View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1107_low_17 (Length: 475)

Name: NF1107_low_17
Description: NF1107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1107_low_17
NF1107_low_17
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (25-462)||(44279018-44279455)
chr2 (32-428)||(26533299-26533695)
chr2 (120-347)||(27187002-27187219)
chr2 (120-347)||(27836544-27836761)
chr2 (120-393)||(27836770-27837033)
chr2 (120-428)||(21088888-21089195)
chr2 (120-393)||(27187228-27187491)
chr2 (120-393)||(27837042-27837305)
chr2 (310-428)||(26533280-26533398)
chr2 (308-428)||(44279004-44279125)
chr2 (308-402)||(38144014-38144108)
chr2 (321-429)||(31074227-31074335)
chr2 (340-428)||(8596464-8596552)
chr2 (46-133)||(8596463-8596549)
chr2 (32-132)||(31074235-31074334)
chr2 (117-248)||(3736215-3736345)
chr2 (141-325)||(14914247-14914427)
chr2 (46-106)||(38144049-38144108)
chr2 (308-357)||(27187488-27187537)
chr2 (308-357)||(27837302-27837351)
chr2 (48-132)||(21089112-21089195)
chr2 (46-97)||(27187227-27187278)
chr2 (46-97)||(27836769-27836820)
chr2 (46-97)||(27837041-27837092)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (46-428)||(32024985-32025366)
chr1 (46-428)||(32025281-32025662)
chr1 (307-428)||(32024949-32025070)
chr1 (308-408)||(9448644-9448744)
chr1 (308-429)||(31412392-31412513)
chr1 (46-134)||(32025577-32025664)
chr1 (94-243)||(50013921-50014069)
chr1 (308-428)||(4119115-4119235)
chr1 (308-421)||(51865808-51865920)
chr1 (46-112)||(9448644-9448709)
chr1 (111-312)||(44462004-44462204)
chr1 (46-132)||(31412393-31412478)
chr1 (52-149)||(34228415-34228511)
chr1 (91-248)||(33044701-33044854)
chr1 (32-95)||(51865829-51865892)
chr1 (116-157)||(50013604-50013644)
chr1 (63-207)||(4662855-4662998)
chr1 (346-426)||(34228434-34228514)
chr1 (51-132)||(4119155-4119235)
chr1 (301-422)||(34228194-34228314)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (32-428)||(19987666-19988059)
chr4 (32-428)||(8107135-8107513)
chr4 (94-410)||(18936206-18936521)
chr4 (120-378)||(18930593-18930853)
chr4 (49-271)||(45015531-45015752)
chr4 (308-428)||(19987645-19987765)
chr4 (46-143)||(19987974-19988070)
chr4 (308-428)||(8107414-8107534)
chr4 (40-257)||(38978742-38978946)
chr4 (308-400)||(38978713-38978805)
chr4 (133-357)||(18977007-18977232)
chr4 (310-428)||(11028757-11028874)
chr4 (327-428)||(7833755-7833856)
chr4 (46-132)||(7833755-7833840)
chr4 (25-132)||(8107135-8107240)
chr4 (40-133)||(11028784-11028875)
chr4 (368-426)||(18936184-18936242)
chr4 (93-242)||(48173825-48173973)
chr4 (307-366)||(5190972-5191031)
chr4 (120-168)||(34655572-34655620)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (133-428)||(30045271-30045566)
chr6 (32-428)||(1701881-1702259)
chr6 (119-352)||(35033168-35033403)
chr6 (225-380)||(28072127-28072281)
chr6 (46-132)||(30045481-30045566)
chr6 (315-428)||(1702160-1702273)
chr6 (95-230)||(2183631-2183766)
chr6 (308-428)||(32729551-32729671)
chr6 (94-286)||(5467083-5467276)
chr6 (48-92)||(29141559-29141603)
chr6 (46-132)||(32729586-32729671)
chr6 (194-263)||(5466998-5467067)
chr6 (308-429)||(33447641-33447762)
chr6 (121-272)||(32140145-32140297)
chr6 (46-84)||(28072126-28072164)
chr6 (349-386)||(29141563-29141600)
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (133-428)||(261945-262240)
scaffold0007 (46-134)||(262155-262242)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (32-422)||(23071765-23072164)
chr7 (46-428)||(3958053-3958432)
chr7 (48-380)||(23072087-23072418)
chr7 (46-357)||(25194023-25194332)
chr7 (48-428)||(37223584-37223954)
chr7 (308-428)||(8356211-8356331)
chr7 (308-428)||(23071744-23071864)
chr7 (227-434)||(25194341-25194548)
chr7 (228-428)||(37223466-37223665)
chr7 (94-248)||(7741613-7741764)
chr7 (46-133)||(8356210-8356296)
chr7 (308-428)||(3958347-3958467)
chr7 (308-428)||(13789497-13789617)
chr7 (46-132)||(13789497-13789582)
chr7 (98-279)||(15019132-15019310)
chr7 (308-410)||(17944565-17944667)
chr7 (314-406)||(25193994-25194086)
chr7 (202-428)||(2414306-2414532)
chr7 (184-230)||(7406811-7406857)
chr7 (46-84)||(23072381-23072419)
chr7 (47-99)||(17944601-17944653)
chr7 (52-134)||(37223875-37223956)
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (46-428)||(34373597-34373978)
chr8 (143-393)||(9410367-9410611)
chr8 (131-419)||(21403103-21403388)
chr8 (131-419)||(21797596-21797881)
chr8 (191-428)||(21397120-21397357)
chr8 (191-428)||(21791613-21791850)
chr8 (133-407)||(15937831-15938105)
chr8 (40-243)||(21008307-21008511)
chr8 (111-282)||(21396905-21397076)
chr8 (111-282)||(21791398-21791569)
chr8 (48-248)||(33446010-33446209)
chr8 (50-272)||(24195970-24196193)
chr8 (308-428)||(34373894-34374013)
chr8 (185-357)||(22576680-22576852)
chr8 (120-315)||(27138785-27138982)
chr8 (46-133)||(34373596-34373682)
chr8 (308-426)||(21008422-21008540)
chr8 (46-111)||(15937831-15937895)
chr8 (32-83)||(9410547-9410598)
chr8 (308-395)||(34074291-34074378)
chr8 (46-96)||(34074326-34074376)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (120-372)||(13843672-13843923)
chr3 (125-248)||(2706390-2706513)
chr3 (308-437)||(3870760-3870889)
chr3 (360-429)||(7407876-7407945)
chr3 (65-132)||(7407878-7407944)
chr3 (128-313)||(25315263-25315452)
chr3 (46-132)||(3870769-3870854)
chr3 (310-362)||(7400837-7400889)
chr3 (308-392)||(19997100-19997184)
chr3 (94-204)||(19214523-19214632)
chr3 (94-150)||(15002221-15002277)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (140-428)||(10321573-10321861)
chr5 (180-428)||(22586966-22587214)
chr5 (40-271)||(22598923-22599153)
chr5 (32-347)||(36975947-36976258)
chr5 (125-428)||(36975743-36976046)
chr5 (94-283)||(15225971-15226160)
chr5 (307-428)||(10567338-10567459)
chr5 (40-395)||(32064427-32064782)
chr5 (107-273)||(36975527-36975693)
chr5 (308-428)||(15173456-15173576)
chr5 (46-132)||(15173456-15173541)
chr5 (93-333)||(35946430-35946670)
chr5 (40-275)||(36975266-36975498)
chr5 (46-133)||(10567374-10567460)
chr5 (40-134)||(22586964-22587057)
chr5 (332-429)||(39569916-39570013)
chr5 (308-419)||(36975237-36975348)
chr5 (46-132)||(39569917-39570002)
chr5 (307-428)||(22599062-22599183)
chr5 (40-132)||(10321573-10321664)
chr5 (306-428)||(15226122-15226244)
chr5 (95-143)||(16023566-16023614)
[»] scaffold1212 (1 HSPs)
scaffold1212 (138-331)||(1898-2090)
[»] scaffold0251 (2 HSPs)
scaffold0251 (306-428)||(12598-12720)
scaffold0251 (32-142)||(12621-12730)
[»] scaffold0781 (1 HSPs)
scaffold0781 (95-230)||(559-694)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 462
Target Start/End: Original strand, 44279018 - 44279455
Alignment:
Q  25 catcaaatagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279018 catcaaatagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaag 44279117  T
Q  125 tcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagcc 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279118 tcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagcc 44279217  T
Q  225 gtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacat 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279218 gtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtagacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacat 44279317  T
Q  325 caagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcct 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279318 caagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcct 44279417  T
Q  425 aacactttgtttgatgaattttacttgcggtgttatat 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44279418 aacactttgtttgatgaattttacttgcggtgttatat 44279455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 32 - 428
Target Start/End: Original strand, 26533299 - 26533695
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaac 131  Q
    ||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  26533299 tagatcaaagtgcttgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctaatggactagtctttt-gggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaac 26533397  T
Q  132 aattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaa 231  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  26533398 agttggtgctttcattgagagttggaccatggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaagccaccaaaa 26533497  T
Q  232 aggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtag 331  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  26533498 aggaaagggctaccattgggtcagtgtcgatagagtgaaagccgccgtggacgtcagctcttaaagggcgtggcaatgtttggagtcccacatcgagtag 26533597  T
Q  332 atcaaagtgtttgatgcggtactt-aaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  26533598 atcaaagtgcttgatgtggtacttaaaaccatgaggttctcccacctattggactagtcttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 26533695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 120 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 27187219 - 27187002
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  27187219 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgattg 27187120  T
Q  220 aagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcc 319  Q
    |||||| ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  27187119 aagccgccaaaaaggaaag----------gggtcagtgccgatagagtgaaagtcaccgtggacgtcggctcttaaagggcgtggcaatgttaggagtct 27187030  T
Q  320 cacatcaagtagatcaaagtgtttgatg 347  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  27187029 cacatcgagtagatcaaagtgcttgatg 27187002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 120 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 27836761 - 27836544
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  27836761 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgattg 27836662  T
Q  220 aagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcc 319  Q
    |||||| ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  27836661 aagccgccaaaaaggaaag----------gggtcagtgccgatagagtgaaagtcaccgtggacgtcggctcttaaagggcgtggcaatgttaggagtct 27836572  T
Q  320 cacatcaagtagatcaaagtgtttgatg 347  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  27836571 cacatcgagtagatcaaagtgcttgatg 27836544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 120 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 27837033 - 27836770
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  27837033 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgattg 27836934  T
Q  220 aagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcc 319  Q
    |||||| ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||     
T  27836933 aagccgccaaaaaggaaag----------gggtcagtgccgatagagtgaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtct 27836844  T
Q  320 cacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatctttt 393  Q
    |||||| ||||||||||| |  |||||| | |||||||  | ||||||| || |||||||| || || ||||||    
T  27836843 cacatcgagtagatcaaactacttgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtctttt 27836770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 120 - 428
Target Start/End: Original strand, 21088888 - 21089195
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   |  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  21088888 ttaaatcctaacaatttgtgttttcattgagagttggagcacggaaagggctacctatagtctagattaaggtgtttcaccgaatactgataggtgagtg 21088987  T
Q  220 aagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcc 319  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  ||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||| | ||||||||||||||    
T  21088988 aagccgccaaaaaggaaagggctattgtcgagt-agtgccgatagagtgaaagccgtcgtggacgtcggctcttaaagagcgttgaaatgttaggagtcc 21089086  T
Q  320 cacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaa 419  Q
    |||||| |||| || | ||||||| ||| |||| ||||||| | ||| ||| | ||||| | || || ||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  21089087 cacatcgagtaaataagagtgttttatgtggtatttaaaccatcaggctctgcgacctaatggattagtcttttgggttgggctctcttcatgggcttaa 21089186  T
Q  420 gtcctaaca 428  Q
     ||||||||    
T  21089187 atcctaaca 21089195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 120 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 27187491 - 27187228
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  27187491 ttaagtcctaacaacgggtgttttcattgagagttggacaacggaaagggctacctataggttgtattaaggtgttccaccgaatactgataggtgattg 27187392  T
Q  220 aagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcc 319  Q
    |||||| ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||     
T  27187391 aagccgccaaaaaggaaag----------gggtcagtgccgatagagtgaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtct 27187302  T
Q  320 cacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatctttt 393  Q
    |||||| ||||||||||| |  |||||| | |||||||  | ||||||| || |||||||| || || ||||||    
T  27187301 cacatcgagtagatcaaactacttgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtctttt 27187228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 120 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 27837305 - 27837042
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  27837305 ttaagtcctaacaacgggtgttttcattgagagttggacaacggaaagggctacctataggttgtattaaggtgttccaccgaatactgataggtgattg 27837206  T
Q  220 aagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcc 319  Q
    |||||| ||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||     
