View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11001_low_4 (Length: 411)

Name: NF11001_low_4
Description: NF11001
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11001_low_4
NF11001_low_4
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (13-398)||(55292322-55292707)
chr3 (13-357)||(54973244-54973589)
chr3 (13-357)||(54975854-54976199)
chr3 (13-357)||(54978464-54978809)
chr3 (13-398)||(10554262-10554638)
chr3 (162-398)||(16799640-16799876)
chr3 (162-352)||(603698-603885)
chr3 (162-352)||(15010208-15010395)
chr3 (162-340)||(54046607-54046782)
chr3 (162-353)||(10989622-10989812)
chr3 (162-398)||(2035036-2035263)
chr3 (162-398)||(2038543-2038770)
chr3 (162-398)||(2042284-2042511)
chr3 (162-398)||(14038017-14038244)
chr3 (162-398)||(14041485-14041712)
chr3 (162-398)||(18958736-18958963)
chr3 (199-355)||(39230602-39230756)
chr3 (292-398)||(6805873-6805982)
chr3 (282-343)||(10834231-10834292)
chr3 (369-398)||(54973230-54973259)
chr3 (369-398)||(54975840-54975869)
chr3 (369-398)||(54978450-54978479)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (13-398)||(8522749-8523135)
chr6 (16-398)||(15686021-15686392)
chr6 (162-398)||(2287966-2288202)
chr6 (162-398)||(15539104-15539340)
chr6 (162-398)||(16829638-16829865)
chr6 (162-398)||(16812618-16812845)
chr6 (162-398)||(16102183-16102410)
chr6 (264-398)||(12595797-12595924)
chr6 (215-398)||(29492595-29492770)
chr6 (282-346)||(23838104-23838168)
chr6 (367-398)||(1590542-1590573)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (13-398)||(29325138-29325524)
chr5 (13-398)||(26495703-26496089)
chr5 (162-398)||(4397549-4397776)
chr5 (162-355)||(22758711-22758903)
chr5 (163-398)||(26361136-26361361)
chr5 (264-392)||(23693304-23693425)
chr5 (269-398)||(16256091-16256213)
chr5 (269-398)||(22589888-22590010)
chr5 (269-398)||(22593443-22593565)
chr5 (269-398)||(22596998-22597120)
chr5 (270-398)||(16259725-16259846)
chr5 (271-398)||(43121017-43121135)
chr5 (271-398)||(43124550-43124668)
chr5 (271-319)||(22880138-22880186)
chr5 (52-125)||(27869316-27869390)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (13-398)||(41791489-41791875)
chr4 (13-398)||(14698535-14698919)
chr4 (13-398)||(4170843-4171227)
chr4 (15-398)||(53387620-53387997)
chr4 (13-398)||(16278008-16278385)
chr4 (162-355)||(56115656-56115848)
chr4 (162-398)||(286930-287157)
chr4 (162-398)||(15280136-15280362)
chr4 (162-398)||(28382664-28382891)
chr4 (162-398)||(47126878-47127105)
chr4 (264-398)||(16359344-16359471)
chr4 (162-398)||(33848748-33848974)
chr4 (271-398)||(31117194-31117312)
chr4 (271-398)||(55502889-55503007)
chr4 (264-398)||(10313555-10313682)
chr4 (76-159)||(21189768-21189851)
chr4 (351-398)||(9388310-9388357)
chr4 (282-343)||(24047427-24047488)
chr4 (330-398)||(15242314-15242382)
chr4 (301-359)||(15448273-15448331)
chr4 (301-343)||(15990201-15990242)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (13-398)||(21241573-21241959)
chr2 (16-398)||(21239026-21239409)
chr2 (13-398)||(24504520-24504906)
chr2 (15-398)||(20591005-20591388)
chr2 (13-357)||(31506024-31506368)
chr2 (14-357)||(31503458-31503801)
chr2 (162-355)||(28348947-28349139)
chr2 (162-352)||(12627942-12628129)
chr2 (162-398)||(41684815-41685042)
chr2 (162-354)||(44620806-44620995)
chr2 (162-398)||(23339220-23339446)
chr2 (271-398)||(31755778-31755896)
chr2 (282-343)||(21073620-21073681)
chr2 (282-346)||(9241856-9241920)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (13-398)||(16006235-16006621)
chr7 (13-398)||(21743203-21743587)
chr7 (13-398)||(8776180-8776563)
chr7 (15-398)||(17505687-17506064)
chr7 (15-398)||(17547150-17547527)
chr7 (160-398)||(38828065-38828302)
chr7 (162-357)||(35366101-35366293)
chr7 (162-398)||(13395517-13395744)
chr7 (162-398)||(48785153-48785380)
chr7 (257-354)||(21065304-21065400)
chr7 (162-354)||(13733586-13733774)
chr7 (271-398)||(124333-124451)
chr7 (160-319)||(4993397-4993555)
chr7 (292-398)||(709467-709573)
chr7 (292-398)||(41055512-41055615)
chr7 (301-392)||(12755568-12755659)
chr7 (292-343)||(14421882-14421933)
chr7 (292-343)||(47975822-47975873)
chr7 (282-343)||(11661204-11661265)
chr7 (301-398)||(44190789-44190889)
chr7 (301-358)||(14416355-14416412)
chr7 (301-358)||(39431767-39431824)
chr7 (292-398)||(16462073-16462176)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (13-398)||(8988-9374)
scaffold0525 (162-398)||(10927-11154)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (13-398)||(45134823-45135209)
chr8 (13-398)||(6608172-6608556)
chr8 (13-357)||(7300980-7301322)
chr8 (13-163)||(21415144-21415294)
chr8 (162-355)||(363828-364020)
chr8 (162-398)||(24707859-24708087)
chr8 (162-355)||(44431901-44432093)
chr8 (162-354)||(22145439-22145628)
chr8 (162-355)||(22059443-22059633)
chr8 (271-398)||(17795238-17795356)
chr8 (271-398)||(17614759-17614879)
chr8 (162-319)||(28853862-28854018)
chr8 (162-278)||(10829505-10829619)
chr8 (369-398)||(7301307-7301336)
chr8 (301-358)||(18024576-18024633)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (13-357)||(20579321-20579668)
chr1 (160-398)||(2333021-2333258)
chr1 (162-355)||(294075-294267)
chr1 (162-398)||(20631156-20631383)
chr1 (162-398)||(37358312-37358538)
chr1 (162-398)||(36181415-36181642)
chr1 (162-340)||(24087311-24087485)
chr1 (264-354)||(14432506-14432595)
chr1 (269-398)||(22900409-22900531)
chr1 (162-398)||(45307131-45307357)
chr1 (192-319)||(296431-296558)
chr1 (282-343)||(28312446-28312507)
chr1 (292-343)||(20438131-20438182)
chr1 (301-355)||(16400803-16400857)
chr1 (369-398)||(20579307-20579336)
chr1 (369-398)||(20587000-20587029)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (13-159)||(1911-2057)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (162-355)||(8548-8740)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (163-355)||(2379-2570)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (162-355)||(137815-138007)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (163-323)||(162355-162515)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (168-354)||(134027-134209)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (264-398)||(1540-1667)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (271-398)||(33007-33125)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (271-398)||(81687-81805)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (301-355)||(8193-8247)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (282-328)||(132864-132910)
[»] scaffold0337 (1 HSPs)
scaffold0337 (282-343)||(9847-9908)
[»] scaffold0453 (1 HSPs)
scaffold0453 (304-398)||(3131-3222)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Original strand, 55292322 - 55292707
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292322 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 55292421  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292422 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 55292521  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  55292522 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 55292621  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292622 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 55292707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 54973589 - 54973244
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54973589 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54973490  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973489 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54973390  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54973389 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54973290  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54973289 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54973244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 54976199 - 54975854
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54976199 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54976100  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54976099 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54976000  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54975999 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54975900  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54975899 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54975854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 54978809 - 54978464
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54978809 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54978710  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978709 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54978610  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54978609 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54978510  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54978509 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54978464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 10554638 - 10554262
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554638 cagagaggatgtttataatgtttattgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 10554539  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10554538 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatggataa 10554439  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10554438 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 10554339  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  10554338 ggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 10554262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16799876 - 16799640
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799876 tgttgttgttgattgaatatgatttgatgttgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 16799777  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799776 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttaaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 16799677  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799676 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 16799640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 352
