View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11036_low_1 (Length: 881)

Name: NF11036_low_1
Description: NF11036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11036_low_1
NF11036_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (21-861)||(12750733-12751570)
chr5 (21-861)||(12813697-12814532)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 12751570 - 12750733
Alignment:
Q  21 caattactaagcaactcttgatcatgtcgagcactttgtatgcatttctttctgggcaatgaaaatgatctataaaaggatataatatgacttaaacaaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12751570 caattactaagcaactcttgatcatgtcgagcacttcgtatgcatttctttctgagcaatgaaaatgatctataaaaggatataatatgacttaaacaaa 12751471  T
Q  121 tgcctttcccagttccttctttagttgttactattgttagcatttgtactagaatcttaaaaatcaatgccgaggnnnnnnnnccttccatgggacaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||    
T  12751470 tgcctttcccagttccttcttcagttgttactattgttagcatttgtactagaatcttaaaaatcaatgccgaggttttttt-ccttccacgggacaaga 12751372  T
Q  221 ggtcatatgagaatgagcttcctgatcatgaccttacaagcataggaaacaccaacaaacatgtggtggttgtcatggatgcaatgacagagttctcaac 320  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12751371 ggtcacatgagaatgatcttcctgatcatgaccttacaagcacaggaaacaccaacaaacatgtggtggttgtcatggatgcaatgacagagttctcaac 12751272  T
Q  321 agagcctcttcaacgggcacttgacaatgtcgttaccgtagcgtgcgccgtcacactcttggggtcatgccatgtctcaacaatccttgtgagtgtaatt 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12751271 agagcctcttcaacgggcacttgacaatgtcgttaccatagcgtgcgctgtcacactcttggggtcatgccatgtctcaacaatccttgtgagtgtaatt 12751172  T
Q  421 agtttggtcatcttattaaccattattgctttcataaatttctattctatgattacgaggattacactttgatagaagtaacacttggattaacttcctt 520  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  12751171 aatttagtcatcttattaaccattattgctttcataaatttctattctatgattacgaggattacactttgatag--gtaacacttggattaacttcctt 12751074  T
Q  521 tccctaatactacttaatacaattagtttatgaaagtgaaactatgtcatttatttcgtagtgttttcaaaaacaagaaatgatttttggatggtggaga 620  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12751073 tccctaatactactcaatacaattagtttatgaaagtgaaactatgtcatttatttcgtagtgtttttaaaaacaagaaatgatttttggatggtagaga 12750974  T
Q  621 tggaagataaacatctagtgaaagagaaaaatgagtgctaaaatgatgtgaagtatctaaagcgtcaagtgatcttggatcttcgtagaaaatatggcat 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12750973 tggaagataaacatctagtgaaagagaaaaatgagtgctaaaatgatgtgaagtatctaaagcgtcaagcgatcttggatcttcgtagaaaatatggcat 12750874  T
Q  721 attaaataaacttaacactttgctatcacattttaaacttaccattaccatttacaatcatatcacattagtaaacttccttgtgtgattattattgcaa 820  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12750873 attaaataaacttaacactttgctatcacattttaaacttaccattaccatttacaatcatatcacattagtaaacttccttgtgtgattattattgcaa 12750774  T
Q  821 tgcaggttgtgccacacaagaaaattgtaatgggttgtcct 861  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12750773 tgcaggttgtgccacacaagaaaattgtaatgggttgtcct 12750733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 12814532 - 12813697
Alignment:
Q  21 caattactaagcaactcttgatcatgtcgagcactttgtatgcatttctttctgggcaatgaaaatgatctataaaaggatataatatgacttaaacaaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12814532 caattactaagcaactcttgatcatgtcgagcacttcgtatgcatttctttctgagcaatgaaaatgatctataaaaggatataatatgacttaaacaaa 12814433  T
Q  121 tgcctttcccagttccttctttagttgttactattgttagcatttgtactagaatcttaaaaatcaatgccgaggnnnnnnnnccttccatgggacaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||||| |||||||||    
T  12814432 tgcctttcccagttccttcttcagttgttactattgttagcatttgtactagaatcttaaaaatcaatgccgaggttttttttc-ttccacgggacaaga 12814334  T
Q  221 ggtcatatgagaatgagcttcctgatcatgaccttacaagcataggaaacaccaacaaacatgtggtggttgtcatggatgcaatgacagagttctcaac 320  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  12814333 ggtcacatgagaatgatcttcctgatcatgaccttacaagcacaggaaacaccaacaaacatgtggtggttgtcatggatgcaatgacag--ttctcaac 12814236  T
Q  321 agagcctcttcaacgggcacttgacaatgtcgttaccgtagcgtgcgccgtcacactcttggggtcatgccatgtctcaacaatccttgtgagtgtaatt 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12814235 agagcctcttcaacgggcacttgacaatgtcgttaccgtagcgtgcgctgtcacactcttggggtcatgccatgtctcaacaatccttgtgagtgtaatt 12814136  T
Q  421 agtttggtcatcttattaaccattattgctttcataaatttctattctatgattacgaggattacactttgatagaagtaacacttggattaacttcctt 520  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  12814135 aatttagtcatcttattaaccattattgctttcataaatttctattctatgattacgaggattacactttgatag--gtaacacttggattaacttcctt 12814038  T
Q  521 tccctaatactacttaatacaattagtttatgaaagtgaaactatgtcatttatttcgtagtgttttcaaaaacaagaaatgatttttggatggtggaga 620  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12814037 tccctaatactactcaatacaattagtttatgaaagtgaaactatgtcatttatttcgtagtgtttttaaaaacaagaaatgatttttggatggtagaga 12813938  T
Q  621 tggaagataaacatctagtgaaagagaaaaatgagtgctaaaatgatgtgaagtatctaaagcgtcaagtgatcttggatcttcgtagaaaatatggcat 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12813937 tggaagataaacatctagtgaaagagaaaaatgagtgctaaaatgatgtgaagtatctaaagcgtcaagcgatcttggatcttcgtagaaaatatggcat 12813838  T
Q  721 attaaataaacttaacactttgctatcacattttaaacttaccattaccatttacaatcatatcacattagtaaacttccttgtgtgattattattgcaa 820  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12813837 attaaataaacttaacactttgctatcacattttaaacttaccattaccatttacaatcatatcacattagtaaacttccttgtgtgattattattgcaa 12813738  T
Q  821 tgcaggttgtgccacacaagaaaattgtaatgggttgtcct 861  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12813737 tgcaggttgtgccacacaagaaaattgtaatgggttgtcct 12813697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University