View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11035_low_7 (Length: 347)

Name: NF11035_low_7
Description: NF11035
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11035_low_7
NF11035_low_7
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (19-347)||(5894616-5894944)
chr4 (19-347)||(5847559-5847884)
chr4 (32-276)||(5613632-5613873)
chr4 (105-346)||(3749408-3749649)
chr4 (72-347)||(5885824-5886099)
chr4 (88-347)||(5553664-5553923)
chr4 (86-345)||(5582821-5583080)
chr4 (88-347)||(5852499-5852758)
chr4 (134-347)||(5565255-5565468)
chr4 (87-345)||(5570615-5570873)
chr4 (88-346)||(5858520-5858778)
chr4 (134-347)||(5605573-5605786)
chr4 (85-339)||(5559472-5559726)
chr4 (105-339)||(5538770-5539004)
chr4 (26-58)||(5570536-5570568)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (164-347)||(1485709-1485892)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (164-347)||(890-1074)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 19 - 347
Target Start/End: Original strand, 5894616 - 5894944
Alignment:
Q  19 ttcacaacttacaaggttggttactcttgatctctcttctgatgtcgttcgcacaaaacctataatcccaaatttacaaaagtttatccaaaatctcacc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5894616 ttcacaacttacaaggttggttactcttgatctctcttttgatgtcgttcgcacgaaacctaatatcccaaatttacaaaagtttatccaaaatctcacc 5894715  T
Q  119 aatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagca 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5894716 aatattaggcaactgtatctagatggtataactataacatctcagagacataaatggagcaatgctttgatacctttgcgtgacctacaagaattgagca 5894815  T
Q  219 tgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcattattctttatggaaacaatttttcatcctcatt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5894816 tgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactacagaacctgtcagtcattattctttatcgaaacaatttttcatcctcatt 5894915  T
Q  319 gccagaaacatttgccaattttaaaaacc 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5894916 gccagaaacatttgccaattttaaaaacc 5894944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 347
Target Start/End: Original strand, 5847559 - 5847884
Alignment:
Q  19 ttcacaacttacaaggttggttactcttgatctctcttctgatgtcgttcgcacaaaacctataatcccaaatttacaaaagtttatccaaaatctcacc 118  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5847559 ttcacaactcacgaggttggttactcttgatctctcttcttatgtcga---cacaaaacctaaaatcccaaatctacaaaagtttatccaaaatctcacc 5847655  T
Q  119 aatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagca 218  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  5847656 aatattaggcaaatgtatctagatggtataagtataacatctcggggacatgaatggagcaatgctttgttgcctttgcgtgacctgcaaaagttgagca 5847755  T
Q  219 tgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcattattctttatggaaacaatttttcatcctcatt 318  Q
    ||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||||  ||  ||||| ||||||||| || |    
T  5847756 tgtctgattgtgatctatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctgacggtcattgttcttggtgagaacaacttttcatccccagt 5847855  T
Q  319 gccagaaacatttgccaattttaaaaacc 347  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5847856 gccacaaacatttgccaattttaaaaacc 5847884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 32 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 5613873 - 5613632
Alignment:
Q  32 aggttggttactcttgatctctcttctgatgtcgttcgcacaaaacctataatcccaaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaac 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5613873 aggttggttactcttgatctctcttcttatgtcga---cacaaaacctaaaatcccaaatttacaaaagcttatccaaaatctcaccaatatgaggcaac 5613777  T
Q  132 tgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtga 231  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||| |    
T  5613776 tgtatctagatggtataagtataacatctcagggacatgaatggatcaatgctttgttgcctttgagcgacctacaagaactgagcatgtctaactgtaa 5613677  T
Q  232 tttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacct 276  Q
    | | |||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5613676 tctatcaggacctcttgattcttccctttcaaaactagagaacct 5613632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 105 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 3749649 - 3749408
Alignment:
Q  105 tccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacct 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |    
T  3749649 tccaaaatctcaccaatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtgactt 3749550  T
Q  205 acaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcattattctttatggaaacaat 304  Q
     |||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  3749549 gcaagaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaacaat 3749450  T
Q  305 ttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaac 346  Q
    ||||||||  || ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  3749449 ttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaac 3749408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 72 - 347
Target Start/End: Original strand, 5885824 - 5886099
Alignment:
Q  72 caaaacctataatcccaaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataa 171  Q
    |||||| || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| || |    
T  5885824 caaaacttaaaatctcaaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatga 5885923  T
Q  172 atggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagag 271  Q
    |||||| ||||||||| | ||  |||||||| | ||||| |||||||||| ||| |||  | | |||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||    