Target Start/End: Original strand, 603698 - 603885
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  603698 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgcaggtttatgcttaactgcattcaattagaatatataaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 603795  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 352  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  603796 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 603885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 352
Target Start/End: Original strand, 15010208 - 15010395
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| |||     
T  15010208 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgatggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttga 15010305  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 352  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  15010306 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 15010395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 54046782 - 54046607
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  54046782 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgttggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 54046685  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 340  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  54046684 gagttgtcgttctaagtaacggagtcatagtttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 54046607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 162 - 353
Target Start/End: Original strand, 10989622 - 10989812
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 260  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  10989622 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgttgatttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 10989720  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 353  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  10989721 caagttgtcgttctaagtaaaggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgtt 10989812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 2035036 - 2035263
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2035036 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2035133  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2035134 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2035226  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2035227 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 2035263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 2038543 - 2038770
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2038543 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2038640  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2038641 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2038733  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2038734 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 2038770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 2042284 - 2042511
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2042284 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2042381  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2042382 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2042474  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2042475 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 2042511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 14038244 - 14038017
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  14038244 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14038147  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14038146 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14038054  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14038053 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 14038017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 14041712 - 14041485
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  14041712 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14041615  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14041614 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14041522  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14041521 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 14041485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 18958963 - 18958736
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||| | ||| |||| | ||| ||||||||||| || | ||||| |||||| |||  |||||||| | ||    
T  18958963 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgatcgctggattatacttaattgcattcaattagaatgtacaatatgttggttcgagttgtaag-tggc 18958866  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  18958865 gagttgtcgttctaagtaacgtagttataggttgttgatgttgatctagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 18958773  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18958772 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 18958736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 199 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 39230756 - 39230602
Alignment:
Q  199 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttg 298  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39230756 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 39230658  T
Q  299 gtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
     |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  39230657 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 39230602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 292 - 398
Target Start/End: Original strand, 6805873 - 6805982
Alignment:
Q  292 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt---tacctatattgtcgttgtcgtagttgagtt 388  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| |||| |||||   |  ||| ||||||||||  || | ||||||    
T  6805873 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcatagttgttgtcgtcgttgtcgttgtctacattgtcgttgatgttgctgagtt 6805972  T
Q  389 gtatgttgat 398  Q
    ||||||||||    
T  6805973 gtatgttgat 6805982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Original strand, 10834231 - 10834292
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    |||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  10834231 ggagtcttaagttgttgatgtcgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 10834292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 54973259 - 54973230
Alignment:
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973259 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 54973230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 54975869 - 54975840
Alignment:
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975869 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 54975840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 54978479 - 54978450
Alignment:
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978479 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 54978450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 8523135 - 8522749
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8523135 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 8523036  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523035 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 8522936  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8522935 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 8522836  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522835 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 8522749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Original strand, 15686021 - 15686392
Alignment:
Q  16 agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15686021 agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 15686120  T
Q  116 gtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatg 215  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15686121 gtatatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattga-----atttgctgctgattgttggtttatgcataaacg 15686215  T
Q  216 cattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  15686216 cattcaattggattatacaagatgttggtgccggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcctaggttgttgatgttgaccaagttggg 15686315  T
Q  316 gagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||      | ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15686316 gagtaagtcataagttattatgcacag------ttgttgtagttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 15686392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 2287966 - 2288202
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2287966 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 2288065  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288066 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 2288165  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288166 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 2288202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 15539340 - 15539104
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15539340 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttagtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 15539241  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
    | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15539240 aagttgtcgttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgacgaagttggggagtaagtgataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttac 15539141  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15539140 ctatgttgtcgttgtcgtagttgtgttgtatgttgat 15539104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16829865 - 16829638
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  16829865 tgttgatgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16829768  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||      ||||||||||| |    
T  16829767 tagttgtcgttataagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtgat-agttattgtgcacag------tcgttgttgttgc 16829675  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16829674 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 16829638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16812845 - 16812618
