View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11014_low_4 (Length: 722)

Name: NF11014_low_4
Description: NF11014
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11014_low_4
NF11014_low_4
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (16-722)||(5552852-5553556)
chr4 (16-722)||(5852866-5853572)
chr4 (65-687)||(5539155-5539777)
chr4 (159-722)||(5570983-5571546)
chr4 (351-722)||(5583190-5583561)
chr4 (177-619)||(5564602-5565044)
chr4 (453-718)||(5559087-5559352)
chr4 (470-632)||(5605212-5605374)
chr4 (437-632)||(252287-252482)
chr4 (139-308)||(3748752-3748921)
chr4 (116-308)||(5857880-5858069)
chr4 (502-632)||(5858191-5858321)
chr4 (493-605)||(3749070-3749182)
chr4 (154-248)||(5895379-5895473)
chr4 (550-663)||(5895111-5895224)
chr4 (65-244)||(5558699-5558878)
chr4 (65-248)||(5848315-5848498)
chr4 (148-243)||(5886539-5886634)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (561-616)||(1483241-1483296)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 722
Target Start/End: Original strand, 5552852 - 5553556
Alignment:
Q  16 acatcaatgttgggaatagaaagtaaatcataatttgaagcattccaactgattgataagttgttgtatgaaagatgtagttcacttaaacttgtaaggc 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5552852 acattaatgttgggaatagaaagtaaatcataatttgaagcattccaactgattgataagttgttgtatgaaagatggagttcacttaaacttgtaaggc 5552951  T
Q  116 caaaaagttcatctaattggacggatccagtgaacttgttagaggaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5552952 caaaaagttcatctaattggacggatccagtgaacttgttagacgaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccc 5553051  T
Q  216 tgatagatgattgcttcttaattcaagggattctaatatagaggaagatatgattgtgaattcttcaagtttactgaagtggttgaatgaaagtcggata 315  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553052 tgattgatcattgcttcttaattcaagggattctaatatagaggaagatatgattgtgaattcttcaagtttactgaagtggttgaatgaaagtcggata 5553151  T
Q  316 cttttcagatacgggagtgtaaaaaggaccgatgaaatgctaccattgatagaattataactcaagtcaaggttaacaagattcagaagtccttcaacgt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553152 cttttcagatacgggagtgtaaaaaggaccgatgaaatgctaccattgatagaattataactcaagtcaaggttaacaagattcagaagtccttcaacgt 5553251  T
Q  416 gaaaagaggatgaaacctcatcacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaact 515  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5553252 gaaaagaagatgaaacctcaccacttaaactattataagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtatcggacctgtgaaact 5553351  T
Q  516 gttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataag 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  5553352 gttaaatgacaaatccaagtaacttagttctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattatattgagaattagaaagatccaat--atataag 5553449  T
Q  616 tgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatg 715  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553450 tgcctcatcttaccaatgatgtgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatg 5553549  T
Q  716 aaccatg 722  Q
    |||||||    
T  5553550 aaccatg 5553556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 5853572 - 5852866
Alignment:
Q  16 acatcaatgttgggaatagaaagtaaatcataatttgaagcattccaactgattgataagttgttgtatgaaagatgtagttcacttaaacttgtaaggc 115  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853572 acattaattttgggaatagaaagtaaatcataatttaaagcattccaactgattgataagtcgttatatgaaagatgtagttcacttaaacttgtaaggc 5853473  T
Q  116 caaaaagttcatctaattggacggatccagtgaacttgttagaggaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853472 caaaaagttcatctaattggacggatccagtgaacttgttagaggaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccc 5853373  T
Q  216 tgatagatgattgcttcttaattcaagggattctaatatagaggaagatatgattgtgaattcttcaagtttactgaagtggttgaatgaaagtcggata 315  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| || ||  | ||||||||| |||||||||||| |    
T  5853372 tgatagatcattgcttcttaaatcaagggattctaatacggaggaatatatgattgtgaattcttctagattgttaaagtggttggatgaaagtcggaga 5853273  T
Q  316 cttttcagatacgggagtgtaaaaaggaccgatgaaatgctaccattgatagaattataactcaagtcaaggttaacaagattcagaagtccttcaacgt 415  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||    
T  5853272 ctttacagatatgggagtgtaaaaaggaatgatgaaatgctaccattgatagaattaaaactcaagtcaagtttaacaagattcagcagtccttcactgt 5853173  T
