View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11058_low_32 (Length: 204)

Name: NF11058_low_32
Description: NF11058
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11058_low_32
NF11058_low_32
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-204)||(44547764-44547967)
chr8 (1-204)||(44547560-44547763)
chr8 (1-181)||(44548004-44548184)
chr8 (2-197)||(44547405-44547594)
chr8 (1-160)||(44547968-44548121)
chr8 (1-160)||(44547524-44547677)
chr8 (1-196)||(44547848-44548037)
chr8 (1-160)||(44547722-44547881)
chr8 (37-138)||(44547716-44547817)
chr8 (1-196)||(44548046-44548235)
chr8 (1-102)||(44548166-44548261)
chr8 (85-141)||(44548202-44548258)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 44547764 - 44547967
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547764 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaagctcaggctcaagagctagaaagagtggtggttgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 44547863  T
Q  101 ggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccacagacc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547864 ggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccacagacc 44547963  T
Q  201 caac 204  Q
    ||||    
T  44547964 caac 44547967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 44547560 - 44547763
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  ||| ||   |||  ||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  44547560 ctcaagagctaggaaggatggttgctgctccacaggatcaacctcaaaagctaggaagggtgatggctgctccacatgctcagcctcaaaagctaggaag 44547659  T
Q  101 ggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccacagacc 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||     
T  44547660 ggtggtggcgggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggtcctcagactcaagagctaggaagggtggttgttgctccacagact 44547759  T
Q  201 caac 204  Q
    ||||    
T  44547760 caac 44547763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 44548004 - 44548184
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||  ||| ||  ||||  |||||||||| | ||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  44548004 ctcaagagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagctgggaagggtggttgctactccacaggctcaacctcaaaagctaggaag 44548103  T
Q  101 ggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggt 181  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44548104 ggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactcaaaagctaggaagggt 44548184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 197
Target Start/End: Original strand, 44547405 - 44547594
Alignment:
Q  2 tcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagg 101  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| |||||||  ||||  |||||||||||||||| ||||| |||| |||      ||||  ||||||||||||||||    
T  44547405 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctagaaagggtggtagctggtcc------tcaagatcaagagctaggaagg 44547498  T
Q  102 gtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccacag 197  Q
    ||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  44547499 gtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtagctggtcctcatgctcaagagctaggaaggatggttgctgctccacag 44547594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 44547968 - 44548121
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||      |||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44547968 ctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctca------ggctcaagagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagctgggaag 44548061  T
Q  101 ggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctca 160  Q
    |||||| |||  ||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  44548062 ggtggttgctactccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctca 44548121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 44547524 - 44547677
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||       ||||||||||||| |||  |||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  44547524 ctcaagagctaggaagggtggtagctggtcctcat------gctcaagagctaggaaggatggttgctgctccacaggatcaacctcaaaagctaggaag 44547617  T
Q  101 ggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctca 160  Q
    |||| |||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  44547618 ggtgatggctgctccacatgctcagcctcaaaagctaggaagggtggtggcgggtcctca 44547677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 44547848 - 44548037
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||  |||||||||| | |      |||  ||||| ||||| ||||    
T  44547848 ctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagctaggaatggtggtggctggttc------tcagactcaaaagctaagaag 44547941  T
Q  101 ggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccaca 196  Q
    |||||| |||| ||| ||  | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||| ||| |||||||    
T  44547942 ggtggttgctgctccacagacccaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaagagataggaagggtggtggcttctccaca 44548037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 44547722 - 44547881
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |  ||| || |||||  ||||| |||||| ||| ||||| |||  ||| || |||||  |||||||||||| |||    
T  44547722 ctcaagagctaggaagggtggttgttgctccacagactcaacctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaagctcaggctcaagagctagaaag 44547821  T
Q  101 ggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctca 160  Q
     ||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  44547822 agtggtggttgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctca 44547881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 37 - 138
Target Start/End: Original strand, 44547716 - 44547817
Alignment:
Q  37 ctcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagct 136  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||||||    
T  44547716 ctcagactcaagagctaggaagggtggttgttgctccacagactcaacctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaagctcaggctcaagagct 44547815  T
Q  137 ag 138  Q
    ||    
T  44547816 ag 44547817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 44548046 - 44548235
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||  ||||  ||||| |||||| ||| |||||||||| ||| || ||||| ||||||||| ||||||     
T  44548046 ctcaagagctgggaagggtggttgctactccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaat 44548145  T
Q  101 ggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccaca 196  Q
    ||||||| ||||| ||||  |||||       ||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  44548146 ggtggtgactggttctcagactcaaa------agctaggaagggtagtggctggtcctcaggctcaagagctaggaaggatggtggctgctccaca 44548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Original strand, 44548166 - 44548261
Alignment:
Q  1 ctcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaaactcaggctcaagagctagaaagagtggtggctgctccacatgctcaacctcaagagctaggaag 100  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||      |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||    
T  44548166 ctcaaaagctaggaagggtagtggctggtcctca------ggctcaagagctaggaaggatggtggctgctccacaaactcagcctcaagagcttggaag 44548259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 141
Target Start/End: Original strand, 44548202 - 44548258
Alignment:
Q  85 ctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaa 141  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||||    
T  44548202 ctcaagagctaggaaggatggtggctgctccacaaactcagcctcaagagcttggaa 44548258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University