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  16812845 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgaatgttggtttatacttaactgtattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16812748  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||      |||||||| ||| |    
T  16812747 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcaca------atcgttgtcgttgc 16812655  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16812654 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttttatgatgat 16812618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16102410 - 16102183
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  16102410 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 16102313  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  16102312 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 16102220  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16102219 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 16102183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 264 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 12595924 - 12595797
Alignment:
Q  264 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 363  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  12595924 gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 12595832  T
Q  364 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  12595831 atgttgtcgttgtcgtagttgaggtgtatgctgat 12595797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 215 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 29492770 - 29492595
Alignment:
Q  215 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 314  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| | ||| ||||||||| |||   | || |||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  29492770 gcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgggttgtaag-ttgtgagatgtcgttataagtaacggagtcataagttgttgacgttgaccaagttgg 29492672  T
Q  315 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| |||| | ||| ||| ||||| |||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29492671 ggagtgagtcgt-agtcattgtgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 29492595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 23838168 - 23838104
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 346  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  23838168 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 23838104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 367 - 398
Target Start/End: Original strand, 1590542 - 1590573
Alignment:
Q  367 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1590542 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 1590573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Original strand, 29325138 - 29325524
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29325138 cagagaggatgtctgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 29325237  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325238 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 29325337  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29325338 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 29325437  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325438 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 29325524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 26496089 - 26495703
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  26496089 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactc 26495990  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495989 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 26495890  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  26495889 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagt 26495790  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495789 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 26495703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4397776 - 4397549
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  4397776 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattcgaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 4397679  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  4397678 gagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 4397586  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4397585 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 4397549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Original strand, 22758711 - 22758903
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 260  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  22758711 tgttgctattgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 22758809  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  22758810 caagttgtcgttctaagtaatggagtcaaaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 22758903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 163 - 398
Target Start/End: Original strand, 26361136 - 26361361
Alignment:
Q  163 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 262  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||      
T  26361136 gttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtg 26361232  T
Q  263 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 362  Q
     |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||| ||||||      ||    
T  26361233 agttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagttat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cc 26361325  T
Q  363 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  26361326 tatgttgtcgttgccgtagttgagttgtatgctgat 26361361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 264 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 23693425 - 23693304
Alignment:
Q  264 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 363  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  23693425 gttgtcgttctaagtaacaaagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 23693333  T
Q  364 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 392  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23693332 atattgtcgctgtcgtagttgagttgtat 23693304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 269 - 398
Target Start/End: Original strand, 16256091 - 16256213
Alignment:
Q  269 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 368  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  16256091 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 16256183  T
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16256184 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 16256213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 269 - 398
Target Start/End: Original strand, 22589888 - 22590010
Alignment:
Q  269 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 368  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22589888 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22589980  T
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22589981 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 22590010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 269 - 398
Target Start/End: Original strand, 22593443 - 22593565
Alignment:
Q  269 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 368  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22593443 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22593535  T
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22593536 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 22593565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 269 - 398
Target Start/End: Original strand, 22596998 - 22597120
Alignment:
Q  269 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 368  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22596998 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22597090  T
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22597091 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 22597120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 270 - 398
Target Start/End: Original strand, 16259725 - 16259846
Alignment:
Q  270 gttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattg 369  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| |||    
T  16259725 gttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttg 16259817  T
Q  370 tcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16259818 tcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 16259846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 43121135 - 43121017
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  43121135 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 43121045  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||    
T  43121044 tgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 43121017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 43124668 - 43124550
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  43124668 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 43124578  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||    
T  43124577 tgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 43124550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 271 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 22880186 - 22880138
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 319  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22880186 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 22880138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 125
Target Start/End: Original strand, 27869316 - 27869390
Alignment:
Q  52 gttgatgaa-caaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatg 125  Q
    ||||||||| |||| | ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  27869316 gttgatgaatcaaaagtggaaataattatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 41791875 - 41791489