T  27837205 aagccgccaaaaaggaaag----------gggtcagtgccgatagagtgaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtct 27837116  T
Q  320 cacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatctttt 393  Q
    |||||| ||||||||||| |  |||||| | |||||||  | ||||||| || |||||||| || || ||||||    
T  27837115 cacatcgagtagatcaaactacttgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtctttt 27837042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 310 - 428
Target Start/End: Original strand, 26533280 - 26533398
Alignment:
Q  310 ttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctc 409  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26533280 ttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctaatggactagtcttttgggttgggctctcctc 26533379  T
Q  410 acgagcttaagtcctaaca 428  Q
    | | |||||||||||||||    
T  26533380 atgggcttaagtcctaaca 26533398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Original strand, 44279004 - 44279125
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatc-ttttgggttgggctctc 406  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||    
T  44279004 tgttaggagtctcacatcaaatagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctc 44279103  T
Q  407 ctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||||| | |||||||||||||    
T  44279104 ctcacgggtttaagtcctaaca 44279125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 308 - 402
Target Start/End: Original strand, 38144014 - 38144108
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggc 402  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  38144014 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggc 38144108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 321 - 429
Target Start/End: Original strand, 31074227 - 31074335
Alignment:
Q  321 acatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaag 420  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  31074227 acatcgagtagatcaaagtatttgatgtggtacttaagccatgaggttctcatatctattggactagtcttttgggttgggctctcctcatgggcttaag 31074326  T
Q  421 tcctaacac 429  Q
    |||||||||    
T  31074327 tcctaacac 31074335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 340 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 8596552 - 8596464
Alignment:
Q  340 gtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  8596552 gtttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcctcgtgggcttaagtcctaaca 8596464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 46 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 8596549 - 8596463
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaa 133  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  8596549 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggctctcctcgtgggcttaagtcctaacaa 8596463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 32 - 132
Target Start/End: Original strand, 31074235 - 31074334
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaac 131  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  31074235 tagatcaaagtatttgatgtggtacttaagccatgaggttctcatatctattggactagtc-ttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaac 31074333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 117 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 3736345 - 3736215
Alignment:
Q  117 ggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtga 216  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| |||    ||| |||||||| |||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  3736345 ggtttaagtcttaacaattgatgttttcattgagagtttgaccacg-aaactactacatatatgttaaattaaggtgctctactgaatactgataggtga 3736247  T
Q  217 gtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatc 248  Q
    |||||| || ||||||| ||| ||||||||||    
T  3736246 gtgaagtcgacaaaaagaaaatggctatcatc 3736215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 141 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 14914427 - 14914247
Alignment:
Q  141 tttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaaggg 240  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |  ||| |||| |||| ||||||||| ||| ||  |||||| ||||||| |||||| | ||||||| ||| ||    
T  14914427 tttcattgagagttggaccatgaaaaagactacatataggttggattaaggtgctccgccagatactgataggtgattgaagctgccaaaaagaaaaagg 14914328  T
Q  241 ctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatc 325  Q
    ||| | | |||||| ||    ||  ||| || ||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  14914327 ctaccgttgggtcaatg----tatggtgtaaatcgtcgtggacgtcaactcttaaagggcgtgacaatgttatgagtcccacatc 14914247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 46 - 106
Target Start/End: Original strand, 38144049 - 38144108
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggc 106  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  38144049 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggc 38144108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 27187537 - 27187488
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaa 357  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  27187537 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaa 27187488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 27837351 - 27837302
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaa 357  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  27837351 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaa 27837302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 132
Target Start/End: Original strand, 21089112 - 21089195
Alignment:
Q  48 atgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||| | ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||    
T  21089112 atgtggtatttaaaccatcaggctctgcgacctaatggattagtctttt-gggttgggctctcttcatgggcttaaatcctaaca 21089195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 27187278 - 27187227
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtcttttt 97  Q
    ||||||| |||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  27187278 tgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtcttttt 27187227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 27836820 - 27836769
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtcttttt 97  Q
    ||||||| |||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  27836820 tgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtcttttt 27836769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 27837092 - 27837041
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtcttttt 97  Q
    ||||||| |||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  27837092 tgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtcttttt 27837041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 46 - 428
Target Start/End: Original strand, 32024985 - 32025366
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttca 145  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32024985 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaacaattggtgctttca 32025083  T
Q  146 ttgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  32025084 ttgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaaggaaagggctacc 32025183  T
Q  246 atcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttga 345  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  32025184 atcgggtcagtgtcgatagagtgaaagccgccgtgaacgtcggctcttaaagagcgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttga 32025283  T
Q  346 tgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  32025284 tgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 32025366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 46 - 428
Target Start/End: Original strand, 32025281 - 32025662
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttca 145  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32025281 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaacaattggtgctttca 32025379  T
Q  146 ttgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  32025380 ttgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaaggaaagggctacc 32025479  T
Q  246 atcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttga 345  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  32025480 atcgggtcagtgtcgatagagtgaaagccgccgtgaacgtcggctcttaaagagcgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttga 32025579  T
Q  346 tgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  32025580 tgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 32025662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 307 - 428
Target Start/End: Original strand, 32024949 - 32025070
Alignment:
Q  307 atgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctc 406  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  32024949 atgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctc 32025048  T
Q  407 ctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||| | |||||||||||||||    
T  32025049 ctcatgggcttaagtcctaaca 32025070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 308 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 9448744 - 9448644
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  9448744 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcc 9448645  T
Q  408 t 408  Q
    |    
T  9448644 t 9448644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 308 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 31412513 - 31412392
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||    
T  31412513 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaaatgcttgatgtggtacttaagccgtgaggttctcccacctattcaactagtcttttgggttggactctcc 31412414  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaacac 429  Q
    ||| |  |||| ||||||||||    
T  31412413 tcatggacttaggtcctaacac 31412392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 46 - 134
Target Start/End: Original strand, 32025577 - 32025664
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaat 134  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  32025577 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaacaat 32025664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 94 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 50014069 - 50013921
Alignment:
Q  94 ttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaaggg-ttacctatatgttgaattaaggt 192  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| | | |||||| ||    
T  50014069 ttttgggttgg-ctctcctaatgggcttaagtccttacaattggtgctttcattgagagttggaccacgaaaagggcctacctataagctcaattaa-gt 50013972  T
Q  193 gttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggcta 243  Q
    |||||  |||||| || |||| ||||||| ||| || ||||||||| ||||    
T  50013971 gttccttcgaatattgataggggagtgaaaccgccagaaaggaaagtgcta 50013921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Original strand, 4119115 - 4119235
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||   ||||||||| || ||||| ||| ||||| | | ||||| |||||||||| |||||||||    
T  4119115 tgttaggagtcccacatcgagtagataaaagtgttcgacatggtacttaagccatgaggctctgccaccgaatggactagtcttttgggtcgggctctcc 4119214  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    | | |||||||||||||||||    
T  4119215 ttatgagcttaagtcctaaca 4119235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 308 - 421
Target Start/End: Original strand, 51865808 - 51865920
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||| |||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||    
T  51865808 tgttaggagtcccacatagagtagaacatagtgtttgatgtggtacttaagtcatgaagttctcccacctattagactagtctttcaggttggg-tctcc 51865906  T
Q  408 tcacgagcttaagt 421  Q
    ||| | ||||||||    
T  51865907 tcatgggcttaagt 51865920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 46 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 9448709 - 9448644
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcct 112  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  9448709 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggctctcct 9448644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 312
Target Start/End: Original strand, 44462004 - 44462204
Alignment:
Q  111 ctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggt 210  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||  || ||  | |  ||||| ||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| |    
T  44462004 ctcatgggcttaagtcctaacaattagtgttttcattgagaattaaactacaaataatgttacttatatattgaattaaggtgctccactaaatactgat 44462103  T
Q  211 aggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgt 310  Q
    |||||||||||| |||  ||||| ||| ||||| |||| | ||| ||  |||| |||||||||| ||||| | ||| |||  |||||||  |||||||||    
T  44462104 aggtgagtgaagtcgttcaaaagaaaaaggcta-catcagatcaatgttgataaagtgaaagtcttcgtgaatgtcggctattaaagggtatggcaatgt 44462202  T
Q  311 ta 312  Q
    ||    
T  44462203 ta 44462204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 31412478 - 31412393
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||| ||||||||| ||  ||| |||||||||    
T  31412478 tgatgtggtacttaagccgtgaggttctcccacctattcaactagtc-ttttgggttggactctcctcatggacttaggtcctaaca 31412393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 34228511 - 34228415
Alignment:
Q  52 ggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattga 149  Q
    ||||||||| | |||||| |||||||| || |||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||  ||||||||||| || || ||||||||||||    
