View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1099_low_23 (Length: 262)

Name: NF1099_low_23
Description: NF1099
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1099_low_23
NF1099_low_23
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-224)||(40641632-40641855)
chr2 (9-222)||(9782252-9782477)
chr2 (8-222)||(24881224-24881456)
chr2 (2-222)||(25132798-25133036)
chr2 (2-70)||(19660949-19661017)
chr2 (75-204)||(24342740-24342873)
chr2 (131-224)||(6093584-6093678)
chr2 (123-204)||(19665390-19665471)
chr2 (131-200)||(20272134-20272203)
chr2 (2-70)||(20271982-20272051)
chr2 (3-70)||(34135779-34135849)
chr2 (163-204)||(24562229-24562270)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (2-224)||(17022184-17022406)
chr1 (1-222)||(17607563-17607785)
chr1 (2-224)||(46144386-46144626)
chr1 (2-224)||(49998658-49998898)
chr1 (124-211)||(52399377-52399464)
chr1 (118-224)||(40437612-40437717)
chr1 (131-193)||(33396078-33396140)
chr1 (2-70)||(33395935-33396004)
chr1 (2-61)||(40437793-40437852)
chr1 (165-205)||(41213022-41213062)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (1-224)||(17225256-17225479)
chr7 (2-224)||(16918202-16918424)
chr7 (2-224)||(9609860-9610093)
chr7 (2-224)||(9837432-9837665)
chr7 (2-224)||(16921265-16921498)
chr7 (2-224)||(48353958-48354192)
chr7 (2-223)||(34242454-34242687)
chr7 (2-224)||(14939397-14939629)
chr7 (2-224)||(15366990-15367222)
chr7 (2-224)||(33558311-33558547)
chr7 (123-224)||(4437606-4437707)
chr7 (123-224)||(4445007-4445108)
chr7 (2-224)||(31499824-31500064)
chr7 (131-204)||(16382290-16382363)
chr7 (3-61)||(4437468-4437525)
chr7 (3-61)||(4444869-4444926)
chr7 (154-204)||(19066374-19066424)
chr7 (131-224)||(45148322-45148416)
chr7 (2-70)||(16207029-16207098)
chr7 (2-70)||(45148179-45148248)
chr7 (141-204)||(3193398-3193461)
chr7 (150-215)||(21539521-21539586)
chr7 (31-70)||(8325332-8325371)
chr7 (32-70)||(16382178-16382216)
chr7 (165-205)||(20584239-20584279)
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (2-222)||(12020576-12020796)
chr3 (10-224)||(17203299-17203513)
chr3 (1-224)||(15549142-15549365)
chr3 (2-224)||(34558485-34558718)
chr3 (2-224)||(18968707-18968946)
chr3 (2-224)||(4163525-4163765)
chr3 (2-224)||(4147018-4147258)
chr3 (5-224)||(21168062-21168295)
chr3 (2-222)||(14817039-14817277)
chr3 (123-224)||(6229974-6230075)
chr3 (118-224)||(43428876-43428982)
chr3 (118-224)||(25105300-25105406)
chr3 (136-224)||(17319918-17320006)
chr3 (2-56)||(4163743-4163797)
chr3 (131-224)||(8603432-8603525)
chr3 (2-70)||(25105478-25105546)
chr3 (131-193)||(17759807-17759869)
chr3 (131-193)||(19061127-19061189)
chr3 (3-61)||(43429059-43429117)
chr3 (2-61)||(17320099-17320158)
chr3 (15-61)||(6230155-6230204)
chr3 (120-187)||(17392074-17392141)
chr3 (28-70)||(19061263-19061305)
chr3 (3-70)||(27050327-27050397)
chr3 (164-225)||(17385633-17385694)
chr3 (28-61)||(17759952-17759985)
chr3 (27-59)||(8603425-8603457)
chr3 (131-223)||(27050478-27050569)
chr3 (165-205)||(41660382-41660422)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (1-224)||(21621751-21621974)
chr6 (4-224)||(22363533-22363753)
chr6 (1-224)||(25918304-25918527)
chr6 (10-224)||(18630955-18631184)
chr6 (2-220)||(29604178-29604408)
chr6 (64-224)||(25649840-25650002)
chr6 (123-224)||(32350832-32350933)
chr6 (131-224)||(11374192-11374286)
chr6 (4-193)||(15006020-15006230)
chr6 (141-223)||(16375134-16375216)
chr6 (141-204)||(17857744-17857807)
chr6 (2-61)||(32350691-32350750)
chr6 (141-215)||(31162234-31162308)
chr6 (2-70)||(17375261-17375330)
chr6 (131-204)||(29161872-29161945)
chr6 (161-223)||(22463452-22463514)
chr6 (2-70)||(4228795-4228864)
chr6 (2-70)||(29162019-29162088)
chr6 (131-223)||(5485673-5485764)
chr6 (2-61)||(11374369-11374429)
chr6 (31-70)||(5485847-5485886)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-224)||(17283884-17284107)
chr8 (2-220)||(29296514-29296747)
chr8 (2-224)||(38637005-38637228)
chr8 (2-224)||(15931943-15932176)
chr8 (2-224)||(24266617-24266857)
chr8 (2-224)||(26010061-26010286)
chr8 (2-224)||(17265503-17265729)
chr8 (15-204)||(23227381-23227585)
chr8 (2-224)||(24553915-24554156)
chr8 (118-224)||(7468998-7469104)
chr8 (15-204)||(19332987-19333189)
chr8 (2-61)||(7468862-7468921)
chr8 (131-224)||(25608770-25608860)
chr8 (165-224)||(33171031-33171090)
chr8 (160-224)||(24238309-24238374)
chr8 (3-70)||(18032943-18033013)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (2-224)||(21224048-21224269)
chr5 (2-224)||(24082726-24082966)
chr5 (2-221)||(29912669-29912906)
chr5 (5-224)||(5622775-5623008)
chr5 (3-224)||(6455292-6455530)
chr5 (2-224)||(26561133-26561369)
chr5 (131-224)||(14343102-14343195)
chr5 (131-224)||(33627730-33627823)
chr5 (75-204)||(18532161-18532294)
chr5 (75-204)||(22055125-22055258)
chr5 (135-224)||(21108292-21108382)
chr5 (28-70)||(21108173-21108215)
chr5 (2-59)||(33627798-33627855)
[»] scaffold1311 (1 HSPs)
scaffold1311 (1-224)||(355-578)
[»] scaffold0483 (1 HSPs)
scaffold0483 (1-224)||(5347-5570)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (2-224)||(29723-29946)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (2-224)||(68119-68342)
scaffold0009 (141-204)||(255780-255843)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (1-207)||(50187-50393)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-203)||(19823802-19824004)
chr4 (2-224)||(38763398-38763632)
chr4 (2-224)||(18275434-18275667)
chr4 (33-224)||(42707399-42707605)
chr4 (2-203)||(7187273-7187489)
chr4 (118-204)||(10105523-10105609)
chr4 (118-224)||(12732897-12733003)
chr4 (118-204)||(31114521-31114607)
chr4 (75-204)||(15676248-15676381)
chr4 (142-225)||(17213182-17213265)
chr4 (4-61)||(12732764-12732821)
chr4 (135-223)||(10115705-10115795)
chr4 (165-223)||(41257692-41257750)
[»] scaffold0047 (1 HSPs)
scaffold0047 (2-224)||(1417-1650)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (2-224)||(12055-12288)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (2-224)||(198700-198933)
[»] scaffold0031 (1 HSPs)
scaffold0031 (2-224)||(98502-98735)
[»] scaffold0357 (1 HSPs)
scaffold0357 (2-224)||(6350-6590)
[»] scaffold0021 (3 HSPs)
scaffold0021 (2-224)||(23379-23615)
scaffold0021 (2-224)||(19114-19350)
scaffold0021 (2-224)||(28690-28926)
[»] scaffold0025 (2 HSPs)
scaffold0025 (87-222)||(52009-52144)
scaffold0025 (1-53)||(51953-52005)
[»] scaffold0174 (2 HSPs)
scaffold0174 (2-224)||(1197-1437)
scaffold0174 (2-70)||(21595-21664)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (2-204)||(105968-106187)
[»] scaffold0175 (1 HSPs)
scaffold0175 (2-180)||(6543-6735)
[»] scaffold0327 (1 HSPs)
scaffold0327 (118-224)||(3304-3410)
[»] scaffold0387 (2 HSPs)
scaffold0387 (139-224)||(2300-2385)
scaffold0387 (2-70)||(2451-2519)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (2-70)||(63973-64041)
[»] scaffold0253 (2 HSPs)
scaffold0253 (2-70)||(9967-10035)
scaffold0253 (2-70)||(19392-19460)
[»] scaffold1957 (1 HSPs)
scaffold1957 (150-224)||(1136-1210)
[»] scaffold0219 (1 HSPs)
scaffold0219 (2-70)||(25452-25520)
[»] scaffold0017 (3 HSPs)
scaffold0017 (131-224)||(11353-11447)
scaffold0017 (28-70)||(11228-11270)
scaffold0017 (27-59)||(11346-11378)
[»] scaffold0205 (1 HSPs)
scaffold0205 (2-70)||(3989-4060)
[»] scaffold0282 (1 HSPs)
scaffold0282 (3-70)||(20479-20549)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (162-204)||(4711-4753)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (131-224)||(10693-10787)
[»] scaffold1204 (2 HSPs)
scaffold1204 (131-187)||(1591-1647)
scaffold1204 (32-70)||(1721-1759)
[»] scaffold0333 (1 HSPs)
scaffold0333 (3-70)||(1499-1569)
[»] scaffold0183 (1 HSPs)
scaffold0183 (162-224)||(9552-9615)
[»] scaffold0317 (1 HSPs)
scaffold0317 (3-68)||(15406-15472)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (165-205)||(85189-85229)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 40641855 - 40641632
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40641855 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 40641756  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40641755 gatgcaactccacaacttacaacaacaaagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttacatccac 40641656  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  40641655 acaaccaacatgtcattattcaat 40641632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 9 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9782477 - 9782252
Alignment:
Q  9 gtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaatgatgcaac 108  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9782477 gtacacctcctcttacgcaaaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaataatgcaac 9782378  T
Q  109 tccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacac------------cttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatat 196  Q
    | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||            | || |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  9782377 ttcacaacttacaacaacacaatgtaaaagtacacatccacacaatgcgtctaacacaatgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcattcacat 9782278  T
Q  197 ccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  9782277 ccacacaaccaacatgtcattattca 9782252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 8 - 222
Target Start/End: Original strand, 24881224 - 24881456
Alignment:
Q  8 agtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcaca----------tatgacaatgatgcatggacata-gcaaagacc 96  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||          |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  24881224 agtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcaaatgacccgatatgacgatgatgcatggacataagcaaagacc 24881323  T
Q  97 aaatgatgc-aactccacaatttacaa------caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagca 189  Q
     ||| |||| |||| | |||  ||||       ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  24881324 caataatgccaactactcaacatacacatgcaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacatcaattgcattatcaagta 24881423  T
Q  190 tttatatccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  24881424 tttacatccacacaatcaacatgtcattattca 24881456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 25132798 - 25133036
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| ||     
T  25132798 tgtaagagtacacctcctcttacaaacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgactatgatgcatggacataagcg 25132897  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||  ||| ||||||    ||| |||  |   | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  25132898 aagactcaataatgcaaactactcaacatatacatgcaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaacaacaattgcattat 25132997  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  25132998 caagtatttacgtccacacaaccaacatgtcattattca 25133036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Original strand, 19660949 - 19661017
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19660949 tgtaagagtacacctcctcttacgcaccactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 19661017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 75 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24342873 - 24342740
Alignment:
Q  75 atgcatggacatagcaaagaccaaatgatgcaactccacaatttacaa----caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||||| | | ||| |||||     ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  24342873 atgcatggacatagcaaagacctaacaatgcaattactcaacttacatacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgcacaactccaaca 24342774  T
Q  171 acaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||||||||||||||| | |||  |||||||||    
T  24342773 acaattgcattatcaagtaattacgtccacacaa 24342740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Original strand, 6093584 - 6093678
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  6093584 tgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacacccacacaatcaatcaagtcataattcaat 6093678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 123 - 204
Target Start/End: Original strand, 19665390 - 19665471
Alignment:
Q  123 caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||||| |||||||||||||||  | ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  19665390 caacacaatgtaaaagtacacctctagttacattgctcaactctaacaacaattgcattatcaagtatttacatccacacaa 19665471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 131 - 200
Target Start/End: Original strand, 20272134 - 20272203
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||    
T  20272134 tgtaaaagtacaccttcatttacattgatcaacttcaacaacaatttcattatcaaatatttatgtccac 20272203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Original strand, 20271982 - 20272051
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||||  |||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20271982 tgtaagagtacacatcctcttacaaatcacctatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgac 20272051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 3 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 34135849 - 34135779
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgca---caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |   || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  34135849 gtaagagtacacctcctcttacgtatttcacctatgtaaaagtacacctccttttacattcctcatatgac 34135779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 163 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24562270 - 24562229
Alignment:
Q  163 cttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  24562270 cttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaa 24562229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 17022184 - 17022406
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaatg 101  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17022184 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaata 17022283  T
Q  102 atgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccaca 201  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17022284 atgcaactccacaacttacaacaacacaatgtaaaagtacatctccaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttacatccaca 17022383  T
Q  202 caaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  17022384 caaccaacatgtcattattcaat 17022406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 17607563 - 17607785
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacata-gcaaagaccaaa 99  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17607563 ttgtaagagcacacttcctcttacgcacaaccatgtaaaagtacacatccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacataagcaaagaccaaa 17607662  T
Q  100 tgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatcca 199  Q
    | |||||||| | |||  ||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17607663 taatgcaactacgcaacatacgacaacacaatgtaaaagtacacttccaattacattgctcaacctcaacaacaattgcattatcaagcatttacatcca 17607762  T
Q  200 cacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  17607763 cacaatcaacatgtcattattca 17607785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 46144386 - 46144626
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatga----------caatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||          | || ||||||||||||| |||    
T  46144386 tgtaagagtacacctcctattacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgatttgatatgacgataatgcatggacataagca 46144485  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||  ||| ||||||    ||| |||  |   |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  46144486 aagactcaataatgcaaactactcaacatatacatacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattacattat 46144585  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46144586 caagtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 46144626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 49998898 - 49998658
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||| |||    
T  49998898 tgtaagagtacacctcctcttacgcacagttatgtaaaagtgcacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 49998799  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||   || ||||||    ||| |||  |   |||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49998798 aagactcgataatgcaaactactcaacatatacatacaccaacacaatataaaactacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattat 49998699  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49998698 caagtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 49998658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 124 - 211
Target Start/End: Original strand, 52399377 - 52399464
Alignment:
Q  124 aacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacat 211  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  52399377 aacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgcttaacttcaacagcaattgcattatcaagcatttacatccacacaatcaacat 52399464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 40437717 - 40437612
Alignment:
Q  118 tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcatt 217  Q
    |||| ||||||| |||||| |||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||||    
T  40437717 tacatcaacacaatgtaaa-gtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattattaagtatttatgtccacacaatcatcatgtcatt 40437619  T
Q  218 attcaat 224  Q
    || ||||    
T  40437618 atccaat 40437612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 193
