View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11016_high_2 (Length: 645)

Name: NF11016_high_2
Description: NF11016
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11016_high_2
NF11016_high_2
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (18-627)||(13446688-13447301)
chr5 (19-627)||(13426033-13426641)
chr5 (18-627)||(13419142-13419750)
chr5 (180-622)||(13412958-13413400)
chr5 (137-462)||(13453764-13454089)
chr5 (180-627)||(13388997-13389444)
chr5 (180-627)||(13385176-13385623)
chr5 (180-469)||(13393562-13393851)
chr5 (174-479)||(13373039-13373344)
chr5 (174-479)||(13378835-13379140)
chr5 (516-625)||(13454143-13454252)
chr5 (554-627)||(13393404-13393477)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (174-482)||(47601119-47601427)
chr4 (537-625)||(47601482-47601570)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (240-479)||(28430528-28430767)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 627
Target Start/End: Original strand, 13446688 - 13447301
Alignment:
Q  18 aataatgccattcaaagtactcgttgcagcctataaaacgttgtacaatattagtttcttgatta----acattatcaatttctgaaataataaaaattc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13446688 aataatgccattcaaagtactcgttgcagcctataaaatgttgtacattattagtttcttgattaattaacattatcaatttctgaaataatgaaaattc 13446787  T
Q  114 agaaattaatcaaatgaatcatatacctgcatctgttctggatcgcggcttactagaaacgagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446788 agaaattaatcaaatgaatcatatacctgcatctgttctggatcgcggcttactagaaacgagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttt 13446887  T
Q  214 taggcgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcat 313  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13446888 taggcgacgtactaattacggtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaacaactcctatattcat 13446987  T
Q  314 accaggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446988 accaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatg 13447087  T
Q  414 cgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttgg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447088 cgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttgg 13447187  T
Q  514 tgcagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttac 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447188 tgcagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcgcaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttac 13447287  T
Q  614 tttgcttcccacct 627  Q
    ||||||||||||||    
T  13447288 tttgcttcccacct 13447301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 627
Target Start/End: Original strand, 13426033 - 13426641
Alignment:
Q  19 ataatgccattcaaagtactcgttgcagcctat-aaaacgttgtacaatattagtttcttgattaacattatcaatttctgaaataataaaaattcagaa 117  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||  ||    
T  13426033 ataataccattcaaagtacccattgcagcctattaaaacgttgtacaatattagtttcttgattaacattctcgatttctgaaataatgaaa-ttcgcaa 13426131  T
Q  118 attaatcaaatgaatcatatacctgcatctgttctggatcgcggcttactagaaacgagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttagg 217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||||    
T  13426132 atcaatcaaatgaatcatatacctgcatctgatctggatcgcggcttactagaaacgagtcagctcctaaatgttctatcgcttccttttctttgctagg 13426231  T
Q  218 cgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcatacca 317  Q
    ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13426232 cgatgtactaattactgttacattagcaccaaaagctttggcgaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaacaacgcctatattcatacca 13426331  T
Q  318 ggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaa 417  Q
    ||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13426332 ggcttgtcgagttgaaaatgacgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaacatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaa 13426431  T
Q  418 tcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgca 517  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||   ||||||||||| ||||| ||    ||||    || | || || |||    
T  13426432 tcacaaagtgctcatctgcaaccattgagtcggaataacctccatatgtgacgctgccatcacgatacttagcaccacatgtaactgtttgttgggggca 13426531  T
Q  518 gtaattctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttg 617  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13426532 gtaattctcaagatcttccgcacaattttcgcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccactcctactttgtctccaactttaaacttttctactttg 13426631  T
Q  618 cttcccacct 627  Q
    ||||| ||||    
T  13426632 cttccaacct 13426641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 627
Target Start/End: Original strand, 13419142 - 13419750
Alignment:
Q  18 aataatgccattcaaagtactcgttgcagcctataaaacgttgtacaatattagtttcttgattaacattatcaatttctgaaataataaaaattcagaa 117  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||| ||||| |  || |||| ||    
