View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11012_low_2 (Length: 320)

Name: NF11012_low_2
Description: NF11012
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11012_low_2
NF11012_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (34-278)||(8522758-8523002)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (29-272)||(25523231-25523474)
chr6 (34-234)||(24140485-24140685)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (39-286)||(11994583-11994830)
chr2 (39-286)||(12248099-12248346)
chr2 (80-230)||(32682155-32682311)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (34-234)||(11117798-11117998)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (39-278)||(42117392-42117631)
chr5 (42-278)||(42128537-42128773)
chr5 (39-227)||(42123140-42123328)
chr5 (20-188)||(41572300-41572468)
chr5 (20-188)||(41617939-41618107)
chr5 (30-230)||(41713797-41713997)
chr5 (30-215)||(41443996-41444181)
chr5 (30-278)||(34240757-34241005)
chr5 (30-232)||(34233030-34233232)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 34 - 278
Target Start/End: Original strand, 8522758 - 8523002
Alignment:
Q  34 gttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagcc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522758 gttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagcc 8522857  T
Q  134 ctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcaccag 233  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||    
T  8522858 ctatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatctcgccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagttgtttggaattttcactag 8522957  T
Q  234 tttcannnnnnncccttttgtcgctacaatcacagaatcatagta 278  Q
    |||||       |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8522958 tttcattttgttcccttttgtcgccacaatcacagaatcatagta 8523002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 29 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 25523474 - 25523231
Alignment:
Q  29 caccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggtt 128  Q
    |||| |||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  25523474 caccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaatatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggtt 25523375  T
Q  129 aagccctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttc 228  Q
    ||||||| ||| || ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |  |||||||||||    
T  25523374 aagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgaaaaatcaatagatacaaactttattggaattttc 25523275  T
Q  229 accagtttcannnnnnncccttttgtcgctacaatcacagaatc 272  Q
    |||| |||||       ||||||||| || ||| ||||||||||    
T  25523274 accaatttcatttgaatcccttttgttgccacagtcacagaatc 25523231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 34 - 234
Target Start/End: Original strand, 24140485 - 24140685
Alignment:
Q  34 gttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagcc 133  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24140485 gttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccgatggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatcc 24140584  T
Q  134 ctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcaccag 233  Q
    || ||| || ||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  | |||||||||||||||||    
T  24140585 ctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacatatcgatacttacaaacttttttggaattttcaccag 24140684  T
Q  234 t 234  Q
    |    
T  24140685 t 24140685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 39 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 11994830 - 11994583
Alignment:
Q  39 catatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 138  Q
    ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||     
T  11994830 catatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctata 11994731  T
Q  139 attgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcaccagtttca 238  Q
    | ||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||  | |||    
T  11994730 agtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtca 11994631  T
Q  239 nnnnnnncccttttgtcgctacaatcacagaatcatagtagggtgcaa 286  Q
           |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11994630 ttttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagtagggtgcaa 11994583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 286
Target Start/End: Original strand, 12248099 - 12248346
Alignment:
Q  39 catatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 138  Q
    ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||     
T  12248099 catatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctata 12248198  T
Q  139 attgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcaccagtttca 238  Q
    | ||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||  | |||    
T  12248199 agtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtca 12248298  T
Q  239 nnnnnnncccttttgtcgctacaatcacagaatcatagtagggtgcaa 286  Q
           ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248299 ttttgttcccttttgatgccacaatcacagaatcatagtagggtgcaa 12248346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 80 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682155
Alignment:
Q  80 ttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgatt------gaatgaagctcaccaataacgtttggaatctc 173  Q
    |||| |||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||      | ||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctc 32682212  T
Q  174 tccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcac 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||    
T  32682211 tccttcaaatctgtttcttgacaaatcaatacttacaaagtttcttggaattttcac 32682155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 34 - 234
Target Start/End: Original strand, 11117798 - 11117998
Alignment:
Q  34 gttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagcc 133  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  11117798 gttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatgaccagtaagtctgttacgggaaagattaagcc 11117897  T
Q  134 ctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcaccag 233  Q
    || ||| || ||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |  ||||||||||||||||    
T  11117898 ctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatacttactaactttattggaattttcaccag 11117997  T
Q  234 t 234  Q
    |    
T  11117998 t 11117998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 9e-61; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 39 - 278
Target Start/End: Original strand, 42117392 - 42117631