Target Start/End: Original strand, 33396078 - 33396140
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcattta 193  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33396078 tgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtattta 33396140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Original strand, 33395935 - 33396004
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| ||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33395935 tgtaagagtacacctcctcttacaattcaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgac 33396004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 40437852 - 40437793
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    |||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40437852 tgtaagagtacacctcctcttacgataaactatgtaaaagtacacatccttttacatttc 40437793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 165 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 41213062 - 41213022
Alignment:
Q  165 tcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaac 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  41213062 tcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaac 41213022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 17225479 - 17225256
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17225479 ttgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacaaagcaaagaccaaat 17225380  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17225379 aatgcaactctacaacttacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttacatccac 17225280  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  17225279 acaatcaacatgtcattattcaat 17225256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 16918202 - 16918424
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaatg 101  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||     
T  16918202 tgtaagagtacatcttctcttatgcacaactgtgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgacaatgatgcatggacgtagcaaacaccaaata 16918301  T
Q  102 atgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccaca 201  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16918302 atgcaactccacaacttacaacaacacaatgtaaaattacacctccaattacattttacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttacatccaca 16918401  T
Q  202 caaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| ||| |||||||||||||||    
T  16918402 caaacaaaatgtcattattcaat 16918424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 9609860 - 9610093
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||| |||    
T  9609860 tgtaagagtacatctcctcttacacacaactatgtaaaagtacacatccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 9609959  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| |||||||| | |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9609960 aagaccaaataatgcaactactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacaccttcaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaatcat 9610059  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9610060 ttacatccacacaaccaacatgtcattattcaat 9610093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 9837432 - 9837665
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||          ||||||| ||||||||| |||    
T  9837432 tgtaagagtacatctcctcttacacacaactatgtaaaagtacacatccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgaatggacataagca 9837531  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| |||||||| | |||  |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9837532 aagaccaaataatgcaactactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacatacaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaatcat 9837631  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9837632 ttacatccacacaaccaacatgtcattattcaat 9837665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16921498 - 16921265
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcac----------atatgacaatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |          |||||||||||||||||||||||| |||    
T  16921498 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagaacacatccttttacatttctcttatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 16921399  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| |||||| | | |||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16921398 aagaccaaataatgcaattactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 16921299  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  16921298 ttacatccacactatcaacatgtcattattcaat 16921265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 48353958 - 48354192
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||          |||||| |||||||||| |||    
T  48353958 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtgcatatccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatacatggacataagca 48354057  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagca 189  Q
    |||||| ||| |||||| || | |||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48354058 aagacccaataatgcaaactactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgctcaacttcaacaacaactgcattatcaagca 48354157  T
Q  190 tttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48354158 tttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 48354192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 34242687 - 34242454
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacatag-ca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          |  ||||||||||||||  ||    
T  34242687 tgtaagagtacacctcctcttacgcataaatatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacacagatgcatggacataaaca 34242588  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagca 189  Q
    |||||| ||| |||||| || | |||  |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34242587 aagacccaataatgcaaactactcaacatacaacaacacaatgtaaatgtacacctccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaagca 34242488  T
Q  190 tttatatccacacaaccaacatgtcattattcaa 223  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  34242487 tttacatccacacaattaacatgtcattattcaa 34242454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 14939397 - 14939629
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           ||||||||||| |||| |||    
T  14939397 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatgggcataagca 14939496  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagca 189  Q
    |||||  ||| |||||| || | |||  || ||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14939497 aagactcaataatgcaaactactcaacata-aacat-acaatgtaaaagtacacctccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaagca 14939594  T
Q  190 tttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  14939595 tttacatcaacacaatcaacatgtcattattcaat 14939629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 15366990 - 15367222
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           ||||||||||| |||| |||    
T  15366990 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggtcataagca 15367089  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagca 189  Q
    |||||  ||| |||||| || | |||  || ||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15367090 aagactcaataatgcaaactactcaacata-aacat-acaatgtaaaagtacacctccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaagca 15367187  T
Q  190 tttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  15367188 tttacatcaacacaatcaacatgtcattattcaat 15367222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 33558311 - 33558547
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac--aat--------gatgcatggacata---g 88  Q
    |||||||||||| || |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||        ||||||||||| ||   |    
T  33558311 tgtaagagtacaccttctcttacaaacaactgtgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcaatatgaccacgatgcatggacgtataag 33558410  T
Q  89 caaagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaag 187  Q
    |||||||  ||| |||||| || | |||  ||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33558411 caaagactcaataatgcaaactactcaacatacacgaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaag 33558510  T
Q  188 catttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
     ||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||    
T  33558511 tatttacatccacacaatcaatatgtcgttattcaat 33558547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 123 - 224
Target Start/End: Original strand, 4437606 - 4437707
Alignment:
Q  123 caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  4437606 caacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaacatgtcattattca 4437705  T
Q  223 at 224  Q
    ||    
T  4437706 at 4437707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 123 - 224
Target Start/End: Original strand, 4445007 - 4445108
Alignment:
Q  123 caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  4445007 caacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaacatgtcattattca 4445106  T
Q  223 at 224  Q
    ||    
T  4445107 at 4445108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 31499824 - 31500064
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatat----------gacaatgatgcatggacata-gca 90  Q
    ||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||          ||| |||||| ||||||||| |||    
T  31499824 tgtaagagtacacatcctcttaca-acaactatgtaaaagtacacctccttttacattactcatataactcgatatgactatgatgaatggacataagca 31499922  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt----tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcatta 182  Q
    ||||| |||| ||||||    ||| |||  |    |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  31499923 aagactaaataatgcaaactactcaacatatacaatacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattgtatta 31500022  T
Q  183 tcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||| |||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  31500023 tcaagtatttacctccacacaatcaacatgtcaatattcaat 31500064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 131 - 204
Target Start/End: Original strand, 16382290 - 16382363
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||    
T  16382290 tgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaaatatttacgtccacacaa 16382363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 61
Target Start/End: Original strand, 4437468 - 4437525
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4437468 gtaagagtacacctcctcttaca-acaactatgtaaaagtacatctccttttacatttc 4437525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 61
Target Start/End: Original strand, 4444869 - 4444926
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4444869 gtaagagtacacctcctcttaca-acaactatgtaaaagtacatctccttttacatttc 4444926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 204
Target Start/End: Original strand, 19066374 - 19066424
Alignment:
Q  154 attgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  19066374 attgaacaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacatccacacaa 19066424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Original strand, 45148322 - 45148416
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||| || |||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  45148322 tgtaaaagtacacctccatttacatcgaccaacttcaacaacaattgtattatcaagtatttacgtccacacaatcaatcaagtcataattcaat 45148416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Original strand, 16207029 - 16207098
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16207029 tgtaagagtacacctcctcttacaattcaactatgtaaaattacacctccttttacatttctcatatgac 16207098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Original strand, 45148179 - 45148248
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45148179 tgtaagagtacacctcctcttacaattcaactatgtaaaaatacacctccttttacatttctcatatgac 45148248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 3193461 - 3193398
Alignment:
Q  141 caccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  3193461 cacctccaactatattgaacaacttcaacaacaattgcattattaagtatttatgtccacacaa 3193398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 150 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 21539586 - 21539521
Alignment:
Q  150 ttacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtca 215  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||    
T  21539586 ttacattgatcaactccaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaacaagtca 21539521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 31 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 8325371 - 8325332
Alignment:
Q  31 ctatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  8325371 ctatgtaaaagtacatctccttttacatttctcatatgac 8325332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 70
Target Start/End: Original strand, 16382178 - 16382216
Alignment:
Q  32 tatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16382178 tatgtaagagtacacctccttttacatttctcatatgac 16382216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 165 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 20584279 - 20584239
Alignment:
Q  165 tcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaac 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  20584279 tcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaac 20584239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 12020576 - 12020796
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaatg 101  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12020576 tgtaagagtacacctcttcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaata 12020675  T
Q  102 atgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccaca 201  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  12020676 atgcaactccacaacttacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcgagcatttacatccaca 12020775  T
Q  202 caaccaacatgtcattattca 222  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  12020776 caaccaacatgtcattattca 12020796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 10 - 224
Target Start/End: Original strand, 17203299 - 17203513
Alignment:
Q  10 tacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaatgatgcaact 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17203299 tacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaataatgcaact 17203398  T
Q  110 ccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaac 209  Q
    || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17203399 cctcaacttacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttacatccacacaaccaac 17203498  T
Q  210 atgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||||||    
T  17203499 atgtcattattcaat 17203513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 15549142 - 15549365
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15549142 ttgtaaaagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaaatacacctccttttacatttcacatatgactatgatgcatggacatagcaaagagcaaat 15549241  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  15549242 aatgcaactctacaaattacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgtacaactccaacaacaattgcattattaagcatttacatcaac 15549341  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15549342 acaaccaacatgtcattattcaat 15549365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 34558485 - 34558718
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          |||||||  |||||||| |||    
T  34558485 tgtaagagtacacctcctcttacgcataattatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgagtggacataagca 34558584  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| |||||||| | |||  |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34558585 aagaccaaataatgcaactactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacctccatttacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 34558684  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  34558685 ttacatccacacactcaacatgtcattattcaat 34558718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 18968707 - 18968946
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||| |||    
T  18968707 tgtaagagtacacctcctcttatacacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 18968806  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaa--tttacaa----caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatc 184  Q
    |||||| ||| |||||||| | |||  | ||||     ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18968807 aagacccaataatgcaactactcaacatatacatataccaacacaatgtaaaagtacacattcaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattatc 18968906  T
Q  185 aagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  18968907 aagcatttacatcgacacaatcaacatgtcattattcaat 18968946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4163765 - 4163525
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||    
T  4163765 tgtaacagtacacctccttttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagca 4163666  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccaca-atttacaa--caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||| ||| ||||||    ||| ||| ||  |||   ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4163665 aagacccaataatgcaaagtactcgacatatacacatgccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattat 4163566  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
     ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  4163565 aaagcatttacatccacccaatcaacatgtcattattcaat 4163525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4147258 - 4147018