T  34228511 ggtacttaagctatgaggctctcccacttaatggactagtctttt-gggttggactctcctcatggacttaagtcctaataaatgatgctttcattga 34228415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 33044854 - 33044701
Alignment:
Q  91 tctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaag 190  Q
    ||||||||  ||||||| |||||| | |||||| |||||||||| | ||||||| |||| | ||| | | |||||||||    |||||||||| ||||||    
T  33044854 tctttttgaattgggctttcctcatgagtttaaatcctaacaatcgatgctttcgttgatacttgaaactcggaaaggg----ctatatgttggattaag 33044759  T
Q  191 gtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatc 248  Q
     || |||| |||||| |  || ||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||    
T  33044758 atgctccatcgaatattaataagtgagtgaagccgccaaaaagaaaaaggctaccatc 33044701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 32 - 95
Target Start/End: Original strand, 51865829 - 51865892
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtcttt 95  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  51865829 tagaacatagtgtttgatgtggtacttaagtcatgaagttctcccacctattagactagtcttt 51865892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 116 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 50013644 - 50013604
Alignment:
Q  116 gggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttgga 157  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  50013644 gggtttaagtcctaacaattggtg-tttcattgagagttgga 50013604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 4662998 - 4662855
Alignment:
Q  63 catgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacg 162  Q
    |||||||||||||||| || || | | ||||| | | ||||||||||||| | ||| |||| |  |||||  || ||||||||||||||||||||||||     
T  4662998 catgaggttctcccacttaatgaaatggtcttct-gcgttgggctctccttatgggcttaaattttaacatctgttgctttcattgagagttggaccact 4662900  T
Q  163 gaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatact 207  Q
    | ||||| | | |||| | |  |||||| ||||||||||||||||    
T  4662899 gcaagggctgcatataggctagattaagttgttccaccgaatact 4662855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 346 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 34228514 - 34228434
Alignment:
Q  346 tgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaa 426  Q
    |||||||||||| |  ||||| |||||||| || | ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||    
T  34228514 tgcggtacttaagctatgaggctctcccacttaatggactagtcttttgggttggactctcctcatggacttaagtcctaa 34228434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 132
Target Start/End: Original strand, 4119155 - 4119235
Alignment:
Q  51 tggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    |||||||||| |||||||| ||| ||||| | |||| ||||||||| |||| |||||||||| | | | |||||||||||||    
T  4119155 tggtacttaagccatgaggctctgccaccgaatggactagtctttt-gggtcgggctctccttatgagcttaagtcctaaca 4119235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 301 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 34228314 - 34228194
Alignment:
Q  301 gtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||| |   || ||||| ||| || ||||| ||||| ||||| | ||||  ||||||| |||||    
T  34228314 gtggcaatgttaggagtcccacattgactagataaaagtgctcagtgtggtac-taagccatgaggctctccgacctaatggactggtcttttgagttgg 34228216  T
Q  401 gctctcctcacgagcttaagtc 422  Q
    |||||||||  | |||||||||    
T  34228215 gctctcctcgtgggcttaagtc 34228194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 32 - 428
Target Start/End: Original strand, 19987666 - 19988059
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaac 131  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  19987666 tagatcaaaatgtttgatgtggtacttaagccatgaggttctcccacctattggactagtcttct-gggttaggctctcctcatggacttaagtcctaac 19987764  T
Q  132 aattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaa 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  19987765 aattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaagcctccaaaa 19987864  T
Q  232 aggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtag 331  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19987865 aggaaagggctaccatcaggtcagtgccgat--agtgaaagccgtcgtggacgtcggctcttaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtag 19987962  T
Q  332 atcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||||| || |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||    
T  19987963 atcaaaatgcttgatgtggtacttaagccatgaggttctcccacctattggactagtcttctgggttgggctctcctcatggacttaagtcccaaca 19988059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 32 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 8107513 - 8107135
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaac 131  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||| | ||| ||||| | ||||||||||||| | ||| || |||||||||    
T  8107513 tagatcaaagtgcttgatgtggtacttaagctatgaggttctcccatccattgaactagcctttt-gagttgggctctccttatgggcttcagtcctaac 8107415  T
Q  132 aattggtgctttcatt-gagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaa 230  Q
    ||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||| || ||||| |||| |||||| || ||| ||||||||                 || ||||    
T  8107414 aattgttgctttcatttgatagttggaccacagaaagggctatctataggttggattaagctgctccgccgaatac-----------------cgccaaa 8107332  T
Q  231 aaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagta 330  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8107331 aaggaaagagctatcatcgggtcaatgccgacagagtgaaagccgtcgtggacgtcggctcttaaaggacgtggcaatgttagaagtcccacatcaagta 8107232  T
Q  331 gatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  8107231 tatcaaagtgtttgatccggtacttaagccatgatgttctcccacccattggactaatctttt-cgttggactctcctcatgggcttaagtcctaaca 8107135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 94 - 410
Target Start/End: Original strand, 18936206 - 18936521
Alignment:
Q  94 ttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtg 193  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||  || |||||||||    
T  18936206 ttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaagaattgatgctctcgttgagagttggatcacggaaagggctacatatattatggattaaggtg 18936305  T
Q  194 ttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcct 293  Q
     ||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |  ||| |    
T  18936306 ctccattgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaaggaaagagctaccattgggtcagt-ttgatagagtgaaagtcgtcgtggacgccgactctt 18936404  T
Q  294 aaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatctttt 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | || || || |||||||||  |||||||||||| ||||  | ||| ||||| | ||||||| ||||    
T  18936405 aaagggcgtggcaatgttaggagtcctacatcgattaaataaacgtgtttgatttggtacttaaaccatgagactttcctacctaatggactaatttttt 18936504  T
Q  394 gggttgggctctcctca 410  Q
    ||||||  |||||||||    
T  18936505 gggttgaactctcctca 18936521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 120 - 378
Target Start/End: Original strand, 18930593 - 18930853
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaat--tggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgag 217  Q
    |||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||  |||||  |  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  18930593 ttaagtcctaacaatattggtgctctcgttgagagttggaccacggaaaggtttatatatattctagattcaggtgctccaccgaatactgataggtgag 18930692  T
Q  218 tgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagt 317  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| || ||| | || ||||||||    
T  18930693 tgaagccgccaaaaaggaaagggctaccattaggtcagtgccgatagagtaaaagtcgtcgtggacgtcggctcttaaaaggtgtgactattttaggagt 18930792  T
Q  318 cccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccaccta 378  Q
    || ||||| | || || |||||  |||||| |||||||||||| ||||  ||| |||||||    
T  18930793 cctacatcgactaaataaaagtacttgatgtggtacttaaaccatgagactcttccaccta 18930853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 49 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 45015752 - 45015531
Alignment:
Q  49 tgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattg 148  Q
    ||||||| | ||| ||||||| ||||| | ||| |||| |||| ||||||||| || ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||    
T  45015752 tgtggtattcaaatcatgaggctctcctatctaatggactagt-tttttgggtcggactctcttcatgggcttaagtcctaacaattggtgctttcggtg 45015654  T
Q  149 agagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatc 248  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||  ||||| | |||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||    
T  45015653 agagttagacgacggaaagggttacctataggctggattaaggtgctccactaaataccgataggtgagtgaagccgccaaaaaggtaatggctaccatc 45015554  T
Q  249 gggtcagtgacgatagagtgaaa 271  Q
    |||||| |  | |||||||||||    
T  45015553 gggtcaatatcaatagagtgaaa 45015531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Original strand, 19987645 - 19987765
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||    
T  19987645 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtacttaagccatgaggttctcccacctattggactagtcttctgggttaggctctcc 19987744  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||| |  ||||||||||||||    
T  19987745 tcatggacttaagtcctaaca 19987765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 46 - 143
Target Start/End: Original strand, 19987974 - 19988070
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgcttt 143  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||| ||||    
T  19987974 tgatgtggtacttaagccatgaggttctcccacctattggactagtcttct-gggttgggctctcctcatggacttaagtcccaacaattggtccttt 19988070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 8107534 - 8107414
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |  ||||||||||||| | |||  ||||  |||||| ||||||||||||    
T  8107534 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaagctatgaggttctcccatccattgaactagccttttgagttgggctctcc 8107435  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    | | | |||| ||||||||||    
T  8107434 ttatgggcttcagtcctaaca 8107414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 40 - 257
Target Start/End: Original strand, 38978742 - 38978946
Alignment:
Q  40 agtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtg 139  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||| |||||| ||    ||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  38978742 agtgtttgatgtggtacttaaaccatgaggctcttccacctaatggattagtcttttt-ggttggact---ttcatgggcttaagtcctaacaattgttg 38978837  T
Q  140 ctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagg 239  Q
    ||        | |||||||||||||||| | ||||||||   || |||||||| ||||| |||| |||| |||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  38978838 ct--------gtgttggaccacggaaagagctacctataaactggattaaggt-ttccaacgaacactgataggtgagtgaatccgccgaaaaggaaagg 38978928  T
Q  240 gctatcatcgggtcagtg 257  Q
    | || |||| | ||||||    
T  38978929 gataccatcagatcagtg 38978946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 308 - 400
Target Start/End: Original strand, 38978713 - 38978805
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgg 400  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||| | || || |||||| ||||||    
T  38978713 tgttaggagtcccacatggagtagataaaagtgtttgatgtggtacttaaaccatgaggctcttccacctaatggattagtctttttggttgg 38978805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 133 - 357
Target Start/End: Original strand, 18977007 - 18977232
Alignment:
Q  133 attggtgctttcattgagag--ttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaa 230  Q
    ||||||||||||||||||||  || ||||| | ||| |  ||| |||| |||| ||||||||| |  ||||||||||| || |||||||||||||  |||    
T  18977007 attggtgctttcattgagagagtttgaccatgaaaaagactacatataggttggattaaggtgctttaccgaatactgataagtgagtgaagccgcaaaa 18977106  T
Q  231 aaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagta 330  Q
    |||| || || ||||||||||  |||| |||||||||||| || ||||| || ||  || | |||| | |||||| |  |||||||||||| ||| || |    
T  18977107 aagggaaaggttatcatcgggctagtgtcgatagagtgaatgttgtcgtagatgtaggcacttaaatgacgtggc-acattaggagtcccatatcgagca 18977205  T
Q  331 gatcaaagtgtttgatgcggtacttaa 357  Q
    ||| |||||||| || | |||||||||    
T  18977206 gataaaagtgttcgacgtggtacttaa 18977232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 310 - 428
Target Start/End: Original strand, 11028757 - 11028874
Alignment:
Q  310 ttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctc 409  Q
    ||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||| | || ||||||| ||||| |||| |||||| | |||| || ||||||||||| |||| |||    
T  11028757 ttaggagtctcacatcgagtaaataaaagtgtttgatgtgatatttaaaccatgaggatctctcacctaatggact-attttttgggttggtctcttctc 11028855  T
Q  410 acgagcttaagtcctaaca 428  Q
    | | |||||||||||||||    
T  11028856 atgggcttaagtcctaaca 11028874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 327 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 7833856 - 7833755
Alignment:
Q  327 agtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaa 426  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||||  | ||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |  ||||| | |||||||||||||    
T  7833856 agtagataaaagtgcttgatgtggtacttaagtcatgaggctctcccacctaatggactagtcttttgggttgggtttccctcatgggcttaagtcctaa 7833757  T
Q  427 ca 428  Q
    ||    
T  7833756 ca 7833755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 7833840 - 7833755
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |  ||||| ||| |||||||||||||    
T  7833840 tgatgtggtacttaagtcatgaggctctcccacctaatggactagtc-ttttgggttgggtttccctcatgggcttaagtcctaaca 7833755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 8107240 - 8107135
