View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11075_low_2 (Length: 384)

Name: NF11075_low_2
Description: NF11075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11075_low_2
NF11075_low_2
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (13-368)||(25468931-25469287)
chr5 (128-368)||(25477241-25477491)
chr5 (13-285)||(32762437-32762712)
chr5 (13-285)||(28474297-28474572)
chr5 (13-293)||(32709618-32709901)
chr5 (20-355)||(32652206-32652545)
chr5 (26-336)||(32857643-32857960)
chr5 (15-298)||(32662343-32662629)
chr5 (15-322)||(32739488-32739800)
chr5 (13-368)||(32558254-32558618)
chr5 (13-297)||(32767328-32767612)
chr5 (15-347)||(32656456-32656792)
chr5 (273-341)||(32660829-32660898)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (13-322)||(7970280-7970593)
chr7 (15-322)||(37576518-37576829)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (14-293)||(16756385-16756667)
chr2 (13-322)||(16751874-16752187)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (13-282)||(17590850-17591119)
chr1 (13-368)||(17582851-17583212)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-77)||(21524198-21524260)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 13 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 25469287 - 25468931
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25469287 tggacagcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatggctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctgcagta 25469188  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25469187 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcattcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgtttcgagctaatg 25469088  T
Q  213 ttgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaa-aaaataaaccatcgaat 311  Q
    | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  25469087 tagcacttcggacacttcttctcaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaaataaaccatcaaat 25468988  T
Q  312 tagactttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttgcaaggcttgttag 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25468987 tagactttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttgcaaggcttgttag 25468931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 128 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 25477491 - 25477241
Alignment:
Q  128 gcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatat----tctcaatggctttacaacgtttt-gagctaatgtt------gc 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||   |||| ||||||||||||    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||       ||    
T  25477491 gcaaccatgtttttcattcggacatgacatttc---catatattgcaatatatatattctcaatggctttacaacatttttgagctaatgtgcaatgagc 25477395  T
Q  217 acttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaataaa--ccatcgaattag 314  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||| ||||||    
T  25477394 acttctgacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatgcccattatcacactaaattgcaacaaaaaaaaaaacccatcaaattag 25477295  T
Q  315 actttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttgcaaggcttgttag 368  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||  | ||||||||||| ||||||||||||    
T  25477294 actttgaagcattttctagaaagaaaaaacatatttctttgtaaggcttgttag 25477241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 32762712 - 32762437
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| | ||||||||||||||||  |  |||    
T  32762712 tggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacaacctgaaagggggcagtaacatagttcgtagatgcattcctcttcatgcttcctattttcaatgta 32762613  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||   ||| |||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  32762612 acttattttctccctgcaaccatattttgcattcggacatgacat---ttcaatagattgcaatacgttctcaatgtatttacaacgttttgagctaata 32762516  T
Q  213 tt------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaa 285  Q
    ||      |||| |   |||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  32762515 ttcaaagagcacatgaaacacttgttcctgagtttaggacagcaggtagagcaaataatatgaccattatcgcactgaa 32762437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 28474572 - 28474297
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||  |||||||||||| |    ||||| ||||| | ||||||||||||||||| |  |||    
T  28474572 tggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacaaccagaaagagggcagtaacatggaaagtagatgcattcgtcttcatgcttcctatttccagtgta 28474473  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| | ||||||||||  |||||    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28474472 acttattttctccttgcaaccatggtttgcattcggacatggcatttca---atagataacaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 28474376  T
Q  213 ------ttgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaa 285  Q
            |||||   |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28474375 cgcaacgagcactcatgacacttgttcctaagtttagtacagcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacactgaa 28474297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 32709901 - 32709618
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||| | ||   |  |||    
T  32709901 tggacaacacttctgatgaggcaacaaagtcacaacctgaaaggggacagtaacatggcacatacatacattcttcttcatgcttcttcttctcattgta 32709802  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaat- 211  Q
