View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11030_high_7 (Length: 305)

Name: NF11030_high_7
Description: NF11030
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11030_high_7
NF11030_high_7
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (48-305)||(43057406-43057663)
chr7 (52-305)||(151960-152213)
chr7 (48-305)||(35089831-35090088)
chr7 (48-305)||(30110905-30111162)
chr7 (48-305)||(27418367-27418624)
chr7 (144-305)||(47914878-47915039)
chr7 (68-305)||(40097196-40097434)
chr7 (69-305)||(39301002-39301227)
chr7 (48-147)||(47914054-47914153)
chr7 (177-301)||(31494345-31494469)
chr7 (181-304)||(24939509-24939631)
chr7 (143-251)||(46037170-46037278)
chr7 (244-304)||(47031348-47031408)
chr7 (50-78)||(33474820-33474848)
[»] chr8 (25 HSPs)
chr8 (48-305)||(41386595-41386852)
chr8 (48-305)||(7148142-7148399)
chr8 (48-305)||(2112893-2113150)
chr8 (48-305)||(29260001-29260258)
chr8 (52-305)||(40265010-40265263)
chr8 (51-305)||(4655149-4655403)
chr8 (49-305)||(43605090-43605346)
chr8 (50-305)||(42275074-42275330)
chr8 (95-301)||(10802543-10802749)
chr8 (49-286)||(41965526-41965761)
chr8 (68-305)||(28619945-28620183)
chr8 (102-305)||(9457645-9457848)
chr8 (69-305)||(30382420-30382656)
chr8 (68-305)||(4302551-4302790)
chr8 (96-305)||(8502734-8502943)
chr8 (69-280)||(37567118-37567329)
chr8 (118-305)||(9209138-9209325)
chr8 (96-305)||(35142144-35142353)
chr8 (212-305)||(1605902-1605995)
chr8 (49-129)||(41965324-41965404)
chr8 (214-305)||(40013363-40013454)
chr8 (177-304)||(24296506-24296633)
chr8 (95-148)||(40013271-40013324)
chr8 (198-303)||(23185801-23185906)
chr8 (48-79)||(9457841-9457872)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (48-305)||(29941047-29941304)
chr2 (48-305)||(45547033-45547290)
chr2 (54-305)||(6289232-6289483)
chr2 (69-305)||(11534937-11535173)
chr2 (69-305)||(24193232-24193468)
chr2 (68-305)||(34028677-34028915)
chr2 (68-305)||(20157502-20157739)
chr2 (74-301)||(11998169-11998395)
chr2 (95-305)||(24193651-24193868)
chr2 (127-305)||(45485463-45485631)
chr2 (143-304)||(38822753-38822915)
chr2 (213-304)||(2373072-2373163)
chr2 (213-304)||(27090738-27090829)
chr2 (265-299)||(2485496-2485530)
chr2 (177-251)||(18176323-18176397)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (49-305)||(24150558-24150814)
chr3 (50-305)||(35731034-35731289)
chr3 (51-305)||(38629528-38629782)
chr3 (48-305)||(30588941-30589199)
chr3 (48-305)||(36054732-36054989)
chr3 (49-305)||(50900173-50900429)
chr3 (68-305)||(46251948-46252185)
chr3 (49-305)||(26293293-26293549)
chr3 (68-304)||(13662651-13662887)
chr3 (110-305)||(26005770-26005965)
chr3 (48-236)||(26005580-26005768)
chr3 (69-305)||(27593254-27593490)
chr3 (50-305)||(19551885-19552130)
chr3 (81-305)||(26555916-26556123)
chr3 (97-305)||(39338073-39338279)
chr3 (68-305)||(36786073-36786309)
chr3 (111-305)||(52023987-52024181)
chr3 (107-305)||(38682527-38682728)
chr3 (222-305)||(53183972-53184055)
chr3 (212-304)||(25713327-25713420)
chr3 (198-304)||(6783976-6784082)
chr3 (220-304)||(24574816-24574900)
chr3 (256-304)||(33119571-33119619)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (48-305)||(8583730-8583987)
chr4 (48-305)||(42218171-42218428)
chr4 (49-305)||(3435689-3435939)
chr4 (50-305)||(44929979-44930232)
chr4 (95-305)||(8880546-8880756)
chr4 (69-305)||(52109508-52109744)
chr4 (74-305)||(47685246-47685477)
chr4 (72-305)||(45332768-45333001)
chr4 (95-305)||(25935889-25936098)
chr4 (72-305)||(45340458-45340691)
chr4 (72-305)||(42720821-42721055)
chr4 (68-280)||(26336195-26336407)
chr4 (69-305)||(54509816-54510050)
chr4 (107-301)||(33449963-33450157)
chr4 (69-305)||(40143878-40144098)
chr4 (49-230)||(7820239-7820405)
chr4 (212-304)||(5117064-5117156)
chr4 (263-305)||(7820198-7820240)
chr4 (143-251)||(38230928-38231036)
chr4 (177-260)||(53272056-53272139)
chr4 (50-78)||(56397742-56397770)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (49-305)||(40410692-40410948)
chr5 (69-305)||(6828537-6828774)
chr5 (95-305)||(17518530-17518741)
chr5 (95-305)||(10571213-10571423)
chr5 (177-299)||(6902525-6902647)
chr5 (143-251)||(2276025-2276133)
chr5 (266-304)||(26876251-26876289)
chr5 (240-304)||(7857128-7857192)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (50-305)||(26882553-26882808)
chr1 (48-305)||(52705495-52705752)
chr1 (49-305)||(45318562-45318818)
chr1 (69-305)||(36402349-36402585)
chr1 (68-305)||(1928149-1928386)
chr1 (72-304)||(29208858-29209090)
chr1 (69-305)||(33243060-33243292)
chr1 (69-305)||(33263233-33263465)
chr1 (69-305)||(10896902-10897138)
chr1 (102-305)||(45534908-45535089)
chr1 (198-280)||(9831417-9831499)
chr1 (106-191)||(9831782-9831867)
chr1 (177-304)||(9191234-9191361)
chr1 (143-251)||(19007400-19007508)
chr1 (143-251)||(48194746-48194854)
chr1 (143-251)||(48203504-48203612)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (48-305)||(81507-81764)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (48-305)||(6476438-6476695)
chr6 (102-305)||(29834064-29834267)
chr6 (102-305)||(29865498-29865701)
chr6 (76-305)||(3110038-3110267)
chr6 (69-305)||(10643758-10643996)
chr6 (68-305)||(30877954-30878191)
chr6 (152-305)||(7858203-7858356)
chr6 (143-251)||(709070-709178)
chr6 (143-251)||(7100320-7100428)
chr6 (143-251)||(8794202-8794310)
chr6 (49-79)||(29834041-29834071)
chr6 (49-79)||(29865475-29865505)
chr6 (182-251)||(5957285-5957354)
[»] scaffold0153 (1 HSPs)
scaffold0153 (48-290)||(34539-34781)
[»] scaffold0237 (2 HSPs)
scaffold0237 (102-305)||(21192-21395)
scaffold0237 (50-79)||(21170-21199)
[»] scaffold0202 (1 HSPs)
scaffold0202 (68-305)||(16303-16524)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (143-227)||(1705-1789)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 43057406 - 43057663
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057406 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 43057505  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057506 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 43057605  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43057606 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 43057663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 52 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 152213 - 151960
Alignment:
Q  52 tttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaa 151  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  152213 tttggtagagtattacaaaatctaaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaa 152114  T
Q  152 tctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacca 251  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  152113 tctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccattagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacca 152014  T
Q  252 ctggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  152013 ctggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 151960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 35089831 - 35090088
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  35089831 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttataccaa 35089930  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35089931 acaatctcacaaaattcattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 35090030  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35090031 accacttgatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 35090088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 30111162 - 30110905
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30111162 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttaatagatacattttacactaa 30111063  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30111062 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataatagcagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 30110963  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30110962 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 30110905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 27418367 - 27418624
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||   ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  27418367 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctttgtgtgggagaccaaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttaatagatacattttacactaa 27418466  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27418467 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgattactagcagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 27418566  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27418567 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 27418624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 144 - 305
Target Start/End: Original strand, 47914878 - 47915039
Alignment:
Q  144 ctaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaatt 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47914878 ctaaacaatctcacaaaatccattactcacaacaatccataaaaatctgtagagttttgaatactagcagacaatttttaagttatgcaaaatctcaatt 47914977  T
Q  244 gaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47914978 gaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 47915039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 40097434 - 40097196
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaa-gtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctat 166  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| | |||||||||||| ||    
T  40097434 aaaatctcaagactatgtgtgggagacaaaaaaagtctcaaagctaggtgtgagattgttagtagatgcattttacattaaaaagtctcacaaaatccat 40097335  T
Q  167 tactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattgga 266  Q
    || ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  40097334 tagtcataacaatccattaaaatccttagaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctgaattgaataccactgaattttattgga 40097235  T
Q  267 ctcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  40097234 ctcattaaaaaattttgaaaatcataattgaataccaca 40097196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 39301002 - 39301227
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaa-gtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||            ||| |||    
T  39301002 aaatctcaaggctatatgtgggagacaaaaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacattaaa------------atccatt 39301089  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  39301090 actcacaacaatctattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccactggaatttattggac 39301189  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  39301190 tcattaaaaaattctgaaaatcctaattgaataccaca 39301227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 48 - 147
Target Start/End: Original strand, 47914054 - 47914153
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47914054 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 47914153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 177 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 31494469 - 31494345
Alignment:
Q  177 aatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaa 276  Q