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41791875 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 41791776  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791775 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 41791676  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  41791675 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaggt 41791576  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791575 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 41791489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 14698919 - 14698535
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698919 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 14698821  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  14698820 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 14698721  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14698720 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 14698621  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14698620 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 14698535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4171227 - 4170843
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4171227 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctactt 4171129  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  4171128 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 4171029  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4171028 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 4170929  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4170928 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 4170843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Original strand, 53387620 - 53387997
Alignment:
Q  15 gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387620 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 53387719  T
Q  115 tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 214  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||    
T  53387720 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatgcat 53387819  T
Q  215 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||    
T  53387820 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagaggatgttgatgttggccaagttgg 53387919  T
Q  315 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387920 ggagtgagtcataagttattatgcacagtcgatgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 53387997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Original strand, 16278008 - 16278385
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16278008 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctactt 16278107  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  16278108 gttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 16278207  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16278208 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 16278307  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||| ||   | |||||||||||| ||     |||||||| ||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  16278308 tggggagtgag---tgagttattatgca-ag-----atcgttgtcgttgcctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatgctgat 16278385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Original strand, 56115656 - 56115848
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 260  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  56115656 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 56115754  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  56115755 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 56115848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 287157 - 286930
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  287157 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 287060  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  287059 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 286967  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  286966 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 286930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 15280136 - 15280362
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  15280136 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 15280232  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  15280233 gagttgtcgttataagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 15280325  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15280326 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 15280362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 28382891 - 28382664
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  28382891 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 28382794  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  28382793 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 28382701  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28382700 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 28382664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 47126878 - 47127105
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  47126878 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 47126975  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  47126976 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggagagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 47127068  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47127069 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 47127105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 264 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16359471 - 16359344
Alignment:
Q  264 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 363  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |||    
T  16359471 gttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cct 16359379  T
Q  364 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16359378 atgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 16359344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 33848974 - 33848748
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||    
T  33848974 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggc 33848877  T
Q  262 acgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 360  Q
      |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  33848876 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 33848786  T
Q  361 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  33848785 cctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 33848748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Original strand, 31117194 - 31117312
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  31117194 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 31117284  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     |||||||||||||||||||||||||||    
T  31117285 tgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 31117312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Original strand, 55502889 - 55503007
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  55502889 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 55502979  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||    
T  55502980 tgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 55503007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 264 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 10313682 - 10313555
Alignment:
Q  264 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 363  Q
    |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||| |      ||||||||||| |||    
T  10313682 gttgtcgttctaagcaacgaagtcataggttgttgatgttgaccaagttgaggagtgagtcat-agttattatacacgg------tcgttgttgttgcct 10313590  T
Q  364 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    || |||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  10313589 atgttgtcgctgtcgtagttgaattgtatgctgat 10313555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 76 - 159
Target Start/End: Original strand, 21189768 - 21189851
Alignment:
Q  76 ttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 159  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||||||||||||    
T  21189768 ttatatgttatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta 21189851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 351 - 398
Target Start/End: Original strand, 9388310 - 9388357
Alignment:
Q  351 gttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9388310 gttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 9388357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Original strand, 24047427 - 24047488
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  24047427 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 24047488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 330 - 398
Target Start/End: Original strand, 15242314 - 15242382
Alignment:
Q  330 ttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  15242314 ttatgatgcaaagttgttgtcgttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttatatgctgat 15242382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 359
Target Start/End: Original strand, 15448273 - 15448331
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 359  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | |||||||||    
T  15448273 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgttgtt 15448331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 15990242 - 15990201
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15990242 gttgaccaagttgtggagtaagtcataa-ttattatgcacagt 15990201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Original strand, 21241573 - 21241959
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21241573 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 21241672  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241673 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 21241772  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  21241773 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagt 21241872  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241873 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 21241959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Original strand, 21239026 - 21239409