Alignment:
Q  25 catcaaatagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaag 124  Q
    |||||| || |||| ||||| ||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| || ||||||   ||||| ||||||||| ||| |||||    
T  8107240 catcaagtatatcaaagtgtttgatccggtacttaagccatgatgttctcccacccattggactaatctttt--cgttggactctcctcatgggcttaag 8107143  T
Q  125 tcctaaca 132  Q
    ||||||||    
T  8107142 tcctaaca 8107135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 133
Target Start/End: Original strand, 11028784 - 11028875
Alignment:
Q  40 agtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaa 133  Q
    ||||| ||||||| || ||||||||||||| |||| |||||| |||| || |  ||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||    
T  11028784 agtgtttgatgtgatatttaaaccatgaggatctctcacctaatggactatt--ttttgggttggtctcttctcatgggcttaagtcctaacaa 11028875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 426
Target Start/End: Original strand, 18936184 - 18936242
Alignment:
Q  368 tctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaa 426  Q
    |||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  18936184 tctcccacttaatagaatagtcttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaa 18936242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 93 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 48173973 - 48173825
Alignment:
Q  93 tttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggt 192  Q
    |||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||  || ||||||||| |||||  ||||  ||| |  |||||||| |  ||| ||| ||    
T  48173973 tttttgggttggactctcctcataggcttaagtcctaacaattactgatttcattgatagttgtgccacaaaaatgactacctataggcagaactaaagt 48173874  T
Q  193 gttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggct 242  Q
      |||||| |||| || ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  48173873 actccaccaaatattgataggtcagtgaagccg-caaaaagaaaagggct 48173825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 307 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 5191031 - 5190972
Alignment:
Q  307 atgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgagg 366  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||  | ||||||| |||||    
T  5191031 atgttaggagtcccaaatcaagtagaccaaagtgcttgatgcgtcatttaaaccatgagg 5190972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 120 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 34655620 - 34655572
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagg 168  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  34655620 ttaagtcttaacaattggttctttcattgagagtcggatcacgaaaagg 34655572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 133 - 428
Target Start/End: Original strand, 30045271 - 30045566
Alignment:
Q  133 attggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaa 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  30045271 attggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaa 30045370  T
Q  233 ggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtaga 332  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  30045371 ggaaagggctaccatcgggtcagtgtcgatagagtgaaagccgtcgtggaagtcggctcttaaagagcgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtata 30045470  T
Q  333 tcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  30045471 tcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 30045566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 32 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 1702259 - 1701881
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaac 131  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| | ||||||| |||||||||||| |||| | | ||||||||||||    
T  1702259 tagatcaaaatgtttgatgtggtacttaagccatgaggttctcctatctattggattggtctttt-gggttgggctcttctcatgagattaagtcctaac 1702161  T
Q  132 aattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaa 231  Q
    |||||||||| || ||||| | ||                 ||||||   || | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||     
T  1702160 aattggtgctctcgttgagggctg-----------------cctatagactggactaaggtgttccaccgaatactaataggtgagtgaagccgcaaaat 1702078  T
Q  232 aggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtag 331  Q
    || ||||||||| ||| | |  |||  |||||||||||||| || | |||||||| || |  |||||  ||| |||||||||||||| |||||| |||||    
T  1702077 agaaaagggctaccattgaggtagtaccgatagagtgaaagccgccttggacgtcggccctaaaaggatgtgacaatgttaggagtctcacatcgagtag 1701978  T
Q  332 atcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||||| |  |||||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  1701977 atcaaaatacttgatgtggtacttaagccaagaggttctcccacttattggactagtcttttaggttggcctctcctcatgaccttaagtcctaaca 1701881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 119 - 352
Target Start/End: Original strand, 35033168 - 35033403
Alignment:
Q  119 tttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |  || ||||| | | | ||||||||||||||||||||||   | ||||||    
T  35033168 tttaagtcctaacaattggtgctttcgttgagagttggaccatagaaatgactatctataggctaatttaaggtgttccaccgaatactaacatgtgagt 35033267  T
Q  219 gaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtg--acgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggag 316  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  ||| ||||||||   ||||||||||||||    |||| ||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  35033268 gaagccttcaaaaaggaaagagctacgatcaggtcagtgtctcgatagagtgaaagcatccgtgaacgtcggctcttaaagggcgcgacaatgttaggag 35033367  T
Q  317 tcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggta 352  Q
    || |||||  ||||||| |||||| |||||| ||||    
T  35033368 tctcacattgagtagattaaagtgcttgatgtggta 35033403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 28072281 - 28072127
Alignment:
Q  225 gtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacat 324  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| | ||||| |||  ||||||| | |||||||||    
T  28072281 gtcaaaaaggaaagggctaccatcgggtcagtgctgatagagtgaaagccgtcgtggatgtcggctcttgaagggtgtgataatgttaag-gtcccacat 28072183  T
Q  325 caagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctatt 380  Q
    ||||||||  |||||| |||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||    
T  28072182 caagtagaaaaaagtgattgatgtggtacttaagctatgaggttctcccacctatt 28072127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Original strand, 30045481 - 30045566
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  30045481 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 30045566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 315 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 1702273 - 1702160
Alignment:
Q  315 agtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgag 414  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||| | ||||| || |  |||||||||||||||||| |||| |||    
T  1702273 agtcccacatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtacttaagccatgaggttctcctatctattggattggtcttttgggttgggctcttctcatgag 1702174  T
Q  415 cttaagtcctaaca 428  Q
     |||||||||||||    
T  1702173 attaagtcctaaca 1702160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 95 - 230
Target Start/End: Original strand, 2183631 - 2183766
Alignment:
Q  95 tttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgt 194  Q
    ||||||||| |||||| ||| |  ||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||| | ||| ||| |||| ||||||||||    
T  2183631 tttgggttgagctctcttcatgaatttaaatccgaacaattggtgctctcgttgagagttagaccacagaaaggatcacccataggttggattaaggtgt 2183730  T
Q  195 tccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaa 230  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||| |||||    
T  2183731 tccaccgaatactaataagtgagtgaagccatcaaa 2183766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Original strand, 32729551 - 32729671
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||| | |||||||  | ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  32729551 tgttaggagtctcacatcgagtagatcaaactgcttgatgtgatacttaagtcatgaagttctcccacctattggactagtcttttgagttgggctctcc 32729650  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||| |  | ||||||||||||    
T  32729651 tcatggacgtaagtcctaaca 32729671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 94 - 286
Target Start/End: Original strand, 5467083 - 5467276
Alignment:
Q  94 ttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgcttt---cattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaag 190  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||  |||| |||||||||||| || |||   |||||||||||| |||||| | |  | |||||||| | |  || |||    
T  5467083 ttttgagttgggctctcctcgtggacttaaatcctaacaattgatgtttttttcattgagagttgaaccacgaacaaagctacctataggctagataaag 5467182  T
Q  191 gtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtc 286  Q
    |||||||| ||||  ||| ||||||| |||||    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  5467183 gtgttccatcgaa--ctgataggtgaatgaagtttccaaaaaggaaagggctaccatcgggtcagtgtcgatagagtgaaagtcgttgtagacgtc 5467276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 48 - 92
Target Start/End: Original strand, 29141559 - 29141603
Alignment:
Q  48 atgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtc 92  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29141559 atgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggactagtc 29141603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Original strand, 32729586 - 32729671
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    ||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||   ||||||||||||    
T  32729586 tgatgtgatacttaagtcatgaagttctcccacctattggactagtc-ttttgagttgggctctcctcatggacgtaagtcctaaca 32729671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 263
Target Start/End: Original strand, 5466998 - 5467067
Alignment:
Q  194 ttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgata 263  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  5466998 ttccatcgaatactgataggtgaatgaagtcgccaaaaaggaaagggctaccatcaggtcagtgatgata 5467067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 429
Target Start/End: Original strand, 33447641 - 33447762
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||| ||||||  || || ||| ||||||||| |||||||||||| ||||  ||  ||||| |||  |||| ||||||||||||  ||||||    
T  33447641 tgttaggagtcctacatcagctaaataaaattgtttgatgtggtacttaaaccatgagactcgtccaccaattgaactagtcttttgggttgaactctcc 33447740  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaacac 429  Q
    ||  || |||||||||||||||    
T  33447741 tcgtgaacttaagtcctaacac 33447762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 272
Target Start/End: Original strand, 32140145 - 32140297
Alignment:
Q  121 taagtcctaacaattggtgcttt-cattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    |||||| ||||||||| | |||| | ||||||||||||  ||| |||| | ||| |||||| | ||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||    
T  32140145 taagtcataacaattgattcttttcgttgagagttggattacgaaaagagctacttatatgctaaattaaggtataccaccgattactggtagatgagtg 32140244  T
Q  220 aagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaag 272  Q
    ||| | | |||| ||||| | | | |||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  32140245 aagtcattaaaagggaaatgaccagcatcaggtcagtgccgatagaatgaaag 32140297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 28072164 - 28072126
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattg 84  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  28072164 tgatgtggtacttaagctatgaggttctcccacctattg 28072126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 349 - 386
Target Start/End: Original strand, 29141563 - 29141600
Alignment:
Q  349 ggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagacta 386  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  29141563 ggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggacta 29141600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 133 - 428
Target Start/End: Original strand, 261945 - 262240
Alignment:
Q  133 attggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaa 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  261945 attggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaa 262044  T
Q  233 ggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtaga 332  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  262045 ggaaagggctaccatcaggtcagtgtcgatagagtgaaagccgccgtgaacgtcggctcttaaagagcgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtata 262144  T
Q  333 tcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  262145 tcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 262240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 46 - 134
Target Start/End: Original strand, 262155 - 262242
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaat 134  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  262155 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaacaat 262242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 32 - 422
Target Start/End: Original strand, 23071765 - 23072164
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaac 131  Q
    ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||    
T  23071765 tagatcaaaatgtttgatgtggtacttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtctttt-gggttgggctctcatcatgggcttaaatcctaac 23071863  T
Q  132 aattggtgct----------ttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaa 221  Q