     |  ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||    | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  32709801 gcccattgtctccttgcagccatgtttttcattcgggcatgacatttcg---aaagattgcaaaagattctcaatggctttacaacgttttaagcgaata 32709705  T
Q  212 -gtt----gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaaca 293  Q
     |||    ||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  32709704 cgttttgagcatttgggacacttgttccgatgtttatcacagcaggttgagcaaacaatatgaccattaacacactgaattgcaaca 32709618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 355
Target Start/End: Original strand, 32652206 - 32652545
Alignment:
Q  20 cacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaacttatt 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| || ||  |||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||| |||| |||| |  ||||||||||    
T  32652206 cacttctgatgatgcaacaaagtgacaacttggaacagggcagtaacatggcgcatggatgcattctttttcatgcctcctctttccaatgtaacttatt 32652305  T
Q  120 gtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg------t 213  Q
     ||||  |||||||||||||| | ||||||||||| ||   ||| |||||| |||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||           
T  32652306 ttctcattgcaaccatgttttgcattcggacatgacat---ttcaatagatagcaatagattctcagcggctttacaatgttttgagctaatgggcaacg 32652402  T
Q  214 tgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaaca-aaaaataaaccatcgaatt 312  Q
     ||| ||  |||||||||| | |||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||| | ||    
T  32652403 agcaattgtgacacttgtttctaagtttagtactgcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacactgaattgcaacataaaagaaaatcatcaagtt 32652502  T
Q  313 agactttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttg 355  Q
    ||||||||||  |||| ||| ||| |||| | | |||||||||    
T  32652503 agactttgaaccatttactaaaataaaataagacatttctttg 32652545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 32857960 - 32857643
Alignment:
Q  26 tgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatag---atacattctttttcatgcttcctatttctacagtaacttattgtc 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||   |  ||||||| ||||||||| || |||| |  |||||||||| ||    
T  32857960 tgatgatgcaacaaagtcacaacctgaaagggggcagtaacatggctcatagtagaagcattcttcttcatgcttactctttccagtgtaacttattttc 32857861  T
Q  123 tccctgcaaccatgtttttcgtt-cggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaat------gttg 215  Q
    ||| |||||||||| ||| | || ||||||||| |||||    |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||      |  |    
T  32857860 tccttgcaaccatgctttgcatttcggacatgacatttcg---atagatagcaataaattctcaatggctttacaacattttgcgctaatgggcaaggag 32857764  T
Q  216 cacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaataaaccatcgaattaga 315  Q
    |||||   ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||  || || | |||||||    
T  32857763 cacttgtaacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagcaaacaatatgaccattattagactgaaatgcaacaaaaaaggaatcagcaaattaga 32857664  T
Q  316 ctttgaagtatttgctagaat 336  Q
    | |||||  ||||||||||||    
T  32857663 cgttgaaccatttgctagaat 32857643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 298
Target Start/End: Original strand, 32662343 - 32662629
Alignment:
Q  15 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaac 114  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||  |||||| ||||| || ||| ||| ||||||| |||||||||||| |||| |  | |||    
T  32662343 gacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacagcttgaaacagggcagcaacatggcacatggatgcattcttcttcatgcttcctctttccaatgcaac 32662442  T
Q  115 ttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaat--- 211  Q
    ||||| ||||  |||||||||| ||| | ||||||||||| ||   ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  32662443 ttattttctcattgcaaccatgatttacattcggacatgacat---ttcaatagatagcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatacg 32662539  T
Q  212 ---gttgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaa 298  Q
          ||||||  ||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  32662540 caacgagcacttgtgacgcttgttcccaagtttaggatagcaggtagagcaaaaaatatgaccattatcacactgtagtgcaacataaaa 32662629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 32739800 - 32739488
Alignment:
Q  15 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaac 114  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| || ||| ||||| |||||||| | ||| |  |||  ||| |    
T  32739800 gacaacacttctgatgattcaacaaagtcacatcctgaaaagggacagtaacatggcttatggatgcattcgttttcatgatccctctgcctaatgtacc 32739701  T
Q  115 ttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtt 214  Q
    |  ||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||  |   |||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||      
T  32739700 tatttgtcaccctgcaaccatattttgcattcggacatggca---cttcaatagatcgcaatagattctcaatggcttcacagcgtttagagctgatgga 32739604  T
Q  215 ------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaa--taaaccat 306  Q
          ||||||  |||||||||||| |||||||  |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||   |||||||    
T  32739603 caatgagcacttgtgacacttgttccgaagtttaggacagcaagtagagcagacaatatgaccattatcacactgtattgcagcaaaaaaacaaaaccat 32739504  T
Q  307 cgaattagactttgaa 322  Q
    | |||| |||||||||    