Alignment:
Q  16 agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21239026 agaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgtt 21239125  T
Q  116 gtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 214  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239126 gtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 21239225  T
Q  215 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  21239226 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttgg 21239325  T
Q  315 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239326 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 21239409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 24504906 - 24504520
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24504906 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgatgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 24504807  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24504806 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 24504707  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  24504706 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagt 24504607  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24504606 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 24504520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Original strand, 20591005 - 20591388
Alignment:
Q  15 gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20591005 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgt 20591104  T
Q  115 tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 214  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20591105 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataaat 20591204  T
Q  215 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20591205 gcattcaattggattatacaagatgttggtttaggttgtaaggctgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 20591304  T
Q  315 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591305 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgaaaatgaaaaagttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 20591388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 31506368 - 31506024
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31506368 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctactt 31506269  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  31506268 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 31506169  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    |||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  31506168 atgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 31506069  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  31506068 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 31506024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 14 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 31503801 - 31503458
Alignment:
Q  14 agagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31503801 agagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttg 31503702  T
Q  114 ttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaa 213  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  31503701 ttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataca 31503602  T
Q  214 tgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttg 313  Q
    ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  31503601 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttg 31503502  T
Q  314 gggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  31503501 gggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 31503458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 28349139 - 28348947
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta-aggttg 260  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||| | ||||    
T  28349139 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtagaagttg 28349041  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  28349040 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 28348947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 352
Target Start/End: Original strand, 12627942 - 12628129
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  12627942 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaactgcattcaattagaacatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 12628039  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 352  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  12628040 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 12628129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 41684815 - 41685042
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| | ||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  41684815 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactacattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 41684912  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  41684913 gagttgtcgttctaggtaacggagtcataggttgttgacgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 41685005  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41685006 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 41685042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 162 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 44620995 - 44620806
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  44620995 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 44620898  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 354  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  44620897 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 44620806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 23339220 - 23339446
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||    
T  23339220 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggc 23339317  T
Q  262 acgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 360  Q
      |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  23339318 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 23339408  T
Q  361 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  23339409 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatgctgat 23339446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 31755896 - 31755778
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  31755896 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 31755806  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
      ||||||||||||||||||||| ||||    
T  31755805 tattgtcgtagttgagttgtatgctgat 31755778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Original strand, 21073620 - 21073681
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  21073620 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 21073681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 9241920 - 9241856
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 346  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  9241920 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 9241856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16006621 - 16006235
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16006621 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 16006522  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006521 gttgtatatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 16006422  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  16006421 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataagttgttgatgttgaccaagt 16006322  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006321 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 16006235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Original strand, 21743203 - 21743587
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743203 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 21743301  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  21743302 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 21743401  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  21743402 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 21743501  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21743502 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 21743587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 8776563 - 8776180
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  8776563 cagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactc 8776464  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776463 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 8776366  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8776365 atgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 8776266  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776265 ggggagtaagtcataagttattattcacagtcgttgtcgttgttgttgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 8776180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Original strand, 17505687 - 17506064
Alignment:
Q  15 gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505687 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 17505786  T
Q  115 tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 214  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  17505787 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacat 17505886  T
Q  215 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||    
T  17505887 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttgg 17505986  T
Q  315 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505987 ggagtgagtcataagttattctgcacagtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 17506064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 15 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 17547527 - 17547150
Alignment:
Q  15 gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547527 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 17547428  T
Q  115 tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 214  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  17547427 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacat 17547328  T