    |||| |||||          |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  23071864 aattcgtgcttcttcatgctttcattgagagttggaccacagaaagagcaacctataggttggattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaa 23071963  T
Q  222 gccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtccca 321  Q
    |||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23071964 gccgccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagagccgatagagtgaaagccgtcgtggacgttggctcttaaagggcgtggcaatgttaggagtccca 23072063  T
Q  322 catcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagt 421  Q
    |||| ||||||||||| || || ||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||    
T  23072064 catcgagtagatcaaaatgcttaatgtgatacttaaaccatgaagttctcccacctattggactacacttttgggttaggctctcttcatgggcttaagt 23072163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 46 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 3958432 - 3958053
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttca 145  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||     
T  3958432 tgatgtggtacttaagtcatgaggttctcccatctataggactagtctttt-ggattgggctctcctcattgacttaagtcctaacaattggtgctttcg 3958334  T
Q  146 ttgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatc 245  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  3958333 ttgagagttggaccacggaaagggctacttataggttggattaaggtgtttcaccgaatactgatatgtgaatgaagccg-caaaaaggaaagggctacc 3958235  T
Q  246 atcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttga 345  Q
    |||  || |||| |||||||||||||| || |||||||  | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||  ||||    
T  3958234 atcatgttagtgccgatagagtgaaagccgccgtggacaccggctcttaaagggcgtgtcaatgttaggagtcccacgtcgagtagatc-aagtacttga 3958136  T
Q  346 tgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    || | |||||||    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||| |||||| ||  | |||||||||||||||    
T  3958135 tgtgatacttaagttatgaggttctcccacctataggactagtcttttgagttgagctctcttcgtgggcttaagtcctaaca 3958053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 48 - 380
Target Start/End: Original strand, 23072087 - 23072418
Alignment:
Q  48 atgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcatt 147  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||| ||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  23072087 atgtgatacttaaaccatgaagttctcccacctattggactacactttt-gggttaggctctcttcatgggcttaagtcgtaagaattagtgctttcatt 23072185  T
Q  148 gagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcat 247  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||| |||| |||||||| ||||| | | ||| | |||||||||||| ||  ||||| ||||| ||||| |||    
T  23072186 gagagttggaccacggaaagagctacttataagttggattaaggtattccaacaagtaccgataggtgagtgaatccaacaaaagggaaatggctaccat 23072285  T
Q  248 cgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatg 347  Q
    | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||  | | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  23072286 caggtcagtgtcgatagagtgaacgtcgtcatggacatcgacacttaaagggcgcgacaatgttaggagtcccacatcgagtagatcaaaatgcttgatg 23072385  T
Q  348 cggtacttaaaccttgaggttctcccacctatt 380  Q
     |||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  23072386 tggtacttaaaccatgaagttctcccacctatt 23072418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 46 - 357
Target Start/End: Original strand, 25194023 - 25194332
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttca 145  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |  || || |||||| ||||| |||||||     
T  25194023 tgatgtggtacttaagccatgaggctcttccacctaatggattagtctttt-gggttgggctctcttcatgacttaaa-tcctaataattgatgctttcg 25194120  T
Q  146 ttgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatc 245  Q
    ||||||||||||| || ||||||| || ||||| | || ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |    
T  25194121 ttgagagttggactacagaaagggctaactataggctggattaaagtgctccaccgaatactgataggtgagtgaagcctccaaaaaggaaagggctacc 25194220  T
Q  246 atcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttga 345  Q
    || | || |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||   || || |||||||||||    
T  25194221 attgagttagtgtcgatagagtgaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtcccatatcggataaataaaagtgtttga 25194320  T
Q  346 tgcggtacttaa 357  Q
    || |||||||||    
T  25194321 tgtggtacttaa 25194332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 428
Target Start/End: Original strand, 37223584 - 37223954
Alignment:
Q  48 atgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcatt 147  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||| |||| |||   |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37223584 atgtggtacttaagccattaggctctcccacctaatggactagttttt---ggttgggctctcctcatgtgcttaagtcctaacaattggtgctttcatt 37223680  T
Q  148 gagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaa-aggaaagggctatca 246  Q
    ||||||||| |||   |||||| || ||       | |||||||||||   ||||||||| |||||  ||||| |||| ||||| |||||||||||| ||    
T  37223681 gagagttgggccaaa-aaagggctagct-------ggattaaggtgtttatccgaatacttgtaggctagtgatgccgccaaaaaaggaaagggctacca 37223772  T
Q  247 tcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgat 346  Q
    | ||||||||| ||||| |||||||| |  | |||| |||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||| |||||| |  ||    
T  37223773 ttgggtcagtgtcgataaagtgaaagacaccctggatgtctgctcttaaagggcatggtaatgtaaggagtcccacattgagtagataaaagtgctcaat 37223872  T
Q  347 gcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    | ||||||||| || ||||  ||||||||||| | ||||| ||||  | ||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  37223873 gaggtacttaagccatgagactctcccacctaatggactagtcttaggcgttgggctctccttatgggcttaagtcctaaca 37223954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 8356331 - 8356211
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||    
T  8356331 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctataggactagttttttgggttgggctctcc 8356232  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  8356231 tcatgggcttaagtcctaaca 8356211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Original strand, 23071744 - 23071864
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||     
T  23071744 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtacttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggctctca 23071843  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||| | |||||| ||||||||    
T  23071844 tcatgggcttaaatcctaaca 23071864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 227 - 434
Target Start/End: Original strand, 25194341 - 25194548
Alignment:
Q  227 caaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatca 326  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||| ||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  25194341 caaaaagaaaagggctaccatcgggtcagtatcgatagagtgaaaaccgtcgtggacatcgactcttaaagggcgtgacaatgttaggagtcccatatta 25194440  T
Q  327 agtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaa 426  Q
     ||| || ||||||||||||   |||| ||| || ||||| |||||| |||| |  |||| | ||||||||| | ||| ||||| | | |||| ||||||    
T  25194441 ggtaaataaaagtgtttgatatagtacataagccatgaggctctcccccctaatgaactagtgttttgggttagactcacctcatgggtttaaatcctaa 25194540  T
Q  427 cactttgt 434  Q
    || |||||    
T  25194541 caatttgt 25194548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 228 - 428
Target Start/End: Original strand, 37223466 - 37223665
Alignment:
Q  228 aaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaa-gggcgtggcaatgttaggagtcccacatca 326  Q
    |||||||||||||||  |||| | |||||| | |||||||||||| |  ||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||      
T  37223466 aaaaaggaaagggcttccatctgatcagtgccaatagagtgaaagcccccgtggacgtcgactcttaaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacattg 37223565  T
Q  327 agtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaa 426  Q
    ||||| | ||  ||||  ||| ||||||||| || | ||| ||||||||||| | |||||   |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  37223566 agtagttaaatatgttcaatgtggtacttaagccattaggctctcccacctaatggacta--gtttttggttgggctctcctcatgtgcttaagtcctaa 37223663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 94 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 7741764 - 7741613
Alignment:
Q  94 ttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtg 193  Q
    ||||||||||  || || ||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||| |||  | |||||||| |||| ||||| |||    
T  7741764 ttttgggttgaactttcttcatgggcttaaatcctaacaattgatgctttcattgagagtt---ccacgaaaaaagctacctataagttggattaatgtg 7741668  T
Q  194 ttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatc 248  Q
    ||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  7741667 ttccgtcgattactgataggtgagtgaagccgtcaaaatggaaagggctaccatc 7741613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 46 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 8356296 - 8356210
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaa 133  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  8356296 tgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctataggactagt-tttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaacaa 8356210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 3958467 - 3958347
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||  | ||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||||||    
T  3958467 tgttaggagtctcacatcgagtagatcaaagtacttgatgtggtacttaagtcatgaggttctcccatctataggactagtcttttggattgggctctcc 3958368  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||    ||||||||||||||    
T  3958367 tcattgacttaagtcctaaca 3958347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 13789617 - 13789497
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    ||||||||||||||||||  |||  | |||||| |||||| ||||||||| || || || ||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||    
T  13789617 tgttaggagtcccacatcgggtaactaaaagtgcttgatgtggtacttaagccatggggctctcccacctattggactagttttttaggttgggctctcc 13789518  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||  | |||||||||||||||    
T  13789517 tcttgggcttaagtcctaaca 13789497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 13789582 - 13789497
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  13789582 tgatgtggtacttaagccatggggctctcccacctattggactagt-tttttaggttgggctctcctcttgggcttaagtcctaaca 13789497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 98 - 279
Target Start/End: Original strand, 15019132 - 15019310
Alignment:
Q  98 gggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttcc 197  Q
    ||||||| |||| |||| | | |||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| | | |||||||||   || | |  ||||||||  |||    
T  15019132 gggttggactcttctcatgagcttaaatcctaacacttggtactttcattgaaagttggaccccaggaagggttac---taggctatattaaggtcatcc 15019228  T
Q  198 accgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgt 279  Q
    | ||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| ||||| ||||   |||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  15019229 atcgaatactgataggtgagcggagctgtcaaaaaggaaatggctaccatcatatcagtgtcgatcgagtgaaagtcatcgt 15019310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 410
Target Start/End: Original strand, 17944565 - 17944667
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||| ||||||||| || ||||| ||||||| ||| | ||||| |||||| ||||||  |||||    
T  17944565 tgttaggagtcccacatcgagtagataaaagtgctcgatgtggtacttaagccatgaggctctcccatctaatggactagtctttttggttggaatctcc 17944664  T
Q  408 tca 410  Q
    |||    
T  17944665 tca 17944667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 314 - 406
Target Start/End: Original strand, 25193994 - 25194086
Alignment:
Q  314 gagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctc 406  Q
    ||||||||||||  ||| || ||| ||||||||| ||||||||| || ||||| ||| ||||||| | || || |||||||||||||||||||    
T  25193994 gagtcccacatcgggtaaataaaaatgtttgatgtggtacttaagccatgaggctcttccacctaatggattagtcttttgggttgggctctc 25194086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 202 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 2414532 - 2414306
Alignment:
Q  202 aatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcg 301  Q
    ||||||| |||||| |||||||||   |||| || ||||||| ||||  ||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||    || ||||||| |    
T  2414532 aatactgataggtgggtgaagccgcagaaaaagatagggctaccatcaagtcggtgtcgatagattgaaagtcgtcatggacgttgattcttaaagggtg 2414433  T
Q  302 tggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttggg 401  Q
    || |||||| |||||| ||||  |  ||| || ||| ||||| ||| |||| ||||  | ||||  ||||||||||| |  |||| | ||| ||||||      
T  2414432 tgacaatgtcaggagttccactacgggtaaataaaattgtttaatgtggtatttaagtcatgagactctcccacctaatgaactagtatttggggttgaa 2414333  T
Q  402 ctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||    
T  2414332 ctctcctcatgagtttaagtcctaaca 2414306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 184 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 7406857 - 7406811
Alignment:
Q  184 aattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaa 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  7406857 aattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaaaccgccaaa 7406811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 84