T  5885924 atggagtaatgctttgttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagag 5886023  T
Q  272 aacctgtcactcattattctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacc 347  Q
    ||||| ||  |||||||||||   |  ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5886024 aacctatcggtcattattcttggcgagaacaatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacc 5886099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 88 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5553923 - 5553664
Alignment:
Q  88 aaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttg 187  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  5553923 aaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttg 5553824  T
Q  188 atgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcatta 287  Q
     ||||  || |||| |||||||| |||||||||| ||| |||||| |  ||||  | || |||||||||||||||| |||| | ||||| ||  ||||||    
T  5553823 ttgccgctgtgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcatta 5553724  T
Q  288 ttctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacc 347  Q
    ||||| || | ||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5553723 ttcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaattttcaaaacc 5553664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 86 - 345
Target Start/End: Original strand, 5582821 - 5583080
Alignment:
Q  86 ccaaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctt 185  Q
    |||||| |||| || ||| |||||||||| |||| | ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||| | ||||||||||  ||||||| |||||||    
T  5582821 ccaaatctacagaaatttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtataaaagctcagggacaagaatggaggaatgctt 5582920  T
Q  186 tgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcat 285  Q
    || ||||  ||| | |||| |||| |||||| |||||| |||||||| | |||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||    
T  5582921 tgttgcccctgcctaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggtccccttgattcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcat 5583020  T
Q  286 tattctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaa 345  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  5583021 tattcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccacaaacattttccaatttcaaaaa 5583080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 88 - 347
Target Start/End: Original strand, 5852499 - 5852758
Alignment:
Q  88 aaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttg 187  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | | ||||||| |||||||| |||| ||  |||||||||||||||||    
T  5852499 aaatctacaaaagtttgtccaaaatctgaccaagattaggcaactgtatctagaagatataactctaacatctgaggggcaggaatggagcaatgctttg 5852598  T
Q  188 atgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcatta 287  Q
     ||||  ||||||| ||||||   |||||| ||| ||| |||||| |  ||||  | ||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||| ||||||    
T  5852599 ttgccactgcgtgaactacaaatgttgagcttgtataaatgtgatctagcagggccacttgattcttccctatcaaaactaaggaacctatcagtcatta 5852698  T
Q  288 ttctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacc 347  Q
    ||||| || | ||||||||||| ||| |  | |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  5852699 ttcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgctaattttcaaaacc 5852758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 134 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5565468 - 5565255
Alignment:
Q  134 tatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatt 233  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| |  |||| |||| || |||||||||||||||||  ||||||| |  |||| |     
T  5565468 tatctagatggtataagtataccatctcaaggatatgaatggagcagtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtc 5565369  T
Q  234 tgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcattattctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgc 333  Q
    | |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||  ||  || |||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  5565368 tttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgc 5565269  T
Q  334 caattttaaaaacc 347  Q
    ||||||||||||||    
T  5565268 caattttaaaaacc 5565255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 87 - 345
Target Start/End: Original strand, 5570615 - 5570873
Alignment:
Q  87 caaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgcttt 186  Q
    ||||| |||| || ||| |||||||||| |||| | ||||| | ||||||||| ||||| ||| | ||| | ||||||||||  |||||||  |||||||    
T  5570615 caaatctacagaaatttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtttaaaagctcagggacaagaatggagtgatgcttt 5570714  T
Q  187 gatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcatt 286  Q
    | | ||  ||||| |||| |||| |||||| |||||| |||||||| | |||||| |||||  |||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||    
T  5570715 gtttccgctgcgtaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggacccctttcttcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcatt 5570814  T
Q  287 attctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaa 345  Q
    |||||| |||| ||| |||| ||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  5570815 attcttgatgggaactatttctcatccctagtgccagaaacattttccaattttaaaaa 5570873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 88 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 5858778 - 5858520
Alignment:
Q  88 aaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttg 187  Q
    |||| |||||||| || | |||||||| || ||  | |||||| |||||||| || || ||| |||| || || |||||||| |||||| ||||||||||    