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||    
T  4147258 tgtaagagtacacctcctcttacgcgcaactatgtaaaagtacacctccttttaaatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagca 4147159  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatttacaa----caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcatta 182  Q
    |||||| ||| ||||||    ||| ||| | ||||     ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  4147158 aagacccaataatgcaaactactcgaca-tatacatatgccaacacaatgtaaaagaacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattgtatta 4147060  T
Q  183 tcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    | || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4147059 taaaacatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 4147018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 5 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21168295 - 21168062
Alignment:
Q  5 aagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacat---agcaa 91  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||   |||||    
T  21168295 aagagtacacctcctcttacaaacaattatgtaaaaatacacctccttttacatttctcatatgactcaatatgattatgatgcatggacattcgagcaa 21168196  T
Q  92 agaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    ||||  ||| |||||| || | |||  |||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21168195 agactcaataatgcaaactactcaacatacaccaacacaatgtaaaagtacatctccaattacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtat 21168096  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21168095 ttacgtccacacaatcaacatgtcattattcaat 21168062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 14817277 - 14817039
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||    
T  14817277 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaaatatatctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagca 14817178  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||  ||| ||||||    ||| |||  |   |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  14817177 aagactcaataatgcaaactactcaacatatacatacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattatattgttcaacttcaacggcaattgcattat 14817078  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    |||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  14817077 caagtatttacatccacacgatcaacatgtcattattca 14817039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 123 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 6230075 - 6229974
Alignment:
Q  123 caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  6230075 caacacaatataaaagtacacctccaattacatcgttcaacttcaacaacaattgcattataaaacatttacatccacacaatcaacatgtcattattca 6229976  T
Q  223 at 224  Q
    ||    
T  6229975 at 6229974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 43428982 - 43428876
Alignment:
Q  118 tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcatt 217  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||| ||| ||||||||||||    
T  43428982 tacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaacaacaattccattatcaagtatttacgtccacgcaatcaacatgtcatt 43428883  T
Q  218 attcaat 224  Q
    |||||||    
T  43428882 attcaat 43428876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 25105406 - 25105300
Alignment:
Q  118 tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcatt 217  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  25105406 tacaccaacacaatgtaaaagtacacctccatttacactgatcatcttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaacatgtcatt 25105307  T
Q  218 attcaat 224  Q
    |||||||    
T  25105306 attcaat 25105300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 136 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 17320006 - 17319918
Alignment:
Q  136 aagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17320006 aagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaaaatgtcattattcaat 17319918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 4163797 - 4163743
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttac 56  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4163797 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaacagtacacctccttttac 4163743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Original strand, 8603432 - 8603525
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  8603432 tgtaaaagtacacctccttttacattgatcaacttcaacaacgattgcattatcaagtatttacgtccacgcaatcaacatgacattattcaat 8603525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 25105546 - 25105478
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25105546 tgtaagagtacacgtcctcttacaatcaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgac 25105478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 17759869 - 17759807
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcattta 193  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17759869 tgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtattta 17759807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 19061189 - 19061127
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcattta 193  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19061189 tgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtattta 19061127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 43429117 - 43429059
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43429117 gtaagagtacacctcctcttacgatcaactatgtaaaagtacacttccttttacatttc 43429059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 17320158 - 17320099
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17320158 tgtaagagtacacctcttcttacaatcaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 17320099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 6230204 - 6230155
Alignment:
Q  15 ctcctcttacgcacaactatgtaaaagtac---acctccttttacatttc 61  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  6230204 ctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacatgacctccttttacatttc 6230155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 187
Target Start/End: Original strand, 17392074 - 17392141
Alignment:
Q  120 caacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaag 187  Q
    |||||||||| ||||| ||  ||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17392074 caacaacacaatgtaagagatcacttccatttacattgttcaacttcaacaacaattgcattatcaag 17392141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 19061305 - 19061263
Alignment:
Q  28 caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  19061305 caactatgtaaaagtacatctccttttacatttctcatatgac 19061263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 70
Target Start/End: Original strand, 27050327 - 27050397
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgca---caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||  |||||||||| |   || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  27050327 gtaagagtacacatcctcttacgtatttcacctatgtaaaagtacacctctttttacatttctcatatgac 27050397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 164 - 225
Target Start/End: Original strand, 17385633 - 17385694
Alignment:
Q  164 ttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaata 225  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||| ||||| ||||||||    
T  17385633 ttcaccaacatttgcattatcaagtatttacatccatacaatcaacaagtcataattcaata 17385694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 17759985 - 17759952
Alignment:
Q  28 caactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17759985 caactatgtaaaagtacatctccttttacatttc 17759952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 59
Target Start/End: Original strand, 8603425 - 8603457
Alignment:
Q  27 acaactatgtaaaagtacacctccttttacatt 59  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8603425 acaacaatgtaaaagtacacctccttttacatt 8603457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 131 - 223
Target Start/End: Original strand, 27050478 - 27050569
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaa 223  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||   || |||| || |||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  27050478 tgtaaaagtacccctccatttacattgagtaa-ttcaccaccaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaacaagtcataattcaa 27050569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 165 - 205
Target Start/End: Original strand, 41660382 - 41660422
Alignment:
Q  165 tcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaac 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  41660382 tcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaac 41660422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 21621751 - 21621974
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21621751 ttgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 21621850  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||    
T  21621851 aatgcaactctacaatttacaacaacacaatgtaaaagtaaacctccaattacatttcacaacttcaacaacaattgcactatcgagcattcacatccac 21621950  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  21621951 acaaccaacatgtcattattcaat 21621974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 22363753 - 22363533
Alignment:
Q  4 taagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaatgat 103  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||    
T  22363753 taagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagaacatctccttttacatttttcatatgacaatgatgcatggacataacaaagatcaaataat 22363654  T
Q  104 gcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacaca 203  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  22363653 gcaactccacaacttacaacaatacaatgtaaaagtacacctccaattacattgtacaacttcaaccaaaattgaattatcaagcatttacatccacaca 22363554  T
Q  204 accaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  22363553 accaacatgtcattattcaat 22363533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 25918304 - 25918527
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  | ||    
T  25918304 ttgtaagagtacacctcttcttacacacacctatgtaaaagtacacctccttttacatttcacaaatgacagtgatgcatggacatagcaaagattagat 25918403  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||    
T  25918404 aatgcaactctacaacttacaacaacacaatgtaaaagtagacctccaattacattgcacaactccaacaacaattgcattattaagtattcacatccac 25918503  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  25918504 acaaccaacatgtcattatacaat 25918527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 18631184 - 18630955
Alignment:
Q  10 tacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gcaaagaccaa 98  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||| ||||||||| |    
T  18631184 tacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagaacacctccttttacatttcacatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagcaaagaccga 18631085  T
Q  99 atgatgcaactccacaattta----caacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttat 194  Q
    || |||||||| | ||| | |    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||     
T  18631084 ataatgcaactactcaactcatacacaccaacacaatgtaaaagtacaccttcaattacattgttcaactccaacaacaattgcattatcaagtatttac 18630985  T
Q  195 atccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  18630984 atccacacaatcaatatgtcattattcaat 18630955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Original strand, 29604178 - 29604408
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||    
T  29604178 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagca 29604277  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagca 189  Q
    ||||   ||  ||| || || | |||  || | ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  29604278 aagattcaacaatgaaaactactcaacatataccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacagtgtacaacttcaacaacaattgcattatcaaata 29604377  T
Q  190 tttatatccacacaaccaacatgtcattatt 220  Q
    |||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  29604378 tttgcatccacacaatcaacatgtcattatt 29604408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 64 - 224
Target Start/End: Original strand, 25649840 - 25650002
Alignment:
Q  64 atatgacaatgatgcatggacata-gcaaagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtaca 161  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||| || | |||  ||||| |||||| ||||||| |||||||  ||||||||||  ||    
T  25649840 atatgacaatgatgcatggacataagcaacgacccaataatgcaaactactcaacatacaagaacacaatgtaaaattacacctcgaattacattgctca 25649939  T
Q  162 acttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25649940 acttcaacaacaattgcattatcaagcatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 25650002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 123 - 224
Target Start/End: Original strand, 32350832 - 32350933
Alignment:
Q  123 caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  32350832 caacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaacaacaattgcattaccaagtatttacgtccacacaatcaacatgtcattattca 32350931  T
Q  223 at 224  Q
    ||    
T  32350932 at 32350933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 11374286 - 11374192
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  11374286 tgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttatatccacacaatcaatcaagtcataattcaat 11374192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 4 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 15006230 - 15006020
Alignment:
Q  4 taagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcac----------atatgacaatgatgcatggacat---agca 90  Q
    |||||||||| |||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |          ||||||| |||||||||||||||   || |    
T  15006230 taagagtacacctcctcttataatcaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgactatgatgcatggacatacaagta 15006131  T
Q  91 aagaccaaatgatgca-----actccaca---atttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcatta 182  Q
    |||||| ||| |||||     |||| |||   |  |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  15006130 aagacccaataatgcaaaactactcaacatatacatacaccaatacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaaaaacaattgcatta 15006031  T
Q  183 tcaagcattta 193  Q
    ||||| |||||    
T  15006030 tcaagtattta 15006020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 223
Target Start/End: Original strand, 16375134 - 16375216
Alignment:
Q  141 caccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaa 223  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| || ||||| ||||| ||||||    
T  16375134 caccttcatttacattgagcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacataatcaacaagtcataattcaa 16375216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 17857807 - 17857744
Alignment:
Q  141 caccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17857807 cacctccaactacattgaacaacttcaacatcaattgcattatcaagtatttacatccacacaa 17857744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 61
Target Start/End: Original strand, 32350691 - 32350750
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  32350691 tgtaagagtacacctcctcttacaaacaactatgtaaaagtgcatctccttttacatttc 32350750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 31162308 - 31162234
Alignment:
Q  141 caccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtca 215  Q
    ||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||    
T  31162308 cacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacttccacacaatcaacaagtca 31162234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 17375330 - 17375261
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| ||||||||||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  17375330 tgtaagagtacaactcctcttacaattcaactatgtaaaagtagacctccttttacatttctcatatgac 17375261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 29161945 - 29161872
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||    
T  29161945 tgtaaaagtacacctccatttacaatgatcaacttcaacaacaattgcattatcaaatatttacgtccacacaa 29161872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 161 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22463514 - 22463452
Alignment:
Q  161 aacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaa 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  22463514 aacttcaacaacaattgcattatcaagtatctacgtccacacaatcaacatgttgttattcaa 22463452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 4228864 - 4228795
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| ||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  4228864 tgtaagagtacacctcctcttacaattcacctatgtaaaagtacacctccttttacacttctcatatgac 4228795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 29162088 - 29162019
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| ||||||||||    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  29162088 tgtaagagtacacctcctcttacaattcaactatgtaaaagtacatcttcttttacatttctcatatgac 29162019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 5485764 - 5485673
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaa 223  Q
    ||||||||||||| | || |||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  5485764 tgtaaaagtacacatccatttacattg-attagttcaccaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaacaagtcataattcaa 5485673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 11374429 - 11374369
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    |||||||||||| ||||||||||    |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11374429 tgtaagagtacacctcctcttacaattcaactatgtaaaaggacacctccttttacatttc 11374369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 31 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 5485886 - 5485847