Q  215 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||    
T  17547327 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttgg 17547228  T
Q  315 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547227 ggagtgagtcataagttattctgcacagtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 17547150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 160 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 38828302 - 38828065
Alignment:
Q  160 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 259  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| | |||  ||||||| |||    
T  38828302 tatgttgctattgattgaatatgatttgttgctgactgctggtttgtgcatagctgcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgagttgtaaagtt 38828203  T
Q  260 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 359  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||| |||    
T  38828202 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccatcgttgtggttgtcgtt 38828104  T
Q  360 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     || || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38828103 gcccatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 38828065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 162 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 35366293 - 35366101
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| ||      
T  35366293 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaattgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaagttttg 35366195  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 357  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35366194 a-gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 35366101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 13395517 - 13395744
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  13395517 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 13395614  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  13395615 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 13395707  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13395708 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 13395744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 48785380 - 48785153
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  48785380 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 48785283  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  48785282 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 48785190  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48785189 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 48785153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 257 - 354
Target Start/End: Original strand, 21065304 - 21065400
Alignment:
Q  257 gttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 354  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21065304 gttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttg 21065400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 162 - 354
Target Start/End: Original strand, 13733586 - 13733774
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  13733586 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 13733682  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 354  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  13733683 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 13733774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Original strand, 124333 - 124451
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  124333 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 124423  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||    
T  124424 tgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 124451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 160 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 4993555 - 4993397
Alignment:
Q  160 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 259  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| |     
T  4993555 tatgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgatggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tg 4993458  T
Q  260 gcacgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 319  Q
    ||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4993457 gcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 4993397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 292 - 398
Target Start/End: Original strand, 709467 - 709573
Alignment:
Q  292 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 391  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  709467 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgta 709566  T
Q  392 tgttgat 398  Q
    |||||||    
T  709567 tgttgat 709573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 292 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 41055615 - 41055512
Alignment:
Q  292 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 391  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| |||   ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  41055615 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtt---gttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgatgagttgta 41055519  T
Q  392 tgttgat 398  Q
    |||||||    
T  41055518 tgttgat 41055512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 301 - 392
Target Start/End: Original strand, 12755568 - 12755659
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 392  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| || |||| |||  |||  |||||||||  || ||||||||||||    
T  12755568 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcattgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgttgagttgtat 12755659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 292 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 14421933 - 14421882
Alignment:
Q  292 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  14421933 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 14421882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 292 - 343
Target Start/End: Original strand, 47975822 - 47975873
Alignment:
Q  292 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  47975822 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 47975873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 11661265 - 11661204
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttatt-atgcacagt 343  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  11661265 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcata-gttatttatgcacagt 11661204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 398
Target Start/End: Original strand, 44190789 - 44190889
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca---gtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 397  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  44190789 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtcgttgtcgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgtatgttga 44190888  T
Q  398 t 398  Q
    |    
T  44190889 t 44190889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 358
Target Start/End: Original strand, 14416355 - 14416412
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 358  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  14416355 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 14416412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 358
Target Start/End: Original strand, 39431767 - 39431824
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 358  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  39431767 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 39431824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 292 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 16462176 - 16462073
Alignment:
Q  292 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 391  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| |||   ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  16462176 gttgttgatattgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtt---gttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgta 16462080  T
Q  392 tgttgat 398  Q
    |||||||    
T  16462079 tgttgat 16462073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 9374 - 8988
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9374 cagagaggatgttggtaaggtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 9275  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9274 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattgttatatgttgttgttgaattgaatatgattcgctgctgattgttggtttatgcata 9175  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  9174 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaactgagtcataggttgttgatgttgaccatgt 9075  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9074 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 8988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 10927 - 11154
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  10927 tgttactgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 11024  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |      |    
T  11025 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgtcg------c 11117  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11118 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 11154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Original strand, 45134823 - 45135209
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45134823 cagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 45134922  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45134923 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 45135022  T
Q  212 aatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagt 311  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45135023 aatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 45135122  T
Q  312 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45135123 tgggaagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 45135209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Original strand, 6608172 - 6608556