Alignment:
Q  39 catatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 138  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42117392 catatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttg 42117491  T
Q  139 attgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcaccagtttca 238  Q
    | || ||| || || |||||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  42117492 agtgcatggaggtctccaatagcatttggaatctctccctcaaatttgttttttgacaaatcaataattacaaaaatgtttggaattttcaccaatgtca 42117591  T
Q  239 nnnnnnncccttttgtcgctacaatcacagaatcatagta 278  Q
           |||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42117592 ttttgctcccttttgtcgacacaatcacagaatcatagta 42117631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 42 - 278
Target Start/End: Original strand, 42128537 - 42128773
Alignment:
Q  42 atttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgatt 141  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| | ||  | ||| |||||||||||||||| || ||||| | |    
T  42128537 atttgatgagagatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaatagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagt 42128636  T
Q  142 gaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttcaccagtttcannn 241  Q
    | |||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||        
T  42128637 gcatgaagctcaccaaaatcatttggaatatctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattacaaagatatttggaattttcaccaatgtccttt 42128736  T
Q  242 nnnncccttttgtcgctacaatcacagaatcatagta 278  Q
        |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  42128737 tgttcccttttgtcgccacaatcatagaatcatagta 42128773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 227
Target Start/End: Original strand, 42123140 - 42123328
Alignment:
Q  39 catatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 138  Q
    ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||| ||| || ||||  |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42123140 catatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaataggaccattgagtctgttatgggaaaggttaagccctatg 42123239  T
Q  139 attgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaatttt 227  Q
    | || ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  | |||||||||||    
T  42123240 agtgcatgtagctttccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacatatcaatacttacaaacttttttggaatttt 42123328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 41572468 - 41572300
Alignment:
Q  20 aaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatg 119  Q
    |||||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || |||||||||||    
T  41572468 aaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatg 41572369  T
Q  120 ggaaaggttaagccctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtt 188  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||    
T  41572368 ggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgtt 41572300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 41618107 - 41617939
Alignment:
Q  20 aaggaattgcaccagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatg 119  Q
    |||||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||  |||||| |||| || |||||||||||    
T  41618107 aaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaataggaccggtgagtctgttatg 41618008  T
Q  120 ggaaaggttaagccctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtt 188  Q
    |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||    
T  41618007 ggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgtt 41617939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 41713997 - 41713797
Alignment:
Q  30 accagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggtta 129  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||  ||||| ||||| || ||| ||||||  |||||||||    
T  41713997 accagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttatcaagtttcccatggattggggaatgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggtta 41713898  T
Q  130 agccctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttca 229  Q
    |||||| |||    ||||||||| |||||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  41713897 agccctttgagatcatgaagctctccaataacatctggaatctccccatcaaatttatttcttgaaaaatcaatacttgcaaagatttttggaattttca 41713798  T
Q  230 c 230  Q
    |    
T  41713797 c 41713797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 215
Target Start/End: Original strand, 41443996 - 41444181
Alignment:
Q  30 accagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggtta 129  Q
    |||||| | |||||||||||| |||||||  ||||| | || | |||| ||||| | |||||  |||||   ||| |||||| | || |||||||||||     
T  41443996 accagtgagcatatttgaggagagatccattgattcgatgtttatcaaatttccaaaggattgaggaatcgcaccagtaagtttattgtgggaaaggttg 41444095  T
Q  130 agccctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagat 215  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
T  41444096 agtcctatgattgcatgaagctcaccaataacatttggaatgtctccttcaaatttgtttcctgaaaaatcaatacttacaaagat 41444181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 34241005 - 34240757
Alignment:
Q  30 accagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggtta 129  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||    
T  34241005 accagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggtta 34240906  T
Q  130 agccctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttca 229  Q
    |||||| ||| ||  ||||| || || ||| | ||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||  |||||||||||     
T  34240905 agccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaacattgttggaattttcg 34240806  T
Q  230 ccagtttcannnnnnncccttttgtcgctacaatcacagaatcatagta 278  Q
     |||| |||        ||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  34240805 tcagtgtcattttgatgccttttgtcgtcacagtcacagaatcatagta 34240757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 34233232 - 34233030
Alignment:
Q  30 accagttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggtta 129  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||    
T  34233232 accagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggtta 34233133  T
Q  130 agccctatgattgaatgaagctcaccaataacgtttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaatagttacaaagatgtttggaattttca 229  Q
    |||||| ||| ||  ||||| || || ||| | ||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |  |||||||||| |    
T  34233132 agccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaagtttattggaattttta 34233033  T
Q  230 cca 232  Q
    |||    
T  34233032 cca 34233030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University