T  13419142 aataataccattcaaagtacccattgcagtctatgaaatgttgtacaatattagtttattgattaccattgccaatttctaaaatattttaa-ttcacaa 13419240  T
Q  118 attaatcaaatgaatcatatacctgcatctgttctggatcgcggcttactagaaacgagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttagg 217  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||    
T  13419241 atgaatcaaatgaatcatatacctgcatctgatcaggatcgcggcttactagaaacgagtcagctcccaagtgttctattgcttccttttctttgtgagg 13419340  T
Q  218 cgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcatacca 317  Q
    ||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  13419341 cgatgtactaattacggtcacattagcaccgaaagcttttgcaaatttcacagccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcatacca 13419440  T
Q  318 ggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaa 417  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13419441 ggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgtgattccagcgcaaagaagaggaccggcagcatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaa 13419540  T
Q  418 tcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatcacgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||| ||||  ||    ||||    ||| || | | |||    
T  13419541 tcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgacggtgccatcacgatactttgcaccacatgtgactgtaaatgttgggca 13419640  T
Q  518 gtaattctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttg 617  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13419641 gtaattctcaagatcgtcagcacaattttggcatgaacgacatgaatcaaccatgtatcccacaccaactttgtctccaactttaaacttttctactttg 13419740  T
Q  618 cttcccacct 627  Q
    ||||| ||||    
T  13419741 cttccaacct 13419750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 180 - 622
Target Start/End: Original strand, 13412958 - 13413400
Alignment:
Q  180 gctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgac 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  13412958 gctcctaagtgttctattgcttccttttctttgttaggcgatgtactaattacggtaacattagcaccgaaagctttggcaaatttcacagccatatggc 13413057  T
Q  280 caagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagagg 379  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||  | ||||||||| ||||||||||||  || |||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||    
T  13413058 caagtccaccaagaccaacaacacctatatgtaaaccaggcttatcgagtccaaaaaatcgaagaggactatatacggtgacaccagcacaaaggagagg 13413157  T
Q  380 accggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatca 479  Q
    ||| |||   |||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  || ||||||    
T  13413158 accagcaaattcaagaggtatgttgtcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccataagtgacggttccatca 13413257  T
Q  480 cgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatccca 579  Q
    ||| ||||  ||    ||||      | |||||| |||||||||||||| || |||   ||||| ||  || || ||||||||||||| || ||| || |    
T  13413258 cgatacttggcaccacatgtgactacaaatttggggcagtaattctcaagattgtcattacaatcttggcatgatcgacatgaatcaatcaagtagccaa 13413357  T
Q  580 cccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcc 622  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  13413358 cacctactttgtctccaactttaaacttctccactttgcttcc 13413400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 137 - 462
Target Start/End: Original strand, 13453764 - 13454089
Alignment:
Q  137 tacctgcatctgttctggatcgcggcttactagaaacgagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacagtc 236  Q
    ||||| |||||| | |||||| ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  13453764 taccttcatctgctttggatcacggcttattagaaatgagtccgctcgtaagtgttctaatgcttccttttcctttttaggtgatgtactaattacggtc 13453863  T
Q  237 actttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaat 336  Q
    || |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13453864 acattagcaccgaaagctttggcgaatttcacggccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcatatcaggcttgtcgagtccaaaat 13453963  T
Q  337 gtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgc 436  Q
    ||| |||||||||||| || || |  ||||| ||||| |||||| | ||  |||||||||||||   ||| |||||||||| ||||||||||||||| |     
T  13453964 gtcgaagaggactatatacggttatcccagcacaaaggagaggagcagctgcatcaagaggtaactgatctggaatgcgaaacacaaagtgctcgtcgga 13454063  T
Q  437 aaccattgagtcggagaaacctccat 462  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||    
T  13454064 aaccattgagtcagagaagcctccat 13454089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 180 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13389444 - 13388997
Alignment:
Q  180 gctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgac 279  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || || || || || |||||||| || || ||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  13389444 gctcctaagtgttctattgcttctttctctttgttgggtgatgtactaatcactgttacaatcgcaccaaatgctttggcaaatttcacagccatgtgac 13389345  T