T  5858778 aaatctacaaaagcttgtgcaaaatctgacaaaactaaggcaattgtatctagatagtgtaagtatatcagctaagggacatgaatggatcaatgctttg 5858679  T
Q  188 atgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcatta 287  Q
     |||| |||||  |||||||||||||||||||||||   |||| | | | |||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||    
T  5858678 ttgccgttgcgaaacctacaagaattgagcatgtcttcctgtggtctattaggtccccttgattcttccctaacaaaactagagaacctatcagtcatta 5858579  T
Q  288 ttctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaac 346  Q
    ||||| |||  ||| ||||||||||| || | || ||||||||||| ||||||||||||    
T  5858578 ttcttgatgagaactatttttcatccccagttcctgaaacatttgcaaattttaaaaac 5858520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 134 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5605786 - 5605573
Alignment:
Q  134 tatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatt 233  Q
    |||||| ||||||||| |||| || |||| ||| || ||||||||| |  |||| ||||  | |||||||||||||||||  | |||||  | |||| ||    
T  5605786 tatctagatggtataagtataccagctcaaggatatgaatggagcagtcttttgttgccgctccgtgacctacaagaattaggtatgtcagactgtggtt 5605687  T
Q  234 tgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcattattctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgc 333  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||| | ||  ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  5605686 tttcaggaccccttgattcttccctagcaaggttagagaacttatctgtcattcttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccagaaacatttgc 5605587  T
Q  334 caattttaaaaacc 347  Q
    ||||||||||||||    
T  5605586 caattttaaaaacc 5605573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 85 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 5559726 - 5559472
Alignment:
Q  85 cccaaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgct 184  Q
    ||||||| |||||||  || ||| |||| | |||| |||||||||  |||||||  ||||| ||| ||||||| |  | || ||| ||||||||||||||    
T  5559726 cccaaatctacaaaaccttgtccgaaattttaccagtattaggcagttgtatctggatggtgtaattataacagcaaaagggcatgaatggagcaatgct 5559627  T
Q  185 ttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactca 284  Q
    ||| |||| |||||||  ||| ||||| ||| ||||||||| ||  ||||  ||||| |||||||||| || || ||||||||| ||||  | ||  |||    
T  5559626 ttgttgccgttgcgtggtctagaagaactgaccatgtctaactgcaatttaacaggaccccttgattcatctctgtcaagactaaagaatttatcgatca 5559527  T
Q  285 ttattctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattt 339  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||| |  |||| ||||||||| |||||||    
T  5559526 ttattcttgatggaaacaatttttcttccccggtgcctgaaacattttccaattt 5559472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 339
Target Start/End: Original strand, 5538770 - 5539004
Alignment:
Q  105 tccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctaaatggtataactataacatctcagggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacct 204  Q
    ||||||||||||| | |||||||||  |||||||  ||||| ||| |||| || |  | || ||| ||||||||||||||||| |||| || | ||  ||    
T  5538770 tccaaaatctcacaagtattaggcagttgtatctggatggtgtaattatatcagcaaaagggcatgaatggagcaatgctttgttgccgttacatggtct 5538869  T
Q  205 acaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactagagaacctgtcactcattattctttatggaaacaat 304  Q
    | ||||| ||| ||||||||| ||| ||||  ||||| | ||||| || || || |||||||||||||| || ||  ||||||||||  |||||||||||    
T  5538870 agaagaactgaccatgtctaactgtaatttaacaggacctcttgaatcatctctgtcaagactagagaatctatcgatcattattctcgatggaaacaat 5538969  T
Q  305 ttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattt 339  Q
    ||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||    
T  5538970 ttttcttccccagtgcctgaaacattttccaattt 5539004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 58
Target Start/End: Original strand, 5570536 - 5570568
Alignment:
Q  26 cttacaaggttggttactcttgatctctcttct 58  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5570536 cttacaaggttggttactcttgatctctcttct 5570568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 164 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 1485892 - 1485709
Alignment:
Q  164 ggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaa 263  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||||  ||||||| || ||||  |||||||||   ||||||  | | |||||| || ||||||| ||||| ||||    
T  1485892 ggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttcaa 1485793  T
Q  264 gactagagaacctgtcactcattattctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacc 347  Q
     ||||||||||||  |  ||||||||||| ||   |||||| |||||||  || | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  1485792 aactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatttaccaattttaaaaacc 1485709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 164 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 1074 - 890
Alignment:
Q  164 ggacataaatggagcaatgctttgatgcctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaa 263  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||||  ||||||| || ||||  |||||||||   ||||||  | | |||||| || ||||||| ||||| ||||    
T  1074 ggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttcaa 975  T
Q  264 gactagagaacctgtcactcattattctttatggaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgcc-aattttaaaaacc 347  Q
     ||||||||||||  |  ||||||||||| ||   |||||| |||||||  || | |||||||||||| || |||||||||||||    
T  974 aactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatttacctaattttaaaaacc 890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University