View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11038_high_1 (Length: 1051)

Name: NF11038_high_1
Description: NF11038
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11038_high_1
NF11038_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-1037)||(45190123-45191149)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 986; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 986; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 1037
Target Start/End: Complemental strand, 45191149 - 45190123
Alignment:
Q  11 cacagaaacctattagtgaaactaggtggcgatgtcgcagcttagaaagcatgtttagttcggttctgaactcatttattccttgctcagaaccaccacc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45191149 cacagaaacctattagtgaaactaggtggcgatgtcgcagcttagaaagcatctttagttcggttctgaactcatttattccttgctcagaaccaccacc 45191050  T
Q  111 tcctctttttacagcaacatttgttccatcatccaatgtcccaaggtacattttaccaaatcctccataaccaatcactctcttttcatcaaaattatct 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45191049 tcctctttttacagcaacatttgttccatcatccaatgtcccaaggtacactttaccaaatcctccataaccaatcactctcttttcatcaaaattatct 45190950  T
Q  211 gtagctcgttgcaattcgatgaaatgaaagaaccttcctgtccctcttggagagtgatgaacatcatgaccaccatgcttattcttaggtgaatcaaatg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45190949 gtagctcgttgcaattcgatgaaatgaaagaaccttcctgtccctcttggagagtgatgaacatcatgaccaccatgcttattcttaggtgaatcaaatg 45190850  T
Q  311 catttgcgtttgcactgcaacnnnnnnnagattttggacaaagaggtaagagccatgaagagaaacctctactttctttccaatctaaaggtctttttaa 410  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45190849 catttgcgtttgcactgcaactttttttagattttggacaaagaggtaagagccatgaagagaaacctctactttctttccaatctaaaggtctttttaa 45190750  T
Q  411 ccacctaatatacatcactactagtaacaacaatgatatcacagccaataccaaaccagcaatagcaacaatttccattacgttggatgttacacttggt 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45190749 ccacctaatatacatcactactagtaacaacaatgatatcacagccaataccaaaccagcaatagcaacaattttcattacgttggatgttacacttggt 45190650  T
Q  511 cctttatattttccaccaacagagaaaaaaccatccaaactattggcactattgctcattttcatcacctcaaatccattcaaaattgcgttggttgtac 610  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45190649 cctttatattttccatcaacagagaaaaaaccatccaaactattggcactattgctcattttcatcacctcaaatccattcaaaattgcgttggttgtac 45190550  T
Q  611 tttgttgaagatatgttggtcctacttgaatcaagatggaaccatttgtgatattacatgaaccaagcacaaagtccttgtaaacagctgttgataaggc 710  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45190549 tttgttgaagataagttggtcctacttgaatcaagatggaaccatttgtgatattacatgaaccaagcacaaagtccttgtaaacagctgttgataaggc 45190450  T
Q  711 tttggtttcagatgaaaggtccaaagcttccacaacctcaatcccattgatgtatacattgaaatataattgatcaagacttttgctaacaatgtcacaa 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45190449 tttggtttcagatgaaaggtccaaagcttccacaacctcaatcccattgatgtatacattgaaatataattgatcaagacttttgctaacaatgtcacaa 45190350  T
Q  811 aaatgcattcttatcagataggaatagctcctttcaacattcaccatccaacttagattgaaatctggttgcagaagtcttgattccttcatctgtacac 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45190349 aaatgcattcttatcagataggaatagctcctttcaacattcaccatccaacttagattgaaatctggttgcagaagtcttgattccttcatctgtacac 45190250  T
Q  911 cacttgcataaactgagtttggagcaattaagggtgttacagttacgacgctatcttgtggatactttatccgtttcttggggaccgaaacattggaaga 1010  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45190249 cacttgcataaactgagtttggagcaattaagggtgttacagttacgacgctatcttgtggatactttatccgtttcttggggaccgaaacattggaaga 45190150  T
Q  1011 gccttgtgggaaaatgttatatgaatc 1037  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  45190149 gccttgtgggaaaatgttatatgaatc 45190123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University