View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11014_low_3 (Length: 793)

Name: NF11014_low_3
Description: NF11014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11014_low_3
NF11014_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-775)||(56286409-56287169)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 56287169 - 56286409
Alignment:
Q  14 cacagacatacaagatttacagtttagtattagaaactacataaatacagaaactaaggaaattaattgcatgacaactattaaaactaaatagattata 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56287169 cacagacatacaagatttacagtttagtattagaaactacataa-tacagaaactaaggaaattaattgcatgacaactattaaaactaaatagattata 56287071  T
Q  114 tcctcccttaataagaaaaagtttctaacaaatgatctattttccttttcattatggcagaacttttctgcaggaacccatcaagaattacaatgcaagc 213  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56287070 tcctcccttaataggaaaaagtttctaacaaatgatctattttccttttcattatggcagaacttttctgcaggaacccatcaagaattacaatgcaagc 56286971  T
Q  214 atataaataaatcccgatagttagatactcattaaggaaatctgtgactgtaacaaaaatcacaatagataaaactggtttgtaaatttgcattgcatta 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56286970 atataaataaatcccgatagttagatactcattaaggaaatctgtgactgtaacaaaaatcacaatagataaaactggtttgtaaatttgcattgcatta 56286871  T
Q  314 gagaatattgcatctcaaattgcacaggcaattaatacacaggtcataaaccatacagcgaaaaatcataaaacatttataacaaaacaaatatatctga 413  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56286870 gagaatattgcatctcaagttgcacaggcaattactacacaggtcataaaccatacagcgaaaaatcataaaacatttataacaaaacaaatatatctga 56286771  T
Q  414 tggaaaatacatactatttttcaaacttaatgcatacctttgctcttgaagcatctcttcagcctccttttgtgatgccgtgatctaccatccaaacaag 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  56286770 tggaaaatacatactatttttcaaacttaatgcatacctttgctcttgaagcatgtcttcaacctccttttgtgatgccttgatctactatccaaacaag 56286671  T
Q  514 taataaacaagaccatgtaaaatatcattggaggatataaaattcatccaaatgattgtcaatttgtcacactaatcaaagatttggatttctgaacctc 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56286670 taataaacaagaccatgtaaaatatcattggaggatataaaattcatccaaatgattgtcaatttgtcacactaatcaaagatttggatttctgaacctc 56286571  T
Q  614 tttaattgtatggtcatgtatttttaaattatgtaaactctttaatttaatactccattcaaaaagttgagattcaaatgtgcaacaaaaacaattgaag 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56286570 tttaattgtatggtcatgtatttttaaattaggtaaactctttaatttaatactccattcaaaaagttgagattcaaatgtgcaacaaaaacaattgaag 56286471  T
Q  714 aaaggcgtatgagaagaaaacattcagaaacatcatattaatgttttacctcggccaccaat 775  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  56286470 acaggcgtatgagaagaaaacattcagaaacatcatattaatgttttacctcggtcaccaat 56286409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University