Target Start/End: Original strand, 23072381 - 23072419
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattg 84  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23072381 tgatgtggtacttaaaccatgaagttctcccacctattg 23072419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 99
Target Start/End: Original strand, 17944601 - 17944653
Alignment:
Q  47 gatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgg 99  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  17944601 gatgtggtacttaagccatgaggctctcccatctaatggactagtctttttgg 17944653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 52 - 134
Target Start/End: Original strand, 37223875 - 37223956
Alignment:
Q  52 ggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaat 134  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||||| ||  | ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  37223875 ggtacttaagccatgagactctcccacctaatggactagtc-ttaggcgttgggctctccttatgggcttaagtcctaacaat 37223956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 46 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 34373978 - 34373597
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttca 145  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||| ||||||||| | |||||||||| |||| || || ||||||||||||||| ||||||||    
T  34373978 tgatgtggtacttaagccgtgaggttctcctacatattggactagtctttt-gcgttgggctcttctcatggctt-aagtcctaacaattgatgctttca 34373881  T
Q  146 ttgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaa-ggaaagggctat 244  Q
    ||||||||||||||||| |||| | ||||| || | || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||||      
T  34373880 ttgagagttggaccacgtaaagtgctacctgtaggctggattaaggtgttccatcgaatactgataggtgagtgaagccaccaaaaaaggaaagggctgc 34373781  T
Q  245 catcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttg 344  Q
    ||||| || | || ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||| |||    
T  34373780 catcgagttattgccgatagagtgaaagttgtcgtggacgtcggctcttaaagggtgtggcaatgttaggactctcacatcgagtagattaaagtgcttg 34373681  T
Q  345 atgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||  ||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  34373680 atgtagtacttaagtcgtgaggttctcccacctattggactagtcttttggattgggctctcctcatgagcttaaatcctaaca 34373597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 143 - 393
Target Start/End: Original strand, 9410367 - 9410611
Alignment:
Q  143 tcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggct 242  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | | |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  9410367 tcattgagagttagaccacggaaagagctgcctataggctgaattaaggtgttccaccaaatactggtatgtgagtgaagccgccaaaaaggaaaatgct 9410466  T
Q  243 atcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtt 342  Q
    | |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||      || ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  9410467 accatcggatcagtgccgatagagtgcaagtcgtcgtggacgtcggc------agagcgtggcaatgttaggaatctcacatcgagtagatcaaagtgtt 9410560  T
Q  343 tgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatctttt 393  Q
    |||||   |||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  9410561 tgatgtaatacttaaaccatgaggttctcccatctattaggttaatctttt 9410611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 131 - 419
Target Start/End: Original strand, 21403103 - 21403388
Alignment:
Q  131 caattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaa 230  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| | || |||||||||||||||| ||||||| | |||| ||| | ||| ||||    
T  21403103 caattgttgctttcattgagagttggaccatggaaagagctacctataggctggattaaggtgttccaccaaatactgattggtgggtgtaaccgccaaa 21403202  T
Q  231 aaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagta 330  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||| | ||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||    
T  21403203 aaggagagggctaccatcggctcagtgccaatagagtgaaagttgccgtagatgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtcctacatcgaata 21403302  T
Q  331 gatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaa 419  Q
    ||| ||||||||||||   ||| ||| ||  |||   ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  21403303 gataaaagtgtttgat---gtatttatacaatgaaactctcccacctattggactaaccttttgggttgagctctcctcgtgagcttaa 21403388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 131 - 419
Target Start/End: Original strand, 21797596 - 21797881
Alignment:
Q  131 caattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaa 230  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| | || |||||||||||||||| ||||||| | |||| ||| | ||| ||||    
T  21797596 caattgttgctttcattgagagttggaccatggaaagagctacctataggctggattaaggtgttccaccaaatactgattggtgggtgtaaccgccaaa 21797695  T
Q  231 aaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagta 330  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||| | ||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||    
T  21797696 aaggagagggctaccatcggctcagtgccaatagagtgaaagttgccgtagatgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtcctacatcgaata 21797795  T
Q  331 gatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaa 419  Q
    ||| ||||||||||||   ||| ||| ||  |||   ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  21797796 gataaaagtgtttgat---gtatttatacaatgaaactctcccacctattggactaaccttttgggttgagctctcctcgtgagcttaa 21797881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 191 - 428
Target Start/End: Original strand, 21397120 - 21397357
Alignment:
Q  191 gtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgct 290  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  21397120 gtgttccaccaaatactgataggtgagtgcagccgtcaaagaggaaagggctaccatcgggtcagtgccgatagagtgaaagtcgtcgtggatgttggct 21397219  T
Q  291 cctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatct 390  Q
      || |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||| |||| |||||||  | || ||||||||||| | ||||| |||    
T  21397220 tttatagggtgtggcaatgttaggagtcccacgtcgagtagataaaagtgattgatgtggtatttaaaccacggggctctcccacctaatggactagtct 21397319  T
Q  391 tttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||   ||||||||| || | | |||||| ||||||||    
T  21397320 tttcaattgggctctgctaatgggcttaaatcctaaca 21397357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 191 - 428
Target Start/End: Original strand, 21791613 - 21791850
Alignment:
Q  191 gtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgct 290  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  21791613 gtgttccaccaaatactgataggtgagtgcagccgtcaaagaggaaagggctaccatcgggtcagtgccgatagagtgaaagtcgtcgtggatgttggct 21791712  T
Q  291 cctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatct 390  Q
      || |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||| |||| |||||||  | || ||||||||||| | ||||| |||    
T  21791713 tttatagggtgtggcaatgttaggagtcccacgtcgagtagataaaagtgattgatgtggtatttaaaccacggggctctcccacctaatggactagtct 21791812  T
Q  391 tttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||   ||||||||| || | | |||||| ||||||||    
T  21791813 tttcaattgggctctgctaatgggcttaaatcctaaca 21791850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 133 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 15938105 - 15937831
Alignment:
Q  133 attggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaa 232  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||| ||||||||   || ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||  ||| |     
T  15938105 attggtgctttcactgacggttggaccaaggaaagggctacctatagactggattaaggtgctccactgaatactgataggtgagtgaagccaccaatag 15938006  T
Q  233 ggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtaga 332  Q
      ||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||| |  |||| || || |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| |    
T  15938005 aaaaagggctaccatcgggttagtgccgatagaatgaaagcctccgtgtacatcggctcttaaagggcgtggcaatgttagaagtcccacatcgggtata 15937906  T
Q  333 tcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    | ||| || |||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||    
T  15937905 taaaattgcttgatgtggtacttaagccatgagtctctcccacctaatggactagtcttttgggttgggatctcc 15937831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 21008511 - 21008307
Alignment:
Q  40 agtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtg 139  Q
    ||||| || ||||||||||||   | |||| || |||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  21008511 agtgtttgttgtggtacttaagttacgaggctcccccacctaatggacttgtctttt-gggttgggctctcctcatgggtttaagtcctaataattggtg 21008413  T
Q  140 ctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccga--atactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaa 237  Q
    || || |||| | ||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||| ||||||||  |    
T  21008412 ctctcgttgaaatttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccaaatatactgataggtgagtgaagccgccaaaaaggcga 21008313  T
Q  238 gggcta 243  Q
    ||||||    
T  21008312 gggcta 21008307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 111 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 21397076 - 21396905
Alignment:
Q  111 ctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgt-tgaattaaggtgttccaccgaatactgg 209  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||| ||||||||||||||||      
T  21397076 ctcatgggcttaagtcctaaaaattggtgctttcattgagagtttgatcacggaaagggctacgtat-tgtctggattaagatgttccaccgaatactta 21396978  T
Q  210 taggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtgga 282  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  |||||| || |||||||||   ||||||||||||| || |||||    
T  21396977 taggtgagtgaaggcgccaaaaaggaattggctattattgggtcagtgttaatagagtgaaagttgttgtgga 21396905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 111 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 21791569 - 21791398
Alignment:
Q  111 ctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgt-tgaattaaggtgttccaccgaatactgg 209  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||| ||||||||||||||||      
T  21791569 ctcatgggcttaagtcctaaaaattggtgctttcattgagagtttgatcacggaaagggctacgtat-tgtctggattaagatgttccaccgaatactta 21791471  T
Q  210 taggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtgga 282  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  |||||| || |||||||||   ||||||||||||| || |||||    
T  21791470 taggtgagtgaaggcgccaaaaaggaattggctattattgggtcagtgttaatagagtgaaagttgttgtgga 21791398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 48 - 248
Target Start/End: Original strand, 33446010 - 33446209
Alignment:
Q  48 atgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcatt 147  Q
    |||| |||||||| | |||||||||| |||| || || | ||||||||| || ||||||||||| || | | |||| || |||||| || ||||||||||    
T  33446010 atgttgtacttaagctatgaggttcttccacttaatgaactagtcttttagg-ttgggctctccgcatgagcttaaatcttaacaaatgttgctttcatt 33446108  T
Q  148 gagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcat 247  Q
    || |||||||||||| |||||| ||| |||| | || ||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  33446109 gaaagttggaccacgtaaagggctacatataggctggattaaggtgctcaaccaaatactgataggtgaatgaagccgccaaaaagaaaagggctaccat 33446208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 50 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 24196193 - 24195970
Alignment:
Q  50 gtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattga 149  Q
    ||||| ||||| | |||||| || |||||||| |||| |||| |||| ||||||||||| | | | ||||| ||||| | |||||||||| ||  |||||    
T  24196193 gtggtgcttaagctatgaggctcccccacctaatggattagtatttt-gggttgggctcactttatgggttcaagtcattacaattggtgtttatattga 24196095  T
Q  150 gagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtag--gtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcat 247  Q
    ||||| | |||||||||||| |||||||| | |||||||||||| || | ||||||||| |||  | ||||||| ||  ||||||||||||||||| |||    
T  24196094 gagttaggccacggaaagggctacctataggctgaattaaggtgctctatcgaatactgataggagagagtgaaaccaccaaaaaggaaagggctaccat 24195995  T
Q  248 cgggtcagtgacgatagagtgaaag 272  Q
    ||| ||| || ||||| ||||||||    
T  24195994 cggatcaatgtcgataaagtgaaag 24195970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 34374013 - 34373894
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    ||||| ||||| || ||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||||| || |||| ||||| ||||||| |||||||||| |    
T  34374013 tgttatgagtctcatatcgagtagattaaagtgcttgatgtggtacttaagccgtgaggttctcctacatattggactagtcttttgcgttgggctcttc 34373914  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  34373913 tcatg-gcttaagtcctaaca 34373894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 22576852 - 22576680
Alignment:
Q  185 attaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaa--aggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtgga 282  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||  |  ||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||   | || |    
T  22576852 attaaggcgctccaccgaatactgataggtgagtgaagtcgccaaaaacaaaaaagggctagcatcgagttagtggcgatagagtgaaagtttccatgaa 22576753  T
Q  283 cgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaa 357  Q
    |||| || |  |||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||| |||| ||||    
T  22576752 cgtcggcgctcaaa--acgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtagataaaaatgcttgatgtggtagttaa 22576680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 315