Q  416 gaaaagaggatgaaacctcatcacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaact 515  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5853172 gaaaagaggatgaaacctcaccacttaaactattataagataggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtatcggacctgtgaaact 5853073  T
Q  516 gttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataag 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853072 gttaaatgacaaatccaagtaacttagttctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataag 5852973  T
Q  616 tgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccagagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatg 715  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5852972 tgcctcatcttaccaatgatgtgtggaattgctccagaaaagtttgtgaaacttacccttaaggtctggagagatccactcagctgaatttctggaaatg 5852873  T
Q  716 aaccatg 722  Q
    |||||||    
T  5852872 aaccatg 5852866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 65 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 5539777 - 5539155
Alignment:
Q  65 tgattgataagttgttgtatgaaagatgtagttcacttaaacttgtaaggccaaaaagttcatctaattggacggatccagtgaacttgttagaggaaag 164  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | |||| || ||||| || | ||    ||||| |||||||| || |   ||||| | ||| ||||| |||||||    
T  5539777 tgattgatatgttgttgtatgaaaggtctagtgcagttaaatttcttagcttcaaaagctcatctaactgcagcaatccattcaacctgttaaaggaaag 5539678  T
Q  165 atcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccctgatagatgattgcttcttaattcaagggattctaatatagaggaagat 264  Q
    ||| |||  | ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||  |  | || |||||||||     
T  5539677 atcgaggacagaaagtgaacgaagctggaagatagatgttggaaaagaccctgatagattattgctacttaaatcaagggtgttaattacagaggaagac 5539578  T
Q  265 atgattgtgaattcttcaagtttactgaagtggttgaatgaaagtcggatacttttcagatacgggagtgtaaaaaggaccgatgaaatgctaccattga 364  Q
    |   || ||||||| |||| |||||| ||  | ||| |||||||  | ||   ||  ||  ||| ||||| |||||||   || | |||||| |||||||    
T  5539577 acatttatgaattcgtcaaatttactaaaccgattggatgaaagctgaatctcttgtagcaacgtgagtgcaaaaagggatgaaggaatgctcccattga 5539478  T
Q  365 tagaattataactcaagtcaaggttaacaagattcagaagtccttcaacgtgaaaagaggatgaaacctcatcacttaaactattttaagaaaggtctat 464  Q
    | ||||||| || ||||| || | | |||||| |  | ||||||||||  ||  |||| |||| ||   || ||||||| | ||| |  ||||||||||     
T  5539477 tggaattatcacgcaagttaatgctgacaagactatgcagtccttcaaaatgggaagatgatggaatggcaccacttaagcgattatgggaaaggtctaa 5539378  T
Q  465 gtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaa 564  Q
    |||   ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || | |||| | |||||||| ||||||    
T  5539377 gtgtgcaaggttttttgccatgccaaatgatggtattggacctgtgaagctgttaaatgacaaatctatgtatctaagttctataaggtttgacaatgaa 5539278  T
Q  565 ttgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccagagaagtttgtga 664  Q
    ||||||||| |||||||||| |    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | | ||||| | ||||||||||| |||| |    
T  5539277 ttgggaagtattccattaaaattgctattagaaagatccaattcagataagtgcctcatgttaccaatggtatatggaaatgctccagagaagcttgtca 5539178  T
Q  665 aacttacccttaaggtgtggaga 687  Q
     ||||||||||||||| ||||||    
T  5539177 tacttacccttaaggtctggaga 5539155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 159 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 5571546 - 5570983
Alignment:
Q  159 ggaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccctgatagatgattgcttcttaattcaagggattctaatatagag 258  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| |  | ||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||  |  | || ||||    
T  5571546 ggaaagatcgaggacataaagtgatctgaactggaagatagatgttggaaaaggccctgatagattattgctacttaaatcaagggtgttaattacagag 5571447  T
Q  259 gaagatatgattgtgaattcttcaagtttactgaagtggttgaatgaaagtcggatacttttcagatacgggagtgtaaaaaggaccgatgaaatgctac 358  Q
    ||||| ||| || ||||||| |||| |||||| ||  ||||| |||||||  | ||      |||  | ||||||| ||||||    || | |||||| |    
T  5571446 gaagacatgtttttgaattcgtcaaatttactaaaccggttggatgaaagctgaatctccagcagtgaggggagtgcaaaaagagatgaaggaatgctcc 5571347  T
Q  359 cattgatagaattataactcaagtcaaggttaacaagattcagaagtccttcaacgtgaaaagaggatgaaacctcatcacttaaactattttaagaaag 458  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| | | |||||| |  | |||||||||| |||| ||||   || ||  ||| ||||||||| ||| | ||||||    