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608172 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaac-gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 6608270  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  6608271 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 6608370  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  6608371 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 6608470  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6608471 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttaagttgtatgctgat 6608556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Original strand, 7300980 - 7301322
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7300980 cagagaggacgtttgtaatgtttaatgacatcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 7301079  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 212  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7301080 gttgtatatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgttgattgttggtttatgcataa 7301177  T
Q  213 atgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagtt 312  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  7301178 atgcattcaattagattatacaagatgttagttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttggccaagtt 7301277  T
Q  313 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7301278 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 7301322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 163
Target Start/End: Original strand, 21415144 - 21415294
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  21415144 cagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatactt 21415243  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatg 163  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  21415244 gttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattattatatg 21415294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 364020 - 363828
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 260  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  364020 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 363922  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  363921 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 363828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Original strand, 24707859 - 24708087
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaat-atgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttg 260  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||    
T  24707859 tgttgctgttgattgaattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttcgggttgtaag-ttg 24707956  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 360  Q
       |||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |      |||||||||||     
T  24707957 tgagttgtcattataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacgg------tcgttgttgttg 24708049  T
Q  361 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24708050 cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 24708087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 44432093 - 44431901
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 260  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  44432093 tgttgttgttgattgagtatgatt-gttgctgattgatggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 44431995  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||    
T  44431994 caagttgtcgttctaaataacggagtcatatgttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacaattgttgtcgttgt 44431901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 162 - 354
Target Start/End: Original strand, 22145439 - 22145628
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  22145439 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 22145536  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 354  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  22145537 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 22145628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Original strand, 22059443 - 22059633
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||  ||||  |||  |||||||| | ||    
T  22059443 tgttgctgttgattgatcatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagattgtacaatgtgttagttcgagttgtaag-tggc 22059540  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  22059541 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 22059633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 17795356 - 17795238
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| ||||    
T  17795356 ttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgt 17795266  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    || |||||||||||||||||||||||||    
T  17795265 cgctgtcgtagttgagttgtatgttgat 17795238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 17614879 - 17614759
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||||    
T  17614879 ttctaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgt 17614787  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  17614786 cgttgtcgtagtcgagttgtatgctgat 17614759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 162 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 28854018 - 28853862
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| |||||||| || || | |||||  ||||| |||| |||||||| | ||    
T  28854018 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaattgcattcagttagaatgtacaatgtgttggttcaagttgtaag-tggc 28853921  T
Q  262 acgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 319  Q
      |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28853920 gggttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 28853862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 278
Target Start/End: Original strand, 10829505 - 10829619
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||||||| | ||  ||||| || |||||||| ||||| |||  ||||||| |||||    
T  10829505 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcataactacaaacaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgc 10829602  T
Q  262 acgttgacgttctaagt 278  Q
      |||| ||||||||||    
T  10829603 gagttgtcgttctaagt 10829619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 398
Target Start/End: Original strand, 7301307 - 7301336
Alignment:
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7301307 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 7301336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 358
Target Start/End: Original strand, 18024576 - 18024633
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 358  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  18024576 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 18024633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 13 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20579668 - 20579321
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  20579668 cagagaggatgtttgtagtgtttaatgacgtcgacttaggtcgatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactc 20579569  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattat---atgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgc 208  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||   |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579568 gttgtatatgatggttattattgttgt-gtctcgctacttattattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgc 20579470  T
Q  209 ataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgacca 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  20579469 ataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcgggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagccataggttgttgatgttggcca 20579370  T
Q  309 agttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 357  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  20579369 agttggggagtaagtcataagttactatgcacagtcgttgtcgtagttg 20579321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 160 - 398
Target Start/End: Original strand, 2333021 - 2333258
Alignment:
Q  160 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 259  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||   |||  ||||||| |||    
T  2333021 tatgttgctattgattgaatatgttttgttgctgactgctggtttgtgcataactgcattcaattagaatatacaaggtgtgagttcgagttgtaaagtt 2333120  T
Q  260 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 359  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  2333121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccgtcgttgtggttgtcgtt 2333219  T
Q  360 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     |  || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  2333220 gcacatgttgtcgttgtcgtagttaagttgtatgctgat 2333258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 294267 - 294075
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta-aggttg 260  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| |||   |||  |||||| | ||||    
T  294267 tgttgctgttaattgaatatgatt-gttgctgattgctagtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaagttcgagttgtagaagttg 294169  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  294168 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 294075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 20631383 - 20631156
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  20631383 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 20631286  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  20631285 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 20631193  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20631192 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 20631156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 37358538 - 37358312
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  37358538 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcagttagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 37358442  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  37358441 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 37358349  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37358348 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 37358312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 36181642 - 36181415
