View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11008_low_4 (Length: 684)

Name: NF11008_low_4
Description: NF11008
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11008_low_4
NF11008_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-668)||(25996849-25997516)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-635)||(12557829-12558463)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 25997516 - 25996849
Alignment:
Q  1 gttgtgaaagtaatcttggattgcaagaaagacatatggaacagccaagaactgtttgagctggttgaagaatattttgaaaacagtttgcagacattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25997516 gttgtgaaagtaatcttggattgcaagaaagacatatggaacagccaagatctgtttgagctggttgaagaatattttgaaaacagtttgcaaacattgg 25997417  T
Q  101 atttctgcactgcattggagaagtgcttgaaaagagctagggatagccaattgcttattcttgttgcgattcaacggttcgaggaagaatctgaatcagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997416 atttctgcactgcattggagaagtgcttgaaaagagctagggatagccaattgcttattcttgttgcgattcaacggttcgaggaagaatctgaatcagg 25997317  T
Q  201 agacaaatgctatgcaagaacattgcaagaattgaagaattttaaaacagctggtgatcctttcactgaggaatttttccaaatttttcaatctgtttat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997316 agacaaatgctatgcaagaacattgcaagaattgaagaattttaaaacagctggtgatcctttcactgaggaatttttccaaatttttcaatctgtttat 25997217  T
Q  301 aagcaacagacttcaatgcttgaaaagcttcaaatcagaaagaacaagcttgataagaagctgaaaggaattcattcatggaggaaagtttcaagtatga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997216 aagcaacagacttcaatgcttgaaaagcttcaaatcagaaagaacaagcttgataagaagctgaaaggaattcattcatggaggaaagtttcaagtatga 25997117  T
Q  401 tatttgtagcaacatttgcagctgttttaatatgttctgttgtggctgcagctattgcagctccacctgttgctgcggctttagcagccgctacatcgat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997116 tatttgtagcaacatttgcagctgttttaatatgttctgttgtggctgcagctattgcagctccacctgttgctgcggctttagcagccgctacatcgat 25997017  T
Q  501 ccctatcggttcgatgggaaaatggattgattcactttggagaaactatgaaattgcattgaaaggacagaaagaagttattggctcaatgcaagctggt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997016 ccctatcggttcgatgggaaaatggattgattcactttggagaaactatgaaattgcattgaaaggacagaaagaagttattggctcaatgcaagctggt 25996917  T
Q  601 acttatgtagctattaaggatttggacaatatccgcgtacttatcgaccggcttgaaatcgaggttga 668  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25996916 acttatgtagccatcaaggatttggacaacatccgcgtgcttatcgatcggcttgaaatcgaggttga 25996849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 68; Significance: 5e-30; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 12558463 - 12557829
Alignment:
Q  1 gttgtgaaagtaatcttggattgcaagaaagacatatggaacagccaagaactgtttgagctggttgaagaatattttgaaaacagtttgcagacattgg 100  Q
    |||||||| |||||||| || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| || || ||| ||||  | |    
T  12558463 gttgtgaaggtaatcttagactgtaagaaagatatatggaagagtcaagaactgtttgagcttgttgaggagtactttgataatagcttgaagactctag 12558364  T
Q  101 atttctgcactgcattggagaagtgcttgaaaagagctagggatagccaattgcttattcttgttgcgattcaacggttcgaggaagaatctgaatcagg 200  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||  |||||  ||| || || ||| |||  || ||    
T  12558363 atttctgcaatgctttagagaagtgtctgaagagagccagggatagtcaattgcttattgatgtagctcttcaaaagtttgatgaggaaactgtgtcggg 12558264  T
Q  201 agacaaatgctatgcaagaacattgcaagaattgaagaattttaaaacagctggtgatcctttcactgaggaatttttccaaatttttcaatctgtttat 300  Q
    |||||| ||||| |  |  || || || ||  |||||| ||||||  | |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  12558263 agacaattgctacgtgaagacgttacaggagctgaagagttttaaggctgtcggtgatcctttcactgaagaattcttccaaatatatcaatctgtttat 12558164  T
Q  301 aagcaacagacttc-aatgcttgaaaagcttcaaatcagaaagaacaagcttgataagaagctgaaaggaattcattcatggaggaaagtttcaagtatg 399  Q
    || || || | | |  |||||||| ||  |  || |||||||   ||||||||| ||||| || |||  ||| | |   |||||||| || ||   |||     
T  12558163 aatcagca-agtactcatgcttgagaaattgaaactcagaaaaggcaagcttgacaagaaactaaaacaaatccgtatttggaggaaggtgtcgtttatc 12558065  T
Q  400 atatttgtagcaacatttgcagctgttttaatatgttctgttgtggctgcagctattgcagctccacctgttgctgcggctttagcagccgctacatcga 499  Q
    ||||||||||| ||| ||||  ||||||| || || || ||||| || |||||| ||||  |||||| |||||| || ||| |||| || | |||  | |    
T  12558064 atatttgtagccacagttgcttctgttttgatctgctcagttgtagcagcagctgttgcttctccacatgttgcagctgctgtagctgctgttactgcta 12557965  T
Q  500 tccctatcggttcgatgggaaaatggattgattcactttggagaaactatgaaattgcattgaaaggacagaaagaagttattggctcaatgcaagctgg 599  Q
    |||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||  ||  |||||||||| |||||||||||| || || ||||| | |  ||||||| ||| |||    
T  12557964 tcccaattggttcaatgggaaagtggatcgactcacttatgaagaactatgaaaatgcattgaaaggtcataaggaagtaactatctcaatggaagttgg 12557865  T
Q  600 tacttatgtagctattaaggatttggacaatatccg 635  Q
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12557864 atcctatgtagctataaaggatttggacaatatccg 12557829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University