View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11006_high_9 (Length: 479)

Name: NF11006_high_9
Description: NF11006
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11006_high_9
NF11006_high_9
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (21-463)||(54396009-54396451)
chr4 (51-458)||(23596755-23597162)
chr4 (45-457)||(23587897-23588309)
chr4 (346-403)||(9336356-9336413)
chr4 (256-376)||(35132129-35132249)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (54-431)||(8017586-8017963)
chr7 (42-431)||(8102285-8102674)
chr7 (14-436)||(39985259-39985681)
chr7 (209-388)||(17259902-17260081)
chr7 (209-388)||(17267600-17267779)
chr7 (256-388)||(7878108-7878240)
chr7 (256-388)||(8581361-8581493)
chr7 (351-385)||(8537700-8537734)
chr7 (339-385)||(8545297-8545343)
chr7 (256-391)||(8575984-8576119)
chr7 (256-391)||(8590296-8590431)
chr7 (341-391)||(8659021-8659071)
chr7 (346-403)||(10494839-10494896)
chr7 (346-403)||(13333833-13333890)
chr7 (256-385)||(27831250-27831379)
chr7 (288-385)||(29582248-29582345)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (262-391)||(12245787-12245916)
chr2 (256-391)||(11999066-11999200)
chr2 (256-388)||(12234351-12234482)
chr2 (256-403)||(16657892-16658039)
chr2 (318-391)||(16662429-16662502)
chr2 (330-394)||(5446218-5446282)
chr2 (282-382)||(17648442-17648542)
chr2 (255-379)||(17717061-17717185)
chr2 (21-87)||(12258721-12258787)
chr2 (288-403)||(43625058-43625173)
chr2 (180-382)||(17666982-17667184)
chr2 (288-382)||(17718358-17718452)
chr2 (339-388)||(7541887-7541936)
chr2 (339-388)||(14703069-14703118)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (228-388)||(12528165-12528325)
chr8 (262-390)||(42325181-42325309)
chr8 (255-316)||(43744549-43744610)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (339-405)||(4679015-4679081)
chr1 (268-385)||(15594698-15594815)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (342-385)||(28219582-28219625)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 54396451 - 54396009
Alignment:
Q  21 agtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396451 agtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctt 54396352  T
Q  121 tgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396351 tgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtg 54396252  T
Q  221 tctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396251 tctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttc 54396152  T
Q  321 ttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgagcggtgaaggtgatgaaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396151 ttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgagcggtgaaggtgatgaaa 54396052  T
Q  421 aggttcaagatcttctgttgcttgatgttactcctcttagttt 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54396051 aggttcaagatcttctgttgcttgatgttactcctcttagttt 54396009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 51 - 458
Target Start/End: Original strand, 23596755 - 23597162
Alignment:
Q  51 agaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaacta 150  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| || || || |||||||||||||||||||| || ||||| || ||  | || |    
T  23596755 agaactgcttgtgagagagctaagaggactctttcctctactgctcaaaccaccattgaaattgattctttgtttgagggtattgacttttacactacca 23596854  T
Q  151 ttacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtca 250  Q
    ||||  | ||  | ||||||||  | || |||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||        
T  23596855 ttactcgcgctcgttttgaagagctcaacatggatctatttaggaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagggatgctaagatggataagaacag 23596954  T
Q  251 tgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtatt 350  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||     
T  23596955 tgttgatgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatgggaaggaactttgtaagagcatc 23597054  T
Q  351 aaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgagcggtgaaggtgatgaaaaggttcaagatcttctgttgcttgatgtta 450  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |||||  |||| || || || |||||| ||||||| |||||||    
T  23597055 aaccctgatgaggctgttgcttatggcgctgcagtccaagctgctattttgagcggcgaaggcaatgagaaagtacaggatcttttgttgctggatgtta 23597154  T
Q  451 ctcctctt 458  Q
    ||||||||    
T  23597155 ctcctctt 23597162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 45 - 457
Target Start/End: Original strand, 23587897 - 23588309
Alignment:
Q  45 agattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatg 144  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||      
T  23587897 agattgagaactgcttgcgagagagctaagaggaccctttcctctactgctcaaaccaccattgaaattgattcattgtttgagggtattgacttttaca 23587996  T
Q  145 caactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataa 244  Q
    | || || ||  ||||  | ||||||||  | || |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  23587997 ctaccatcactcgggctcgttttgaagagctcaacatggatctgtttaggaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagggatgctaagatggataa 23588096  T
Q  245 gagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaag 344  Q
    ||    ||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||    
T  23588097 gaacagtgtccatgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcccaaggttcaacaacttttgcaagatttcttcaatggaaaggagctttgtaag 23588196  T
Q  345 agtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgagcggtgaaggtgatgaaaaggttcaagatcttctgttgcttg 444  Q