Q  280 caagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagagg 379  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||   | |||||| || ||||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| |||||    
T  13389344 caagcccaccaagaccaacaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagagg 13389245  T
Q  380 accggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatca 479  Q
      | ||| | ||||| ||||| | |||||||||| ||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||| ||  |||||||||| ||| | || |||||     
T  13389244 tgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcatctgcaaccaatgagtcagaataacctccatatgtgctcgttccatcg 13389145  T
Q  480 cgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatccca 579  Q
    ||| ||||  ||    ||||   |||| || |||  |||||||| |||| || |||  ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| || |    
T  13389144 cgatacttggcaccacatgtgaaagtaaatgtgggacagtaattttcaagattgtcaacacaattttgacatgatcgacatgaatcaaccatgtagccaa 13389045  T
Q  580 cccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccacct 627  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||    
T  13389044 cacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttcccacct 13388997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 180 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13385623 - 13385176
Alignment:
Q  180 gctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgac 279  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||  || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  13385623 gctcctaagtgttcttttgcttccttttctttgctagcagatgtactaattacggtcacattagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatgtgac 13385524  T
Q  280 caagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagagg 379  Q
    |||| ||||||||||| ||||| || | ||  | |||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| |||||    
T  13385523 caagcccaccaagaccaacaacaccgacatgaagaccaggtttgtcgagtccaaagtatctaagaggactgtacacagtgatcccagcacaaaggagagg 13385424  T
Q  380 accggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatca 479  Q
      | ||| | ||||| ||||| | |||||||||| ||| ||| |||| |||  |  |||||| |||||| ||  ||||||| |  ||||| || ||||||    
T  13385423 tgcagcagcttcaagtggtaatccatcaggaatgtgaaccacgaagttctcagccacaaccaatgagtcagaataacctccgtgtgtgatggttccatca 13385324  T
Q  480 cgagacttaccattgaatgtttgagtatatttggtgcagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatccca 579  Q
    |||  | | |||   | |||   ||| |||  || ||||||||| |||| || |||  ||||||||| ||| || |||||||||||||  ||||| || |    
T  13385323 cgatgcatgccaccaactgtagtagtgtatgcggggcagtaattttcaagattgtcaacacaattttgacacgatcgacatgaatcaattatgtagccaa 13385224  T
Q  580 cccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccacct 627  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||    
T  13385223 cacctactttgtctccaacattgaacttttctactttgcttcccacct 13385176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 180 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 13393851 - 13393562
Alignment:
Q  180 gctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgac 279  Q
    ||||||| || |||||||||||| || || || || || || ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||  ||||    
T  13393851 gctcctaggttttctattgcttctttctctttgttgggtgatgtactaattactgttacattagctccaaaagcttttgcaaacttcacacccaagtgac 13393752  T
Q  280 caagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagagg 379  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || |  || || ||||| |||||    
T  13393751 caagtccaccaagaccaacaatacctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacacagtaataccggcacaaaggagagg 13393652  T
Q  380 accggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgat 469  Q
    | | |||   ||||| ||||||| |||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||    
T  13393651 agcagcagattcaagtggtaagccatcaggaatgtgaactataaagtgctcatctgcaaccattgagtcagagtaccctccatatgtgat 13393562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 174 - 479
Target Start/End: Original strand, 13373039 - 13373344
Alignment:
Q  174 gagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagcca 273  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||| |  || ||||| || || || || || || || ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  13373039 gagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtgcttatcactgttacattagcaccaaaagctttggtaaatttcacagcca 13373138  T
Q  274 tatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 373  Q
    ||||||| | |||||||||||| || || || | ||  | |||||||||||  |||||||||| | | | ||| ||||| |||||||  || || |||||    
T  13373139 tatgacctaatccaccaagaccaaccacacccacatgtaaaccaggcttgttaagtccaaaatatttcaaagggctatatactgtgatccccgcacaaag 13373238  T
Q  374 aagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtg 473  Q
    ||||||| | ||  ||||||| ||||||  ||||||||| || ||||| ||||| ||||  |||||||| |  || ||| | |||||||| ||||| ||     
