View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11008_high_18 (Length: 396)

Name: NF11008_high_18
Description: NF11008
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11008_high_18
NF11008_high_18
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (22-376)||(43577871-43578227)
chr4 (22-209)||(43572981-43573169)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-376)||(42127353-42127714)
chr7 (18-208)||(42122460-42122650)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (43-376)||(15297204-15297537)
chr8 (43-376)||(15477573-15477906)
chr8 (41-212)||(15027127-15027297)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (22-212)||(20973679-20973868)
chr6 (200-262)||(27371986-27372047)
chr6 (200-262)||(27462336-27462397)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (38-213)||(1162776-1162949)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (213-253)||(28750334-28750374)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 22 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 43578227 - 43577871
Alignment:
Q  22 ttacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataa-cttgcaagtaactaaccaataactaactgct 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  | |||||||||| ||||||||||||||    
T  43578227 ttacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactatggttacttaaactcactagtaactaactaataactaactgct 43578128  T
Q  121 acagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacatccccc-t 219  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  43578127 acagctgtaatttgttaagctactaattagttacagagtgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttatcatcccccct 43578028  T
Q  220 caagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctccgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtatattagcaagttgttccttt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  43578027 caagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctctgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtatatcagcaacttgttccttt 43577928  T
Q  320 gatgatactggcaaaaaatgaatgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 376  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43577927 gatgatactggtagtaaatgaatgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 43577871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 43573169 - 43572981
Alignment:
Q  22 ttacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataa-cttgcaagtaactaaccaataactaactgct 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  | |||||||||| ||||||||||||||    
T  43573169 ttacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactatggttacttaaactcactagtaactaactaataactaactgct 43573070  T
Q  121 acagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatcttta 209  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43573069 acagctgtaatttgttaagctactaattagttacagagtgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactattttta 43572981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 42127714 - 42127353
Alignment:
Q  18 gttattacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaact 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  42127714 gttattacaattgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaattatggttacttaactcacaagtaactaaccaataattaact 42127615  T
Q  118 gctacagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacatc-cc 216  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42127614 gctacaactgttatttgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacatcccc 42127515  T
Q  217 cctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctccgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgtta--gtatattagcaagttgtt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||    
T  42127514 cctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctctgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtgtatatcagcaacttgtt 42127415  T
Q  315 cctttgatgatactggcaaaaaatgaatgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 376  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42127414 cctttaatgatactggcagtaaatgaatgatgccttcttgtactttgtatctaactacatga 42127353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 42122650 - 42122460
Alignment:
Q  18 gttattacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaact 117  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  42122650 gttattacaattgagttactcatgtgtatatatagagtattctaatacactaactcaactatggttacttaactcacaagtaactaaccaataactaact 42122551  T
Q  118 gctacagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatcttt 208  Q
     ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42122550 actacaactgtaatttgttaagctactaattagtttcacaataaaacttgatactcaagcaataataaccaacttaatcttcactatcttt 42122460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 43 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 15297537 - 15297204
Alignment:
Q  43 gtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaactgctacagctgtaatctgttaagcta 142  Q
    ||||||||| | ||||||||||  |||||| |||||  ||||| |||||   || ||||||||| ||||||||||  |||| |||||||   |||   ||    
T  15297537 gtatatatacaatattctaatatgctaactgaactattgttacttaactcttaaataactaacctataactaactattacaactgtaatga-ttagttta 15297439  T
Q  143 ctaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacatccccc-tcaagctggaatagatatcaatc 241  Q