    || || ||||| |||||||||||||| ||||| || || || ||||| || |||||||| ||||| ||  |||| || || || |||||  ||||||| |    
T  23588197 agcatcaaccccgatgaagctgttgcatatggggcagccgtccaagctgctattttgagtggtgagggcaatgagaaagtgcaggatctgttgttgctgg 23588296  T
Q  445 atgttactcctct 457  Q
    |||||||||||||    
T  23588297 atgttactcctct 23588309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 346 - 403
Target Start/End: Original strand, 9336356 - 9336413
Alignment:
Q  346 gtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgag 403  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  9336356 gtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgag 9336413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 256 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 35132249 - 35132129
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||| |||||||||||||| || ||  | |||||||| ||||| || ||||| |||||  | || ||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  35132249 atgatgttgttcttgttggagggtcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaaaactttttcaaagggaaggagttgtgcaagagcattaaccc 35132150  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatgg 376  Q
     ||||| ||||| ||||||||    
T  35132149 cgatgaggctgtagcttatgg 35132129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 54 - 431
Target Start/End: Original strand, 8017586 - 8017963
Alignment:
Q  54 acagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaactatta 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| || || || || || ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||  | || || |    
T  8017586 acagcttgtgagagagcgaagagaactctctcttctactgcacaaactaccattgagattgattctttgtttgagggtgttgatttttacaccacaatca 8017685  T
Q  154 caagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgt 253  Q
    |  | || |||||||| ||| | || |||||| |||| || || |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| || ||||    |||    
T  8017686 cccgtgcaagatttgaggaacttaacatggatctgttcagaaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagagatgctaagatggacaagaactctgt 8017785  T
Q  254 tcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaac 353  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  8017786 tcatgatgttgttcttgttggcggttcaactagaattcccaaagttcagcaactgttgcaagatttcttcaatggtaaagagctttgcaagagtatcaac 8017885  T
Q  354 cctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgagcggtgaaggtgatgaaaaggttcaagat 431  Q
    || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||    
T  8017886 ccagacgaggctgttgcttatggtgccgctgtacaagcagcaattttgagtggtgaaggcaatgaaaaggttcaagat 8017963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 8102674 - 8102285
Alignment:
Q  42 aggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaattgattctttgtttgaaggaattgatttct 141  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||| || || || || || || ||||||||||||||||| ||  ||||||| |    
T  8102674 aggagattgagaaccgcatgtgagagagcgaagagaactctctcatcaaccgcacaaactaccattgagattgattctttgtttgagggtgttgattttt 8102575  T
Q  142 atgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattga 241  Q
    |  | || || ||  | || |||||||| ||| | || |||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||| ||    
T  8102574 acaccacaatcacccgtgccagatttgaggaacttaacatggatctgttcaggaagtgtatggagcctgttgagaagtgtttgagagatgctaagatgga 8102475  T
Q  242 taagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgc 341  Q
     |||||    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || || ||||| || ||||||||||| || ||||| |||    
T  8102474 caagagcacagttcatgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgttgcaagacttcttcaatggtaaggagctatgc 8102375  T
Q  342 aagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgagcggtgaaggtgatgaaaaggttcaagat 431  Q
    || || || ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||    
T  8102374 aaaagcatcaaccccgacgaggctgttgcttatggtgccgctgttcaagctgctatcttgagtggtgaaggaaatgagaaggttcaagat 8102285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 39985681 - 39985259
Alignment:
Q  14 ggacatcagtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttcttcaactgctcagacaacaatagaaatt 113  Q
    |||||||||||| ||  | |||||| | ||||| || || || |||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| || || ||||||    
T  39985681 ggacatcagtggcaaccccagagctcttaggaggttgaggactgcttgtgaaagagcgaagagaactctctcttctactgcccagaccaccattgaaatt 39985582  T
Q  114 gattctttgtttgaaggaattgatttctatgcaactattacaagggcgagatttgaagaattgaatatggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttg 213  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||  |  | |||||  | || |||||||| ||  | || |||||| | ||||| ||||||||||| || ||||    
T  39985581 gattctctttttgaaggaattgatttctactcccccattactcgtgcaagatttgaggagctcaacatggatctctttagaaaatgtatggagccagttg 39985482  T
Q  214 agaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgca 313  Q
    |||| ||| | || ||||| ||||| || ||||    ||| || || ||||| ||||| || || || || || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  39985481 agaaatgtttgagagatgccaagatggacaagaaaagtgtccacgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaacaacttttgca 39985382  T
Q  314 ggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgagcggtgaaggt 413  Q
     |||||||| || || || ||||| |||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| ||     
T  39985381 agatttctttaacggaaaggagctatgcaagagcataaatcctgatgaggctgttgcatatggtgctgctgttcaggctgctatcttgagtggtgagggc 39985282  T
Q  414 gatgaaaaggttcaagatcttct 436  Q
     |||| |||||||| ||||||||    