    ||||||||||||||  || | |||| |||||||  |||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||||||  |||||  || ||||| ||||||    
T  31494469 aatccattaaaatcaatacattttttaataccaagagacaatttttaagttgtaaaaaatcttgattgaataccaccagattttgtttgactctttaaaa 31494370  T
Q  277 aatcatgaaaatcctaattgaatac 301  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  31494369 aatcattaaaatcctaattgaatac 31494345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 181 - 304
Target Start/End: Original strand, 24939509 - 24939631
Alignment:
Q  181 cattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatc 280  Q
    ||||||||||  || | ||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||   |||||  |||||||| ||||||| ||    
T  24939509 cattaaaatctataaatttttgaataccaa-agactatttttaagttatgaaaaattttaattgaataccatcagattttgttggactctttaaaaattc 24939607  T
Q  281 atgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  24939608 atgaaaatcataattgaataccac 24939631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Original strand, 46037170 - 46037278
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| | |||||||||||| ||| |   ||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||||| |||||||||  ||||| |||  ||||||||||    
T  46037170 actaaaaagtctcacaaaatccattccatccaagaatccatcaaaatctatagacttttgaataccaatagacaattcataagtcatgagaaatctcaat 46037269  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  46037270 tgaatacca 46037278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 47031408 - 47031348
Alignment:
Q  244 gaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  47031408 gaataccactggatttggttgaactctttaaaaattcttgaaaatcttaattgaataccac 47031348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 33474848 - 33474820
Alignment:
Q  50 aatttggaagagtattacaaaatctcaag 78  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33474848 aatttggaagagtattacaaaatctcaag 33474820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 25)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 41386595 - 41386852
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41386595 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 41386694  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41386695 acaatctcataaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatactagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 41386794  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41386795 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 41386852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 7148399 - 7148142
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7148399 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 7148300  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7148299 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatgccagtagacaatttctaagttatgcaaaatctcaattgaat 7148200  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  7148199 accactggatttcattggactccttaaaaaatcttgaaaatcctaattgaatgccaca 7148142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 2113150 - 2112893
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2113150 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatatgtgggagacagaaaagtctcaatgctaggtgtgagattgtcagtaggtacattttacactaa 2113051  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2113050 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcgaaatctcaattgaat 2112951  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2112950 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 2112893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 29260001 - 29260258
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29260001 tgaatttggaatagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtacgtacattttacactaa 29260100  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29260101 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 29260200  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  29260201 accactggatttcattggactcgttaaaaaatctcgaaaatcctaattgaatatcaca 29260258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 52 - 305
Target Start/End: Original strand, 40265010 - 40265263
Alignment:
Q  52 tttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaa 151  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40265010 tttggtagagtattacaaaatctaaaggctacgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaa 40265109  T
Q  152 tctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacca 251  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40265110 tctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccatagagttttgaataccattagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacca 40265209  T
Q  252 ctggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40265210 ctggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 40265263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 51 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 4655403 - 4655149
Alignment:
Q  51 atttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaca 150  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4655403 atttggaagagtatcacaaaatctcaaggctatgtgtgagagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtatgtacattttacactaaaca 4655304  T
Q  151 atctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacc 250  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4655303 atctcacaaaatccattactcataacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccggtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacc 4655204  T
Q  251 actggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4655203 actgaatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 4655149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 49 - 305
Target Start/End: Original strand, 43605090 - 43605346
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  43605090 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaagtacattttacattaaa 43605189  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43605190 caatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatactagcagacaatttttaagttatgcgaaatctcaattgaata 43605289  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43605290 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 43605346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 50 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 42275330 - 42275074
Alignment:
Q  50 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattg-ttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42275330 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggttatgtgtgggagacagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattggttagtaggtacattttacactaaa 42275231  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42275230 caatctcacaaaatccattactcacaacaatccataaaaatccgtagagttttgaatactagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 42275131  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42275130 ccgctggatttcatttgactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 42275074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 95 - 301
Target Start/End: Original strand, 10802543 - 10802749
Alignment:
Q  95 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgta 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10802543 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgta 10802642  T
Q  195 gagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaat 294  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10802643 gagttttgaatactagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaat 10802742  T
Q  295 tgaatac 301  Q
    |||||||    
T  10802743 tgaatac 10802749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 49 - 286
Target Start/End: Original strand, 41965526 - 41965761
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41965526 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgcgagattgttagtaggtacattttacactaaa 41965625  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41965626 taatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatatgtagagttttgaataccagtagacaa--tttaagttatgcaaaatctcaattgaata 41965723  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaa 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41965724 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaa 41965761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 28620183 - 28619945
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |  |||    
T  28620183 aaaatctcaaggttatgtgtgggagacagaaaagtctcaagattaggtgtgagattgttagtaggtacattgtacattaaacaatctcacaaagttcatt 28620084  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  28620083 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactgaatttcattggat 28619984  T
Q  268 tcattaaaaa-atcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28619983 tcattaaaaatatcttgaaaatcctaattgaataccaca 28619945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 102 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9457848 - 9457645
Alignment:
Q  102 tctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9457848 tctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcataaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 9457749  T
Q  202 gaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaatac 301  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  9457748 gaataccgatagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaattctaaatgaatac 9457649  T
Q  302 caca 305  Q
    ||||    
T  9457648 caca 9457645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 30382420 - 30382656
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||| | ||||||| | ||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||    
T  30382420 aaatctcaaagttatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggttagatgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaattgatta 30382519  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  30382520 ctcacaacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccactggattttattgaact 30382619  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30382620 aattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 30382656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Original strand, 4302551 - 4302790
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaa--gtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatcta 165  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||| |    
T  4302551 aaaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaaatgtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcgctaaatcca 4302650  T
Q  166 ttactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattgg 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  4302651 ttactcacaacaatccattaaaatccttacaattttgaatactaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccattgaattttattgg 4302750  T
Q  266 actcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4302751 actcattaaaaaatcctgaaaatcctaattgaataccaca 4302790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 96 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 8502943 - 8502734
