View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11033_low_7 (Length: 497)

Name: NF11033_low_7
Description: NF11033
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11033_low_7
NF11033_low_7
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-479)||(2440299-2440767)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (28-479)||(41656342-41656789)
chr5 (25-479)||(41665103-41665554)
chr5 (24-479)||(41706334-41706768)
chr5 (24-479)||(41648251-41648703)
chr5 (24-475)||(41716141-41716571)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 479
Target Start/End: Original strand, 2440299 - 2440767
Alignment:
Q  11 cagagagtggggagaattgacatcatttgcaaaagaggctagtacgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatattggtcctgctaaagaagat 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2440299 cagagggtggggagaattgacatcatttgcaaaagaggctagtacgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatattggtcttgctaaagaagat 2440398  T
Q  111 gggaactataagaatgatttgatgaaattcactatttttgttagagggaagaaggtgccatttcagggaaattatcaatcaattgtttaggcttgagaac 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440399 gggaactataagaatgatttgatgaaattcactagttttgttagagggaagaaggtgccatttcagggaaattatcaatcaattgtttaggcttgagaac 2440498  T
Q  211 tatgagcagcgttcatttgaagcaagaaatggcaagggatctaacattgatcatcaggagattcttagtactctgtgcgcctgaggccgattgggttagg 310  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440499 tatgagcagtgttcatttgaagcaagaaatggcaagggatctaacattgatcatcaggagattcttagtactctgtgcgcctgaggccgattgggttagg 2440598  T
Q  311 atttaggaacaaagacggaacaccaagaaaacttcactctactgacctgacacccattgctaaagcatgggcaacatttgttttgcataccttgctccca 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440599 atttaggaacaaagacggaacaccaagaaaacttcactctactgacctgacacccattgctaaagcatgggcaacatttgttttgcataccttgctccca 2440698  T
Q  411 tgttcaaatgtgtcagacttgaccattcagaaagcaaccttgttaactgcaatccttaagggtgaacca 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2440699 tgttcaaatgtgtcagacttgaccattcagaaagcaaccttgctaactgcaatccttaagggtgaacca 2440767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 28 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 41656789 - 41656342
Alignment:
Q  28 tgacatcatttgcaaaagaggctagtacgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatattggtcctgctaaagaagatgggaactataagaatga 127  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41656789 tgacaacatttgcaaaagaggctagtgcc-cattagctaaagagttctttgcaaatgcatatctgggtcctgctaaagaagatgggaactataagaatga 41656691  T
Q  128 tttgatgaaattcactatttttgttagagggaagaaggtgccatttca--gggaaattatcaatcaattgtttaggcttgagaactatgagcagcgttca 225  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||   | |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  41656690 tttgatgaaattcactagttttgtcagaggcaagatggtgccatttcatgagaaaattatcaatcgattgtttgggctagagaactatgagcagtgttca 41656591  T
Q  226 tttgaagcaagaaatggcaagggatctaacattgatcatcaggagattcttagtactctgtgc--gcctgaggccgattgggttaggatttaggaacaaa 323  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||        ||||||| |||    
T  41656590 tttgaagcaagaaaggcaaagggatctaacattgatcatcaggagattcttagtactctgtgcaggcccgaggccgattgg-------attaggaagaaa 41656498  T
Q  324 gacggaacaccaagaaaacttcactctactgacctgacacccattgctaaagcatgggcaacatttgttttgcataccttgctcccatgttcaaatgtgt 423  Q
    || |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  41656497 gatggaacaccaataaaacttaactcttctgacctgacacccattgctaaagcatgggaaacatttattttgcataccttgcttccgagttcaaatgtgt 41656398  T
Q  424 cagacttgaccattcagaaagcaaccttgttaactgcaatccttaagggtgaacca 479  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  41656397 cagacttgccccttcagaaagcaaccttgataactgcaatccttaagggcgaacca 41656342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 25 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 41665554 - 41665103
Alignment:
Q  25 aattgacatcatttgcaaaagaggctagtacgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatattggtcctgctaaagaagatgggaactataagaa 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  41665554 aattgacatcatttgcaaaagaggctagtgcgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatatgggtactgccaaagaagatgggaactatgagaa 41665455  T
Q  125 tgatttgatgaaattcactatttttgttagagggaagaaggtgccatttca--gggaaattatcaatcaattgtttaggcttgagaactatgagcagcgt 222  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  41665454 tgatctgatgaaattcactagttttgtgagagggaagaaggtgccatttcatgagaaaattatcaatcaattgtttgggcttgagaactatgagcagtgt 41665355  T
Q  223 tcatttgaagcaagaaatggcaagggatctaacattgatcatcaggagattcttagtactctgtgc--gcctgaggccgattgggttaggatttaggaac 320  Q
    || ||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| ||||| |||||||||||||     ||      
T  41665354 tcgtttgaagcaagaaagaccaagggctctaacattgatcatcaggagattcgtagcactctgtgcaggcccgaggctgattgggttagga-----ga-- 41665262  T
Q  321 aaagacggaacaccaagaaaacttcactctactgacctgacacccattgctaaagcatgggcaacatttgttttgcataccttgctcccatgttcaaatg 420  Q
    ||||| |||||||||  || ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  41665261 aaagatggaacaccatcaagactccacacttctgacctcacacccattgctaaagcatgggcaacatttattttgcgaaccttgctcccgtgttcaaatg 41665162  T
Q  421 tgtcagacttgaccattcagaaagcaaccttgttaactgcaatccttaagggtgaacca 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  41665161 tgtcagacttgaccattcagaaagcaaccttgctgactgcaattcttaagggtgaacca 41665103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 24 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 41706768 - 41706334