T  39985281 aatgagaaggttcaggatcttct 39985259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 209 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 17260081 - 17259902
Alignment:
Q  209 tgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagctt 308  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||     || |||| ||||| ||||||||||||||  | |||||||| ||||| || || ||     
T  17260081 tgttgagaagtgtcttagtgatggtaagattgacaagagcagaattgatgatgttgtccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaacta 17259982  T
Q  309 ttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttca 388  Q
    ||||||||||||||||| || || ||  | |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17259981 ttgcaggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttca 17259902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 209 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 17267779 - 17267600
Alignment:
Q  209 tgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagctt 308  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    ||| |||| ||||| ||||||||||| ||  | |||||||| ||||| || || ||     
T  17267779 tgttgagaagtgtcttagtgatgctaagattgacaagagcagagttgatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattccgaaagtgcagcaacta 17267680  T
Q  309 ttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttca 388  Q
    |||||| | |||||||| ||||| ||  | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17267679 ttgcagaacttcttcaaggggaaggaattatgcaaaagtatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttca 17267600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 256 - 388
Target Start/End: Original strand, 7878108 - 7878240
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||  ||||| || ||||| |||||||| || || || ||||| ||  ||||||  || || |||||    
T  7878108 atgatgttgtacttgttggtggatcatctaggattctcaaagtgcagcagctattgcaggacttttttaaggggaaggatatttgcagtagcatcaaccc 7878207  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttca 388  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7878208 ggatgaagctgttgcttatggtgcagctgttca 7878240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8581493 - 8581361
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||  | |||||||| |||||   |||||| || ||||| || ||| | ||||| ||  | |||||||| || |||||    
T  8581493 atgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagtttttccaggggaaggaattatgcaagagcatcaaccc 8581394  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttca 388  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8581393 tgatgaggctgttgcttatggtgctgctattca 8581361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 351 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 8537734 - 8537700
Alignment:
Q  351 aaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgt 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8537734 aaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgt 8537700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 339 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 8545343 - 8545297
Alignment:
Q  339 tgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgt 385  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  8545343 tgcaagagcattaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgt 8545297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 8576119 - 8575984
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||  | |||||||| |||||   |||||| || |||||  | ||||| ||||| ||  | || ||||| || |||||    
T  8576119 atgatgttgtccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggaggttttcaaggggaaggaattatgtaagagcatcaaccc 8576020  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagc 391  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  8576019 tgatgaggctgttgcttatggtgctgttgtccaagc 8575984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 8590431 - 8590296
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||  | |||||||| ||||| || ||||| ||||| || || || |  ||||| || |||| ||| || || || ||    
T  8590431 atgatgttgtacttgttggtggttcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaagacttttttatggggaaggatctttacaatagcatcaatcc 8590332  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagc 391  Q
     ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8590331 agatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagc 8590296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 341 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 8659071 - 8659021
Alignment:
Q  341 caagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagc 391  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  8659071 caagagtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctcttcaagc 8659021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 403
Target Start/End: Original strand, 10494839 - 10494896
Alignment:
Q  346 gtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgag 403  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||    
T  10494839 gtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgag 10494896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 403
Target Start/End: Original strand, 13333833 - 13333890
Alignment:
Q  346 gtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgag 403  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||    
T  13333833 gtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgag 13333890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 385
Target Start/End: Original strand, 27831250 - 27831379
