View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11017_high_1 (Length: 669)

Name: NF11017_high_1
Description: NF11017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11017_high_1
NF11017_high_1
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (27-641)||(36107373-36107987)
chr4 (27-489)||(34971658-34972120)
chr4 (27-477)||(21482272-21482719)
chr4 (27-460)||(36100295-36100728)
chr4 (102-477)||(36090423-36090799)
chr4 (142-319)||(36079831-36080008)
chr4 (27-65)||(36080085-36080123)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (27-641)||(6838134-6838748)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (27-499)||(8338140-8338612)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 36107987 - 36107373
Alignment:
Q  27 atcaacagaaagaccaaattttctcatcaaattaccatacctaccgccaatgagatggacatcatcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagca 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  || |||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107987 atcaacagaaagaccaaattttctcatcaaattaccatacccaccaccagagaaatgaccaccagcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagca 36107888  T
Q  127 agcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaat 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107887 agcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaat 36107788  T
Q  227 tgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgtt 326  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  36107787 tgagatgaaacatgtcaagtataataaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatctgaatgttgtt 36107688  T
Q  327 gcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattt 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107687 gcttttggcacatttaattgtttcttggatatgcgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgttgctgttttaaatctcttattt 36107588  T
Q  427 tgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagacaagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaa 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36107587 tgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagacaagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaa 36107488  T
Q  527 taggtgatgttgcagctgttgctgaattaaacaagacaattgttaacgttgccgtgagaaaaaacaatttccccattgtatccatggtatagtagtaaaa 626  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36107487 taggtgatgttgcagctgttgttgaattaaacaagacaattgttaaggttgccgtgagaaaaaacaatttccccattgtatccatggtatagtagtaaca 36107388  T
Q  627 atttggtttgctact 641  Q
    |||||||||||||||    
T  36107387 atttggtttgctact 36107373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 27 - 489
Target Start/End: Original strand, 34971658 - 34972120
Alignment:
Q  27 atcaacagaaagaccaaattttctcatcaaattaccatacctaccgccaatgagatggacatcatcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagca 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||   | |||  || || |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  34971658 atcaatagaaagaccaaattttctcatcaaatttccataaccaccaccagaaaaatgaccaccagcacctacagtaaaacagaccccggatggaaaagca 34971757  T
Q  127 agcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaat 226  Q
    |     ||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34971758 aaagaattgtttttatttccaattgtataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgttgttgattcttgtaaattgacatcaactgaat 34971857  T
Q  227 tgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgtt 326  Q
    |||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| || |||| ||||||    
T  34971858 tgaggtgaaacatgtcaagtacaataaaaggcacatctgataaatatgataaaccttcatagtcatgccctccacttcgaattcttatctgaatgttgtt 34971957  T
Q  327 gcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattt 426  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| || ||||||| |||| |||    
T  34971958 acttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaaacatcttttgcagttataattgccaaaggctttggggttgttgttgctttaaatatcttgttt 34972057  T
Q  427 tgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagag 489  Q
     ||||| | |  || || || | ||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  34972058 agtattcttacatttagtatggctgagaatgaggtattgtttggtgtgtaaatgacttcagag 34972120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 27 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 21482719 - 21482272
Alignment:
Q  27 atcaacagaaagaccaaattttctcatcaaattaccatacctaccgccaatgagatggacatcatcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagca 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||   | |||  || || | || | || |||||| || || ||||||||||||    
T  21482719 atcaacagaaagaccaaattttctcatcatatttccatatccaccaccagaaaaatgaccaccagctccgacagaaaaacaaacgccggatgggaaagca 21482620  T
Q  127 agcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaat 226  Q
    ||   |||  |||| ||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  21482619 agagagttatttttctttccaatggtataataaagctttccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgtttcttcttgtaaattgacatcaactgaat 21482520  T
Q  227 tgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgtt 326  Q
    ||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||  |||||    
T  21482519 tgagatgaagcaagtcaattataacaaaaggcacgtctgatacatatgagaaaccttcaaagtcgtggccgccacttcggattctgatctgaattttgtt 21482420  T
Q  327 gcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattt 426  Q
     ||||||   |||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| |||    
T  21482419 acttttgaggcattgaattgttgcttggacatgagaatcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgt---tgttttaaatctcttgttt 21482323  T
Q  427 tgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaa 477  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||    
T  21482322 tgtattttcatgttgaggatggttgagaatgagatattgtttggagtgtaa 21482272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 27 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 36100728 - 36100295
Alignment:
Q  27 atcaacagaaagaccaaattttctcatcaaattaccatacctaccgccaatgagatggacatcatcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagca 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  || |||  || || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36100728 atcaatagaaagaccaaattttctcatcaaattaccatacccaccaccagagaaatgaccaccagcacctagagaaaaacagaccccagatgggaaagca 36100629  T
Q  127 agcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaat 226  Q
    ||    ||  |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||   |||||||||||||  ||||||||||    
T  36100628 agagaattatttttctttgaaatggtataataaatcttaccaagtgttgcaccagcttcaacccatgttgtttcatcttgtaaattgacttcaactgaat 36100529  T
Q  227 tgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgtt 326  Q