Alignment:
Q  24 gaattgacatcatttgcaaaagaggctagtacgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatattggtcctgctaaagaagatgggaactataaga 123  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||                  ||    
T  41706768 gaattgacatcgtttgcaaaagatgctagtacgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatcagggccctgctaa------------------ga 41706687  T
Q  124 atgatttgatgaaattcactatttttgttagagggaagaaggtgccatttcagggaaat--tatcaatcaattgtttaggcttgagaactatgagcagcg 221  Q
    ||||    ||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||| |  |||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  41706686 atgagcgaatgaaattcactagttttatcagagggaagaatgttccatttcatgataatattatcaatgaattgtttgggcttgagaactatgagcagtg 41706587  T
Q  222 ttcatttgaagcaagaaatggcaagggatctaacattgatcatcaggagattcttagtactctgtgc--gcctgaggccgattgggttaggatttaggaa 319  Q
    ||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||       |    
T  41706586 ttcctttgaagcaagaaaggccaagggttctaacattgatcatcaggagattcgtagtactctgtgtaggcccgaggccgattgggttagga-------a 41706494  T
Q  320 caaagacggaacaccaagaaaacttcactctactgacctgacacccattgctaaagcatgggcaacatttgttttgcataccttgctcccatgttcaaat 419  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| | || ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  41706493 caaagacggaacaccgacaaaacttcgcacttctgacctcacaccccttgctaaagtatgggcaatgtttgttttgcgtaccttgctcccgtgttcaaat 41706394  T
Q  420 gtgtcagacttgaccattcagaaagcaaccttgttaactgcaatccttaagggtgaacca 479  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||    
T  41706393 gtgtcagacttgaccattctaaaagcaaacttgctgacagcaatccttaagggtgaacca 41706334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 24 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 41648703 - 41648251
Alignment:
Q  24 gaattgacatcatttgcaaaagaggctagtacgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatattggtcctgctaaagaagatgggaactataaga 123  Q
    ||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||| |||||||| || | |||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  41648703 gaattgacatagcttgcagaagaggcttgtacaacatttgctaaagaattgtctgcaaatgcatatcagggtcctactaaagaagatgggaacaataaga 41648604  T
Q  124 atgatttgatgaaattcactatttttgttagagggaagaaggtgccatttcagg--gaaattatcaatcaattgtttaggcttgagaactatgagcagcg 221  Q
    ||||| | ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |   |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |    
T  41648603 atgatctaatgcaattcactagttttgtgagagggaagaaggttccatttcatgataaaattatcaatcaattgtttgggcttgagaacaatgaggagtg 41648504  T
Q  222 ttcatttgaagcaagaaatggcaagggatctaacattgatcatcaggagattcttagtactctgtg--cgcctgaggccgattgggttaggatttaggaa 319  Q
    ||| |||||| |||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||| |||||||||||||       |||||||    
T  41648503 ttcctttgaaacaagaaagaccaagggctctaacattgatcatcaggagattcacagtactctgtgtaggcccgaggccgattggg-------ttaggaa 41648411  T
Q  320 caaagacggaacaccaagaaaacttcactctactgacctgacacccattgctaaagcatgggcaacatttgttttgcataccttgctcccatgttcaaat 419  Q
    ||| || | |||||||  || ||| ||| || ||   || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  41648410 caatgatgaaacaccattaagactccacacttctagtctcacacccattgcgaaagcatggacaacatttgttttgcatacattactcccatgttcaaat 41648311  T
Q  420 gtgtcagacttgaccattcagaaagcaaccttgttaactgcaatccttaagggtgaacca 479  Q
    | |||||| |||||||||| |||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||||    
T  41648310 gcgtcagagttgaccattccgaaatcgaccttgctgactgcaatcctgaagggtgaacca 41648251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 24 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 41716571 - 41716141
Alignment:
Q  24 gaattgacatcatttgcaaaagaggctagtacgacattagctaaagagttctttgcaaatgcatatattggtcctgctaaagaagatgggaactataaga 123  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||                  ||    
T  41716571 gaattgacatcgtttgcaaaagatgctagtacgacaatagctaaagagttctttgcaaatgcatatcagggtcctgctaa------------------ga 41716490  T
Q  124 atgatttgatgaaattcactatttttgttagagggaagaaggtgccatttcaggg--aaattatcaatcaattgtttaggcttgagaactatgagcagcg 221  Q
    |||||   ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |    
T  41716489 atgatcgaatgaaattcactagttttgtcagagggaagaaggttccatttcatgataaaattatcaatcaaatgtttaggcttgagaactatgagaagtg 41716390  T
Q  222 ttcatttgaagcaagaaatggcaagggatctaacattgatcatcaggagattcttagtactctgtg--cgcctgaggccgattgggttaggatttaggaa 319  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||   ||| ||||| |||||||       |||||||    
T  41716389 ttcatttgaagcaagaaaggccaagggttctaacgttgatcatcaggagattcgtagtactttgtgtaggcccgaggctgattggg-------ttaggaa 41716297  T
Q  320 caaagacggaacaccaagaaaacttcactctactgacctgacacccattgctaaagcatgggcaacatttgttttgcataccttgctcccatgttcaaat 419  Q
    |||||| |||||||||  |||||||| | |   |||||| || ||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  41716296 caaagatggaacaccagcaaaacttcgcacgtgtgacctcactcccgttgctaaagtatgggcaatgtttgttttgcgcaccttgctcccatgttcaaat 41716197  T
Q  420 gtgtcagacttgaccattcagaaagcaaccttgttaactgcaatccttaagggtga 475  Q
       ||||||||||||||||  ||||| | |||  | ||||||||||||||||||||    
T  41716196 agatcagacttgaccattctaaaagctaacttactgactgcaatccttaagggtga 41716141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University