T  5571346 cattgatagaattatcacgcaagtcaatgctgacaagactgtgtagtccttcaaagtgagaagattttggaatttcaccacttaaacgattatgagaaag 5571247  T
Q  459 gtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaa 558  Q
    ||||| |||| |||| | ||||| ||| | ||||||||| |||||||| |  ||  | ||| |||||||||| | | | || |  ||||| ||||||||     
T  5571246 gtctaggtggataagatatttggacatgccaaatgatggcattggaccagcaaagttattagatgacaaatcaatgcatctaagctctgtaaggtttgac 5571147  T
Q  559 aatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccagagaagt 658  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    | ||||| | ||||||| |||     
T  5571146 agtgaattgggaagtgttccattaaatttacaatttaaaagatccaattcagataaatgcctcatgttaccaatagaatatggaaatgctccagaaaagc 5571047  T
Q  659 ttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatg 722  Q
    |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  5571046 ttgtgttacttacccttaaggtatggagagatccactcagcggaaattccggaaatgaaccatg 5570983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 351 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 5583561 - 5583190
Alignment:
Q  351 aatgctaccattgatagaattataactcaagtcaaggttaacaagattcagaagtccttcaacgtgaaaagaggatgaaacctcatcacttaaactattt 450  Q
    |||||| ||||||||  |||||| || ||||||||   | ||||||||  | |||||||||| ||||   || |||||||  ||| ||||||||| |||     
T  5583561 aatgctcccattgatgaaattatcacgcaagtcaacactgacaagattgtgcagtccttcaaagtgattggatgatgaaatttcaccacttaaacgatta 5583462  T
Q  451 taagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgtta 550  Q
    | |||||||| ||   || |||||||||||||||| | ||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| || | || ||| |    
T  5583461 tgagaaaggtttagacgggtaaggtttttggccatcccaaatggtggcatttgacctgtgaaactattagatgacaaatccatgtatctcagttttgtga 5583362  T
Q  551 ggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctcc 650  Q
    ||||||| | ||||  ||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||   || ||||| | ||||    
T  5583361 ggtttgacagtgaaaagggaagtgttccattaagttcacaattcgaaagatccaattcagataaatgccccatgttaccaatagagtatggaaatgctcc 5583262  T
Q  651 agagaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaaccatg 722  Q
    ||||||| |||||   |||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||| ||||  ||||||||    
T  5583261 agagaagcttgtgttccttatccttaaggtttggagagatccacccagcagaaattccggaatcgaaccatg 5583190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 177 - 619
Target Start/End: Original strand, 5564602 - 5565044
Alignment:
Q  177 aagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccctgatagatgattgcttcttaattcaagggattctaatatagaggaagatatgattgtgaat 276  Q
    ||||||||||||||| || |||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |  | ||||   |||| ||| |||||||| |||    
T  5564602 aagtgaaccaagctgaaagatagatgttggaaaaggaccagatagatgattgctgcttaaatcaagagtgtttaatgaggagggagagatgattgtaaat 5564701  T
Q  277 tcttcaagtttactgaagtggttgaatgaaagtcggatacttttcagatacgggagtgtaaaaaggaccgatgaaatgctaccattgatagaattataac 376  Q
    || || | | || |||||||||||||||||||  | ||   ||  |   || | || | ||||||| | |  | ||| || |||| ||||||||||||||    
T  5564702 tcatctactgtattgaagtggttgaatgaaagatgaatctcttgtatcgacagcagcgaaaaaaggtctgtaggaattctgccatcgatagaattataac 5564801  T
Q  377 tcaagtcaaggttaacaagattcagaagtccttcaacgtgaaaagaggatgaaacctcatcacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtt 476  Q
    | ||||||| | |  ||||||||   |||||||||| || | ||||  ||| ||  ||  ||||||||||||| |  |||||||||| |||| |||||||    
T  5564802 ttaagtcaatgatttcaagattctccagtccttcaaagttagaagataatggaatttcgccacttaaactattatctgaaaggtctaggtggataaggtt 5564901  T
Q  477 tttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgtt 576  Q
    |||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||| |  | ||| |||||||| |||||||| |||||||||    
T  5564902 tttgaccatgccaaatggtggcattggacctgtgaaactattgtttgacaaatccaagtaactgaggtgtgtgaggtttgacaatgaatttggaagtgtt 5565001  T
Q  577 ccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgcc 619  Q
    |||||||||||| || | ||||||||||||| | |||||||||    
T  5565002 ccattaaattgacaactggaaagatccaatttagataagtgcc 5565044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 453 - 718
Target Start/End: Original strand, 5559087 - 5559352
Alignment:
Q  453 agaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttagg 552  Q