Alignment:
Q  96 gaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtag 195  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8502943 gaaaagtcttaaggctatgtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcataaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtag 8502844  T
Q  196 agttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaatt 295  Q
    | |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  8502843 aattttaaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatcttaattgaataccaccggattttattggactcattcaaaaatcttgaaaatcctaatt 8502744  T
Q  296 gaataccaca 305  Q
    ||||||||||    
T  8502743 gaataccaca 8502734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 69 - 280
Target Start/End: Original strand, 37567118 - 37567329
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    |||||| |||||||||||| | ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||    
T  37567118 aaatcttaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtagatacattttacactaaaaagcctcacaaaatccatta 37567217  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  37567218 ctcacaacaattcattaaaatccgtacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaatactactggattttattggact 37567317  T
Q  269 cattaaaaaatc 280  Q
    ||||||||||||    
T  37567318 cattaaaaaatc 37567329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 118 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9209325 - 9209138
Alignment:
Q  118 gagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  9209325 gagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaataaattacccacaacaaactattaaaatccttagagttttgaataccaatagacaa 9209226  T
Q  218 tttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  9209225 tttttaagttgtccaaaatttcaattgaataccactggattttattgaactcattaaaaaatcctgaaaatcttaattgaataccaca 9209138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 96 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 35142353 - 35142144
Alignment:
Q  96 gaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtag 195  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||     
T  35142353 gaaaagtcttgaggctagttgtgagagtgttagtaggtagattttacactaaaaagtctcataaaatccattactcacaacaatctaataaaatccgtaa 35142254  T
Q  196 agttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaatt 295  Q
      |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35142253 tattttgaataccaatagacaatttttaagttgtacaaaatcttaattgaatacgaccggattttattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaatt 35142154  T
Q  296 gaataccaca 305  Q
    ||||||||||    
T  35142153 gaataccaca 35142144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 212 - 305
Target Start/End: Original strand, 1605902 - 1605995
Alignment:
Q  212 agacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  1605902 agacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatactactggatttcattagactcattaaaaaatcttgaaaatcttaattgaataccaca 1605995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 49 - 129
Target Start/End: Original strand, 41965324 - 41965404
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagt 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41965324 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgcgagattgttagt 41965404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 214 - 305
Target Start/End: Original strand, 40013363 - 40013454
Alignment:
Q  214 acaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  40013363 acaatttttaagttgtgcaaaatctaaattgaataccactgaattttattgaactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattaaataccaca 40013454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 304
Target Start/End: Original strand, 24296506 - 24296633
Alignment:
Q  177 aatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaa 276  Q
    ||||||||||||||  || | ||||||||| ||  |||| |||||||||||||| ||  | |  |||||||||||   ||||| |||| |||| ||||||    
T  24296506 aatccattaaaatctatacatttttgaatatcaagagactatttttaagttatgaaatttttttattgaataccatcagattttattgaactctttaaaa 24296605  T
Q  277 aatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||    
T  24296606 aatcatgaaaatcctagtggaataccac 24296633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 148
Target Start/End: Original strand, 40013271 - 40013324
Alignment:
Q  95 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  40013271 agaaaagtctcaaggccaagtgtgagattgttagtaggtatattttatactaaa 40013324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 198 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 23185906 - 23185801
Alignment:
Q  198 ttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattga 297  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||| |  ||||||||||||  ||||| ||||||  |  |||||  |  ||||||||||||||||    
T  23185906 tttttaataccaggagacaatttttaagttgtgaaaaattttgattgaataccaccagattttattggatcctataaaattttttgaaaatcctaattga 23185807  T
Q  298 atacca 303  Q
    ||||||    
T  23185806 atacca 23185801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 48 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 9457872 - 9457841
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaagg 79  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9457872 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaagg 9457841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 29941304 - 29941047
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29941304 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatatgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 29941205  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29941204 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 29941105  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29941104 accactggatttcattagactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 29941047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 45547290 - 45547033
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45547290 tgaatttggaagtgtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatataaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 45547191  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45547190 acaatctcacaaaatccattacttacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgctaaatctcaattgaat 45547091  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45547090 accactgaatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 45547033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 54 - 305
Target Start/End: Original strand, 6289232 - 6289483
Alignment:
Q  54 tggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatc 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6289232 tggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatc 6289331  T
Q  154 tcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccact 253  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6289332 tcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatactagcagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccact 6289431  T
Q  254 ggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6289432 ggatttcattggattcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 6289483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 11535173 - 11534937
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  11535173 aaatctcaaagctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggttatgtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccatta 11535074  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11535073 ctcacaacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaattccactggattttattggact 11534974  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  11534973 cattaaaaaatcctgaaaatcctaattaaataccaca 11534937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 24193232 - 24193468
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    |||| ||||| |||||||| | ||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  24193232 aaatttcaagactatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggttaagtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccatta 24193331  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  24193332 ctcacaacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccactgaattttattggact 24193431  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  24193432 cattaaaaaatcctgaaaattctaattgaatatcaca 24193468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Original strand, 34028677 - 34028915
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  34028677 aaaatctcaagactatgtgtggcagacaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtagatgcattttacactaaaaagtctcacaaaatccatt 34028776  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttca-ttgga 266  Q
    ||||  |||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||    
T  34028777 actcgtaacaatccattaaaatccttataattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctgaattgaataccactggattttatttgga 34028876  T
Q  267 ctcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34028877 ctcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 34028915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Original strand, 20157502 - 20157739
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  20157502 aaaatctcaagactatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaagctaggtgtgagattgttagtagatgcattttacactaaaaagtctcacaaaatccatt 20157601  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  20157602 actcataacaatctattaaaatccttagaattttgaataccaatagacaatatttaagttgtgcaaaatctgaattgaataccactgaattttattggac 20157701  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20157702 tcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 20157739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 74 - 301
Target Start/End: Original strand, 11998169 - 11998395
Alignment:
Q  74 tcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcac 173  Q
    |||||||||||||| | ||| | |||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
T  11998169 tcaaggctatgtgtgggagacaaaaaaatctcaaggct-ggtgtgagattgttggtagatacattttacactaaaaagtctcacaaaatccattactcac 11998267  T
Q  174 aacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcatta 273  Q
    ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  11998268 aacaaaccattaaaatccttagaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgtaaaatctcaattgaatacctctggattttattggactcatta 11998367  T
Q  274 aaaaatcatgaaaatcctaattgaatac 301  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  11998368 aaaaattctgaaaatcctaattgaatac 11998395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 95 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 24193868 - 24193651
Alignment:
Q  95 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaa------ 188  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||          
T  24193868 agaaaagtcttgaggctaagtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccattactcacagcaatccattaaaaattaaa 24193769  T
Q  189 -tccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaa 287  Q