Target Start/End: Original strand, 27138785 - 27138982
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||| || | |||| | |||||||| |||| ||||||||||| |||  ||||||| ||| | ||||    
T  27138785 ttaagtcataacaattagtgctttaaatgagagttggatcatgaaaagtgctacctataggttggattaaggtgttgcacataatactgatagattagtg 27138884  T
Q  220 aagccgtc-aaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtc-gtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttagga 315  Q
    |||||  | |||||  |||||| |  |||| |||| ||| ||||||| ||||| || | ||| |||||| |||| |||||  ||||||||||||||||    
T  27138885 aagccaccaaaaaataaaagggttgccatcaggtccgtgccgatagaatgaaaatctggcgtagacgtcggctcttaaagaacgtggcaatgttagga 27138982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 34373682 - 34373596
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaa 133  Q
    |||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| | | |||| |||||||||    
T  34373682 tgatgtagtacttaagtcgtgaggttctcccacctattggactagtctttt-ggattgggctctcctcatgagcttaaatcctaacaa 34373596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 308 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 21008540 - 21008422
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||| || |||||||||     |||| || |||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||    
T  21008540 tgttaagagtcccacatcgagtacataaaagtgtttgttgtggtacttaagttacgaggctcccccacctaatggacttgtcttttgggttgggctctcc 21008441  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaa 426  Q
    ||| | | |||||||||||    
T  21008440 tcatgggtttaagtcctaa 21008422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 46 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 15937895 - 15937831
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcc 111  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  15937895 tgatgtggtacttaagccatgagtctctcccacctaatggactagtc-ttttgggttgggatctcc 15937831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 83
Target Start/End: Original strand, 9410547 - 9410598
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctatt 83  Q
    ||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9410547 tagatcaaagtgtttgatgtaatacttaaaccatgaggttctcccatctatt 9410598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 308 - 395
Target Start/End: Original strand, 34074291 - 34074378
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgg 395  Q
    |||||||| || |||||| ||||||||||| |  |||||| | |||||||  | ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  34074291 tgttaggattctcacatcgagtagatcaaaatacttgatgtgatacttaaggcatgaggctctcccacctattggactagtcttttgg 34074378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 96
Target Start/End: Original strand, 34074326 - 34074376
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttt 96  Q
    ||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  34074326 tgatgtgatacttaaggcatgaggctctcccacctattggactagtctttt 34074376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 120 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13843923 - 13843672
Alignment:
Q  120 ttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtg 219  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||   || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  13843923 ttaagtcccaacaattggtgctctcgttgaaagttggaccaccgaaagggctacctatagactggattaaggtgttccatcgaatactgataggtgagtg 13843824  T
Q  220 aagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcc 319  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||| | ||     
T  13843823 aagccgtcaaaaaagaaagggctaccatcgggtcagtgcagatagagtgaaagccgtcgtggacgtcagcttttaaagggcgtggcaa-gttagaaatct 13843725  T
Q  320 cacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcc 372  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||| || |||||||||||    
T  13843724 cacatcgagtagatcaaagtgcttaatgtggtacttaagccatgaggttctcc 13843672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 125 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 2706513 - 2706390
Alignment:
Q  125 tcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagcc 224  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||| | ||| |||| | || |||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  2706513 tcctaacaatcgatgctttcattgagagttggaccacaaaaagagctacttataggctggattaagatgttccaccgaataccgataggtgagtaaagcc 2706414  T
Q  225 gtcaaaaaggaaagggctatcatc 248  Q
    | |||||| |||||||||| ||||    
T  2706413 gccaaaaaagaaagggctaccatc 2706390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 308 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 3870889 - 3870760
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||  || || |||||| ||||||||| |   |||| |||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  3870889 tgttaggagtctcacatcgagtagatttaaatgcttgatgtggtacttaagctacgaggctctcccaccatttggactagtcttttgggttgggctctcc 3870790  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaacactttgtttg 437  Q
    ||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  3870789 tcatgggcttaagtcctaacacattgtttg 3870760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 360 - 429
Target Start/End: Original strand, 7407876 - 7407945
Alignment:
Q  360 cttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaacac 429  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  7407876 cttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaacac 7407945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 132
Target Start/End: Original strand, 7407878 - 7407944
Alignment:
Q  65 tgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  7407878 tgaggttctcccacctattggactagt-tttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 7407944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 128 - 313
Target Start/End: Original strand, 25315263 - 25315452
Alignment:
Q  128 taacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtc 227  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||   || ||| |  || ||||| ||||| || ||||||||||||||||      
T  25315263 taacaatcggtgctttcattgagagttggatcacagaaagggctacctatagactggattgaaatgctccactgaatattgataggtgagtgaagccgca 25315362  T
Q  228 aaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctc----ctaaagggcgtggcaatgttag 313  Q
    ||| ||||||||| |  ||||  ||||||| | ||||   ||||||  ||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||||    
T  25315363 aaataggaaagggttgccatcaagtcagtgtcaataggacgaaagttatcgtggacgtctgctcttaattaaagagcgtggcaatgttag 25315452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 3870854 - 3870769
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  3870854 tgatgtggtacttaagctacgaggctctcccaccatttggactagtctttt-gggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 3870769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 362
Target Start/End: Original strand, 7400837 - 7400889
Alignment:
Q  310 ttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaacctt 362  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7400837 ttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgtttgatgtggtacttaagcctt 7400889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 308 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 19997184 - 19997100
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttt 392  Q
    |||||||| || |||||| |||| |||||| || |||||| |||||||||  | | || |||||||||||||||||||| |||||    
T  19997184 tgttaggaatctcacatcgagtatatcaaaatgcttgatgtggtacttaagtcctaagattctcccacctattagactagtcttt 19997100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 94 - 204
Target Start/End: Original strand, 19214523 - 19214632
Alignment:
Q  94 ttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtg 193  Q
    |||| ||||||| |||| | | |||||||||||||||||| | ||||| || || |||||||||||||  ||| || || ||||  |||| ||||| |||    
T  19214523 ttttaggttgggatctctttatgggtttaagtcctaacaactagtgctctcgttcagagttggaccac-aaaaaggctatctatgggttggattaaagtg 19214621  T
Q  194 ttccaccgaat 204  Q
    |||||||||||    
T  19214622 ttccaccgaat 19214632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 94 - 150
Target Start/End: Original strand, 15002221 - 15002277
Alignment:
Q  94 ttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgag 150  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  15002221 ttttgggttaggctctactcatggacttaagtcataacaattggtgttttcattgag 15002277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 140 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 10321861 - 10321573
Alignment:
Q  140 ctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagg 239  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| || ||| |||| | || ||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||     
T  10321861 cttttattgagagttggaccacagaaatggctacatataggctggattaaagtgctccaccgattactgataggtgagtgtagccgccaaaaaggataga 10321762  T
Q  240 gctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagt 339  Q
    |||| |||| ||| |||| ||||||||||||| | ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||    
T  10321761 gctaccatcaggttagtgccgatagagtgaaaattgtcgtggacatctgttcttaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcagataaataaaagt 10321662  T
Q  340 gtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||| ||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |  |||||||| |||||    
T  10321661 gtttgatgtggtacttaagccatgaggctctcttacctattggactaatcttttgagttgagctctcctcatggccttaagtcttaaca 10321573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 180 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 22587214 - 22586966
Alignment:
Q  180 gttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgt 279  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  22587214 gttggattaaggtgcgccaccgaatactgataggtgagtgaagctgccaaaaaggaaagggcaaccatcaggtcagtgccgatagagggaaagacgtcgt 22587115  T
Q  280 ggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctat 379  Q
    ||||| |  ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||  | |||||||||||||  |||||||| || ||||| |||| |||||||    
T  22587114 ggacgccgactcttaaagggcgtgacaatgttacgagtcccacatcgagtaactaaaagtgtttgatgtagtacttaagccatgaggctctcacacctat 22587015  T
Q  380 tagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    | ||||| ||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||    
T  22587014 tggactagtcttttgggtttggctcttctcatgggcttaagtcctaaca 22586966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 40 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22599153 - 22598923
Alignment:
Q  40 agtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtg 139  Q
    ||||| |||| ||||||||||  ||||||| |||| || |||||||| ||||||||| || |||  || | |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  22599153 agtgtttgatatggtacttaagtcatgaggctctctcatctattggactagtcttttagg-ttgaacttttctcatgggcttaagtcctaacaattggtg 22599055  T
Q  140 ctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagg 239  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||| |||  | ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  22599054 cattcattgagagttggaccatggaaagagttttccataggttggattaaggtgttccaccgaatactgatagatgagtgaagtcgtcaaaaaggaaagg 22598955  T
Q  240 gctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaa 271  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  22598954 gctaccatcgggtcagtgccgatagagtgaaa 22598923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 32 - 347
Target Start/End: Original strand, 36975947 - 36976258
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaac 131  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||||  ||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  36975947 tagatcaaagtgtttgatgtggtatttaagtcataaggctctcccacctgttggactagtctttt-gggttaggctctcctcatgggcttaaatcctaac 36976045  T
Q  132 aattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatac-tggtaggtgagtgaagccgtcaaa 230  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||| | |||||  ||| |||| | || ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| | |||    
T  36976046 aatttttgctttcattgaaagttggaccatgaaaaggactacttataagctggattaaggtgttccactgaatacgtgataggtgagtgaagccataaaa 36976145  T
Q  231 aaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagta 330  Q
    ||||||||||||| ||| || || ||| ||||| ||||||||||||||||   |||   || |||| ||| || |||||||||||||| |||||| ||||    
T  36976146 aaggaaagggctaccattggatc-gtgtcgatatagtgaaagtcgtcgtg---gtcgaatcttaaacggcatgacaatgttaggagtctcacatcgagta 36976241  T
Q  331 gatcaaagtgtttgatg 347  Q
    |||||||||||||||||    
T  36976242 gatcaaagtgtttgatg 36976258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 125 - 428
Target Start/End: Original strand, 36975743 - 36976046
Alignment:
Q  125 tcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatac-tggtaggtgagtgaagc 223  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||| || ||| |||| | || || |||||||||||   ||||| || ||||||||||||||    
T  36975743 tccttacaatttgtgctttcattgaaagttggacctcagaaaaggctacttataagctggatcaaggtgttccattaaatacctgataggtgagtgaagc 36975842  T
Q  224 cgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccaca 323  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||  |||| | ||| |||||||||  ||||||||||||| |||| ||||| || |  || ||||||||||||||||    
T  36975843 cgtcaaaaataaaaggactatcatcgaatcagagtcga-agagtgaaaaccgtcgtggacgtcggctcttaaagagcataacagtgttaggagtcccaca 36975941  T
