View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11040_high_3 (Length: 721)

Name: NF11040_high_3
Description: NF11040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11040_high_3
NF11040_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-706)||(699858-700547)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-706)||(23261589-23262265)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 700547 - 699858
Alignment:
Q  18 atttccaaactctggaacttcaataataggcacaatatcaaacggcatcacccattcatcctttacaccgtacttggccctaaattctg-tttcttcttc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  700547 atttccaaactctggaacttcaataataggcacaatatcaaacggcatcacccattcatcctttacaccgtacttggccctaaattctggtttcttcttc 700448  T
Q  117 aaatgcttcaaggccatgtaatcatccaaagcatcactaggcacgctggtcaccaccccagtacctttattcatcaaaatagacagcataggaagtacat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  700447 aaatgcttcaaggccatgtaatcatccggagcatcactaggcacgctggtcaccaccccagtacctttattcatcaaaatagacagcataggaagtacaa 700348  T
Q  217 atataacctcagttaacgcaagcggagacctaagtggaaggccgatcaaatcatgacctgtgagctcaagcaagcaagtgggttcctgaggtactcttga 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  700347 atataacctcagttaacgcaagcggagacctaagtagaaggccgatcaaatcatgacctgtgagctcaagcaagcaagtgggttcctgaggtactcttga 700248  T
Q  317 gtggttctggtaagcaaggttaagtgctgctctatgtgtaagaacaaagacctcagtttcagtgatttcaaatgctccatattttccatcaggcaaaatc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  700247 gtggttctggtaagcaaggttaagtgctgctctatgtgtaagaacaaagacctcagtttcagtgatttcaaatgctccatattttccatcaggcaaaacc 700148  T
Q  417 catgcatttgtttgaccatacatagtctcgggtctcaacatcgcagcagcaagaaaaaccttctttccttcaagagccttaaatttatcaggaaaaggcg 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  700147 catgcatttgtttgaccatacatagtctcgggtctcaacgtcgcagcagcaagaaaaaccttctttccttcaagagccttaaatttatcaggaaaaggcg 700048  T
Q  517 ataccaactccatcttgataatcgtatactcttgaggctgaacaccttcaccactagccctatcatgatcagcacacggttgtccatccaaaggcgaaaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  700047 ataccaactccatcttgataatcatatactcttgaggctgaacaccttcaccactagccctatcatgatcagcacacggttgtccatccaaaggcgaaaa 699948  T
Q  617 aattgtatacctaacatctttaacaaccttccccaatgacttcaatttcctcatttgccacctaacaaaagaatcaaaataagggttcat 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  699947 aattgtatacctaacatctttaacaaccttccccaatgacttcaatttcctcatttgccacctaacgaaagaatcaaaataagggttcat 699858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 31 - 706
Target Start/End: Original strand, 23261589 - 23262265
Alignment:
Q  31 ggaacttcaataataggcacaatatcaaacggcatcacccattcatcctttacaccgtacttggccctaaattctg-tttcttcttcaaatgcttcaagg 129  Q
    ||||||||||| || |||| ||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||  | | |||   ||||| || || ||| |    
T  23261589 ggaacttcaatgatcggcaaaacctcaaacggcaacacccattcatccttgacaccaaacttcgccctaaacgccgctttggacttcagatcctgcaacg 23261688  T
Q  130 ccatgtaatcatccaaagcatcactaggcacgctggtcaccaccccagtacctttattcatcaaaatagacagcataggaagtacatatataacctcagt 229  Q
    |||||||||||||   ||  ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |    
T  23261689 ccatgtaatcatcaggagagtcactaggcacactggtcaccactccggtacctttatccatcaaaatagacaacataggaagcacatatataatctcatt 23261788  T
Q  230 taacgcaagcggagacctaagtggaaggccgatcaaatcatgacctgtgagctcaagcaagcaagtgggttcctgaggtactcttgagtggttctggtaa 329  Q
     || | ||| |||||  | |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| || ||||| || ||||||    
T  23261789 caaggaaagaggagatttcacaggaagcccgatcaaatcctgacccgtaagctcaagcaaacaagtcggtttctgaggtaccctagagtgattttggtaa 23261888  T
Q  330 gcaaggttaagtgctgctctatgtgtaagaacaaagacctcagtttcagtgatttcaaatgctccatattttccatcaggcaaaatccatgcatttgttt 429  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |  | |||||| ||||| |||||| | || ||||| || |||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  23261889 gcaagattaagcgctgccctatgcgctacaacaaacacctccgtttcattaatctcaaaagccccatatttcccatcaggcaacacccaagcatttgttt 23261988  T
Q  430 gaccatacatagtctcgggtctcaacatcgcagcagcaagaaaaaccttctttccttcaagagccttaaatttatcaggaaaaggcgataccaactccat 529  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| || ||||||||||| || |||| ||||||    
T  23261989 gaccatacatagtctcaggcctcaacgtcgccgcagcaagaaaaaccttctttccctccaaaaccttaaacttctcaggaaaaggagaaaccacctccat 23262088  T
Q  530 cttgataatcgtatactcttgaggctgaacaccttcaccactagccctatcatgatcagcacacggttgtccatccaaaggcgaaaaaattgtataccta 629  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  23262089 cttaataatcgtatactcttgcggctgaacaccttcaccactagccctatcatgatccgcacaaggctgtccatccaatggcgaaaaaactgtataccta 23262188  T
Q  630 acatctttaacaaccttccccaatgacttcaatttcctcatttgccacctaacaaaagaatcaaaataagggttcat 706  Q
    ||||| ||||||||||| ||  | | |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  23262189 acatccttaacaaccttaccagacgccttcaacttcctcatatgccacctaacaaaagcatcaaaataaggattcat 23262265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University