T  13373239 aagaggagcagcggcatcaagtggtaaggcatcaggaatacggatcacgaagtgttcgtgggcaaccatggtatcagagtagcctccatatgtgattgtt 13373338  T
Q  474 ccatca 479  Q
    ||||||    
T  13373339 ccatca 13373344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 174 - 479
Target Start/End: Original strand, 13378835 - 13379140
Alignment:
Q  174 gagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagcca 273  Q
    ||||| ||||||||| |||| || |||||||| |  || ||||| || ||||| |  ||||| || ||| ||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  13378835 gagtcagctcctaagcgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagcca 13378934  T
Q  274 tatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 373  Q
    ||||||| | |||||||||||| || || ||||||| ||  ||||| ||||| | |||||||||| | |  || |||||||||||||  ||||| |||||    
T  13378935 tatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtcaaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaag 13379034  T
Q  374 aagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtg 473  Q
     |||||| ||||| ||||||| | ||||  ||| ||||| || |  | |||||| |||||  ||||||| | ||| ||| | |||||||| |||||||||    
T  13379035 gagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgatagtg 13379134  T
Q  474 ccatca 479  Q
    ||||||    
T  13379135 ccatca 13379140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 516 - 625
Target Start/End: Original strand, 13454143 - 13454252
Alignment:
Q  516 cagtaattctcaatatcgtcggcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactt 615  Q
    ||||||||||||| ||  ||  ||||||||| ||| ||  |||| |||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13454143 cagtaattctcaagattatcaacacaattttgacatgagtgacaagaatcaaccaagcatcccacacctactctgtctccaactttgaactttttcactt 13454242  T
Q  616 tgcttcccac 625  Q
    ||||||||||    
T  13454243 tgcttcccac 13454252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 554 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13393477 - 13393404
Alignment:
Q  554 acgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccacct 627  Q
    |||||| |||||||| | | ||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||| ||||    
T  13393477 acgacacgaatcaactaagcatcccacacccactttgtctccaattttgaacttctctactttgcttcctacct 13393404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 174 - 482
Target Start/End: Original strand, 47601119 - 47601427
Alignment:
Q  174 gagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacagtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagcca 273  Q
    ||||| |||||||||  |||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  47601119 gagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagccccaaaagctttagcaaacttaacagcca 47601218  T
Q  274 tatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtctaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 373  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  || || |||||    
T  47601219 tgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttatcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcacaaag 47601318  T
Q  374 aagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtg 473  Q
    ||||||| | | | | ||||| || || | ||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| || ||| | |||    
T  47601319 aagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggtggtg 47601418  T
Q  474 ccatcacga 482  Q
    |||||||||    
T  47601419 ccatcacga 47601427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 537 - 625
Target Start/End: Original strand, 47601482 - 47601570
Alignment:
Q  537 gcacaattttcacaagaacgacatgaatcaaccatgtatcccacccctactttgtctccaactttaaacttttttactttgcttcccac 625  Q
    |||||||||| ||| || |  |||||||| | |||| | || || || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  47601482 gcacaattttgacacgatctgcatgaatcgatcatgaagccaacacccactttgtctccaactttgaacttttctactttgcttcccac 47601570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 240 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 28430767 - 28430528
Alignment:
Q  240 ttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagacctacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtc 339  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||  | ||    ||| || || |||||||||| |     
T  28430767 ttagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaaccacacctaattgcaagttaggtttatcaagtccaaaatatt 28430668  T
Q  340 taagaggactatacactgtgactccagcgcaaagaagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaac 439  Q
    | | ||| |||||||| ||||  || ||||| || |||||| | ||| |||||||||||| |||||  |||||||  |||||||||   ||||| |  ||    
T  28430667 tcaaagggctatacaccgtgatcccggcgcagaggagaggagctgcagcatcaagaggtaggctatttggaatgctgatcacaaagctttcgtcggtgac 28430568  T
Q  440 cattgagtcggagaaacctccataggtgatagtgccatca 479  Q
    ||||| ||||||| | |||||||| ||||| |||||||||    
T  28430567 cattgtgtcggagtagcctccatatgtgatggtgccatca 28430528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University