T  32739503 caaattcgactttgaa 32739488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 368
Target Start/End: Original strand, 32558254 - 32558618
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| ||||||| |||| ||||| || |||||||||  || ||| ||||||||| || ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||| ||  |     
T  32558254 tggacaacacttctaatgaggcaacaaaatcacaacctttaacgggacagtaacatggcacatagatgcattcttcttcatgtttcctctttccactttg 32558353  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||  ||   ||  ||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  32558354 acttattgtctccctgcagccatattttttgttcgggcatggcat---ttggatagattgcgatatattctcaatgactttgcaacattttgagctaatg 32558450  T
Q  213 ----tt--gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaata-aacca 305  Q
        ||  ||||||  |||| ||||||  ||||| |  | |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||| | |  ||    
T  32558451 ggcattgagcacttgtgacagttgttcataagttgaggaaagcaagtagagcaaacaatatgatcattatcgcactgaattgcaacataaaagatagtca 32558550  T
Q  306 tcgaattagactttgaagtatttgctagaatgaaatgaa-----atatttctttgcaaggcttgttag 368  Q
    || ||||||||||||||  ||| | |||||| |||| ||     | ||||||||||||||||||||||    
T  32558551 tcaaattagactttgaaccattaggtagaataaaataaagtaagagatttctttgcaaggcttgttag 32558618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 32767612 - 32767328
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| ||||||||||| |||| | ||| |||||||| ||| |||||||||||||||  | || || ||||| | ||||||||||| |||||    |||    
T  32767612 tggacaacacttctgatgttgcagcaaagccacaacctaaaatggggcagtaacatagtacgtatatgcattcgtcttcatgcttccgatttccgatgta 32767513  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    ||||||| |  | || ||||||||||   | ||||||||||||||   ||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32767512 acttatttttactctacaaccatgttcggcattcggacatgatat---ttcaatagatagcattagattctcaatggctttacaatgttttgagctaatg 32767416  T
Q  213 ttgcact----tcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaa 297  Q
      ||| |     |  ||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32767415 -ggcaatgagcaccaacacttgttcctaagtttaggagagcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacactgaattgaaacaaaaa 32767328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 347
Target Start/End: Original strand, 32656456 - 32656792
Alignment:
Q  15 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaac 114  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||  || ||||||||  || ||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||   |||||    
T  32656456 gacaacacttcggatgatgcaacaaagccacaacttgaaataggacagtaacagggcacatggatgcattctttttcatgattcctctttctgatgtaac 32656555  T
Q  115 ttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtt 214  Q
    | ||| |||   ||||||||| |||| | ||||||||||| |||||    | ||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||      
T  32656556 taattttcttgttgcaaccatattttgcattcggacatgacatttca---agagataccaatagattctcaatggctttacaatgtttggagctagtggg 32656652  T
Q  215 ------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaa-taaaccatc 307  Q
          ||||||   ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||  |||| |||    
T  32656653 caatgagcacttgtaacacttgtttccaagtttaggacagcaggtagagcaaacaatatgaccattgtcacactgcattgcaacaaaaaagaaaacaatc 32656752  T
Q  308 gaattagactttgaagtatttgctagaatgaaatgaaata 347  Q
     ||||| ||  ||||  |||||||||||| |||| |||||    
T  32656753 aaattatacaatgaaccatttgctagaataaaataaaata 32656792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 273 - 341
Target Start/End: Original strand, 32660829 - 32660898
Alignment:
Q  273 ttatcacactgaattgcaacaaaaaataaac-catcgaattagactttgaagtatttgctagaatgaaat 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||  |||||||||||| ||||    
T  32660829 ttatcacactgaattgcaacaaaaaagaaactcatcaaattagacgttgaaccatttgctagaataaaat 32660898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 322
Target Start/End: Original strand, 7970280 - 7970593
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||    |||    
T  7970280 tggacaacacttctgatgacgcaacaaagtcacaacctgaaaggggacagtaacatggtacatagatgcattcttcttcatgcttcctatttccggtgta 7970379  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||   ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7970380 acttattttctccttgcaaccatgttttgcattcagacatgacat---ttcgatagattgcaatagattctcaatggctatacaacgttttgagctaatg 7970476  T
Q  213 t------tgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaa-ataaacca 305  Q
    |       ||||||  |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||    
T  7970477 tgcaatgagcacttgtgacacttgttcctaagtttaggacagcaggtagagcaaacgatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaacgaaaatca 7970576  T
Q  306 tcgaattagactttgaa 322  Q
    || ||||||||||||||    
T  7970577 tcaaattagactttgaa 7970593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 37576829 - 37576518
Alignment:
Q  15 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaac 114  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||  |  |||||||||||  |||||| ||| |||| || |||||| ||| | |||| |  |||||    
T  37576829 gacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacaatctggcagagggcagtaacacggctcatggatgcattgttcttcatggttcatctttccaatgtaac 37576730  T
Q  115 ttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgtt 214  Q