     | |||||| |||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  24193768 attcgtagaattttgaataccaataaacagtttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccaccgaattttattggactcattaaaaaatcttgaaaa 24193669  T
Q  288 tcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||    
T  24193668 tcctaattgaataccaca 24193651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 127 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 45485631 - 45485463
Alignment:
Q  127 agtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagt 226  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||          |    
T  45485631 agtaggtacattttacgctaaacaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccatagaattttgaatattagtagac----------t 45485542  T
Q  227 tatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45485541 tatgcaaaatctcaattgaataccactgaattttattggattcattgaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 45485463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 143 - 304
Target Start/End: Original strand, 38822753 - 38822915
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||  |  |  |||||||| |||||  || | |||| |||||||  |||||||||||||||| || |||||||  ||    
T  38822753 actaaaaaatctcacaaaatccattataccaagtaatccattgaaatctatacattttttaataccaagagacaatttttaagttgtgaaaaatcttgat 38822852  T
Q  243 tgaataccactggatttcattggactcatt-aaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
     ||||||||| ||||||  ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38822853 cgaataccaccggattttgttggattctttaaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccac 38822915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 213 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 2373163 - 2373072
Alignment:
Q  213 gacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    ||||||||||||||| || |||||||  ||| |||||||  | ||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2373163 gacaatttttaagttgtgaaaaatcttgattaaataccaacgaattttgttggactctttaaaaattcatgaaaatcctaattgaataccac 2373072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 213 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 27090829 - 27090738
Alignment:
Q  213 gacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||  | ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27090829 gacaatttttaagttgttaaaaatcatagttgaataccactgaattttgttggactctttaaaaaatcagtaaaatcctaattgaataccac 27090738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 299
Target Start/End: Original strand, 2485496 - 2485530
Alignment:
Q  265 gactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaat 299  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2485496 gactctttaaaaaatcatgaaaatcctaattgaat 2485530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 177 - 251
Target Start/End: Original strand, 18176323 - 18176397
Alignment:
Q  177 aatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacca 251  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||||||| |||||| ||| |||| | |  ||||||||||||||||||||    
T  18176323 aatccattaaaatctcaagaattttgaataccaatagacattttataagatttataaaatctcaattgaatacca 18176397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 49 - 305
Target Start/End: Original strand, 24150558 - 24150814
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24150558 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 24150657  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24150658 caatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtggacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 24150757  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  24150758 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcttcaaaatcctaattgaataccaca 24150814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 50 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 35731289 - 35731034
Alignment:
Q  50 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaac 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  35731289 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaatgctaggtgtgagattgttagcaggtgcattttacactaaac 35731190  T
Q  150 aatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatac 249  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35731189 aatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatac 35731090  T
Q  250 cactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  35731089 cactggatttgattggactcattaaaaaatcttgaaaatcttaattgaataccaca 35731034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 51 - 305
Target Start/End: Original strand, 38629528 - 38629782
Alignment:
Q  51 atttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaca 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629528 atttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaaatctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaca 38629627  T
Q  151 atctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacc 250  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629628 atctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtatagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacc 38629727  T
Q  251 actggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38629728 gctgaatttcattgaactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 38629782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 30589199 - 30588941
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaa-gtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacacta 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30589199 tgaatttggaagagtattacaaaatctgaaggctatgtgtgggtgataaaaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacacta 30589100  T
Q  147 aacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaa 246  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30589099 aacaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgctaaatctcaattgaa 30589000  T
Q  247 taccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30588999 taccactgaatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 30588941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 36054732 - 36054989
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  36054732 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttaatagatacattttacactaa 36054831  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36054832 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaaaactagcagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 36054931  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36054932 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 36054989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 49 - 305
Target Start/End: Original strand, 50900173 - 50900429
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  50900173 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggaaatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtatgtacattttacattaaa 50900272  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50900273 caatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatctctagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaatcgaata 50900372  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  50900373 ccactggatttcattggactcattaaaaaagcttgaaaatcctaattgaataccaca 50900429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Original strand, 46251948 - 46252185
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    |||||||| ||  ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  46251948 aaaatctcgagcttatgtgtgggagacagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatccatt 46252047  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46252048 actcacaacaatccattaaaatccgtaaagttttgaataccagcagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 46252147  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46252148 tcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 46252185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 49 - 305
Target Start/End: Original strand, 26293293 - 26293549
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26293293 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagacagaaaagtctcaagattaggtgtgaggttgttagtaggtacattttacactaaa 26293392  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26293393 caatcacacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatactagtaaacaatttttaagttatgcaaaatctcaattaaata 26293492  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  26293493 tcactagatttcattggactcattaaaaaatattgaaaatcctaattgaataccaca 26293549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 68 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 13662887 - 13662651
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13662887 aaaatctcaaggttatgtgtgggaggcagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatccatt 13662788  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13662787 actcacaacaatccattaaaacccgtagtgttttgaatacgagtagacaatttttaagttgtgcgaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 13662688  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13662687 tcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccac 13662651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 110 - 305
Target Start/End: Original strand, 26005770 - 26005965
Alignment:
Q  110 ctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatacca 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26005770 ctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccatagagttttgaatacca 26005869  T
Q  210 gtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26005870 gtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 26005965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 48 - 236
Target Start/End: Original strand, 26005580 - 26005768
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005580 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 26005679  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaat 236  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26005680 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccaatagacaatttttaagttatgcaaaat 26005768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 27593490 - 27593254
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  27593490 aaatctcaaagctatgtgttggagacaaaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccatta 27593391  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  27593390 ctcacaacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagatgtgcaaaacctcaattgaataccactgaattttattggact 27593291  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27593290 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 27593254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 50 - 305
Target Start/End: Original strand, 19551885 - 19552130
Alignment:
Q  50 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaac 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19551885 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatatgtgggagaaagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttattaggtacattttacactaaac 19551984  T
Q  150 aatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatac 249  Q
