View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11036_low_5 (Length: 673)

Name: NF11036_low_5
Description: NF11036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11036_low_5
NF11036_low_5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-658)||(26480751-26481387)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 658
Target Start/End: Original strand, 26480751 - 26481387
Alignment:
Q  20 actagtaacatatatagaaaataacggggacctatagagagactcttgaacaaaaaataaagttggagagggagggtgtaggtgagagagggtccatatg 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26480751 actagtaacatatatagaaaataatggggacctatagagagactcttgaacaaaaaataaagttggagagggagggtgtaggtgagagagggtccatatg 26480850  T
Q  120 tgataataatggaagttgccctcatcctctctggatttgttcctacaaagtttgaaatattaatctggttgccccttaccttacaatattgcttcaagct 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26480851 tgataataatggaagttgccctcatcctctctggatttgttcctacaaagtttgaaatattaatttggttgccccttaccttacaatattgcttcaagct 26480950  T
Q  220 taaaatgagagaataaatttgcaagcaaagcttgatttagactaatgaataatgttaatgtcaagtggctacatagaaatagaaatgaaagagagagtgt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  26480951 taaaatgagagaataaatttgcaagcaaagcttgatttagactaatgaataatgttaatgtcaagtggctacatagaaatagaaatgaa--agagagtgt 26481048  T
Q  320 gccctcttgc-aaaacaaaaatttgataaataaaaatccatgcgagttaggtctcgaagactaaccatgctcgtatacaacttcaacgctcaaaaaacac 418  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26481049 gccctcttgcaaaaacaaaaatttgataaatgaaaatccatgcgtgttaggtctcgaagactaaccatgttcgtatacaacttcaacgctcaaaaaacac 26481148  T
Q  419 cgataaaagtacacttgatttatccatcaggattcaaaactaggtcattgtaagatcttagctgaatcgatattaaatgaagtgccctcttgcaagtttg 518  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26481149 cgacaaaagtacacttgatttatccatcaggattcaaaactaggtcattgtaagatcttagctgaattgatattaaatgaagtgccctcttgcaagtttg 26481248  T
Q  519 caaagcaccatcttacaacatgatcaaattttacctataagaaaggtatgtgtcattagaatgacaaataactaattataacnnnnnnnnnntcaatgtc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||    
T  26481249 caaagcaccatcttacaacatgatcaaattttacctataagaaaggtatgtgtcattagaatgacaaataactaattataac-aaaaaaaaatcaatgtc 26481347  T
Q  619 atgtttagcaactaaatatgatgtcaattcctaacctatg 658  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26481348 atgtttagcagctaaatatgatgtcaattcctaacctatg 26481387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University