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| || ||||| |||  ||| || ||||| || || ||  | |||||||| || || ||    
T  27831250 atgatgttgtccttgttggtggctcttcaaggattcccaaagtgcagcagctattggcggactttttcaagggaaaggatttgtgcaagagcatcaatcc 27831349  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgt 385  Q
    |||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  27831350 tgatgaggctgttgcttttggtgcagctgt 27831379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 385
Target Start/End: Original strand, 29582248 - 29582345
Alignment:
Q  288 attccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgt 385  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||  | |||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  29582248 attcccaaagtgcatcagctattgcaagaatttttcaaggggaaggatttgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgt 29582345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 262 - 391
Target Start/End: Original strand, 12245787 - 12245916
Alignment:
Q  262 ttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatga 361  Q
    |||| ||||||||||||||  | |||||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||  | |||||||| ||||||||||| ||    
T  12245787 ttgtacttgttggtggatcttctaggattcccaaagtccaacagctattacaggactttttcaacgggaaggaattgtgcaagagcattaaccctgacga 12245886  T
Q  362 agctgttgcttatggtgctgctgttcaagc 391  Q
     |||||||||||||| || |||||||||||    
T  12245887 ggctgttgcttatggggcagctgttcaagc 12245916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 256 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 11999200 - 11999066
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||  | ||||| ||||| || |||||||| || || || || ||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  11999200 atgatgttgtacttgttggtggatcttctaggatcccaaa-gtccaacagctattacatgactttttcaacgggaaggagttgtgcaagagcattaaccc 11999102  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagc 391  Q
    |||||| ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  11999101 tgatgaggctgtagcttatggggcagctgttcaagc 11999066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 256 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 12234482 - 12234351
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||||||||| ||| |||| || ||  | |||||||| ||||| || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  12234482 atgaagttgtccttattggcgggtcctctaggattcccaaagtgcagcaactattgcaggattttttcaaggggaaggagctgtgcaagagtattaaccc 12234383  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttca 388  Q
    ||| || || ||||||||||  || ||||||||    
T  12234382 tga-gaggcggttgcttatgaggcagctgttca 12234351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 403
Target Start/End: Original strand, 16657892 - 16658039
Alignment:
Q  256 atgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccc 355  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||| ||  | || ||||| || || ||||| || || ||  | ||||| ||||| |||||    
T  16657892 atgacgttgttcttgtgggtggctcatctaggattcccaaagtgcaggatctattgcaagactttttcaagggcaaggatttatgcaaaagtatcaaccc 16657991  T
Q  356 tgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgag 403  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  16657992 ggatgaagctgttgcttacggtgcagctgttcaagctgctattttgag 16658039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 318 - 391
Target Start/End: Original strand, 16662429 - 16662502
Alignment:
Q  318 ttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagc 391  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||    
T  16662429 ttcttcaatgggaaggagttgtgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggggcagctgtgcaagc 16662502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 394
Target Start/End: Original strand, 5446218 - 5446282
Alignment:
Q  330 aaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagc 394  Q
    ||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  5446218 aaagagccttgcaaaagcattaatcctgatgaagctgtggcttatggcgccgctgttcaagcagc 5446282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 382
Target Start/End: Original strand, 17648442 - 17648542
Alignment:
Q  282 acaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctg 381  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||  | || || ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||    
T  17648442 acaagaattccaaaggttcaacaactattgcaggatttctttgacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctg 17648541  T
Q  382 c 382  Q
    |    
T  17648542 c 17648542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 255 - 379
Target Start/End: Original strand, 17717061 - 17717185
Alignment:
Q  255 catgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaacc 354  Q
    ||||| ||||| ||||| || || || || || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||  | || ||||| |||||||| ||||| |    
T  17717061 catgatgttgtccttgtaggaggttctaccagaattccaaaggttcaacaactattgcaggatttctttaacagaaaggagctatgcaagagcattaatc 17717160  T
Q  355 ctgatgaagctgttgcttatggtgc 379  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||    
T  17717161 ccgatgaggctgttgcatatggtgc 17717185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 87
Target Start/End: Original strand, 12258721 - 12258787
Alignment:
Q  21 agtggtaatgcaagagctttgaggagattaagaacagcttgtgagagagctaagagaacactttctt 87  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || || ||| |||||||||    
T  12258721 agtggaaatccaagagctttgaggagattgaaaacagcttgtgagagtgcaaaaagatcactttctt 12258787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 43625173 - 43625058