    ||| ||||||||||          ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  19551985 aatttcacaaaatc----------aacaatcaattaaaatctgtagagttttgaataccactagacaatttttaagttatgcaaaatcttaattaaatac 19552074  T
Q  250 cactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19552075 cactggatttcattgaactcgttaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 19552130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 81 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 26556123 - 26555916
Alignment:
Q  81 tatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatc 180  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     
T  26556123 tatgtgtgggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatc----------------- 26556041  T
Q  181 cattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatc 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26556040 cattaaaatccgtagagttttgaatacccgtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatc 26555941  T
Q  281 atgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
      |||||||||||||||||||||||    
T  26555940 tagaaaatcctaattgaataccaca 26555916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 97 - 305
Target Start/End: Original strand, 39338073 - 39338279
Alignment:
Q  97 aaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtaga 196  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  39338073 aaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctca--aaatccattactcacaacaatccattaaaatccttaca 39338170  T
Q  197 gttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattg 296  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  39338171 attttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccactggattttattggactcattaaaaaatcctaaaaatcctaattg 39338270  T
Q  297 aataccaca 305  Q
    |||| ||||    
T  39338271 aataacaca 39338279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 36786309 - 36786073
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    ||||||||||||||||||||   ||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||    
T  36786309 aaaatctcaaggctatgtgtgagagacaaaaaagtctcaaggc-aggtgtgtgattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcataaaatccatt 36786211  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36786210 actcacaacaattcattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaagtttaaagttttgcaaaatctcaattgaataccactggattttattggac 36786111  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||    
T  36786110 tcattaaaaaatccttaaaattctaattgaatgccaca 36786073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 111 - 305
Target Start/End: Original strand, 52023987 - 52024181
Alignment:
Q  111 taggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccag 210  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |     
T  52023987 taggtgtgagattgttactaggtacattttatactaaaaagtctcttaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagaattttgattactaa 52024086  T
Q  211 tagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  52024087 tagacaatttttaaattgtgcaaaatctcaattgaataccactggattttattggactcattaaaaaatcttgaaaatcataattgaataccaca 52024181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 107 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 38682728 - 38682527
Alignment:
Q  107 aggctaggtgtgagattgttagtaggtac---attttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38682728 aggctaggtgtgagattgttagtaggtactacattttatactaaaaaatctctcaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagaattttga 38682629  T
Q  204 ataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcatt-aaaaaatcatgaaaatcctaattgaatacc 302  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  38682628 ataccaata-acaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaatatcactgaagtttattggactcattaaaaaaatcttgaaaatcataattgaatacc 38682530  T
Q  303 aca 305  Q
    |||    
T  38682529 aca 38682527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 222 - 305
Target Start/End: Original strand, 53183972 - 53184055
Alignment:
Q  222 taagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  53183972 taagttatgcaaaatctcaattgaataccaccagattttattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaatagcaca 53184055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 212 - 304
Target Start/End: Original strand, 25713327 - 25713420
Alignment:
Q  212 agacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaa-aatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    |||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||  ||||||  ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25713327 agacaatttttaagttgtgaaaaatcttgattgaataccaacggattttgttggattctttaaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 25713420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 198 - 304
Target Start/End: Original strand, 6783976 - 6784082
Alignment:
Q  198 ttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattga 297  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||| || |||||||  || ||||||||| | ||||  |||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |    
T  6783976 ttttgaatatcaagagacaatttttaagttgtggaaaatcttgatggaataccaccgaatttggttggactctttaaaaaatcctgaaaatcttaattta 6784075  T
Q  298 ataccac 304  Q
    |||||||    
T  6784076 ataccac 6784082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 220 - 304
Target Start/End: Original strand, 24574816 - 24574900
Alignment:
Q  220 tttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    |||||||| || |||||||  ||||||||| || | ||||  ||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  24574816 tttaagttgtgtaaaatcttgattgaatactaccgaattttgttggattctttaaaaaattttgaaaatcctaattgaataccac 24574900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 304
Target Start/End: Original strand, 33119571 - 33119619
Alignment:
Q  256 atttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    |||| |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33119571 attttattggattctttaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccac 33119619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 8583730 - 8583987
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8583730 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 8583829  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8583830 acaatctcacaaaattcattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatcttaattgaat 8583929  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8583930 accactgaatttcattggactcgttaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 8583987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 42218171 - 42218428
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42218171 tgaatttggaagaatattacaaaatctcaaggctatgtgtaggagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 42218270  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42218271 acaatctcacaaaattcattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatatcagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 42218370  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42218371 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 42218428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 49 - 305
Target Start/End: Original strand, 3435689 - 3435939
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3435689 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatg------agatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 3435782  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3435783 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagcacacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 3435882  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3435883 ccactgaatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 3435939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 50 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 44930232 - 44929979
Alignment:
Q  50 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaac 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44930232 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaaatctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaac 44930133  T
Q  150 aatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatac 249  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44930132 aatctcacaaaatcctttactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatacccgtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatac 44930033  T
Q  250 cactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44930032 cactgaatttcattg--ctcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 44929979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 95 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 8880756 - 8880546
Alignment:
Q  95 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgta 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8880756 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaattcattactcacaacaatccattaaaatccgta 8880657  T
Q  195 gagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaat 294  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8880656 gagttttgaatactagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaat 8880557  T
Q  295 tgaataccaca 305  Q
    |||||||||||    
T  8880556 tgaataccaca 8880546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 52109744 - 52109508
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  52109744 aaatctcaaggttatgtgtgggagacagaaaagtctcaaggctaggtgtgggattgttagtaggtacattttacattaaacaatctcacaaaatccatta 52109645  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52109644 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatatcggtatacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccattggatttcattggact 52109545  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52109544 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 52109508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 74 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 47685477 - 47685246
Alignment:
Q  74 tcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcac 173  Q
    |||||||||||||| | ||| | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||    
T  47685477 tcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaagtttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcgcaaaatctattactcac 47685378  T
Q  174 aacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcatta 273  Q
    |||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  47685377 aacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgagcaaaatctcaattgaataccactgaattttattggactcatta 47685278  T
Q  274 aaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47685277 aaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 47685246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 72 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 45333001 - 45332768
Alignment:
Q  72 tctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactc 171  Q
    |||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | | ||| |||||| |||||||    
