View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11009_high_19 (Length: 296)

Name: NF11009_high_19
Description: NF11009
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11009_high_19
NF11009_high_19
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (19-296)||(1668303-1668580)
chr8 (19-296)||(16659018-16659295)
chr8 (19-296)||(38520870-38521147)
chr8 (19-296)||(22015033-22015309)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (19-296)||(23217864-23218141)
chr4 (19-296)||(45144148-45144425)
chr4 (19-296)||(45152917-45153194)
chr4 (39-89)||(13740163-13740213)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (19-296)||(2338460-2338737)
chr3 (19-296)||(52893607-52893884)
chr3 (19-87)||(21239597-21239665)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-296)||(3935016-3935293)
chr2 (72-296)||(43189190-43189415)
chr2 (19-168)||(38978178-38978327)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-296)||(3174362-3174639)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 1668303 - 1668580
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
1668303 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcatagttttgatcata 1668402  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1668403 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 1668502  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1668503 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 1668580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 16659018 - 16659295
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
16659018 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcatagttttgatcata 16659117  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16659118 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 16659217  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16659218 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 16659295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 38521147 - 38520870
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||    
38521147 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaatttataattgcataacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcatagttttaatcata 38521048  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38521047 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 38520948  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38520947 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 38520870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 22015033 - 22015309
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||        |||||||||||||| ||||||    
22015033 gtaaccatatttactgtcctttgttaattgataaattcataattgcataacctttactctctttactaagatttattttttaatcatagttttaatcata 22015132  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
22015133 gcctagtgatagtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaaatcttggaggaatctactgattaattt-atgtgaaacatagtat 22015231  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
22015232 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagccaatggagtggaatggatgatgactc 22015309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 23218141 - 23217864
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||    
23218141 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcataacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcatagttttaatcata 23218042  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
23218041 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 23217942  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
23217941 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 23217864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 45144148 - 45144425
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |       ||||||||||||||| ||||||    
45144148 gtaaccatatttactgtcctctgttaattgataaattcataattgcataacatttactctctttacaaatatttttttgttaatcatagttttaatcata 45144247  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45144248 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttagttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 45144347  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
45144348 tattgatgcaggactaaattttttacatcttaaactgcttcaaattgaaatccaatggagtggaatggatgatgactc 45144425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 45152917 - 45153194
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |       ||||||||||||||| ||||||    
45152917 gtaaccatatttactgtcctctgttaattgataaattcataattgcataacatttactctctttacaaatatttttttgttaatcatagttttaatcata 45153016  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
45153017 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttaattaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 45153116  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
45153117 tattgatgcaggactaaattttttacatcttaaactgcttcaaattgaaatccaatggagtggaatggatgatgactc 45153194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 39 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 13740213 - 13740163
Alignment:
39 ttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaaga 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
13740213 ttgttaattgataaattcataattgcataacctttactctctttacaaaga 13740163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 2338737 - 2338460
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||    
2338737 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcataacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcatagttttaatcata 2338638  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2338637 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 2338538  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2338537 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 2338460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 52893607 - 52893884
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||    
52893607 gtaaccatatttactgtcctttgttaattgataaattcataattgcataacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcatagttttaatcata 52893706  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
52893707 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttggttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 52893806  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
52893807 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagccaatggagtggaatggatgatgactc 52893884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 87
Target Start/End: Original strand, 21239597 - 21239665
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaa 87  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
21239597 gtaaccatatttactgtcctttgttaattgataaatttataattgcataacctttactctctttacaaa 21239665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 3935293 - 3935016
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||    
3935293 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcataacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcatagttttaatcata 3935194  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3935193 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaactacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 3935094  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3935093 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 3935016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 72 - 296
Target Start/End: Original strand, 43189190 - 43189415
Alignment:
72 ttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcatagcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtcttt-gtgg 170  Q
    ||||||||||||||||||       ||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
43189190 ttactctctttacaaagatttttttgttaatcatggttttaatcatagcctagtgatggtttcactttctaatgaaat-acttgtttaagtcttttgtgg 43189288  T
171 taaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtattattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaag- 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
43189289 taaattcttggaggaatctactgattaattatatgtgaagtatagtattattgatgtaggagtaaactttttacatcttaaactgctccaaattcaaagt 43189388  T
270 ctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
43189389 ttaatggagtggaatggatgatgactc 43189415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 38978327 - 38978178
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||| ||||||    
38978327 gtaaccatatttactgtcctttgttaattgataaattcataattgcataacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcgtagttttaatcata 38978228  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgt 168  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
38978227 gcctagtgatggtttcactttctaatgaaattacttggttaagtctttgt 38978178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 296
Target Start/End: Original strand, 3174362 - 3174639
Alignment:
19 gtaaccatattcactgtcctttgttaattgataaattcataattgcacaacctttactctctttacaaagannnnnnngttaatcatagttttgatcata 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||    
3174362 gtaaccatatttactgtcctttgttaattgataaattcataattgcataacctttactctctttacaaagatttttttgttaatcatagttttaatcata 3174461  T
119 gcctagttttggtttcactttctaatgaaattacttgtttaagtctttgtggtaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 218  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3174462 gcctagtgatggtttcactttctaaagaaattacttgtttaagtctttgtgttaaattcttggaggaatctactgattaattttatgtgaaatatagtat 3174561  T
219 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctccaaattgaaagctaatggagtggaatggatgatgactc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
3174562 tattgatgtaggactaaactttttacatcttaaactgctcccaattgaaagccaatggaatggaatggatgatgactc 3174639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University