    ||||| |||| |||||||| | |||| | |||| |||||| | |||    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  37576729 ttattttctctctgcaaccgtattttgcattcgaacatgacaattca---atagatagcaatagattctcaatggctttacaacgttttgagctaatgcg 37576633  T
Q  215 ------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaacaaaaaa-taaaccatc 307  Q
          |||||| |||||| |||||| |||||||  | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  37576632 caatgagcacttgggacacgtgttcctaagtttaggatagcaggtagagcaagcaatatgaccattatcacactgaattgcaacaaaaaagaaaatcatc 37576533  T
Q  308 gaattagactttgaa 322  Q
     ||||||||||||||    
T  37576532 aaattagactttgaa 37576518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 16756667 - 16756385
Alignment:
Q  14 ggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagtaa 113  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||| ||   |  ||||    
T  16756667 ggacaacacctctgatgaagcaacaaagtcacaacctgaaagggggcaataacatggcacatagatgcattcttcttcatgcttcctcttctgaatgtaa 16756568  T
Q  114 cttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg- 212  Q
       ||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||  ||   ||  ||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||     
T  16756567 tcgattgtctccttgcaaccatatttttcattcagacatggcat---tttgatatattgcaatagattctcaaaggctctacaacgttttaagctaatgc 16756471  T
Q  213 -tt----gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaaca 293  Q
     ||    ||||||   ||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  16756470 attttgagcacttgtcacacttgttcccaaacttagagcagcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacactgaatttcaaca 16756385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16752187 - 16751874
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||||| |||| || |||||||||| | ||   || |||    
T  16752187 tggacaacacctctgatgaggcaacaaaatcacaacctgaaatggggcaataacatgggacatagatgcatttttcttcatgcttcgtcttctgactgta 16752088  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    |  ||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||| ||   ||  ||| ||||||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||||||    
T  16752087 atctattgtctctctgcaaccatatttttcattcgggcatgacat---tttgatatattgcaatagattctcaaaggctctgcaacgttttaagctaatg 16751991  T
Q  213 --tt----gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacactgaattgcaaca-aaaaataaacca 305  Q
      ||    ||||||    |||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||| | | |||||||||| ||||| |||  |||| ||    
T  16751990 cattttgagcacttgtcgcacttgttcccaagcttagaacagcaggtaaagcaaacaatatgaccagttttacactgaatttcaacataaatgtaaatca 16751891  T
Q  306 tcgaattagactttgaa 322  Q
     | ||||||||||||||    
T  16751890 ccaaattagactttgaa 16751874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 17591119 - 17590850
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||||  | ||||  ||||||| ||||||||||||||   |   |||    
T  17591119 tggacaacacttctgatgatgcagcaaagtcacatcctgaaagggggcagtaacatagtacgtagacgcattcttcttcatgcttcctatcggt---gta 17591023  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    ||||||  ||||| | |||||||| ||| | |||| |||||| ||   ||  |||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17591022 acttatcttctccttacaaccatgctttgcattcgaacatgacat---tttgatagatagcaatagattctcaatggctttgcaacgttttgagctaatg 17590926  T
Q  213 t------tgcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacact 282  Q
    |       |||||   |||||||||||  ||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17590925 tgcaatgagcactcgtgacacttgttcttaagtttcgtacagcaggtagagcaaacaatatgaccattatcacact 17590850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 17583212 - 17582851
Alignment:
Q  13 tggacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatagatacattctttttcatgcttcctatttctacagta 112  Q
    |||||| || |||||| |||||| | |||||||| ||||||| |||||||| |||| |  | ||||| |||| || ||||||||||||||   |   |||    
T  17583212 tggacaacaattctgacgatgcagcaaagtcacatcctgaaagggggcagtcacatggtacgtagatgcatttttcttcatgcttcctatcagt---gta 17583116  T
Q  113 acttattgtctccctgcaaccatgtttttcgttcggacatgatatttcttccatagattgcaatatattctcaatggctttacaacgttttgagctaatg 212  Q
    ||||||| || || |||||||||||||| | || ||| |||| ||||     |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17583115 acttattttcgccttgcaaccatgttttgcatttggatatgaaattttg---atagatagcaatagattctcaatgactttacaacgttttgagctaatg 17583019  T
Q  213 tt------gcacttcggacacttgttcccaagtttatcacagcaggtagagcaaacaatatggccattatcacact-----gaattgcaaca-aaaaata 300  Q
            |||||   |||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||     | |||||||||  |||  |    
T  17583018 cgcaatgagcactcgtgacacttgttcctaagtttagtacagcaagtagagcaaacaatatgatcattatcacactgcaaggtattgcaacatcaaagaa 17582919  T
Q  301 aaccatcgaattagactttgaagtatttgctagaatgaaatgaaatatttctttgcaaggcttgttag 368  Q
    || |||| ||||||||||||||  ||||| |||||| |||| ||| |||| |||| ||||||||||||    
T  17582918 aatcatcaaattagactttgaaccatttgttagaataaaataaaagatttatttgtaaggcttgttag 17582851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 21524260 - 21524198
Alignment:
Q  15 gacatcacttctgatgatgcaacgaagtcacaacctgaaaaggggcagtaacatagctcatag 77  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  21524260 gacaacacttctgatgatgcaacaaagtcacaacctgaaagggggcagtaacatggctcatag 21524198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University