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  36181642 tgttgttgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 36181545  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 361  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  36181544 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 36181452  T
Q  362 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36181451 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 36181415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 162 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 24087485 - 24087311
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||| | ||||||| | || |  ||| |||||||||| ||| | ||||||||| || |||||||| ||||| |  || ||||||| ||||    
T  24087485 tgttgctgttgattaattatgatt-gttgatttttgctggtttatgcttaactacattcaattagaatatacaaggtgttggtcgag-ttgtaag-ttgc 24087389  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 340  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  24087388 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 24087311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 264 - 354
Target Start/End: Original strand, 14432506 - 14432595
Alignment:
Q  264 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 354  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  14432506 gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 14432595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 269 - 398
Target Start/End: Original strand, 22900409 - 22900531
Alignment:
Q  269 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 368  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22900409 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22900501  T
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22900502 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 22900531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 162 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 45307357 - 45307131
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  45307357 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 45307260  T
Q  262 acgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 360  Q
      |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  45307259 gagttgtcgtttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 45307169  T
Q  361 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  45307168 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatgctgat 45307131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 192 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 296558 - 296431
Alignment:
Q  192 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacg-ttctaagtaacggagtcata 290  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  296558 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 296460  T
Q  291 ggttgttggtgttgaccaagttggggagt 319  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  296459 ggttgttgatgttgaccaagttggggagt 296431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 28312507 - 28312446
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  28312507 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 28312446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 292 - 343
Target Start/End: Original strand, 20438131 - 20438182
Alignment:
Q  292 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  20438131 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 20438182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 16400857 - 16400803
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  16400857 gttgaccaagttgtgaagtaagtcataattatttatgcacagtcgttgtcgttgt 16400803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 20579336 - 20579307
Alignment:
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579336 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 20579307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 20587029 - 20587000
Alignment:
Q  369 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20587029 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 20587000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 2057 - 1911
Alignment:
Q  13 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 112  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  2057 cagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatactt 1958  T
Q  113 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 159  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  1957 gttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatta 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Original strand, 8548 - 8740
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 260  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  8548 tgttgttgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 8646  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  8647 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 8740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 163 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 2570 - 2379
Alignment:
Q  163 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttgc 261  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  |||||    
T  2570 gttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 2472  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  2471 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 2379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 162 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 138007 - 137815
Alignment:
Q  162 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt-aaggttg 260  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  ||||| ||  |||    
T  138007 tgttgctgttgattgagtatga-ttgttgctgattgctggtttatgtttaacttcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaatttg 137909  T
Q  261 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  137908 caagttgtcgttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 137815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 163 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 162515 - 162355
Alignment:
Q  163 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttgc 261  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  |||||    
T  162515 gttgctgttgattgattatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 162417  T
Q  262 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagt 323  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  162416 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagt 162355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 168 - 354
Target Start/End: Original strand, 134027 - 134209
Alignment:
Q  168 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttg 267  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||   ||||    
T  134027 tgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttg 134123  T
Q  268 acgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 354  Q
     |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  134124 tcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 134209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 264 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 1667 - 1540
Alignment:
Q  264 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 363  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| | || |||||| | |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  1667 gttgtcgttctaagtaacggagtcttaggtgggtgatgttgatcgagtttgggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 1575  T
Q  364 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1574 atgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 1540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 33125 - 33007
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  33125 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 33035  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||    
T  33034 tgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 33007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 271 - 398
Target Start/End: Original strand, 81687 - 81805
Alignment:
Q  271 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  81687 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 81777  T
Q  371 cgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||    
T  81778 tgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 81805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 8247 - 8193
Alignment:
Q  301 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 355  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||||    
T  8247 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgttgt 8193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 282 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 132910 - 132864
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataa 328  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  132910 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataa 132864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0337 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0337
Description:

Target: scaffold0337; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Original strand, 9847 - 9908
Alignment:
Q  282 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 343  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||||||||    
T  9847 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagt 9908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0453
Description:

Target: scaffold0453; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 304 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 3222 - 3131
Alignment:
Q  304 gaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 398  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| || |||||   |||  |||||||||  || | ||||||||||||||||    
T  3222 gaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttattgtcgttgt---ctacgttgtcgttgatgttgctgagttgtatgttgat 3131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University