View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11036_high_13 (Length: 553)

Name: NF11036_high_13
Description: NF11036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11036_high_13
NF11036_high_13
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (20-538)||(36209719-36210237)
chr8 (75-538)||(36188278-36188749)
chr8 (23-538)||(36196595-36197122)
chr8 (20-373)||(36213218-36213579)
chr8 (72-472)||(36207688-36208098)
chr8 (73-380)||(36202310-36202625)
chr8 (20-447)||(36200857-36201293)
chr8 (72-472)||(36184500-36184914)
chr8 (22-294)||(36198991-36199269)
chr8 (335-446)||(36214722-36214833)
chr8 (353-435)||(36198878-36198960)
chr8 (496-532)||(36184340-36184376)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 36210237 - 36209719
Alignment:
20 tcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
36210237 tcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttg 36210138  T
120 tgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36210137 tgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcat 36210038  T
220 aatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgataagagacatggcatgattctcttcca 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
36210037 aatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgataagagacatggcatgattttcttcca 36209938  T
320 acaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgctt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36209937 acaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgctt 36209838  T
420 tgcagttatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatgtccgatacatgtatccattatggtaagatttcccttgtttct 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36209837 tgcagttatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatgtccgatacatgtatccattatggtaagatttcccttgtttct 36209738  T
520 tgcagtaatttcctctgtg 538  Q
    |||||||||||||||||||    
36209737 tgcagtaatttcctctgtg 36209719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 75 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 36188749 - 36188278
Alignment:
75 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggt 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36188749 taatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggt 36188650  T
175 cgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaa 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
36188649 cgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaa 36188550  T
275 tgaaggttcataaattgata--------agagacatggcatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacat 366  Q
    ||||||||||||||||||||        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
36188549 tgaaggttcataaattgatacaattgtgagagacatgacatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacat 36188450  T
367 gcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgc-tttgcagttatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgt 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36188449 gcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgt 36188350  T
466 gtttgtattatgtccgatacatgtatccattatggtaagatttcccttgtttcttgcagtaatttcctctgtg 538  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
36188349 gtttgtattatatccgagacatgtatccattatggtaagatttccctt-tttcttgcagtaatttcctctgtg 36188278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 36197122 - 36196595
Alignment:
23 attttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgc 122  Q
    ||||| ||||||||||| ||  ||| | ||||||| |||||| |  |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||| | | |||    
36197122 attttgatgataagacggatccagctgaatcaacttgttgcatgttttttggtaatagaaaaagaatggcaactgcagaaagagctcatcttttgtgtgc 36197023  T
123 taagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccc---tttggtgaagatcat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||  ||||| ||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||    
36197022 taagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcgtgggagactcgatttaggtgagattggtatccccccctttggtgaagatcat 36196923  T
220 aatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgata--------agagacatggcatgatt 311  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| |||||||    
36196922 aatggttgcaagatattgctcacatctacaagtttggaggttttatctgagcaaatgaaggttcataaattgatacaattgtgagagacatgacatgatt 36196823  T
312 ctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgag 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36196822 ctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatcataagtccaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgag 36196723  T
412 aagtgc-tttgcagttatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatgtccgatacatgtatccattatggtaagatttcc 510  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
36196722 aagtgcttttgtaggtatagatgaactaagattttgtattctgtcaaatgcttgtgtttgtattatatccgagacatgtatccattatggtaagatttcc 36196623  T
511 cttgtttcttgcagtaatttcctctgtg 538  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||    
36196622 cctgtttcttgcagtaatttcgtctgtg 36196595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 36213579 - 36213218
Alignment:
20 tcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttt 119  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||| |||     
36213579 tcaattttaatgataagatgaatgtagccgaatcaacttgttgcatgtgttttggtaatagtaaaacagtgacaactgcagaaagagctcatcttatttg 36213480  T
120 tgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
36213479 tgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgggagactcgatttaggtgagattggtgtcccctttggtgaagatcat 36213380  T
220 aatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattg--------ataagagacatggcatgatt 311  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||        || ||||||||| |||||||    
36213379 aatggttgcaagatattactcacatctacaagtgtggaggttttatccaatcaaatgaaggctcataaattgattcaattatcagagacatgacatgatt 36213280  T
312 ctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacatgcacatc 373  Q
    |||||| ||| | || ||||| ||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||    
36213279 ctcttcaaactaaagtgtttgaagcagagttgataaaaatttgaagtccaaacatgcacatc 36213218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 72 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 36208098 - 36207688
Alignment:
72 tggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcat 171  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||  | ||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||    
36208098 tggtaataacaaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgtgctaagataaagaaactgcaaacagtactagttgtactgtatgatcttcat 36207999  T
172 ggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagc 271  Q
    ||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |    
36207998 ggtagacttgatttaggtgagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctacaagctcggaggctttatccaaac 36207899  T
272 aaatgaaggttcataaattgata--------agagacatggcatga-ttctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaa 362  Q
    | ||||||||| ||||||| |||        ||||||||| ||||| |||||||||||| || | ||| | || |||| |||||||||| ||||||| ||    
36207898 atatgaaggttgataaattaatacaattatcagagacatgacatgatttctcttccaaccagtgtgttagaagtagagttgatgaaaatttgaagtccaa 36207799  T
