  13679 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgctcaattgatgaattttgctatgttgttgttgaattatgatgagaaccatgttcaatt 13580  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||||| || |||| |||||||| | |||||||||||  ||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||    
T  13579 gatgttgttgttgttaattgatgttgttgttgatgaatcatgacttgggtatgcatattcatgaattgacgatgagaat 13501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0106 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0106
Description:

Target: scaffold0106; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 9 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 41894 - 41724
Alignment:
Q  9 aaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgt 107  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  |||||| |||||||||||| ||||||||| | |    
T  41894 aaatatgtaaaaatgataatttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattgagttatgattcttgttcaattgatgctat 41795  T
Q  108 tgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
     | || |||| | |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||| || |||||    
T  41794 ggctgttaattgttgttgtagatgatgaatcattggttgggtatgcatattcatgaattgattattagaat 41724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1542 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold1542
Description:

Target: scaffold1542; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 82 - 178
Target Start/End: Original strand, 706 - 802
Alignment:
Q  82 tatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||||||||  |||||||||| | | ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||| |||||||||    
T  706 tatgattcttgtttaattgatgttatggctgctaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcaggaattgaggatgagaat 802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 74 - 178
Target Start/End: Original strand, 128332 - 128436
Alignment:
Q  74 aattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatg 173  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||||||||| | |||| |||| ||||||||   |||||||| |||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  128332 aattgagatttgattcttgttcaattgatgttatggatgttaatggatgttgtgattgatgaataattgattgggtatgcatattcatgaattgatgatg 128431  T
Q  174 agaat 178  Q
    |||||    
T  128432 agaat 128436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 31885 - 31933
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||    
T  31885 tgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattaatgatgagaat 31933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0529 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0529
Description:

Target: scaffold0529; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 3136 - 2957
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaa-tttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttg-tgcaat 98  Q
    ||||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||  ||| | |||| ||||  | ||||| ||||||||||| |||||||| || |  |||    
T  3136 acatgttcaattatgtaaaaatgtgaagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttgaattgagatatgattcatgttttaat 3037  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| ||| || || | |||||||| | |||||||||| |||||| |||| ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  3036 tgatgttattgttgttatttgatgttgttgttgatgaatcactgcttgtgtatgcatattcatgaattgattatgagaat 2957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 75 - 178
Target Start/End: Original strand, 247607 - 247710
Alignment:
Q  75 attgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| |   || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||| |||||    
T  247607 attgagttatgattcttgttcaattgatgttatgactgttaattgatgttgtggttgatgaatcattgcttgggtatgcatattcatgaactgaggatga 247706  T
Q  175 gaat 178  Q
    ||||    
T  247707 gaat 247710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 5294 - 5467
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaa-tttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| | |||| ||||    ||||| ||| | ||||| | |||||||||| |||||    
T  5294 acatgttcaaatatgtaaaaatgataagttatgaaaattgtgttcaattggtgaattttgctgagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaatt 5393  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| |  ||| |||| ||||||||   | |||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  5394 gatgttatgaatgttaattgatgttgtgattaatgaataattgcttgggt-tgcatattcatggattgatgatga 5467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 123254 - 123432
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| ||||| | | |||||| ||||| ||||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| |||  ||| || |||||||||||| |||||    
T  123254 acatgttcaaataggaacaaatgataagttgtgaaaattgtgctcaattggtgaattttgctaagttgttgttagattaagttatgattcttgttcaatt 123353  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    |||||| | | || |||| |||||||| | |||||||| || |||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||    
T  123354 gatgttatggttgttaattgatgttgtggttgatgaataatggcttgggtatgcatattcatgaattgaagatgagaat 123432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 174
Target Start/End: Original strand, 34614 - 34725
Alignment:
Q  64 gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgc-aattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatg 162  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||   |||||||||| ||| || || | |||||||| | |||||||||| | ||||||||| ||| ||||||    
T  34614 gttgttgttgaattgagatatgattcatgttttaattgatgttattgttgttatttgatgttgttgttgatgaatcactacttgggtatgcatattcatg 34713  T
Q  163 gattgatgatga 174  Q
    ||||||||||||    
T  34714 gattgatgatga 34725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0413 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0413
Description:

Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 6154 - 6327
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaatt 99  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||| | ||||||||||  ||| | |||||||  | | ||||| ||| ||||||| | |||||||||| ||| |    
T  6154 acatgttcaaatatgtaaaaataataagttgtaaaaattgtgctgaattggtgaattttgctaagttgttgtt-aattgagatttgattcttgttcaagt 6252  T
Q  100 gatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||| | |||| ||||   |||| |   |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  6253 gatgttatggatgttaatttttgttatgattgatgaataattgcttgggtatgcatattcatggattgatgatga 6327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0076 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0076
Description:

Target: scaffold0076; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 43171 - 42992
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgacat--gttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||| | |||||||  | |  ||||| ||| | ||||| | |||||| ||| |||     
T  43171 acatgttcaaatatgtaaaaatgttaagttatgaagattgtgctaaattggtgaatttctcctaagttgttgttaatttgagatgtgattcgtgttcaag 43072  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaat 178  Q
    ||||||| |  ||| || | ||| || |   |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  43071 tgatgttatgaatgttatttgatattatgattgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatgagaat 42992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 3896 - 3721
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaa-tgaaaagttatgaaaattgtgcaaaatggatgaatttgac-atgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaat 98  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||   ||| | |||||||  | | ||||| ||| | ||||| | |||||||||| ||||    
T  3896 acatgttcaaatatgtaaaaaatgataagttatggaaattgtgtccaattggtgaattttgctaagttgttgttaatttgagatttgattcttgttcaat 3797  T
Q  99 tgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    ||||||| |  ||| |||| |||||| |   |||||||| ||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  3796 tgatgttatgaatgttaattgatgttatgattgatgaataattacttgggtttgcatattcatggattgatgatga 3721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0104 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0104
Description:

Target: scaffold0104; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 48603 - 48513
Alignment:
Q  84 tgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||||||| || |||||||| | |||| |||| |||||| |   |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  48603 tgattcttgttcacttgatgttatggatgttaattgatgttatgattgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatga 48513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 2)
Name: scaffold0066
Description:

Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 56 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 54533 - 54412
Alignment:
Q  56 tttgacatgttgtagttgaattgagctatgattcttgtgcaattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtatacat 155  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||| | |||||| ||| | ||||||||||||| |  |||  |||||||| |  | ||||||||   ||||||||||||    
T  54533 tttgatatgttgttgttgaaatgagatgtgattcatgttccattgatgttgttgctattaactgatgttgttgtgggtgaatcatgagttgggtatacat 54434  T
Q  156 gttcatggattgatgatgagaa 177  Q
     || ||||||||||||||||||    
T  54433 atttatggattgatgatgagaa 54412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 133 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 45051 - 45007
Alignment:
Q  133 tgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatgagaa 177  Q
    ||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  45051 tgaatcatgacttgggtatacatatttatggattgatgatgagaa 45007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0772 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0772
Description:

Target: scaffold0772; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 5702 - 5660
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  5702 acatgtttaaatatgtaaaaatgataagtcatgaatattgtgc 5660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0139 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0139
Description:

Target: scaffold0139; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Original strand, 14139 - 14181
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  14139 acatgttgaaatatgtaaaaatgataagttatgaagattgtgc 14181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 209 - 167
Alignment:
Q  1 acatgtttaaatatgtaaaaatgaaaagttatgaaaattgtgc 43  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  209 acatgtttaaatatgtaaaaatgataagttatgtatattgtgc 167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1560 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold1560
Description:

Target: scaffold1560; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 174
Target Start/End: Original strand, 72 - 116
Alignment:
Q  130 tgatgaatcattgcttgggtatacatgttcatggattgatgatga 174  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  72 tgatgaataattgcttgggtttgcatattcatggattgatgatga 116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0970 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0970
Description:

Target: scaffold0970; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 2532 - 2476
Alignment:
Q  95 caattgatgttgttgatgctaatagatgttgtagctgatgaatcattgcttgggtat 151  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||| | |||||| |||| ||||||||||    
T  2532 caattgatgttgttgttgctaagtgatgttgttgttgatgattcatggcttgggtat 2476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University