Alignment:
Q  288 attccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttc 387  Q
    |||||||||||  ||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||    ||| | || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  43625173 attccaaaagtaaaacagctgttgcaggagtttttcaaggggaaggaatcatgcgaaagcataaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtcc 43625074  T
Q  388 aagcagcgattttgag 403  Q
    | || || ||||||||    
T  43625073 aggctgctattttgag 43625058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 180 - 382
Target Start/End: Original strand, 17666982 - 17667184
Alignment:
Q  180 atggatttgtttaggaaatgtatggaacctgttgagaagtgtctaagggatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggat 279  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |  |||||||| ||| | ||  |||||||||| || || ||   ||| ||||| ||||| ||||| || || |    
T  17666982 atggatctctttaggaaatgtatggagcaagttgagaaatgtttgagaaatgctaagatggacaaaagaagtgtccatgatgttgtccttgtaggaggtt 17667081  T
Q  280 caacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgc 379  Q
    | || || |||||||| ||||||||  | |||||||||||||| || || || ||||| ||||| || ||||| ||  | || |||||||  ||||||||    
T  17667082 ctaccagaattccaaaggttcaacaattattgcaggatttctttaacggaaaggagctatgcaatagcattaatcccaacgaggctgttgtgtatggtgc 17667181  T
Q  380 tgc 382  Q
    |||    
T  17667182 tgc 17667184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 288 - 382
Target Start/End: Original strand, 17718358 - 17718452
Alignment:
Q  288 attccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgc 382  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||| |||| || || || || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||    
T  17718358 attccaaaggttcaacaactatggcaggatgtctttaacggaaaggatctatgcaagagcattaatcccgatgaggctgttgcatatggtgctgc 17718452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 339 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 7541936 - 7541887
Alignment:
Q  339 tgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttca 388  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  7541936 tgcaagagcattaatcctgatgaggctgttgcttatggggcagctgttca 7541887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 339 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 14703118 - 14703069
Alignment:
Q  339 tgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttca 388  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  14703118 tgcaacagcattaaccctgatgaagctgtagcttatggggcagctgttca 14703069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 228 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 12528325 - 12528165
Alignment:
Q  228 gatgctaagattgataagagtcatgttcatgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatg 327  Q
    ||||||||||| || ||||||  |||  ||||  |||| ||||||||||| ||  | |||||||| |||||  | ||||| |||||||| || ||||| |    
T  12528325 gatgctaagatggacaagagtagtgtagatgatattgtacttgttggtggctcgtctaggattcccaaagtgaagcagctattgcaggagtttttcaagg 12528226  T
Q  328 ggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttca 388  Q
    | || ||| | | |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12528225 gcaaggagttatacaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgccgctgttca 12528165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 390
Target Start/End: Original strand, 42325181 - 42325309
Alignment:
Q  262 ttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatga 361  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||| || ||||| |||||| |||||| |||  |||| || ||||    |||| |  | |||||||||||    
T  42325181 ttgttcttgttggtggaagcacaaggattccaaaggtacaacaacttttgaaggattactttgatggaaaggagccaaacaagggcgtcaaccctgatga 42325280  T
Q  362 agctgttgcttatggtgctgctgttcaag 390  Q
    ||| ||||| | |||||||||||| ||||    
T  42325281 agcagttgcctttggtgctgctgtgcaag 42325309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 255 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 43744610 - 43744549
Alignment:
Q  255 catgaagttgttcttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcagga 316  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  43744610 catgatgttgttcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtacaacaactattgcagga 43744549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 339 - 405
Target Start/End: Original strand, 4679015 - 4679081
Alignment:
Q  339 tgcaagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgttcaagcagcgattttgagcg 405  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||||||||    
T  4679015 tgcaagagtatcaacccagatgaggctgttgcttatggtgcagctatccaagctgctattttgagcg 4679081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 15594815 - 15594698
Alignment:
Q  268 ttgttggtggatcaacaaggattccaaaagttcaacagcttttgcaggatttcttcaatgggaaagagctttgcaagagtattaaccctgatgaagctgt 367  Q
    |||||||||| ||  | |||||||| ||||| ||||| || ||| ||||||| ||| | || || ||  | |||| ||| || ||||||||||| |||||    
T  15594815 ttgttggtgggtcttctaggattcccaaagtgcaacaactattgaaggattttttcgagggaaaggaattgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgt 15594716  T
Q  368 tgcttatggtgctgctgt 385  Q
    |||||||||||| |||||    
T  15594715 tgcttatggtgcagctgt 15594698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 28219625 - 28219582
Alignment:
Q  342 aagagtattaaccctgatgaagctgttgcttatggtgctgctgt 385  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28219625 aagagcattaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgt 28219582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University