View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11065_high_2 (Length: 393)

Name: NF11065_high_2
Description: NF11065
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11065_high_2
NF11065_high_2
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (17-379)||(8936168-8936530)
chr1 (17-379)||(8959707-8960051)
chr1 (13-379)||(8924545-8924893)
chr1 (20-179)||(9306840-9306999)
chr1 (13-173)||(9475290-9475450)
chr1 (16-179)||(9245056-9245219)
chr1 (13-179)||(9335503-9335669)
chr1 (13-162)||(8945879-8946028)
chr1 (16-173)||(9359247-9359404)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-179)||(9168398-9168558)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-173)||(15912782-15912941)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 17 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 8936530 - 8936168
Alignment:
Q  17 tgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataact 116  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8936530 tgtggtgatccaaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaatgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataact 8936431  T
Q  117 acacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataatttcagcagctcttatatctt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8936430 acacaattcggttagttgatcccggaattgaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttatacaattataatttcagcagctcttatatcta 8936331  T
Q  217 caattctgttgatccatatcaaacttaccagaatagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctcttactttggaaattcttaaatatcct 316  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8936330 cgattctgttgatccatatcaaacttaccagagaagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctcttactttggaaattcttaaatatcct 8936231  T
Q  317 acatcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagtgatgat 379  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8936230 acaacattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagggatgat 8936168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 17 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 8960051 - 8959707
Alignment:
Q  17 tgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataact 116  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8960051 tgtggtgatccgaggtacgagttatcctgcgaaaacaacatcacaaccttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataact 8959952  T
Q  117 acacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataatttcagcagctcttatatctt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8959951 acacaattcggttagttgatcccggaattgaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataatttcagcagctcttatatcta 8959852  T
Q  217 caattctgttgatccatatcaaacttaccagaatagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctcttactttggaaattcttaaatatcct 316  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || || ||  ||||||||||||||                     
T  8959851 cgattctgttgatccatatcaaacttaccagagtagaatagttgatactactagatataaatattcaccagctcttactttgg----------------- 8959769  T
Q  317 acatcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagtgatgat 379  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8959768 -catcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagggatgat 8959707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 8924893 - 8924545
Alignment:
Q  13 aacctgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 112  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8924893 aacctgtggtgatccgaggtacgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactctattgtcgagtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 8924794  T
Q  113 aactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactattacttgtacaattataatttcagcagctcttata 212  Q
    |||||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8924793 aactacacaatcagaatagttgatcccggaattgaagagggtgattgctcctcctttcctcgctattacttatacaattataatttcagcagctcttata 8924694  T
Q  213 tcttcaattctgttgatccatatcaaacttaccagaatagaatagttgatactactatatatgaaaatgcagaagctcttactttggaaattcttaaata 312  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||| || || ||  ||||||||||||||                 
T  8924693 tcttcgattctgttgatccatatcaaacataccagagcagaatagttgatactactagatataaatattcaccagctcttactttgg------------- 8924607  T
Q  313 tcctacatcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagtgatgat 379  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8924606 -----catcattacaaatgttccagcacgtaatttacatgaattgtagcagtcctgtgagggatgat 8924545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 179
Target Start/End: Original strand, 9306840 - 9306999
Alignment:
Q  20 ggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataactaca 119  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     
T  9306840 ggtgatccgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactttgttttcaggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacagaaactact 9306939  T
Q  120 caattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 179  Q
    ||||  |  |||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||    
T  9306940 caatgagagtagttgatcttggaattcaagaaggtgattgctcctccatgcctcgctatt 9306999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 173
Target Start/End: Original strand, 9475290 - 9475450
Alignment:
Q  13 aacctgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 112  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||    
T  9475290 aacctgtggtgatccgaggtacgagttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcgggtaactacaatgtgaagtcaatcaactacgat 9475389  T
Q  113 aactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 173  Q
    |||||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  9475390 aactacacaatcagactagttgatcctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctc 9475450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 179
Target Start/End: Original strand, 9245056 - 9245219
Alignment:
Q  16 ctgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataac 115  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||    
T  9245056 ctgtggtgatccgaagtatgagttatcctgcgaaaacaacatcacagtgttaactctgttttcgggtaagtactatgtgaaggcaatcaactacaacaac 9245155  T
Q  116 tacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 179  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || |||||| |||||    
T  9245156 tacacaattttgttagttgatcccggaattgaagagggtagttgctcctcccttcctcgctatt 9245219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 9335669 - 9335503
Alignment:
Q  13 aacctgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 112  Q
    ||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| || ||||||||||||||| |   |||||||||||      
T  9335669 aacctgtggtgatccaaagtacgagttatcctgcgaaaacaacatcacagcgttaactctgttttcaggtaaatactatgtgcaggaaatcaactacata 9335570  T
Q  113 aactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  9335569 aactacacaattcggttagttgatccaggaattgaagaaggtgattactcctccattcctcgctatt 9335503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 8946028 - 8945879
Alignment:
Q  13 aacctgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaat 112  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||   || | || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  8946028 aacctgcggtgatccgaggtacgagttatcctgcgaaaaaaacatcacaatgttaaagctgctttctggtaaataccatgtaaaatcaatcaactacaat 8945929  T
Q  113 aactacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctc 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||    
T  8945928 aactacacaattcggttagttgatcctggaataaaagaaggtgattgctc 8945879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 9359404 - 9359247
Alignment:
Q  16 ctgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataac 115  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||    |||||| |||| || ||||||||||||||| |   ||||||||||   ||     
T  9359404 ctgtggtgatccgaagtacgagttatcctgcgaaaacaacatcaccgtgttaactctgttttcaggtaaatactatgtgcaggaaatcaactacgtaaat 9359305  T
Q  116 tacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 173  Q
    |||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||| |||||||| |||||||||    
T  9359304 tacacaattcggctagttgatccagtaattgaagagggtaattgctcctccattcctc 9359247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 16 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 9168558 - 9168398
Alignment:
Q  16 ctgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataac 115  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9168558 ctgtggtgatccgaggtacgagttatcctgtgaaaacaacatcacaacgctaagtctgttttggggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaaaaac 9168459  T
Q  116 tacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctcactatt 179  Q
    ||||||||  |  |||||||||| |||||  |||| ||||||||   ||||||||||| |||||    
T  9168458 tacacaatcagagtagttgatcctggaatagaagaaggtgattg---caccattcctcgctatt 9168398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 173
Target Start/End: Original strand, 15912782 - 15912941
Alignment:
Q  14 acctgtggtgattcgaggtatgagttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaata 113  Q
    |||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||| || ||||| |||||||||     ||||||||| || |    
T  15912782 acctgtggggatccgagctacgagttatcctgcgaaaacaacatcacaaccttaaatctgttttcaggtaagtactatgtgttggaaatcaactataaaa 15912881  T
Q  114 actacacaattcggttagttgatcccggaattcaagagggtgattgctccaccattcctc 173  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  15912882 actacacaattaggttagttgatgccgggttgcaagagggtgattgctcctccattcctc 15912941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University