363 acatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgctttgcagttatagatgaactaagattttg-tattctgtcaaatgc 461  Q
    ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||  ||| || |||||||||||||||| | |||||| ||||||    
36207798 acatgcacatcatatcgaaaacaccatgttggagagattagaggttcacatgtgatttgttgttgtatatgaactaagattttgtttttctgttaaatgc 36207699  T
462 ttgtgtttgta 472  Q
    ||||| |||||    
36207698 ttgtgcttgta 36207688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 73 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 36202625 - 36202310
Alignment:
73 ggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatg 172  Q
    |||||||  |||||||| | ||||||||||||||||  ||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
36202625 ggtaataacaaaagaataagaactgcagaaagagctcttctactgtgtgctaagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtaatgtatgatctccatg 36202526  T
173 gtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagca 272  Q
    || ||||  ||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |    
36202525 gtagacttgatttaagtgaaattggtatgccctttggtgaagatcataagggttgcaagatattgctgacatctacaaatttggaggttttatccaaaga 36202426  T
273 aatgaaggttcataaattgata--------agagacatggcatgattctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaac 364  Q
    ||||||||||||||||||||||        |||||||||  |||| |||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
36202425 aatgaaggttcataaattgatacaattgtcagagacatgaaatgaatctcttcttactagagcgtttgaagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaac 36202326  T
365 atgcacatcgtttgga 380  Q
    ||| |||| |||||||    
36202325 atgaacatagtttgga 36202310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 20 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 36201293 - 36200857
Alignment:
20 tcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttt 119  Q
    ||||||||||||||| |||| | | |||   ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||     
36201293 tcaattttaatgatatgacggaggcagcaaaatcaacttgttgcatgtgttttggtaatagtaaaagaatgacaactgcagatagagctcatcttatttg 36201194  T
120 tgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcat 219  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| || |  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
36201193 tgctaagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcatggtagatttgatttaggggagattggtgtcccctttggtgaagatcat 36201094  T
220 aatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattg--------ataagagacatggcatga-t 310  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||        || |||||||||  |||| |    
36201093 aatggttgcaaggtattgctcacacctaaaagtgtggaggttttatccgaacaaatgacagttcataaattgacacagttatcagagacatgatatgatt 36200994  T
311 tctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttga 410  Q
    ||| |||| || |||  ||||| ||||||| ||| |||||  || |||  ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
36200993 tcttttcctactagactgtttgaagcagagttgacgaaaacttgtagttcaaacatgcacatcatatggaaagcaccatgttggagtgattagtggttga 36200894  T
411 gaagtgctttgcagttatagatgaactaagattttgt 447  Q
     | ||||| ||  | | ||||||||||||||||||||    
36200893 caggtgctgtgttggtgtagatgaactaagattttgt 36200857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 72 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 36184914 - 36184500
Alignment:
72 tggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcat 171  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |  |||||||| || || ||||||||||| ||  ||||| ||| ||||||||||    
36184914 tggtaataacaaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgctaagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcat 36184815  T
172 ggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctgacatctacaagtttggaggttttatccaagc 271  Q
    ||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||  |||||||| |    
36184814 ggtagacttgatttaggtgagattggtatcccctttggtgaagatcataatggttgcaagatattgctcacatcaacaagctcggaggcattatccaaac 36184715  T
272 aaatgaaggttcataaattgata--------agagacatggcatga-ttctcttccaacaagagcgtttgtagcagagatgatgaaaatctgaagtcgaa 362  Q
    | ||||||||| ||||| |||||        ||||||||| ||||| || ||||||||| |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||    
36184714 atatgaaggttgataaagtgatacaattatcagagacatgacatgatttttcttccaactagagtgttagaagcagagttgatgaaaatctgaagtccaa 36184615  T
363 acatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagatt----agaggttgagaagtgctttgcagttatagatgaactaagattttg-tattctgtcaa 457  Q
    ||||| | ||| |  |||| |||||||||||||||||||    ||||||| | ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||    
36184614 acatgaatatcatacggaagacaccatgttggagagattagagagaggttcacaagtgctttgttgttgtagatgaactaagattttgtttttctgttaa 36184515  T
458 atgcttgtgtttgta 472  Q
    ||||||||| |||||    
36184514 atgcttgtgcttgta 36184500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 22 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 36199269 - 36198991
Alignment:
22 aattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctttttg 121  Q
    |||||| |||||| |||  || |||| | ||| ||| |||||| | |||||| ||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||  |||||| | ||    
36199269 aattttgatgatacgacagatatagctgaatctacttgttgcatgtgttttgttaataataaaagattgacaactacagaaagagctcttcttctgtgtg 36199170  T
122 ctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggtcgactcaatttaggagagattggtatcccctttggtgaagatcataa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
36199169 ctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatctttatggtagacttgatttaagtaagattggtatcccctttggtgaagatcataa 36199070  T
222 tggttgcaagatattgctgacat------ctacaagtttggaggttttatccaagcaaatgaaggttcataaattgata 294  Q
    |||||||||||||||||| ||||      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
36199069 tggttgcaagatattgctcacatctacaactacaagtttggagattttatccaaacaaatgaaggttcataacttgata 36198991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 335 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 36214833 - 36214722
Alignment:
335 gcagagatgatgaaaatctgaagtcgaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgctttgcagttatagatga 434  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |  |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||  | ||||||| |    
36214833 gcagagatggtgaaaatttgaagtccaaacatgcactttatttggaaaacacaatgttggggagattagagattgacaagtgctttgttggtatagatca 36214734  T
435 actaagattttg 446  Q
    | ||||| ||||    
36214733 attaagactttg 36214722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 353 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 36198960 - 36198878
Alignment:
353 tgaagtcgaaacatgcacatcgtttggaaaacaccatgttggagagattagaggttgagaagtgctttgcagttatagatgaa 435  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||  || ||||||||||    
36198960 tgaagtctaaacatgcacatcctttggaaaacacaatgttggagagattagagattggtaagtgctttttaggtatagatgaa 36198878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 496 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 36184376 - 36184340
Alignment:
496 tatggtaagatttcccttgtttcttgcagtaatttcc 532  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
36184376 tatggtaagatttcacttgtttcttgcagtaatttcc 36184340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University