    |||  |||| || ||||| ||||||| ||||||| |||||||  ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||| | ||||||    
T  36100528 tgaggtgaagcaagtcaattataacataaggcacgtctgataagtatgagaagccttcataatcgtggccgccacttcggattcttaattggaagttgtt 36100429  T
Q  327 gcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattt 426  Q
    | ||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||     
T  36100428 gattttggcacatttaattgttgtttggacatgagaatcatcttttggagttataattgctaaagcttttggtgatgttgctgttttaaatctcttgtta 36100329  T
Q  427 tgtattttcatgttgaggatagttgagaatgagg 460  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  36100328 tgtattttcatatttaggatggttgagaatgagg 36100295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 102 - 477
Target Start/End: Original strand, 36090423 - 36090799
Alignment:
Q  102 aaaacagaccccagatgggaaagcaagcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgat 201  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||   |||  ||||  |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |    
T  36090423 aaaacataccccagatgggaaagcaagggagttatttttcattgcaatcgtataataaatcttaccaagtattgcacctgattcaacccatgcagtttct 36090522  T
Q  202 tcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccac 301  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||| ||||||  |||||||||| ||| |||||||| || || || |||||||    
T  36090523 tcttctaaattgacatcaattgaattgagatgaagcaagtcaattataacataaggcatgtctgatacatttgataaaccttcgtaatcatgtccgccac 36090622  T
Q  302 ttcgaattctaatttgaacgttgttgcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtg- 400  Q
    |||||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||  |||     
T  36090623 ttcgaattctgatctgaatgttgttacttttagcacatttaactgttacttggacatgggaactatcctttactgttataattgccaaaggttttagtgt 36090722  T
Q  401 ttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaa 477  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||||| | ||||||    
T  36090723 ttgttgctgttttgaatctcttgtaatgtattttcatgttgaagatggttaagaatgaggtgttgttttgagtgtaa 36090799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 142 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 36080008 - 36079831
Alignment:
Q  142 tttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgaaatgaaacatgt 241  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||  |  |  |||||||||||||    |||||||||||    
T  36080008 tttgcaatgtaataataaaccttaccaagtgttgcacctgcttcaacccatgctgttccgttttcaacgtcaatatcaactgaatcatgatgaaacatgt 36079909  T
Q  242 caagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaa 319  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||  |||||| | || || || || ||||| |||||||||||||    
T  36079908 caagtataataaaaggaacatctgatacatatgaaaggccttcacaatcatggccaccgcttcggattctaatttgaa 36079831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 36080123 - 36080085
Alignment:
Q  27 atcaacagaaagaccaaattttctcatcaaattaccata 65  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36080123 atcaacagatagaccaaattttctcattaaattaccata 36080085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 6838748 - 6838134
Alignment:
Q  27 atcaacagaaagaccaaattttctcatcaaattaccatacctaccgccaatgagatggacatcatcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagca 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||  || |||  || || |||||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  6838748 atcaatagaaagaccaaattttctcatcaaatttccatacccaccaccagagaaatgaccaccagcacctacagtaaagcacaccccagatgggaaagca 6838649  T
Q  127 agcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaat 226  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  6838648 agcttgttgcttttctttgcaatggtataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgacatcaacagaat 6838549  T
Q  227 tgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgtt 326  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  6838548 tgagatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaacaaccttcatagtcgtgaccaccacttcgaattctaatctgaatgttgtt 6838449  T
Q  327 gcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattt 426  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838448 gcttttggcacatttaactgtttcttggacatgagaatcatcttttacagttataattgccaaaggcttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattt 6838349  T
Q  427 tgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagacaagggaatgtggaagacaatttagaaaatgttgaa 526  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  6838348 tgtatttttatgttgaggatagttgagaatgaggtgttgtttggtgtgtaagtaacttcagagacaagggaatgtgaaagacaatttataaaatgttgaa 6838249  T
Q  527 taggtgatgttgcagctgttgctgaattaaacaagacaattgttaacgttgccgtgagaaaaaacaatttccccattgtatccatggtatagtagtaaaa 626  Q
    |||||||| |||| | ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  6838248 taggtgattttgctgttgttgttgaattagacaagacaattgttaaggttgccataagaaaacacaatttccaaattgtatccatggtatagtagtaaca 6838149  T
Q  627 atttggtttgctact 641  Q
    |||||||||||||||    
T  6838148 atttggtttgctact 6838134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 27 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 8338612 - 8338140
Alignment:
Q  27 atcaacagaaagaccaaattttctcatcaaattaccatacctaccgccaatgagatggacatcatcacctagagtaaaacagaccccagatgggaaagca 126  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||    | |||  || || ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  8338612 atcaacagaaagaccaaactttctcatcaaatttccatacccaccacccgaaaaatgaccaccagcacctagtgtagaacagaccccagacgggaaagca 8338513  T
Q  127 agcttgttgcttttatttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaat 226  Q
    ||    ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||   ||||||||||||| |||||||||||    
T  8338512 agagaattgtttttctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaat 8338413  T
Q  227 tgaaatgaaacatgtcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatttgaacgttgtt 326  Q
    |||  |||| || ||||| |||||||||||  |  |||||||| || || || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||  |||||    
T  8338412 tgaggtgaagcaggtcaattataacaaaagatatgtctgatacgtaagagaagccttcgtagtcgtggccgccacttcgaattcttatctgaatattgtt 8338313  T
Q  327 gcttttggcacatttaattgtttcttggatatgtgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggtttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattt 426  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||     
T  8338312 gcttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaagattttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgtta 8338213  T
Q  427 tgtattttcatgttgaggatagttgagaatgaggcattgtttggtgtgtaagtaacttcagagacaagggaat 499  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||    
T  8338212 tgtattttcatgtttaggatggttgagaatgaggtgttgtttggtgtgtaaatgacttcagagataggggaat 8338140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University