Alignment:
Q  31 ctatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  5485886 ctatgtaaaagtacacatccttttacatttctcatatgac 5485847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 17283884 - 17284107
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17283884 ttgtaagaatacacctcctcttacacacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 17283983  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     |||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  17283984 aatgcaactccacaactcacaacaacataatgtaaaagtacacctccaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaaacattcacatccac 17284083  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||||||| |||||||    
T  17284084 acaaccaacatgtcataattcaat 17284107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Original strand, 29296514 - 29296747
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||| |||    
T  29296514 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 29296613  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaattta----caacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaa 186  Q
    |||||||||| |||||||| | ||| | |    || ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  29296614 aagaccaaataatgcaactactcaactcatacacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattatattgttcaactccaacaacaattgcattatcaa 29296713  T
Q  187 gcatttatatccacacaaccaacatgtcattatt 220  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  29296714 gtatttacatccacacaatcaacatgtcattatt 29296747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 38637228 - 38637005
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcac-atatgacaatgatgcatggacata-gcaaagaccaaa 99  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||||||||   |    
T  38637228 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcgatatgacgatgatgcatggacataagcaaagactcca 38637129  T
Q  100 tgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatcc 198  Q
    | |||||| || | |||  || ||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  38637128 taatgcaaactactcaacata-aacat-acaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattatcaatcatttacatcc 38637031  T
Q  199 acacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||    
T  38637030 acacaatcaatatgtcattattcaat 38637005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 15931943 - 15932176
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    ||||| |||||| |||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||| ||||| |||    
T  15931943 tgtaaaagtacacctccacttaagcaaaaatatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatgaacataagca 15932042  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| |||||||| | |||  |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15932043 aagaccaaataatgcaactactcaacatacaacaatacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacaacatttgcattatcaagcat 15932142  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15932143 ttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 15932176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 24266617 - 24266857
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||| ||||||| |||    
T  24266617 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcacggacataagca 24266716  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||  ||| ||||||    ||  |||| |   |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  24266717 aagactcaataatgcaaactactaaacaaatacatacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaactttaacaacaattgcattat 24266816  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24266817 caagtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 24266857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 26010061 - 26010286
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||| |||    
T  26010061 tgtaagagtacacctcctcttatgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 26010160  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| |||||||| | |||  |||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||          
T  26010161 aagaccaaataatgcaactactcaacatacaacaatacaatgtaaaattacacctccaattaaattgcctaacttcaacaacaattgcattatc------ 26010254  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
      | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26010255 --acatccacacaatcaacatgtcattattcaat 26010286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 17265503 - 17265729
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacat---agcaaagaccaa 98  Q
    |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   |||||||||  |    
T  17265503 tgtaagagtacacctcctcttatgaacaactatgtaaaagtacacctctttttacatttctcatatgactatgatgcatggacatacaagcaaagactca 17265602  T
Q  99 atgatgcaactccacaatttacaacaac-acagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatc 197  Q
    || ||||||   || |  || || |||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||    
T  17265603 ataatgcaaaagcatacatt-caccaacaacaatgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaattatttacgtc 17265701  T
Q  198 cacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    ||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  17265702 cacacaatcaatcaagtcataattcaat 17265729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 23227585 - 23227381
Alignment:
Q  15 ctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacata----------tgacaatgatgcatggacat-agcaaagaccaaatgat 103  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||| || |||||||||||| || ||||||| ||| ||    
T  23227585 ctcctcttatgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgactcgatatgacgataatgcatggacataagaaaagaccgaataat 23227486  T
Q  104 gcaactccacaatt----tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatcca 199  Q
    |||||| | |||||     ||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  23227485 gcaactactcaattcatacacaccaacacaatgtaaaagtacacctccagttacattgttcaactccaacaaaaattgcattatcaagtatttacatcca 23227386  T
Q  200 cacaa 204  Q
    |||||    
T  23227385 cacaa 23227381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24554156 - 24553915
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcac----------atatgacaatgatgcatggacat---ag 88  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |          ||||||| |||||||||| ||||   ||    
T  24554156 tgtaagagtacacctcctcttaca-acaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgactatgatgcatgaacatacaag 24554058  T
Q  89 caaagaccaaatgatgca----actccaca---atttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcatt 181  Q
    |||||||  ||| |||||    ||||  ||   |  |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  24554057 caaagactcaataatgcaaattactcaccatatacatacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaacaataattgcatt 24553958  T
Q  182 atcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24553957 atcaagtatttacgtccacacaagcaacatgtcattattcaat 24553915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Original strand, 7468998 - 7469104
Alignment:
Q  118 tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcatt 217  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||    
T  7468998 tacaccaacacaatgtaaaagtacacctccagttacattaatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgcccacacaatcaacatgtcatt 7469097  T
Q  218 attcaat 224  Q
    |||||||    
T  7469098 attcaat 7469104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 19333189 - 19332987
Alignment:
Q  15 ctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcac----------atatgacaatgatgcatggacat---agcaaagaccaaatg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |          ||||||| |||||||||||||||   |||||||||  |||     
T  19333189 ctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcaatatgactatgatgcatggacatacgagcaaagactcaata 19333090  T
Q  102 atgcaactccacaatttacaacaac-acagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
    ||||||   || ||  | || |||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  19333089 atgcaaaatca-aacattcaccaacaacaatgtaaaagtacacctccatttacattgatcaactttaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccac 19332991  T
Q  201 acaa 204  Q
    ||||    
T  19332990 acaa 19332987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 61
Target Start/End: Original strand, 7468862 - 7468921
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  7468862 tgtaagagtacacctcctcttacaaacaactatgtaaaagtatacctcgttttacatttc 7468921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Original strand, 25608770 - 25608860
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  25608770 tgtaaaagtacacctt---ttacattat-caacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaatcaagtcataattcaat 25608860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 165 - 224
Target Start/End: Original strand, 33171031 - 33171090
Alignment:
Q  165 tcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| | || ||||| |||||||    
T  33171031 tcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaacaatcaggtcataattcaat 33171090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 160 - 224
Target Start/End: Original strand, 24238309 - 24238374
Alignment:
Q  160 caacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  24238309 caacttcaacaacaatttcattatcaagtatttacgtccacacaatcaatcaagtcataattcaat 24238374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 70
Target Start/End: Original strand, 18032943 - 18033013
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgca---caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |   || |||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||    
T  18032943 gtaagagtacacctcctcttacgtatttcacctatgtaaaagtacacttcattttacatttttcatatgac 18033013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21224269 - 21224048
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaatg 101  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||     
T  21224269 tgtaagagtacacctcctattacgcaaaactatgtaaaagtacacctccttttacatttt-catatgataatgatgcatggacatagcaaaaaccaaata 21224171  T
Q  102 atgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccaca 201  Q
    | ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21224170 acgcaactccataacttacaacaacacaatgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttacatccaca 21224071  T
Q  202 caaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  21224070 caaccaacatgtcattattcaat 21224048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 24082726 - 24082966
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacata----------tgacaatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||          |||| |||||||||||||||| | |    
T  24082726 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatacgactcgatatgacgatgatgcatggacataagta 24082825  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||| ||| ||||||    ||| |||  |   | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24082826 aagacccaataatgcaaactactcaacatatacatgcatcaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattat 24082925  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24082926 caagtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 24082966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 221
Target Start/End: Original strand, 29912669 - 29912906
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||    
T  29912669 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagca 29912768  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||  ||| ||||||    ||| |||  |   |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29912769 aagactcaataatgcaaactactcaacatatacatacaccaacacaatgtaaaagtacacctacaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattat 29912868  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattc 221  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  29912869 caagtatttacatccacacaatcaacatgtcatcattc 29912906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 5 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5623008 - 5622775
Alignment:
Q  5 aagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacat---agcaa 91  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||   |||||    
T  5623008 aagagtacacctcctcttacaaacaattatgtaaaaatacacctccttttacatttctcatatgactcaatatgattatgatgcatggacattcgagcaa 5622909  T
Q  92 agaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    ||||  ||| |||||| || | |||  |||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5622908 agactcaataatgcaaactactcaacatacaccaacacaatgtaaaagtacatctccaattacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtat 5622809  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5622808 ttacgtccacacaatcaacatgtcattattcaat 5622775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 224
Target Start/End: Original strand, 6455292 - 6455530
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gcaa 91  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| ||||    
T  6455292 gtaagagtacacctcctcttaca-acaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgttatgactatgatgcatggacataagcaa 6455390  T
Q  92 agaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatc 184  Q
    ||||  ||| ||||||    ||| |||  |   |||| |||| || ||||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6455391 agactcaataatgcaaactactcaacatatacatacaccaacgcaatgtaagagtacacatccaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattatc 6455490  T
Q  185 aagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6455491 aagtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 6455530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26561369 - 26561133
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata---g 88  Q
    ||||| ||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           ||||||||||||||||   |    
T  26561369 tgtaaaagtacacatcctcttacaaacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcaatatgattatgatgcatggacatacaag 26561270  T
Q  89 caaagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaag 187  Q
    |||| ||  ||| |||||| || | |||  |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26561269 caaaaactcaataatgcaaactactcaacatacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaag 26561170  T
Q  188 catttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
     ||| |  ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  26561169 tattcacgtccacacaatcaacatgtcgttattcaat 26561133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14343195 - 14343102
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||| || |  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  14343195 tgtaaaagtacatctccttttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttatgtcaacacaatcaacatgtcattattcaat 14343102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33627823 - 33627730
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| || |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  33627823 tgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaaccacaattgcattatccagtatttacgtccacacagtcaacatgtcattattcaat 33627730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 75 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 18532294 - 18532161
Alignment:
Q  75 atgcatggacatagcaaagaccaaatgatgcaactccacaatttacaa----caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||||| | | ||| |||||     ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  18532294 atgcatggacatagcaaagacccaacaatgcaattactcaacttacatacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgcacaactccaaca 18532195  T
Q  171 acaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||||||||||| ||| | |||  |||||||||    
T  18532194 acaattgcattattaagtaattacgtccacacaa 18532161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 75 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 22055258 - 22055125
Alignment:
Q  75 atgcatggacatagcaaagaccaaatgatgcaactccacaatttacaa----caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||||| | | ||| |||||     ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||    
T  22055258 atgcatggacatagcaaagacccaacaatgcaattactcaacttacatacatcaacacaatgtaaaagtacacatccaattacattgcacaactccaaca 22055159  T
Q  171 acaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||||||||||||||| | |||  |||||||||    
T  22055158 acaattgcattatcaagtaattacgtccacacaa 22055125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 224
Target Start/End: Original strand, 21108292 - 21108382
Alignment:
Q  135 aaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  21108292 aaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaatcaagtcataattcaat 21108382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 70
Target Start/End: Original strand, 21108173 - 21108215
Alignment:
Q  28 caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21108173 caactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgac 21108215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 33627855 - 33627798
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatt 59  Q
    ||||||||||||  |||||||||   ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  33627855 tgtaagagtacacatcctcttacaatcaactttgtaaaagtacacctccatttacatt 33627798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1311 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold1311
Description:

Target: scaffold1311; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 355 - 578
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  355 ttgtaagagtatacctcctcttacgcaaaactatgtaaaagtacacctccgtttacatttcgcatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 454  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||     
T  455 aatgcaactctacaacttacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattactttgtaaaactccaacaacaattgcattattaaacatttacatccat 554  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  555 acaaccaacatgtcattattcaat 578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0483 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0483
Description:

Target: scaffold0483; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 5347 - 5570
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5347 ttgtaagagtagacctcctgttacgcacaactatgtaaaagtacacctctttttacatgtcacaaatgacaatgatgcatggactttgcaaagaccaaat 5446  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5447 aatgcaactccacaacttacaacaacacaatgtaacaatacacctccaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcattcatatccac 5546  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||| | ||||||||||||||    
T  5547 acaaccatcgtgtcattattcaat 5570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 29723 - 29946
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacata-gcaaagaccaaat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29723 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctcattttacatttctcatatgataatgatgcatggacataagcaaagaccaaat 29822  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     |||||| | | |||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29823 aatgcaaatactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattaccaagcatttacatccac 29922  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  29923 acaatcaacatgtcattattcaat 29946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 68119 - 68342
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacata-gcaaagaccaaat 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  68119 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgacaatgatgcatagacataagcaaagaccaaat 68218  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     |||||||| | |||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  68219 aatgcaactactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgcttaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttacgtccac 68318  T
Q  201 acaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||||||||||||| |||||    
T  68319 acaatcaacatgtcattaatcaat 68342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 255843 - 255780
Alignment:
Q  141 caccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  255843 cacctccaactacattgaagaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaa 255780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 50187 - 50393
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  50187 ttgtaagagtagacctcctgttacgcacaactatgtaaaagtacacctctttttacatgtcacaaatgacaatgatgcatggactttgcaaagaccaaat 50286  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50287 aatgcaactccacaacttacaacaacacaatgtaacaatacacctccaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcattcatatccac 50386  T
Q  201 acaacca 207  Q
    |||||||    
T  50387 acaacca 50393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 19824004 - 19823802
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaatgatgcatggacatagcaaagaccaaat 100  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19824004 ttgtaagagtacacttcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttatatttcacaaatgacaatgatacatggacatagcaaagaccaaat 19823905  T
Q  101 gatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccac 200  Q
     ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  19823904 aatgcaactctacaacttacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgtacaactccaaccacaattgcattattaagcatttacatccac 19823805  T
Q  201 aca 203  Q
    |||    
T  19823804 aca 19823802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 38763398 - 38763632
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||| |||    
T  38763398 tgtaagagtacacctcatcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacatgatatgacaatgatgcatggacataagca 38763497  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa-ctccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagca 189  Q
    |||||| ||| |||||| || | |||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38763498 aagacccaataatgcaaactactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaagca 38763597  T
Q  190 tttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  38763598 tttacatccacacaatcaacatgccattattcaat 38763632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 18275434 - 18275667
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||          ||| ||| ||||||||| | |    
T  18275434 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttccatttatcatatgactcgatatgacaataatgtatggacataagaa 18275533  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| ||| | || | |||  ||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18275534 aagaccaaataatgtacctactcaacatacgacaatacaatgtaaaagtacacctccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 18275633  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18275634 ttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 18275667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 33 - 224
Target Start/End: Original strand, 42707399 - 42707605
Alignment:
Q  33 atgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gcaaagaccaaatgatgcaactccacaattta-- 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||| ||| |||||| ||||| ||| ||| |||||||| | ||| |||      
T  42707399 atgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgactcgatatgactatgatccatagacataagcaaataccgaataatgcaactactcaacttata 42707498  T
Q  120 --caacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcatt 217  Q
      || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||    
T  42707499 tacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaatttcaacaacaattgcattatcaagtatttacatccacacaatcagcatgtcatt 42707598  T
Q  218 attcaat 224  Q
    |||||||    
T  42707599 attcaat 42707605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 2 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 7187489 - 7187273
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----aatg------atgcatggacat-agca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||     |||      |||||||||||| ||||    
T  7187489 tgtaagagtacacctcctcttacgcgcaactatgtaaaagtacatctccttttccatttcacatatgactcgatatgacgaatatgcatggacataagca 7187390  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatt----tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaa 186  Q
    |||| | ||| |||||||| | |||||     ||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||  ||||| || ||||||||||| ||||||    
T  7187389 aagaacgaataatgcaactactcaattcatacacaccaacacaatgtaaaagtacacctccagttacattgctcaactccaccaacaattgcactatcaa 7187290  T
Q  187 gcatttatatccacaca 203  Q
    | ||||| |||||||||    
T  7187289 gtatttacatccacaca 7187273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 10105609 - 10105523
Alignment:
Q  118 tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||    
T  10105609 tacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgcacaactccaacaacaattgcattatcaagtaattacgtccacacaa 10105523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Original strand, 12732897 - 12733003
Alignment:
Q  118 tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcatt 217  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||   ||||||||| |  |||||||||    
T  12732897 tacaccaacacaatgtaaaagtacacctccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcattattaagtatttgcgtccacacaatcgtcatgtcatt 12732996  T
Q  218 attcaat 224  Q
    |||||||    
T  12732997 attcaat 12733003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 204
Target Start/End: Original strand, 31114521 - 31114607
Alignment:
Q  118 tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||    
T  31114521 tacaccaacacaatgtaaaagtacacctccaattacattgcacaactccaacaacaattgcattatcaagtaattacgtccacacaa 31114607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 75 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 15676381 - 15676248
Alignment:
Q  75 atgcatggacatagcaaagaccaaatgatgcaactccacaatttacaa----caacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaaca 170  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  |||||| | | ||| |||||     ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  15676381 atgcatggacatagcaaagacccaacaatgcaaatactcaacttacatacaccaacacaatttaaaagtacacctccaattacattgcacaactccaaca 15676282  T
Q  171 acaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||||||||||||||||| | |||  |||||||||    
T  15676281 acaattgcattatcaagtaattacgtccacacaa 15676248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 142 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17213265 - 17213182
Alignment:
Q  142 accttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaata 225  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||  ||||||||    
T  17213265 accttcatttatattgaacaacttcaacaacaagtgcattatcaagtatttacatccacacaatcaacaagtcacaattcaata 17213182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 4 - 61
Target Start/End: Original strand, 12732764 - 12732821
Alignment:
Q  4 taagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttc 61  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12732764 taagagtacacctcctcttacgatcaactatgtaaaagtacaccttcttttacatttc 12732821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 135 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10115795 - 10115705
Alignment:
Q  135 aaagtacaccttcaattacattgtaca--acttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaa 223  Q
    ||||||||||| |||||||||| | ||  | ||||||| || |||||||||||||  |||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  10115795 aaagtacacctccaattacattcttcataaattcaacatcatttgcattatcaagtttttacatccacacaatcaacaagtcataattcaa 10115705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41257750 - 41257692
Alignment:
Q  165 tcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaa 223  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | || ||||| ||||||    
T  41257750 tcaaccacaattgcattatcaagtatttacatccacacaacaatcaagtcataattcaa 41257692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0047 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0047
Description:

Target: scaffold0047; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1650 - 1417
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||| | |    
T  1650 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctgcttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagta 1551  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
     ||||||||| |||||||| |  ||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1550 tagaccaaataatgcaactacttaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacctccaattaaattgctcaacttcaacaacaattgcattatcatgcat 1451  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1450 ttacatccacacaaccaacatgtcattattcaat 1417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 12055 - 12288
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||| |||    
T  12055 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 12154  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| || ||||| | |||  || ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  12155 aagaccaaataatacaactactcaacatataacaacacaatgtcaaagtacacctccaattgcattgctcaactataacaacaattgcattatcaagcat 12254  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12255 ttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 12288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 198933 - 198700
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac----------aatgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||          ||||||||||||||||| |||    
T  198933 tgtaagagtacacctcctcttacgcaaaactatgtaaaagtacatctccttttatatttctcatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 198834  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    || ||||||| |||||||| | |||  | |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  198833 aataccaaataatgcaactactcaacattcaacaatacaatgtaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattatcaaacat 198734  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  198733 ttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 198700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0031 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0031
Description:

Target: scaffold0031; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 98735 - 98502
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||  | ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||    
T  98735 tgtaagagtacacctttttttatgcataattatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagca 98636  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 190  Q
    |||||||||| |||||||| | |||  |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  98635 aagaccaaataatgcaactactcaacatacaacaacacaatgtaaaagtacacttccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaagcat 98536  T
Q  191 ttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  98535 ttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 98502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0357 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0357
Description:

Target: scaffold0357; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 6350 - 6590
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||    
T  6350 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagca 6449  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||  ||| ||||||    ||| |||  |   |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  6450 aagactcaataatgcaaactactcaacatatacatacaccaacacagtgtaaaagtacacctccaattacatttctcaacttcaacaacaattgcattat 6549  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  6550 caagaatttacatccatacaatcaacatgtcattattcaat 6590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 94; Significance: 6e-46; HSPs: 3)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 23615 - 23379
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| |||    
T  23615 tgtaagagtacacctcctctttcgcacaac-atgtaaaattacacctccttttacatttctcatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataagca 23517  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaattta----caacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaa 186  Q
    |||||||||| |||||||| | ||| |||    || ||||||| | ||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  23516 aagaccaaataatgcaactactcaacttatacacagcaacacaatctaaaagtacacctccagttacattgttcaactccaacaacaattgcattatcaa 23417  T
Q  187 gcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23416 gtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 23379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 19350 - 19114
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| | |    
T  19350 tgtaaaagtacacctcctcttacgcacaac-atgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatgtgacgatgatgcatggacataagaa 19252  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaattta----caacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaa 186  Q
    |||||| ||| |||||||| | ||| |||    || ||||||| ||||||||||||| | || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  19251 aagaccgaataatgcaactactcaacttatacacaccaacacaatgtaaaagtacacatccagttacattgttcaactccaacaacaattgcattatcaa 19152  T
Q  187 gcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19151 gtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 19114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 28926 - 28690
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgaca----------atgatgcatggacata-gca 90  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||| | |    
T  28926 tgtaaaagtacacctcctcttacgcacaac-atgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgactcgatgtgacgatgatgcatggacataagaa 28828  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaattta----caacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaa 186  Q
    |||||| ||| |||||||| | ||| |||    || ||||||| ||||||||||||| | || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  28827 aagaccgaataatgcaactactcaacttatacacaccaacacaatgtaaaagtacacatccagttacattgttcaactccaacaacaattgcattatcaa 28728  T
Q  187 gcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28727 gtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 28690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 2)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 87 - 222
Target Start/End: Original strand, 52009 - 52144
Alignment:
Q  87 agcaaagaccaaatgatgcaactccacaatttacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaa 186  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||  |||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  52009 agcaaagaccaaataatgcaactactcaacgtacaactacacaatgtaaaagtaaacctccaattacattgctcaacttcaacaacaattgcattatcaa 52108  T
Q  187 gcatttatatccacacaaccaacatgtcattattca 222  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  52109 gcatttacatccacacaatcaacatgtcattattca 52144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Original strand, 51953 - 52005
Alignment:
Q  1 ttgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttt 53  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  51953 ttgtaagagtacacctcctcttatggacaactatgtaaaagtacacctccttt 52005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0174 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 2)
Name: scaffold0174
Description:

Target: scaffold0174; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 2 - 224
Target Start/End: Original strand, 1197 - 1437
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgacaa----------tgatgcatggacata-gca 90  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |          ||||||||||||||| |||    
T  1197 tgtaagagtacacctcctctaacgcacaactatgtaaaagtaaacctccttttacatttctcatatgactagatatgacgatgatgcatggacataagca 1296  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaa----ctccacaatt---tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattat 183  Q
    |||||  ||| ||||||    ||| |||  |   |||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1297 aagactcaataatgcaaactactcaacatatacatacaccaacacaatgcaaaagtacacctccaattacattgttcaacttcaacaacaattgcattat 1396  T
Q  184 caagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  1397 caagtatttacatccacacaatcaagaagtcattattcaat 1437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0174; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 21664 - 21595
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacg-cacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||||  |||||||||  | || |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  21664 tgtaagagtacacatcctcttacatctcacctatgtaaaattacacctccttttagatttctcatatgac 21595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 82; Significance: 8e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 106187 - 105968
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacata----------tgacaatgatgcatggacat---ag 88  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||| |||||||||||||||   ||    
T  106187 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgttaaagtacacctccttttacatttcacatatgactcgatatgacgatgatgcatggacataaaag 106088  T
Q  89 caaagaccaaatgatgcaactccacaatt----tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatc 184  Q
    |||||||| ||| |||||||| | |||||     ||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  106087 caaagaccgaataatgcaactactcaattcatacacatcaacacaatgtaaaagtacacctccagttacattattcaactccaacaacatttgcattatc 105988  T
Q  185 aagcatttatatccacacaa 204  Q
    ||| ||||| ||||||||||    
T  105987 aagtatttacatccacacaa 105968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0175 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0175
Description:

Target: scaffold0175; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 2 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 6735 - 6543
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacata----------tgacaatgatgcatggacat-agca 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||| ||||    
T  6735 tgtaagagtacacctcctcttacgcacaactatgtaaaaatacacctccttttacatttcacatatgactcgatatgacaatgatgcatggacataagca 6636  T
Q  91 aagaccaaatgatgcaactccacaatt----tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcat 180  Q
    |||||| ||| |||||||| | |||||     ||| ||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  6635 aagaccgaataatgcaactactcaattcatacacaccaacacaatgtaaaagtacacttccagttacattgtacaac-tccacaacaattgcat 6543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0327 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0327
Description:

Target: scaffold0327; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3410 - 3304
Alignment:
Q  118 tacaacaacacagtgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcatt 217  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||| || |||||||||    
T  3410 tacaccaacacaatgtaaaagtacaccttcaattacattgttcaacttcaacaacaattacattatcaagtatttacgtccacacaatcatcatgtcatt 3311  T
Q  218 attcaat 224  Q
    |||||||    
T  3310 attcaat 3304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0387 (Bit Score: 62; Significance: 7e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0387
Description:

Target: scaffold0387; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 139 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2385 - 2300
Alignment:
Q  139 tacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2385 tacacctccagttacattgttcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacatccacacaatcaacatgtcattattcaat 2300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0387; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 2519 - 2451
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  2519 tgtaacagtacacctcctcttactcacaactatgtaaaagtacatctccttttaaatttctcatatgac 2451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 64041 - 63973
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  64041 tgtaagagttcacctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 63973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0253 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0253
Description:

Target: scaffold0253; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Original strand, 9967 - 10035
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9967 tgtaagagtacacctcctcttacccacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgac 10035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0253; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Original strand, 19392 - 19460
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19392 tgtaagagtacacctcctcttacccacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgac 19460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1957 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold1957
Description:

Target: scaffold1957; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 150 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1210 - 1136
Alignment:
Q  150 ttacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaacatgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1210 ttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaacatgtcattattcaat 1136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0219
Description:

Target: scaffold0219; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 25520 - 25452
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgcacaactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25520 tgtaagagtacacatcctcttatgcacaactatgtaaaattacacctccttttacatttctcatatgac 25452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 3)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Original strand, 11353 - 11447
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  11353 tgtaaaagtacacctccttttacattgatcaacttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaatcaagtcataattcaat 11447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 70
Target Start/End: Original strand, 11228 - 11270
Alignment:
Q  28 caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  11228 caactatgtaaaagtacacatccttttacatttctcatatgac 11270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 59
Target Start/End: Original strand, 11346 - 11378
Alignment:
Q  27 acaactatgtaaaagtacacctccttttacatt 59  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11346 acaacaatgtaaaagtacacctccttttacatt 11378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0205 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0205
Description:

Target: scaffold0205; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 4060 - 3989
Alignment:
Q  2 tgtaagagtacatctcctcttacgca---caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |   || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4060 tgtaagagtacacctcctcttacgtatttcacctatgtaaaagtacacatccttttacatttctcatatgac 3989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0282 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0282
Description:

Target: scaffold0282; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 3 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 20549 - 20479
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgca---caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |   || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20549 gtaagagtaaaactcctcttacgtatttcacctatgtaaaagtacacctccttttacatttctcatatgac 20479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 162 - 204
Target Start/End: Original strand, 4711 - 4753
Alignment:
Q  162 acttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  4711 acttcaacaacaattgcattatcaagtatttatgtccacacaa 4753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 131 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 10787 - 10693
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||| || |  ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  10787 tgtaaaagtacatctccttttacattgatcaacttcaacaacaattgcatcatcaagtatttacgtccacacaatcaatcaagtcataattcaat 10693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold1204
Description:

Target: scaffold1204; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 131 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 1647 - 1591
Alignment:
Q  131 tgtaaaagtacaccttcaattacattgtacaacttcaacaacaattgcattatcaag 187  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  1647 tgtaaaagtacacatccatttacattgatcaacttcaacaacaattgcaatatcaag 1591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 1759 - 1721
Alignment:
Q  32 tatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1759 tatgtaagagtacacctccttttacatttctcatatgac 1721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0333 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0333
Description:

Target: scaffold0333; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 1569 - 1499
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgca---caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatgac 70  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |   || ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  1569 gtaagagtacacctcctcttaagtatttcacctatgtaaaagtacatctccttttacatttctcatatgac 1499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 224
Target Start/End: Original strand, 9552 - 9615
Alignment:
Q  162 acttcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaaccaa-catgtcattattcaat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| || ||||| |||||||    
T  9552 acttcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaatcaatcaagtcataattcaat 9615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0317
Description:

Target: scaffold0317; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 15472 - 15406
Alignment:
Q  3 gtaagagtacatctcctcttacgca-caactatgtaaaagtacacctccttttacatttcacatatg 68  Q
    ||||||||||| ||||||||||    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  15472 gtaagagtacacctcctcttacaattcacctatgtaaaagtacacccccttttacatttctcatatg 15406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 165 - 205
Target Start/End: Original strand, 85189 - 85229
Alignment:
Q  165 tcaacaacaattgcattatcaagcatttatatccacacaac 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||    
T  85189 tcaacaacaattgcattatcaagtatttacgtccacacaac 85229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University