T  45333001 tctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttggtagatacattttacactaaaaagtttcataaaatccattactc 45332902  T
Q  172 acaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcat 271  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  45332901 acaacaatccattaaaatccttagaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgtaaaatctcaattgaatacctctggattttattggactcat 45332802  T
Q  272 taaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45332801 taaaaaatcctgaaaatcctaattgaataccaca 45332768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 95 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 25936098 - 25935889
Alignment:
Q  95 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgta 194  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||      
T  25936098 agaaaagtctcaaggctag-tgtgagattgttaataggttcattttacactaaacaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaattcgat 25936000  T
Q  195 gagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaat 294  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  25935999 gagttttgaatactagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatactactagatttcattggactcattaaaaaattttgaaaatcctaat 25935900  T
Q  295 tgaataccaca 305  Q
    |||||| ||||    
T  25935899 tgaatatcaca 25935889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 72 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 45340691 - 45340458
Alignment:
Q  72 tctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactc 171  Q
    |||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | | ||| |||||| |||||||    
T  45340691 tctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttggtagatacattttacactaaaaagtttcataaaatccattactc 45340592  T
Q  172 acaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcat 271  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  45340591 acaacaatccattaaaatccttagaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgtaaaatctcaattgaatacctctggattttattggactcat 45340492  T
Q  272 taaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  45340491 taaaaaattctgaaaatcctaattgaataccaca 45340458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 72 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 42721055 - 42720821
Alignment:
Q  72 tctcaaggctatgtgttgaagatagaaaa-gtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattact 170  Q
    |||||||||||||||| | ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  42721055 tctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttggtagatacattttacactaaaaagtctcacaaaatccattact 42720956  T
Q  171 cacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactca 270  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  42720955 cacaacaacccattaaaatccttagaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgtaaaatctcaattgaatacctctggattttattggactca 42720856  T
Q  271 ttaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  42720855 ttaaaaaattctgaaaatcctaattgaataccaca 42720821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 68 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 26336407 - 26336195
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  26336407 aaaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttggtagatacattttacactaaaaagtctcacaaaatccatt 26336308  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  26336307 actcacaataatccattaaaatccttagaattttgaataccaataaacaatttttaagttgtgtaaaatctcaattgaatacctctggattttattggac 26336208  T
Q  268 tcattaaaaaatc 280  Q
    |||||||||||||    
T  26336207 tcattaaaaaatc 26336195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 54510050 - 54509816
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaa-gtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||| | |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  54510050 aaatctcaaagctatgtgtgggagacaaaaaaagcctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccatt 54509951  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
       || |||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54509950 ---cataacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccactggattttattggac 54509854  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  54509853 tcattaaaaaattatgaaaatcctaattgaatatcaca 54509816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 107 - 301
Target Start/End: Original strand, 33449963 - 33450157
Alignment:
Q  107 aggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaata 206  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33449963 aggctatgtgtgagattgttagtagatacattttacactaaaatgtctcacaaaatccattactcacaataatccattaaaatccgtagaattttgaata 33450062  T
Q  207 ccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaatac 301  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33450063 ccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccaccgaattttattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaatac 33450157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 40144098 - 40143878
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||             
T  40144098 aaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggttaagtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaa--------- 40144008  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
           |||||||||||||| | || | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||    
T  40144007 -------caatccattaaaattcttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaatacctctgaattttattggact 40143915  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40143914 tattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 40143878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 49 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 7820405 - 7820239
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaagg-ctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7820405 gaatttggaagagtaatacaaaatcccaagggctatgtgtgggagacagaaaagtctccaggctaggtgtgagattgttagtaggtgcattttacactaa 7820306  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatg 230  Q
    ||||||||| |||                ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7820305 acaatctcataaa----------------aattcattaaaatccgtagagttttgaatactagtagacaatttttaagttatg 7820239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 212 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 5117156 - 5117064
Alignment:
Q  212 agacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||  || ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  5117156 agacaatttttaagttgcgaaaaatcttgatggaataccaccggatttcattgaactctttaaaaagtcctgaaaatcttaattgaataccac 5117064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 7820240 - 7820198
Alignment:
Q  263 tggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7820240 tggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 7820198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 38231036 - 38230928
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| | |||||||||||| ||| |   ||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||||| | |||||||  ||||| |||  ||||||||||    
T  38231036 actaaaaagtctcacaaaatccattccatccaagaatccatcaaaatctatagacttttgaataccaatggacaattcataagtcatgagaaatctcaat 38230937  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  38230936 tgaatacca 38230928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 177 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 53272139 - 53272056
Alignment:
Q  177 aatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttc 260  Q
    |||||||||||||  ||| | |||||||||||| |||||| ||| ||||| |  |||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  53272139 aatccattaaaatatgtatacttttgaataccaatagacattttataagtcagccaaagtctcatttgaataccaccggatttc 53272056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 56397770 - 56397742
Alignment:
Q  50 aatttggaagagtattacaaaatctcaag 78  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  56397770 aatttggaagagtattacaaaatctcaag 56397742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 49 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 40410948 - 40410692
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40410948 gaatttggaaaagtattacaaaatttcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtctcaagtctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 40410849  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40410848 caatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatacgagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 40410749  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40410748 ccactagatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 40410692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 6828537 - 6828774
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaa-gtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||| | |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  6828537 aaatctcaaagctatgtgtgggagacaaaaaaagtctcaaggttagatgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccatt 6828636  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6828637 actcataacaatccattaaaatccttacaattttgaatatcaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccactggattttattggac 6828736  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  6828737 tcattaaaaaatcctgaaaatcctaattaaataccaca 6828774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 95 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 17518741 - 17518530
Alignment:
Q  95 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgta 194  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17518741 agaaaagtcttgaggctgggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccattactcgcaacattccattaaaatccgta 17518642  T
Q  195 gagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacca-ctggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaa 293  Q
    || |||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  17518641 gaattttgaatcccaataaacaatttttaagttgtgcaaaatcttaattgaataccaccgggattttattggactctttaaaaaatcttgaaaatcctaa 17518542  T
Q  294 ttgaataccaca 305  Q
    ||||||| ||||    
T  17518541 ttgaatagcaca 17518530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 95 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 10571423 - 10571213
Alignment:
Q  95 agaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgta 194  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | | |||||||||| ||| || ||||||||| |||||| | | ||    
T  10571423 agaaaagtcttaaggttaggtgtgagattgttagtatgtacattttatactaaaaagtttcacaaaatccattcctgacaacaatctattaaatttcata 10571324  T
Q  195 gagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaat 294  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  10571323 gaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtacaaaatcttaattgaataccaccggattttattggactctttaaaaaattttgaaaatcctaat 10571224  T
Q  295 tgaataccaca 305  Q
    |||||||||||    
T  10571223 tgaataccaca 10571213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 177 - 299
Target Start/End: Original strand, 6902525 - 6902647
Alignment:
Q  177 aatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaa 276  Q
