View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1104_high_13 (Length: 551)

Name: NF1104_high_13
Description: NF1104
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1104_high_13
NF1104_high_13
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (7-522)||(14174839-14175354)
chr4 (7-522)||(28610524-28611038)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-522)||(12931569-12932084)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-522)||(38996127-38996644)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-313)||(24874401-24874710)
chr3 (320-465)||(24875544-24875688)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 14175354 - 14174839
Alignment:
Q  7 tccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttatacatcgtaaagaattctttgttggaagtagcatgataa 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  14175354 tccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttgtacattgtaaagaattctttattggaagtagcgtgataa 14175255  T
Q  107 gaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttccccatcaactactgggg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175254 gaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaacagaaagcaacaccacttccccatcaactactgggg 14175155  T
Q  207 ttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgaccttcttcgcc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175154 ttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgaccttcttcgcc 14175055  T
Q  307 gcagtgaaagcacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtg 406  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14175054 gcagtgaaaacacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtg 14174955  T
Q  407 acaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttttacctgggacaaagtgagtgctccatctggag 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14174954 acaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttttacctgggacaaagtgagcgctccatctggag 14174855  T
Q  507 cagagttgcttaatga 522  Q
    ||||||||||||||||    
T  14174854 cagagttgcttaatga 14174839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 522
Target Start/End: Original strand, 28610524 - 28611038
Alignment:
Q  7 tccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttatacatcgtaaagaattctttgttggaagtagcatgataa 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  28610524 tccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttgtacatcgtaaagaattctttattggaagtagcgtgataa 28610623  T
Q  107 gaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttccccatcaactactgggg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610624 gaagctgctgagtcaatgacccattaaacacatgaatctgcaagatgacattcttcttcttcaacagaaagcaacaccacttccccatcaactactgggg 28610723  T
Q  207 ttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgaccttcttcgcc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610724 ttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgaccttcttcgcc 28610823  T
Q  307 gcagtgaaagcacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtg 406  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28610824 gcagtgaaaacacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtc-ttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtg 28610922  T
Q  407 acaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttttacctgggacaaagtgagtgctccatctggag 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28610923 acaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttttacctgggacaaagtgagcgctccatctggag 28611022  T
Q  507 cagagttgcttaatga 522  Q
    ||||||||||||||||    
T  28611023 cagagttgcttaatga 28611038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 12932084 - 12931569
Alignment:
Q  7 tccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttatacatcgtaaagaattctttgttggaagtagcatgataa 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  12932084 tccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttgtacatcgtaaagaattctttattggaagtagcgtgataa 12931985  T
Q  107 gaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttccccatcaactactgggg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931984 gaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaacagaaaacaacaccacttccccatcaactactgggg 12931885  T
Q  207 ttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgaccttcttcgcc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  12931884 ttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtctttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgaccttcttcgtt 12931785  T
Q  307 gcagtgaaagcacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtg 406  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12931784 gcagtgaaaacacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtg 12931685  T
Q  407 acaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttttacctgggacaaagtgagtgctccatctggag 506  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12931684 acaagggcatgagagctacttgatcccatgtattttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttttacctgggacaaagtgagcgctccatctggag 12931585  T
Q  507 cagagttgcttaatga 522  Q
    ||||||||||||||||    
T  12931584 cagagttgcttaatga 12931569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 158; Significance: 8e-84; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 7 - 522
Target Start/End: Original strand, 38996127 - 38996644
Alignment:
Q  7 tccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaaagtctcctactttatacatcgtaaagaattcttt-gttggaagtagcatgata 105  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||     
T  38996127 tccaacaatatttgtaatgctactatttcccatatttactttgtcaaagtctcctgctttgtacatcgtaaagaattcttttgttggaagtgacatgatt 38996226  T
Q  106 agaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttccccatcaactactggg 205  Q
    ||||| || ||||||||| | |||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| || |  ||||    
T  38996227 agaagatgttgagtcaattatccattcaacaaatgaaactgcaatatggcattcttcttcttcaacataaagcaacgccacttccccattaagtgttggg 38996326  T
Q  206 g-ttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgaccttcttcg 304  Q
    | ||||||||||||||||||| |  ||| |||| |||||   |||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  38996327 ggttgtggtattttcatcttccttaggtatttggttcctattgtccttattttattttttcttccaagatttacaatttctttggatgtgatcttctccg 38996426  T
Q  305 ccgcagtgaaagcacttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccg 404  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||  | ||||||| ||||||   || |||||||||||||||| | | | |||||| ||| | ||||| || |||     
T  38996427 ccgcagtgataacacttgaacattctttaaagttgagactgtgataaatcattggatttattggatcactctctgctcttacttatacctctattttcca 38996526  T
Q  405 tgacaagggcctgagagctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacatactatcttttacctgggacaaagtgagtgctccatctgg 504  Q
    | | |||||| | ||||  ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||  | ||||| |  || |||||||| ||| || ||||  |    
T  38996527 ttagaagggctttagagacacttgatcctatgtcttctcttcttgcttcttcattaaacatgttttctttcatttgtgacaaagtcagttcttcatcgag 38996626  T
Q  505 agcagagttgcttaatga 522  Q
    || | |||||||||||||    
T  38996627 agtatagttgcttaatga 38996644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 313
Target Start/End: Original strand, 24874401 - 24874710
Alignment:
Q  7 tccaacaatatctgcaatgctattattgcccatctttactttgccaa---agtctcctactttatacatcgtaaagaattctttgttggaagtagcatga 103  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| ||| | ||||| ||||||||||   ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24874401 tccaacaatatctacaatattattgttgtctatcttgactttgccaacaaagtctcctactttgtacatcacaaagaattctttgttggaagtggcatga 24874500  T
Q  104 taagaagctgctgagtcaatgacccattcaacacatgaatctgcaacatgacattcttcttcttcaactgaaagcaacaccacttccccatcaactactg 203  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||  ||||||||| || |||||||||| |||||     
T  24874501 taagaagatgcagagtcaacgacccatataacacatgaatctacaatacgacattcttctttttcaacaaaaagcaacatcatttccccatcacctacta 24874600  T
Q  204 gggttgtggtattttcatcttcgtctggtctttgattcctccggtccttcttttctttgttcttccaagatttgcaatttcttttgatgtgaccttcttc 303  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||||     
T  24874601 aggttgtggtattttcatcttcgtatggcatttgattcctcttatccttcttttctttgctcttccattgttttcaatttctttttatgtgaccttcttt 24874700  T
Q  304 gccgcagtga 313  Q
    ||||||||||    
T  24874701 gccgcagtga 24874710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 320 - 465
Target Start/End: Original strand, 24875544 - 24875688
Alignment:
Q  320 ttgaactttcttcgaggttgagattgtgatctgtctttggatttattggatctccccccgctcttgcttctgcctctgttctccgtgacaagggcctgag 419  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||  | |||||| |||||||||||||| |||||||||  ||  ||||    
T  24875544 ttgaacttttttcgaggttgagactgtaatctgtctttggatttattggatcaccatcagctcttacttctgcctctgttttccgtgacattggtttgag 24875643  T
Q  420 agctacttgatcccatgtcttttcttcttgtttcttcattgaacat 465  Q
    ||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  24875644 agctacttgatcctatgt-ttttattcttatttcttcatcgaacat 24875688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University