    ||||||||||| |||| ||||  |||||||| | | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || | |||||| |||    
T  5559087 agaaaggtctaggtggataagacttttggccttgcaaaatgatggcattggacctgtgaagctgttaaatgacaaatctatgtatctaagttctgtaagg 5559186  T
Q  553 tttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctccag 652  Q
     |||| | |||||||||||||| |||||||| |  |  ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||  ||||||||||| |||| |    
T  5559187 attgagagtgaattgggaagtggtccattaagtgtactattagaaagatccaattcagataagttcctcatgttactaattgtgtgtggaattgctcccg 5559286  T
Q  653 agaagtttgtgaaacttacccttaaggtgtggagagatccactcagctgaatttctggaaatgaac 718  Q
    ||||| |||||  || | |||| ||||| |||| |||| ||||||   ||| ||||||||||||||    
T  5559287 agaagattgtgttacctgccctaaaggtatggatagatacactcaatggaaattctggaaatgaac 5559352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 470 - 632
Target Start/End: Original strand, 5605212 - 5605374
Alignment:
Q  470 taaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattggg 569  Q
    ||||||||||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||  || | || ||| |||||||| ||||||||||     
T  5605212 taaggtttttgaccatgccaaatggtggcattggacctgtgaaattattatttgacaaatccaagtccctgagttgtgtgaggtttgacaatgaattgga 5605311  T
Q  570 aagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaat 632  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||| ||||||||| || ||| |||||    
T  5605312 aagtgttccattaaattgacaactggaaagatacaattcagataagtgcctcaagttgccaat 5605374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 437 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 252482 - 252287
Alignment:
Q  437 cacttaaactattttaagaaaggtctatgtggttaaggtttttggccatactaaatgatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagta 536  Q
    ||||||||| ||||| | |||||| || |||| | || ||||||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||| |||||||||| ||||| | ||     
T  252482 cacttaaaccattttgaaaaaggtgtaggtgggtgagttttttggccatgccaaatgatggcaacggaccagtgaaattgttaaatgaaaaatctaggtg 252383  T
Q  537 acttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaat 632  Q
    | | | || ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||| || |||||| ||||||||| || ||| |||||    
T  252382 attgagttttgtgaggtttgacaatgaattgggaagtgtaccattaaattgacagtgagaaaggtctaattcagataagtgcctcaagttgccaat 252287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 139 - 308
Target Start/End: Original strand, 3748752 - 3748921
Alignment:
Q  139 gatccagtgaacttgttagaggaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccctgatagatgattgcttcttaatt 238  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||| |||  | |||||||    |||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||  ||| | ||||| |    
T  3748752 gatccagtgatcttgttagtggaaagatcgaggacagaaagtgacttgagctgcaagacagatattggaaaaggtcctgatagatcgttgttgcttaaat 3748851  T
Q  239 caagggattctaatatagaggaagatatgattgtgaattcttcaagtttactgaagtggttgaatgaaag 308  Q
    | ||||  |||||||  ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  3748852 ctagggtgtctaatacggaggaagaattgattgtgaattcttctagtttactaaagtggttcaatgaaag 3748921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 116 - 308
Target Start/End: Original strand, 5857880 - 5858069
Alignment:
Q  116 caaaaagttcatctaattggacggatccagtgaacttgttagaggaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccc 215  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||| || | ||||||||||| ||||| |||||   |||||||||||| ||||| |  || ||| |||||||||||||    
T  5857880 caaaaagtttatctagttggagggattcattaaacttgttagacgaaaggtcaagtgaataaagtgaaccgagctgaacaatggatattggaaaaggccc 5857979  T
Q  216 tgatagatgattgcttcttaattcaagggattctaatatagaggaagatatgattgtgaattcttcaagtttactgaagtggttgaatgaaag 308  Q
    ||||| || |||||| ||||| |||||    |  |||   |||||||| ||||||||||||||||| | | |||| || ||||||||||||||    
T  5857980 tgataaatcattgctgcttaaatcaagaatgttcaat---gaggaagacatgattgtgaattcttctaatatactaaattggttgaatgaaag 5858069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 502 - 632
Target Start/End: Original strand, 5858191 - 5858321
Alignment:
Q  502 ggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagat 601  Q
    ||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||||| |  | ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  5858191 ggaccagtgaatttgttagatgacagatccaagtaactgaggtgtgtgaggtttgacaatgaatttggaagggttccattaaattgacaaaaagaaagat 5858290  T