    |||||||| |||||  || | ||||||||||||  |||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||||||  |||||  |||||||| ||||||    
T  6902525 aatccattgaaatcaatacatttttgaataccaagagacaatttttaagttgtaaaaaatcttgattgaataccaccagattttgttggactctttaaaa 6902624  T
Q  277 aatcatgaaaatcctaattgaat 299  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  6902625 aatcattaaaatcctaattgaat 6902647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Original strand, 2276025 - 2276133
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||  || || ||||||||||||||  |||| ||||||||| || |||||||||  ||||| |||  |||| | |||    
T  2276025 actaaaaaatctcacaaaatccattatacaaaagaatccattaaaatctatagacttttgaatatcaatagacaattcataagtcatgagaaattttaat 2276124  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  2276125 tgaatacca 2276133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 26876289 - 26876251
Alignment:
Q  266 actcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26876289 actctttaaaaaatcctgaaaatcctaattgaataccac 26876251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 240 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 7857192 - 7857128
Alignment:
Q  240 aattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    ||||||||||| |  |||||  |||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  7857192 aattgaataccgccagattttgttggactctttaaaaattcattaaaatcctaattcaataccac 7857128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 50 - 305
Target Start/End: Original strand, 26882553 - 26882808
Alignment:
Q  50 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaac 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  26882553 aatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggtgatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtatatacattttacactaaac 26882652  T
Q  150 aatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatac 249  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26882653 aatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatctgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatac 26882752  T
Q  250 cactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26882753 cactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 26882808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 52705752 - 52705495
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  52705752 tgaatttggaagagtattacaatatctcaaggctatgtgtgggagatagaaaagtcttaaggctaggcgtgagattgttagtaagtacattttacaccaa 52705653  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52705652 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 52705553  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52705552 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 52705495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 49 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 45318818 - 45318562
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318818 gaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggtgataaaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaa 45318719  T
Q  149 caatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318718 caatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaata 45318619  T
Q  249 ccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45318618 ccactggatttcattggattcattagaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 45318562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 36402585 - 36402349
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||| | ||||||| | ||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  36402585 aaatctcaaagttatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggttagatgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccatta 36402486  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36402485 ctcacaacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaataccactggattttattggact 36402386  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36402385 cattaaaaaatcctgaaaatcctaattgaataccaca 36402349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Original strand, 1928149 - 1928386
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  1928149 aaaatctcaagactatgtgtgggagacaaaaaagtcacaaggctaggtgtgagattgttagtagatgcattttacactaaaaagtctcacaaaatccatt 1928248  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  1928249 actcataacaatccattaaaatccttagaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctgaattgaataccactggattttattggac 1928348  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1928349 tcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 1928386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 72 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 29209090 - 29208858
Alignment:
Q  72 tctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactc 171  Q
    |||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  29209090 tctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttggtagatatatgttacactaaaaagtctcacaaaatccattactc 29208991  T
Q  172 acaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcat 271  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  29208990 acaacaatccattaaaatccttagaactttgaataccaatagacaatttttaagttgtgtaaaatctcaattgaatacctctggattttattggactcat 29208891  T
Q  272 taaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29208890 taaaaaatcctgaaaatcctaattgaataccac 29208858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 33243060 - 33243292
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||     |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | | |||||||||| ||||    
T  33243060 aaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctct----taggtgtgagattgttagtaggtacaatttacattaaaaagtttcacaaaatccatta 33243155  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  33243156 ctcacaacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtacaaaatctcaattgaataccactggattttattgtact 33243255  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33243256 cattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 33243292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 33263233 - 33263465
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||     |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | | |||||||||| ||||    
T  33263233 aaatctcaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtctct----taggtgtgagattgttagtaggtacaatttacattaaaaagtttcacaaaatccatta 33263328  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  33263329 ctcacaacaatccattaaaatccttacaattttgaataccaatagacaatttttaagttgtacaaaatctcaattgaataccactggattttattgtact 33263428  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33263429 cattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 33263465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 10897138 - 10896902
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    ||||||||| |||||||||   ||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | |||||||||| ||||    
T  10897138 aaatctcaaagctatgtgtgagagacaaaaaagtgtcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacattaaaatgtttcacaaaatccatta 10897039  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggact 268  Q
    |||| ||||||||||||||||||    | |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  10897038 ctcataacaatccattaaaatcctaccaattttgaataccaatagacaatttttaagttgggcaaaatctcaattgaataccactggattttattagact 10896939  T
Q  269 cattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10896938 cattaaaaaatcctgaaaatcctaattgaataccaca 10896902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 102 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 45535089 - 45534908
Alignment:
Q  102 tctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 201  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  45535089 tctcaaggctacgtgtgagattgttagtaggtacattttacactcaacaatctcaaaaaatccattactcacaacaatccattaaaatcagtagagtt-- 45534992  T
Q  202 gaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaatac 301  Q
                        ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  45534991 --------------------taagttatgcaaaatctcaattgaataccgctgaatttcattggactcattaaaaaatcttaaaaatcctaattaaatac 45534912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 198 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 9831499 - 9831417
Alignment:
Q  198 ttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatc 280  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9831499 ttttgaataccaatagacaatttgtaagttgtgcaaaatctcaattgaataccactggattttattggactcattaaaaaatc 9831417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 106 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 9831867 - 9831782
Alignment:
Q  106 aaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatcc 191  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9831867 aaggttaggtgtgagattgttagtaagtatattttacactaaaaagtctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatcc 9831782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 177 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 9191361 - 9191234
Alignment:
Q  177 aatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaa 276  Q
    |||||||| |||||  || | ||||||||||||  |||||||||||||||| |   ||||||  ||||||||||||  |||||  |||||||| ||||||    
T  9191361 aatccattgaaatcaatacatttttgaataccaagagacaatttttaagttgtaataaatcttgattgaataccaccagattttgttggactctttaaaa 9191262  T
Q  277 aatcatgaaaatcctaattgaataccac 304  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||    
T  9191261 aatcattaaaatcctaattgaataccac 9191234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Original strand, 19007400 - 19007508
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| | |||||||||||| ||| |   ||| ||||||| ||||||  |||| |||| ||||||| |||||||||  ||||| |||  ||||||||||    
T  19007400 actaaaaagtctcacaaaatccattccatccaagaatccatcaaaatctatagactttttaataccaatagacaattcataagtcatgagaaatctcaat 19007499  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  19007500 tgaatacca 19007508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 48194854 - 48194746
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| | |||||||||||| ||| |   ||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||||| | |||||||  ||||| |||  ||||||||||    
T  48194854 actaaaaagtctcacaaaatccattccatccaagaatccatcaaaatctatagacttttgaataccaatggacaattcataagtcatgagaaatctcaat 48194755  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  48194754 tgaatacca 48194746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 48203612 - 48203504
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| | |||||||||||| ||| |   ||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||||  | |||||||  ||||| |||  ||||||||||    
T  48203612 actaaaaagtctcacaaaatccattccatccaagaatccatcaaaatctatagacttttgaatacctatggacaattcataagtcatgagaaatctcaat 48203513  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  48203512 tgaatacca 48203504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 81507 - 81764
