View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11036_low_16 (Length: 539)

Name: NF11036_low_16
Description: NF11036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11036_low_16
NF11036_low_16
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-521)||(13656098-13656620)
chr8 (13-521)||(13714740-13715262)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 13656620 - 13656098
Alignment:
Q  13 agcagagattgatttccctctcataaatgtaatgtat--cttcacatatttattactaccactattctatcttaatgtctcagtatatttgttctttcta 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656620 agcagagattgatttccctctcataaatgtaatgtatatcttcacatatttattactaccactattctatcttaatgtctcagtatatttgttctttcta 13656521  T
Q  111 gtttctagtgtaatgctttcccttttcctttctaatgttgatgcatttatttcttatggtgattgaaggaaacttaaagcaacgattttaagctgagaga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13656520 gtttctagtgtaatgctttcccttttcctttctaatgttgatgcatttatttcttatggtgattgaaggaaacttaaagcaactattttaagctgagaga 13656421  T
Q  211 attagactcacctctatatgaggggatgcatttatttttatggtt---------aattatgttgcaattcatacagactgtaagacaactgaactttata 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656420 attagactcacctctatatgaggggatgcatttatttttatggttaataatgtcaatgatgttgcaattcatacagactgtaagacaactgaactttata 13656321  T
Q  302 gttgcaacgtactttaaatataatcaaaagaataaattaaagttaacggttattaagagtaatagacaatttcctgtcagaaagaaagggtacatcgaca 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656320 gttgcaacgtactttaaatataatcaaaagaataaattaaagttaacggttattaagagtaatagacaatttcctgtcagaaagaaagggtacatcgaca 13656221  T
Q  402 atttaatttaatcttactcta---nnnnnnnnnncaaattaattaaaagatgttctaaaccattatatataattgaactatttacttgtactttaaacca 498  Q
    |||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656220 atttaatttaatcttactctaattttttttttttcaaattaattaaaagatgttctaaaccattatatataattgaactatttacttgtactttaaacca 13656121  T
Q  499 ttaaacttgttgataaaatacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  13656120 ttaaacttgttgataaaatacat 13656098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 13715262 - 13714740
Alignment:
Q  13 agcagagattgatttccctctcataaatgtaatgtat--cttcacatatttattactaccactattctatcttaatgtctcagtatatttgttctttcta 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13715262 agcagagattgatttccctctcataaatgtaatgtatatcttcacatatttattactaccactattctatcttaatgtctcagtatatttgttctttcta 13715163  T
Q  111 gtttctagtgtaatgctttcccttttcctttctaatgttgatgcatttatttcttatggtgattgaaggaaacttaaagcaacgattttaagctgagaga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13715162 gtttctagtgtaatgctttcccttttcctttctaatgttgatgcatttatttcttatggtgattgaaggaaacttaaagcaactattttaagctgagaga 13715063  T
Q  211 attagactcacctctatatgaggggatgcatttatttttatggtt---------aattatgttgcaattcatacagactgtaagacaactgaactttata 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13715062 attagactcacctctatatgaggggatgcatttatttttatggttaataatgtcaatgatgttgcaattcatacagactgtaagacaactgaactttata 13714963  T
Q  302 gttgcaacgtactttaaatataatcaaaagaataaattaaagttaacggttattaagagtaatagacaatttcctgtcagaaagaaagggtacatcgaca 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13714962 gttgcaacgtactttaaatataatcaaaagaataaattaaagttaacggttattaagagtaatagacaatttcctgtcagaaagaaagggtacatcgaca 13714863  T
Q  402 atttaatttaatcttactcta---nnnnnnnnnncaaattaattaaaagatgttctaaaccattatatataattgaactatttacttgtactttaaacca 498  Q
    |||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13714862 atttaatttaatcttactctaattttttttttttcaaattaattaaaagatgttctaaaccattatatataattgaactatttacttgtactttaaacca 13714763  T
Q  499 ttaaacttgttgataaaatacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  13714762 ttaaacttgttgataaaatacat 13714740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University