    | ||||||||||||| |||| ||||| || |||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||| | ||||    
T  15297438 caaattagttacacagtgaagcttgcagcacaagtaatattaaccaacttattcttcactaactttaacaccccccctcaagcttgaatagatgttaatc 15297339  T
Q  242 atgccaagcttgctccgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtatattagcaagttgttcctttgatgatactggcaaaaaatgaa 341  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| |  || ||||    
T  15297338 atgctaagcttgttctgaagattattgaaaggaccatgatgcaatgactttgtcaatatatcagctacttgtttctttgatgagactggtagtaagtgaa 15297239  T
Q  342 tgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 376  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||    
T  15297238 tgatgcatgcttgcacttggtctctaaccacatga 15297204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 43 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 15477906 - 15477573
Alignment:
Q  43 gtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaactgctacagctgtaatctgttaagcta 142  Q
    ||||||||| | ||||||||||  |||||| |||||  ||||| |||||   || ||||||||| ||||||||||  |||| |||||||   |||   ||    
T  15477906 gtatatatacaatattctaatatgctaactgaactattgttacttaactcttaaataactaacctataactaactattacaactgtaatga-ttagttta 15477808  T
Q  143 ctaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacatccccc-tcaagctggaatagatatcaatc 241  Q
    | ||||||||||||| |||| ||||| || |||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||| | ||||    
T  15477807 caaattagttacacagtgaagcttgcagcacaagtaatattaaccaacttattcttcactaactttaacaccccccctcaagcttgaatagatgttaatc 15477708  T
Q  242 atgccaagcttgctccgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtatattagcaagttgttcctttgatgatactggcaaaaaatgaa 341  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| |  || ||||    
T  15477707 atgctaagcttgttctgaagattattgaaaggaccatgatgcaatgactttgtcaatatatcagctacttgtttctttgatgagactggtagtaagtgaa 15477608  T
Q  342 tgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 376  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||    
T  15477607 tgatgcatgcttgcacttggtctctaaccacatga 15477573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 15027297 - 15027127
Alignment:
Q  41 atgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaactgctacagctgtaatctgttaagc 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||   |||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||   |||       
T  15027297 atgtatatatagagtattctaatatgctaactcaactatggttacttaactcttaagtaactaacctataactaactattacagctgcaat-gattagat 15027199  T
Q  141 tactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaaca 212  Q
    | | ||||||| ||||| |||| ||||| || |||| ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  15027198 tgcaaattagtcacacagtgaagcttgcagcacaagtaatagcaaccaacttatttttcactaactttaaca 15027127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 22 - 212
Target Start/End: Original strand, 20973679 - 20973868
Alignment:
Q  22 ttacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaactgcta 121  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||| |||||   |||||||||||| ||||||||||  ||    
T  20973679 ttacaattgagttactcatatgtatatatagagtattctaatatgctaactcaattatggttacttaactcttaagtaactaacctataactaactatta 20973778  T
Q  122 cagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaaca 212  Q
    ||||||||||   ||| | ||| ||||||||||||| |||| ||||| || |||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  20973779 cagctgtaat-gattaggttacaaattagttacacagtgaagcttgcagcacaagtaatagcaaccaacttattcttcactaactttaaca 20973868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 27372047 - 27371986
Alignment:
Q  200 actatctttaacatccccctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctccgaaga 262  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||    
T  27372047 actagcttcaacatccccc-caagctggaatagatgtcaatcattccaagcttgtgccgaaga 27371986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 27462397 - 27462336
Alignment:
Q  200 actatctttaacatccccctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctccgaaga 262  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||    
T  27462397 actagcttcaacatccccc-caagctggaatagatgtcaatcattccaagcttgtgccgaaga 27462336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 38 - 213
Target Start/End: Original strand, 1162776 - 1162949
Alignment:
Q  38 catatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaactgctacagctgtaatctgtta 137  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||| ||||| |||||  |||||| |||||   |||    
T  1162776 catatgtatatatagagtactctaatatactaactcaactatggttacttaactcttaagtaactaactaataattaactattacagcagtaat-gatta 1162874  T
Q  138 agctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacat 213  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  1162875 agctacaaattagttacacaa-gaaacttgctgcacaagtaatagtaaccatcttattcttcactgtctttaacat 1162949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 213 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 28750374 - 28750334
Alignment:
Q  213 tccccctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttg 253  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  28750374 tccccctcaagctggaatgaatctcaatcatgccaagcttg 28750334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University