Q  602 ccaattcatataagtgccacatgttaccaat 632  Q
    |||||||| |||| |||| || ||| |||||    
T  5858291 ccaattcagataactgcctcaagttgccaat 5858321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 493 - 605
Target Start/End: Original strand, 3749070 - 3749182
Alignment:
Q  493 gatggtattggacctgtgaaactgttaaatgacaaatccaagtaacttaattctgttaggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaat 592  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||| |  ||| || ||||||||| | || ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||     
T  3749070 gatggcattggaccggtaaaactgttagaccacagattcaagtaactcagttgtgtgaggtttgacaatgaatttggaagtgttccattgaattgacaaa 3749169  T
Q  593 tagaaagatccaa 605  Q
     ||||||||||||    
T  3749170 aagaaagatccaa 3749182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 5895473 - 5895379
Alignment:
Q  154 ttagaggaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccctgatagatgattgcttcttaattcaagggattc 248  Q
    |||||||||||||  |||  | |||||||||  ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||    
T  5895473 ttagaggaaagatagaggaaagaaagtgaacggagctggaagatagatgttggaaaaggccctgatagattattgctacttaaatcaaggaattc 5895379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 550 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 5895224 - 5895111
Alignment:
Q  550 aggtttgaaaatgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagtgccacatgttaccaatgatgtgtggaattcctc 649  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||  | |||| | | |||||||||||||||  ||||||    ||||||||| ||| ||||||||| |  ||    
T  5895224 aggtttgacagtgaattgggaagtgttccatatagttgacagtaagaaagatccaattccaataagtttgtcatgttaccgatgttgtgtggaagtggtc 5895125  T
Q  650 cagagaagtttgtg 663  Q
    |||||||| |||||    
T  5895124 cagagaagcttgtg 5895111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 244
Target Start/End: Original strand, 5558699 - 5558878
Alignment:
Q  65 tgattgataagttgttgtatgaaagatgtagttcacttaaacttgtaaggccaaaaagttcatctaattggacggatccagtgaacttgttagaggaaag 164  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| | |||| || ||||| || ||||  | ||||||| |||||  || |  || ||| | ||| |||||||||||||    
T  5558699 tgattgatatgttgttatatgaaaggtttagtgcagttaaatttctaagctccaaaagtttatctagatgcagtgacccattcaacctgttagaggaaag 5558798  T
Q  165 atcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccctgatagatgattgcttcttaattcaaggg 244  Q
    ||| |||  | ||||||||| |||| | || |||||| |||||| || ||||| ||||| ||| || ||||| |||||||    
T  5558799 atcgaggacagaaagtgaacgaagcaggaagatagatgttggaacagaccctgctagattatttctacttaaatcaaggg 5558878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 5848498 - 5848315
Alignment:
Q  65 tgattgataagttgttgtatgaaagatgtagttcacttaaacttgtaaggccaaaaagttcatctaattggacggatccagtgaacttgttagaggaaag 164  Q
    ||||||||| |||||||||||||||   ||| ||| ||||| || ||||  | ||||| |||||||  || |  || ||| | ||| | ||||| |||||    
T  5848498 tgattgatatgttgttgtatgaaagggttaggtcagttaaatttctaagctccaaaagctcatctagctgcattgacccattcaacctattagatgaaag 5848399  T
Q  165 atcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccctgatagatgattgcttcttaattcaagggattc 248  Q
    ||| |||  | |||||||||  | ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||    
T  5848398 atcgaggaaaaaaagtgaacggaactggaagagagatgttggaaaaggccctgatagattattgctacttaaatcaaggaattc 5848315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 148 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 5886634 - 5886539
Alignment:
Q  148 aacttgttagaggaaagatcaaggcgataaagtgaaccaagctgcaatatagattttggaaaaggccctgatagatgattgcttcttaattcaagg 243  Q
    ||||||||||||||||||   |||  | ||||||||   ||||| || |||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||    
T  5886634 aacttgttagaggaaagactgaggacagaaagtgaattgagctggaagatagatgttggaaaaggccctgatatattattgctacttaaatcaagg 5886539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 561 - 616
Target Start/End: Original strand, 1483241 - 1483296
Alignment:
Q  561 tgaattgggaagtgttccattaaattgagaattagaaagatccaattcatataagt 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||| ||||||    
T  1483241 tgaattgggaagtgttccattaaattgacagtaaggaagatccaattcagataagt 1483296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University