View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1107_low_56 (Length: 377)

Name: NF1107_low_56
Description: NF1107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1107_low_56
NF1107_low_56
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (55-377)||(30032293-30032615)
chr4 (55-377)||(30048539-30048861)
chr4 (55-377)||(30062880-30063202)
chr4 (55-377)||(30228678-30229000)
chr4 (59-377)||(30220067-30220382)
chr4 (63-245)||(30264349-30264531)
chr4 (63-245)||(30287657-30287839)
chr4 (59-245)||(30280764-30280950)
chr4 (59-245)||(30271239-30271425)
chr4 (59-245)||(30304306-30304492)
chr4 (7-47)||(9452967-9453007)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (76-237)||(79534-79695)
scaffold0024 (90-237)||(72484-72631)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (61-175)||(2311376-2311490)
chr7 (79-164)||(29483208-29483293)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-47)||(46424154-46424194)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 55 - 377
Target Start/End: Original strand, 30032293 - 30032615
Alignment:
Q  55 ctttgtgaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgat 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30032293 ctttgtgaaggaaaagataaaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccgtcaccaagtgcatgat 30032392  T
Q  155 gaagtttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttcagctagaat 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30032393 gaagtttgaatattatggtgcaagcttcattggttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgttctttcagctagaat 30032492  T
Q  255 acttgttacatagtcattaaaataattgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttc 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30032493 acttgttacatagtcattaaaataattgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttc 30032592  T
Q  355 acttcgacctttcgccatctcat 377  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  30032593 acttcgacctttcgccatctcat 30032615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 55 - 377
Target Start/End: Original strand, 30048539 - 30048861
Alignment:
Q  55 ctttgtgaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgat 154  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30048539 ctttttgaaggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgat 30048638  T
Q  155 gaagtttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttcagctagaat 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  30048639 gaagtttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgtttttttagctagaat 30048738  T
Q  255 acttgttacatagtcattaaaataattgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttc 354  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30048739 acttgttacatagtcactaagataattgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttc 30048838  T
Q  355 acttcgacctttcgccatctcat 377  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  30048839 acttcgaccttttgccatctcat 30048861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 55 - 377
Target Start/End: Original strand, 30062880 - 30063202
Alignment:
Q  55 ctttgtgaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgat 154  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30062880 ctttttgaaggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgat 30062979  T
Q  155 gaagtttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttcagctagaat 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  30062980 gaagtttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgtttttttagctagaat 30063079  T
Q  255 acttgttacatagtcattaaaataattgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttc 354  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30063080 acttgttacatagtcactaagataattgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttc 30063179  T
Q  355 acttcgacctttcgccatctcat 377  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  30063180 acttcgaccttttgccatctcat 30063202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 55 - 377
Target Start/End: Original strand, 30228678 - 30229000
Alignment:
Q  55 ctttgtgaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgat 154  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30228678 ctttgtgaaggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcactcatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgat 30228777  T
Q  155 gaagtttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttcagctagaat 254  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||    
T  30228778 taagtttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggtttattttgtggtgttcttccatttagaat 30228877  T
Q  255 acttgttacatagtcattaaaataattgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttc 354  Q
    |||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30228878 acttgttacatagttactaacatatttgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttc 30228977  T
Q  355 acttcgacctttcgccatctcat 377  Q
    ||||| |||||| ||||||||||    
T  30228978 acttcaaccttttgccatctcat 30229000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 59 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 30220382 - 30220067
Alignment:
Q  59 gtgaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaag 158  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30220382 gtgaaggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaag 30220283  T
Q  159 tttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttcagctagaatactt 258  Q
    ||||||||| |  || |    ||||||| |||||||||| || || | ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||  || ||||||||||    
T  30220282 tttgaatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatatttaatcaaatgaatttcccaaaggggtttatcttgaggtgttcttgaagttagaatactt 30220183  T
Q  259 gttacatagtcattaaaataattgtcatataattcacatgatgatgaatttatggtttcaggaaatatgggaatctttaagtgttcttcaggcttcactt 358  Q
    |||||||||||| ||| |||||| |||||||||     ||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  30220182 gttacatagtcactaagataattatcatataat---attgatgatgagtttgtggtttcaggaaatttaggaatctttatgtgctcttcaagcttcactt 30220086  T
Q  359 cgacctttcgccatctcat 377  Q
    | ||| || ||||||||||    
