View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11073_low_13 (Length: 448)
Name: NF11073_low_13
Description: NF11073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11073_low_13 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 10289895 - 10289480
Alignment:
| Q |
19 |
tcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgct-tccaaacacttcttgtatgactcacacttatattctaacttaacatttccttagt |
117 |
Q |
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| T |
10289895 |
tcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatattctaacttaacatttccttagt |
10289796 |
T |
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| Q |
118 |
atataggcattagtctctcatacgccatgtaccacacggttttgaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtg |
217 |
Q |
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| T |
10289795 |
atataggcattagtctctcataggccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtg |
10289696 |
T |
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| Q |
218 |
ggttttccacctattgtaatcttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcgcaacttataattcattt |
317 |
Q |
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| T |
10289695 |
ggttttccacctattgtaattttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcgcaacttataattcattt |
10289596 |
T |
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| Q |
318 |
tcgtcaatattttcctggaaccccatttagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtg |
417 |
Q |
| |
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| T |
10289595 |
tcgtcaatattttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtg |
10289496 |
T |
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| Q |
418 |
gagcgaggaatgatgt |
433 |
Q |
| |
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| T |
10289495 |
gagcgaggaatgatgt |
10289480 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 45 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 48654918 - 48654528
Alignment:
| Q |
45 |
ttctaagtggtaaccgct-tccaaacacttcttgtatgactcacactta----tattctaacttaacatttccttagtatataggcattagtctctcata |
139 |
Q |
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|
| T |
48654918 |
ttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttacttatattctaacttaacatttcctta---tataggcattagtctctcata |
48654822 |
T |
|
| Q |
140 |
cgccatgtaccacacggttttgaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtgggttttccacctattgtaatct |
239 |
Q |
| |
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|
| T |
48654821 |
ggccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtgggttttccacctattgtaattt |
48654722 |
T |
|
| Q |
240 |
tccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcgcaacttataattcattttcgtcaatattttcctggaacc |
339 |
Q |
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|
| T |
48654721 |
tccacaaacaccacatatatgtcgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttataattcattttcgtcaatattttccttgaatt |
48654622 |
T |
|
| Q |
340 |
ccatttagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtggagcgaggaatgatgt |
433 |
Q |
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| T |
48654621 |
tcatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtggagtgaggaatgatgt |
48654528 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 21265305 - 21264890
Alignment:
| Q |
19 |
tcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgct-tccaaacacttcttgtatgactcacacttatattctaacttaacatttccttagt |
117 |
Q |
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|
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|
|
| T |
21265305 |
tcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatgactcacacttatattctaacttaacatttccttagt |
21265206 |
T |
|
| Q |
118 |
atataggcattagtctctcatacgccatgtaccacacggttttgaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtg |
217 |
Q |
| |
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|
| T |
21265205 |
atataggcattagtctctcataggccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtg |
21265106 |
T |
|
| Q |
218 |
ggttttccacctattgtaatcttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcgcaacttataattcattt |
317 |
Q |
| |
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|
|
| T |
21265105 |
ggttttccacctattgtaattttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtctcaacttataattcattt |
21265006 |
T |
|
| Q |
318 |
tcgtcaatattttcctggaaccccatttagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtg |
417 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21265005 |
tcgtcaatattttccttgaatttcatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttatcgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtg |
21264906 |
T |
|
| Q |
418 |
gagcgaggaatgatgt |
433 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
21264905 |
gagcgaggaatgatgt |
21264890 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 32736012 - 32735592
Alignment:
| Q |
19 |
tcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgct-tccaaacacttcttgtatgactcacactta----tattctaacttaacatttcct |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32736012 |
tcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtacgactcacacttacttatattctaacttaacatttcct |
32735913 |
T |
|
| Q |
114 |
tagtatataggcattagtctctcatacgccatgtaccacacggttttgaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctagg |
213 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32735912 |
tagtatataggcattagtctctcatagaccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctagg |
32735813 |
T |
|
| Q |
214 |
agtgggttttccacctattgtaatcttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcgcaacttataattc |
313 |
Q |
| |
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|
|
| T |
32735812 |
agtgggttttccacctattgtaattttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaacccatcgacttatatcttggtcacaacttataattc |
32735713 |
T |
|
| Q |
314 |
attttcgtcaata-ttttcctggaaccccatttagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagt |
412 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32735712 |
attttcttcaatatttttcctggaaccccatatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagt |
32735613 |
T |
|
| Q |
413 |
tagtggagcgaggaatgatgt |
433 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32735612 |
tagtggagcgaggaatgatgt |
32735592 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 13777820 - 13777399
Alignment:
| Q |
19 |
tcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgct-tccaaacacttcttgtatgactcacactta----tattctaacttaacatttcct |
113 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
13777820 |
tcaaccactcttatttctcccaattcttctaagtggtaaccgctatccaaacacttcttgtatggctcacacttacttatattctaacttaacatttcct |
13777721 |
T |
|
| Q |
114 |
tagtatata--ggcattagtctctcatacgccatgtaccacacggttttgaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcaccta |
211 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13777720 |
tagtatatataggcattagtctctcataggccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcaccta |
13777621 |
T |
|
| Q |
212 |
ggagtgggttttccacctattgtaatcttccacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcgcaacttataat |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
13777620 |
ggagtgggttttccacctatagtaattttccacaaacaccgcatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcacaacttataat |
13777521 |
T |
|
| Q |
312 |
tcattttcgtcaatattttcctggaaccccatttagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagag |
411 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13777520 |
tcattttcgtcaatattttcctggaaccccatatagctatcaacacttttgagaatcatgttttcttaccattgtcatggccaattggagtcgaggagag |
13777421 |
T |
|
| Q |
412 |
ttagtggagcgaggaatgatgt |
433 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13777420 |
ttagtggagcgaggaatgatgt |
13777399 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 10752322 - 10752217
Alignment:
| Q |
30 |
tatttctcccaattcttctaa-gtggtaaccgct-tccaaacacttcttgtatgactcacactta----tattctaacttaacatttccttagtatatag |
123 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||| | |||||||||||| | |
|
|
| T |
10752322 |
tatttctcccaattcctctaaagtggtaaccgccatccatacacttattgtatgactcaaacttaactatattctcacttaatttctccttagtatatcg |
10752223 |
T |
|
| Q |
124 |
gcatta |
129 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
10752222 |
gcatta |
10752217 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 142 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 7337675 - 7337383
Alignment:
| Q |
142 |
ccatgtaccacacggttttgaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtgggttttccacctattgtaatcttc |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
7337675 |
ccatgtaccacacggtttagaaaaaggtaatcaaaccctctcaatcatctcttggtataatggtcacctaggagtgggttttccacctattgtaattttc |
7337576 |
T |
|
| Q |
242 |
cacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaactcatcgacttttatcttggtcgcaacttataattcattttcgtcaata-ttttcctggaaccc |
340 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
7337575 |
cacaaacaccacatatatgccgacatctatatccaacccatcgacttatatcttggtcacaacttataattcattttcttcaatatttttcctggaaccc |
7337476 |
T |
|
| Q |
341 |
catttagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtggagcgaggaatgatgt |
433 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7337475 |
catatagctatcaacacatttgagaatcatgttttcttaccgttgtcttggccaattggagtcgaggagagttagtggagcgaggaatgatgt |
7337383 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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