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  81507 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgagagatagaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtagatacattttacactaa 81606  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81607 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccaggagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 81706  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  81707 accactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaatagcaca 81764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 48 - 305
Target Start/End: Original strand, 6476438 - 6476695
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6476438 tgaatttgaaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgggagacagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtagttacattttacactaa 6476537  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6476538 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatactagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 6476637  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6476638 accactggattttattggactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 6476695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 102 - 305
Target Start/End: Original strand, 29834064 - 29834267
Alignment:
Q  102 tctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29834064 tctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcataaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 29834163  T
Q  202 gaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaatac 301  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  29834164 gaataccgatagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaattctaattgcatac 29834263  T
Q  302 caca 305  Q
    ||||    
T  29834264 caca 29834267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 102 - 305
Target Start/End: Original strand, 29865498 - 29865701
Alignment:
Q  102 tctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29865498 tctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcataaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 29865597  T
Q  202 gaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaatac 301  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  29865598 gaataccgatagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaattctaattgcatac 29865697  T
Q  302 caca 305  Q
    ||||    
T  29865698 caca 29865701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 76 - 305
Target Start/End: Original strand, 3110038 - 3110267
Alignment:
Q  76 aaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaa 175  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3110038 aaggctatgtgtgggagatagaaaagtcttaatactaggtgcgagattgtcagtatgtacattttacactaaacaatctcacaaaatccattactcacaa 3110137  T
Q  176 caatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaa 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3110138 caatccattaaaatccgtagagttttgaataactgcacacaattttcaagttaggcaaaatctcaattgaatatcactggatttcattggactcattaaa 3110237  T
Q  276 aaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  3110238 aaatcttgaaaattctaattgaataccaca 3110267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 69 - 305
Target Start/End: Original strand, 10643758 - 10643996
Alignment:
Q  69 aaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatta 168  Q
    |||||| |||||||||||| | ||| | |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||    
T  10643758 aaatcttaaggctatgtgtgggagacaaaaaagtcttaagattaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaaaagtctcacaaaatccatta 10643857  T
Q  169 ctcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatg--caaaatctcaattgaataccactggatttcattgga 266  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10643858 ctcacaacaatccattaaaatccttacaattttgattaccaatagacaatttttaagttgtgatcaaaatctcaattgaataccactggattttattgga 10643957  T
Q  267 ctcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10643958 ctcattaaaaaatcctgaaaatcctaattgaataccaca 10643996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 30878191 - 30877954
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctatt 167  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  30878191 aaaatctcaagactatgtgtgggagacaaaaaagtctcaaggctagatgtgagattgttagtagatgcattttacactaaaaagtctcacaaaatccatt 30878092  T
Q  168 actcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggac 267  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  30878091 actcataacaatccattaaaatccttagaattttgaataccaatagacaatttttaagctgtacaaaatctgaattgaataccactagattttattggac 30877992  T
Q  268 tcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  30877991 tcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaatatcaca 30877954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 152 - 305
Target Start/End: Original strand, 7858203 - 7858356
Alignment:
Q  152 tctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacca 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7858203 tctcacaaaatctattactcacaacaatgcattaaaatccgtagaattttgaatatcaatagacaatttttaagttgtgcaaaatctcaattgaatacca 7858302  T
Q  252 ctggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
     || | || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7858303 gtgcactttattgaactcattaaaaaatcttgaaaatcctaattgaataccaca 7858356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 709178 - 709070
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| | |||||||||||| |||||   ||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||||| |||||||||  ||||| |||  |||| |||||    
T  709178 actaaaaagtctcacaaaatccattacatccaagaatccatcaaaatctatagacttttgaataccaatagacaattcataagtcatgagaaatttcaat 709079  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  709078 tgaatacca 709070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7100428 - 7100320
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| | |||||||||||| ||| |   ||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||||| | |||||||  ||||| |||  ||||||||||    
T  7100428 actaaaaagtctcacaaaatccattccatccaagaatccatcaaaatctatagacttttgaataccaatggacaattcataagtcatgagaaatctcaat 7100329  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  7100328 tgaatacca 7100320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 251
Target Start/End: Original strand, 8794202 - 8794310
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaat 242  Q
    |||||| | |||||||||||| ||| |   ||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||||| | |||||||  ||||| |||  ||||||||||    
T  8794202 actaaaaagtctcacaaaatccattccatccaagaatccatcaaaatctatagacttttgaataccaatggacaattcataagtcatgagaaatctcaat 8794301  T
Q  243 tgaatacca 251  Q
    |||||||||    
T  8794302 tgaatacca 8794310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 79
Target Start/End: Original strand, 29834041 - 29834071
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaagg 79  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29834041 gaatttggaagagtattacaaaatctcaagg 29834071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 79
Target Start/End: Original strand, 29865475 - 29865505
Alignment:
Q  49 gaatttggaagagtattacaaaatctcaagg 79  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29865475 gaatttggaagagtattacaaaatctcaagg 29865505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 5957354 - 5957285
Alignment:
Q  182 attaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaatacca 251  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||  ||||| |||  |||||| ||||||||||||    
T  5957354 attaaaatctatagacttttgaataccaatagacaattcataagtcatgagaaatcttaattgaatacca 5957285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0153 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0153
Description:

Target: scaffold0153; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 48 - 290
Target Start/End: Original strand, 34539 - 34781
Alignment:
Q  48 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaa 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34539 tgaatttggaagagtattacaaaatctcaaggctatgtgtgagagatagaaaagtctcaaggttaggtgtgagattgttagtagatacattttacactaa 34638  T
Q  148 acaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34639 acaatctcacaaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaatatcagcagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaat 34738  T
Q  248 accactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcc 290  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34739 accactgtatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaatcc 34781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 2)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 102 - 305
Target Start/End: Original strand, 21192 - 21395
Alignment:
Q  102 tctcaaggctaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 201  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21192 tctcaaggttaggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcataaaatccattactcacaacaatccattaaaatccgtagagtttt 21291  T
Q  202 gaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaatac 301  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  21292 gaataccgatagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattggactcattaaaaaatcttgaaaattctaattgcatac 21391  T
Q  302 caca 305  Q
    ||||    
T  21392 caca 21395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 79
Target Start/End: Original strand, 21170 - 21199
Alignment:
Q  50 aatttggaagagtattacaaaatctcaagg 79  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21170 aatttggaagagtattacaaaatctcaagg 21199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0202 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0202
Description:

Target: scaffold0202; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 68 - 305
Target Start/End: Original strand, 16303 - 16524
Alignment:
Q  68 aaaatctcaaggctatgtgttgaagatagaaaagtctcaaggcta--ggtgtgagattgttagtaggtacattttacactaaacaatctcacaaaatcta 165  Q
    ||||| ||||||||||||||   ||| | ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  16303 aaaatttcaaggctatgtgtgagagacataaaagtctcaaggttataggtgtgagattgttagtaggtacactttacactaaacaatctcacaaaatcca 16402  T
Q  166 ttactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggatttcattgg 265  Q
    |||||||||                  |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16403 ttactcaca------------------tagaattttgaatactaatagacaatttttaagttatgcaaaatctcaattgaataccactggattttattgg 16484  T
Q  266 actcattaaaaaatcatgaaaatcctaattgaataccaca 305  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  16485 actcattaaaaattcttgaaaatactaattgaataccaca 16524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 143 - 227
Target Start/End: Original strand, 1705 - 1789
Alignment:
Q  143 actaaacaatctcacaaaatctattactcacaacaatccattaaaatccgtagagttttgaataccagtagacaatttttaagtt 227  Q
    |||||| | |||||||||||| |||   || || |||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||    
T  1705 actaaaaagtctcacaaaatccattctacaaaagaatccattaaaatctgcagatttttgaataccaatagacattttataagtt 1789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University