T  30220085 caaccctttgccatctcat 30220067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 63 - 245
Target Start/End: Original strand, 30264349 - 30264531
Alignment:
Q  63 aggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 162  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264349 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 30264448  T
Q  163 aatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttc 245  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  30264449 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttc 30264531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 63 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 30287839 - 30287657
Alignment:
Q  63 aggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 162  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287839 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 30287740  T
Q  163 aatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttc 245  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  30287739 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttc 30287657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 59 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 30280950 - 30280764
Alignment:
Q  59 gtgaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaag 158  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30280950 gtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcagctctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaag 30280851  T
Q  159 tttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttc 245  Q
    ||||||||| |  || |    ||||||| |||||||||| || || | ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  30280850 tttgaatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatatttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttc 30280764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 59 - 245
Target Start/End: Original strand, 30271239 - 30271425
Alignment:
Q  59 gtgaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaag 158  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30271239 gtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcagctctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaag 30271338  T
Q  159 tttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttc 245  Q
    ||||||||| |  || |    ||||||  |||||||||| || || | ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  30271339 tttgaatatcaaagttcctttagcatttcttgttggatatttaattaaatgtatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttc 30271425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 59 - 245
Target Start/End: Original strand, 30304306 - 30304492
Alignment:
Q  59 gtgaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaag 158  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30304306 gtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcaactctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaag 30304405  T
Q  159 tttgaatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggtgttctttc 245  Q
    ||||||||| |  || |    ||||||| |||||||||| || || | ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  30304406 tttgaatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatatttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttc 30304492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 7 - 47
Target Start/End: Original strand, 9452967 - 9453007
Alignment:
Q  7 tatatttaatgaattcaccgcttcatcttaaaagagcaaca 47  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9452967 tatatttaatgaatttaccgcttcatcttaaaagagcaaca 9453007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 76 - 237
Target Start/End: Original strand, 79534 - 79695
Alignment:
Q  76 ggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgc 175  Q
    |||||||||||   |||||||||||  | ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  79534 ggaagagaagggttatcagctctttctaaacatgaaagaagtgcacccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtac 79633  T
Q  176 aagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggt 237  Q
     ||| |||||  |||||||||| || |||||||| || |||| ||||||| |||||||||||    
T  79634 cagctgcattttttgttggatatttaataatatgtatctcccaaagtggtctatcttgtggt 79695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 90 - 237
Target Start/End: Original strand, 72484 - 72631
Alignment:
Q  90 atcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgcaagcagcattggtt 189  Q
    |||||||||||  | ||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| |||||  ||    
T  72484 atcagctctttctaaacatgatagaagagctcccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtaccagctgcatttttt 72583  T
Q  190 gttggataattgataatatgaatttccctaagtggtttatcttgtggt 237  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  72584 gttggatatttaataatatgaatttcccatagtggtctatcttgtggt 72631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 61 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 2311490 - 2311376
Alignment:
Q  61 gaaggaaaagataaaggaagagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtt 160  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  2311490 gaaggaaaagacaaaggaagagatggatcatcagcacgttgtagacaagaaagaagtgcacccattagagaataaccatctccaagtgcatggtgaagtt 2311391  T
Q  161 tgaatattatggtgc 175  Q
    |||||||||| ||||    
T  2311390 tgaatattattgtgc 2311376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 164
Target Start/End: Original strand, 29483208 - 29483293
Alignment:
Q  79 agagaaggaccatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaa 164  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||   |||||||||||  ||| ||||| |||| |||||| |||| ||||||    
T  29483208 agagaaggatcatcagctctttgaaggctcgaaagaatgacacccatgagattgtagccatctccaattgcatggtgaaatttgaa 29483293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 7 - 47
Target Start/End: Original strand, 46424154 - 46424194
Alignment:
Q  7 tatatttaatgaattcaccgcttcatcttaaaagagcaaca 47  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46424154 tatatttaatgaattcatcgcttcatcttaaaagagcaaca 46424194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University