Q  324 tcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcc 423  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| ||||  | | ||| |||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||    
T  36975942 tcgagtagatcaaagtgtttgatgtggtatttaagtcataaggctctcccacctgttggactagtcttttgggttaggctctcctcatgggcttaaatcc 36976041  T
Q  424 taaca 428  Q
    |||||    
T  36976042 taaca 36976046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 94 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 15226160 - 15225971
Alignment:
Q  94 ttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtg 193  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||    
T  15226160 ttttggattgagctctcctcatgggcttaagtcctaacaattgatgttttaattgagagttggaccacggaaaaggctacctataggttggattaaggtg 15226061  T
Q  194 ttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccg-tcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggac 283  Q
    || |||||||||||| |  || |||||||||| | ||| |||||||| ||| |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  15226060 tt-caccgaatactgatgagttagtgaagccgctaaaataggaaaggactaccatcggatcattgtcgatagagtgaaagtcgtcgtggac 15225971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 307 - 428
Target Start/End: Original strand, 10567338 - 10567459
Alignment:
Q  307 atgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctc 406  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||| | |||||||  | |||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  10567338 atgttaggagtcccacattgagtatatcaaagtgcttgatgtgatacttaaggcatgaggttctcccacctattgcactagtcttttgggttgggctctc 10567437  T
Q  407 ctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||| | |||||||||||||||    
T  10567438 ctcatgggcttaagtcctaaca 10567459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 40 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 32064782 - 32064427
Alignment:
Q  40 agtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtg 139  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||| | || |||| ||||||| ||||  |||||||  |   |||| |||||||||||  ||    
T  32064782 agtgtttgatgtggtacttaaactatgacattctcttacctaatagattagt-tttttggattggattctcctcgtgaacttaaatcctaacaatttttg 32064684  T
Q  140 ctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagg 239  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||| ||| ||||||||| || || ||||||||||| |||||  ||||||| | ||||| | ||||     
T  32064683 ctttcattgagagttggcccacataaagagttacctagatgctgaattaagatggtctaccgaatactgataggtatgtgaagctgccaaaaggaaaaga 32064584  T
Q  240 gctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagt 339  Q
    | || |||| | |||||  ||||||| ||||||    | ||||||||   |  |||||   |||||||||||||||||| | |||||| || || |||||    
T  32064583 gttaccatctgatcagtatcgatagaatgaaagctaccatggacgtcaatttttaaagaatgtggcaatgttaggagtcacgcatcaaataaataaaagt 32064484  T
Q  340 gtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctc-ccacctattagactaatcttttgg 395  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||| | |||| ||||||| | ||||||| ||||||    
T  32064483 gtttgatgtggtatttaaaccgtgatgctctctccacctaatggactaattttttgg 32064427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 107 - 273
Target Start/End: Original strand, 36975527 - 36975693
Alignment:
Q  107 tctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaata- 205  Q
    |||| ||| ||| |||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| | || ||||||| ||||||| |||||     
T  36975527 tctcttcatgggcttaaatcctaacaatttgttctttcattgaaagttggaccacggaaagggctacttataagctggattaaggggttccactgaatac 36975626  T
Q  206 ctggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagt 273  Q
    ||| |||||||||| |||| | |||||| |||||| | ||||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  36975627 ctgataggtgagtgtagccataaaaaagaaaagggttgtcatcggatcagtgtcga-agagtgaaagt 36975693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 308 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 15173576 - 15173456
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    ||||| |||||||||| |  |||| | |||||| |||||| ||||||||| || ||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15173576 tgttaagagtcccacaccgggtagctaaaagtgcttgatgtggtacttaacccatgaggctctcccaccttttggactagtcttttgggttgggctctcc 15173477  T
Q  408 tcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  15173476 tcatgggcttaagtcctaaca 15173456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 15173541 - 15173456
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  15173541 tgatgtggtacttaacccatgaggctctcccaccttttggactagtc-ttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 15173456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 93 - 333
Target Start/End: Original strand, 35946430 - 35946670
Alignment:
Q  93 tttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggt 192  Q
    |||||||||| | |||| |||| ||||||||  | ||||||||||| || || | | ||| |||| || ||||| || ||| |||| |||| ||||| ||    
T  35946430 tttttgggttagactctactcatgggtttaaaccttaacaattggtactctcgtagtgagctggatcagggaaatggctacttataagttggattaaagt 35946529  T
Q  193 gttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcc 292  Q
    | |||| |||| |||| |||||||| ||||||  |||||| ||||||||||  ||||||| | || || ||||||||||||||||||||| ||| |||      
T  35946530 gctccaacgaacactgataggtgagagaagcctccaaaaaagaaagggctactatcgggttaatgtcggtagagtgaaagtcgtcgtggatgtcagcttt 35946629  T
Q  293 taaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtagat 333  Q
    | || | | || ||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  35946630 ttaaagacatgacaatgttagaagtcccgcatcaggtagat 35946670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 275
Target Start/End: Original strand, 36975266 - 36975498
Alignment:
Q  40 agtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtg 139  Q
    ||||| |||||| ||| ||||  ||| ||| ||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| ||| ||||||| |||    
T  36975266 agtgtttgatgtagtatttaagtcataaggctctcccatctattgaactagtctttt-gggttgggctctcttcatgggcttaa-tcccaacaatttgtg 36975363  T
Q  140 ctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaata-ctggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaag 238  Q
    |||| ||||| || |||||||| ||||||| ||| ||||   |  ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||| |||||||  ||||    
T  36975364 ctttgattgaaagctggaccacagaaagggctacttataacctagattaaggtgttccacggaatacctgataggtgagtggagccatcaaaaa-aaaag 36975462  T
Q  239 ggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcg 275  Q
    ||   ||||||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  36975463 ggtagtcatcggatcagtgtcga-agagtgaaagtcg 36975498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 46 - 133
Target Start/End: Original strand, 10567374 - 10567460
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaa 133  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  10567374 tgatgtgatacttaaggcatgaggttctcccacctattgcactagtctttt-gggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaacaa 10567460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 40 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 22587057 - 22586964
Alignment:
Q  40 agtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaat 134  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  22587057 agtgtttgatgtagtacttaagccatgaggctctcacacctattggactagtc-ttttgggtttggctcttctcatgggcttaagtcctaacaat 22586964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 332 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 39570013 - 39569916
Alignment:
Q  332 atcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcctcacgagcttaagtcctaacac 429  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||| |||  ||||||||| |  |||||||||||||||    
T  39570013 atcaaagtgcttgatgtagtacttaaaccttgaggttcttccacctattggactagtctcttggattgaactctcctcatggacttaagtcctaacac 39569916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 308 - 419
Target Start/End: Original strand, 36975237 - 36975348
Alignment:
Q  308 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 407  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||| ||||  | | ||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||     
T  36975237 tgttaggagtcccacatcgagtagattaaagtgtttgatgtagtatttaagtcataaggctctcccatctattgaactagtcttttgggttgggctctct 36975336  T
Q  408 tcacgagcttaa 419  Q
    ||| | ||||||    
T  36975337 tcatgggcttaa 36975348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 39570002 - 39569917
Alignment:
Q  46 tgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | |||| |||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  39570002 tgatgtagtacttaaaccttgaggttcttccacctattggactagtc-tcttggattgaactctcctcatggacttaagtcctaaca 39569917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 307 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 22599183 - 22599062
Alignment:
Q  307 atgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctc 406  Q
    |||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||  |||||||||  | ||||| |||| || ||||| ||||| |||||| |||||  || |     
T  22599183 atgttaggagtcccacatcgggtaactaaaagtgtttgatatggtacttaagtcatgaggctctctcatctattggactagtcttttaggttgaactttt 22599084  T
Q  407 ctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    |||| | |||||||||||||||    
T  22599083 ctcatgggcttaagtcctaaca 22599062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 10321664 - 10321573
Alignment:
Q  40 agtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaaca 132  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||| || || ||||| |||| |||||||||| ||  ||||||| |||||    
T  10321664 agtgtttgatgtggtacttaagccatgaggctctcttacctattggactaatc-ttttgagttgagctctcctcatggccttaagtcttaaca 10321573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 306 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 15226244 - 15226122
Alignment:
Q  306 aatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctct 405  Q
    |||||||| |||| | |||||||||||| ||||||   || | ||||||||| |  ||||| ||| |||  || | ||||| |||||||| ||| |||||    
T  15226244 aatgttagaagtctctcatcaagtagataaaagtgcccgacgtggtacttaagctatgaggctctgccaattaatggactattcttttggattgagctct 15226145  T
Q  406 cctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||||| | |||||||||||||||    
T  15226144 cctcatgggcttaagtcctaaca 15226122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 95 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 16023614 - 16023566
Alignment:
Q  95 tttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgcttt 143  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||| ||||||||||    
T  16023614 tttgggttgggctctgctcatgggattaagttctaacatttggtgcttt 16023566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1212 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold1212
Description:

Target: scaffold1212; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 138 - 331
Target Start/End: Original strand, 1898 - 2090
Alignment:
Q  138 tgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaa 237  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | || || |||  |||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  1898 tgctttcattgagagttggaccatggaaagggctacctataggctggat-aagaagttccacccaatactaataggtgagtgaagccgccaaaaaggaaa 1996  T
Q  238 gggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtggacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcaagtag 331  Q
    | |||| ||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||  |||||||| ||||||||| ||| || |||||    
T  1997 gagctaccatcgggtcagtgtcggtagagtaaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaaggatgtggcaatattaggagtctcacgtcgagtag 2090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 306 - 428
Target Start/End: Original strand, 12598 - 12720
Alignment:
Q  306 aatgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctct 405  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  12598 aatgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtgttacttaagccatgaggttcttccacctattggactagtcttttgggttgggctct 12697  T
Q  406 cctcacgagcttaagtcctaaca 428  Q
    ||||| | ||||| |||||||||    
T  12698 cctcatgggcttaggtcctaaca 12720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 142
Target Start/End: Original strand, 12621 - 12730
Alignment:
Q  32 tagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaac 131  Q
    ||||||| ||||  ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  12621 tagatcaaagtgcttgatgtgttacttaagccatgaggttcttccacctattggactagtc-ttttgggttgggctctcctcatgggcttaggtcctaac 12719  T
Q  132 aattggtgctt 142  Q
    ||||| |||||    
T  12720 aattgatgctt 12730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0781 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0781
Description:

Target: scaffold0781; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 95 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 694 - 559
Alignment:
Q  95 tttgggttgggctctcctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgt 194  Q
    ||||||||| |||||| ||| |  ||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||| | ||| ||| |||| ||||||||||    
T  694 tttgggttgagctctcttcatgaatttaaatccgaacaattggtgctctcgttgagagttagaccacagaaaggatcacccataggttggattaaggtgt 595  T
Q  195 tccaccgaatactggtaggtgagtgaagccgtcaaa 230  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||| |||||    
T  594 tccaccgaatactaataagtgagtgaagccatcaaa 559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University