View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11081_low_1 (Length: 438)

Name: NF11081_low_1
Description: NF11081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11081_low_1
NF11081_low_1
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (13-438)||(10289386-10289830)
chr5 (13-432)||(9747683-9748099)
chr5 (13-438)||(10297559-10297983)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 438
Target Start/End: Original strand, 10289386 - 10289830
Alignment:
Q  13 agtttgttctcactttgatccttcatagaattttcatcattctcgatcaatttcttatgagattattccacttcttcaaaaacagaatttccaataggct 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10289386 agtttgttctcactttgatccttcatagaattttcaccattctcgatcaatttcttatgagattcttccacttcttcaaaaacagaatttccaataggct 10289485  T
Q  113 ttgcatatgtgtccctcttaacaaagatttattccaggaaccaaagtataaaccagaagcaacaagtaaatcttttatgtaagattctgctggatc---- 208  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||         
T  10289486 ttgcatatgtgtccctcttaacgaagatttattccaggaaccaaagtataaaccagaagcaacaagtaaatctcttatgtaagattctgctggatagtga 10289585  T
Q  209 --------------atttagttgcaccaattcggactcggaaggtttctgttttatagtgaattctttaacttcaacagaatcaagttgattgagttgtc 294  Q
                  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10289586 attccagcaggttgattgagttgcaccaattcggactcagaaggtttctgttttatagtgaattcctcaacttcaacagaatcaagttgattgagttgtc 10289685  T
Q  295 tccttagctctgtcaaatcaacaagcaatgagatctctatcagaaagagttcgaaaaaatattcacactgcattg-aaaaaatattattggtcgatataa 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10289686 tccttagctctgtcaaatcaacaagcaatgagatctctatcagaaagagttcgaaaaaatattcacactgcattgaaaaaaatattattggtcgatataa 10289785  T
Q  394 ttgcgtgtgaagtaaaaacataataaaacaacattaaccaccttt 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10289786 ttgcgtgtgaagtaaaaacataataaaacaacattaaccaccttt 10289830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 13 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 9748099 - 9747683
Alignment:
Q  13 agtttgttctcactttgatccttcatagaattttcatcattctc---gatcaatttcttatgagattattccacttcttcaaaaacagaatttccaatag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9748099 agtttgttctcactttgatccttcatagaattttcgttattctccttgatcaattttttatgagattcttccacttcttcaaaaacagaatttccaatag 9748000  T
Q  110 gctttgcatatgtgtccc-tcttaacaaagatttattccaggaaccaaagtataaaccagaagcaacaagtaaatcttttatgtaagattctgctggatc 208  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9747999 gctttgcatatgtgtcccctcttaacaaagacttattccaagagccaaagtataaaccagaagcaacaagtaaatctcttatgtaagattctgctggatc 9747900  T
Q  209 atttagttgcaccaattcggactcggaaggtttctgttttatagtgaattctttaacttcaacagaatcaagttgattgagttgtctccttagctctgtc 308  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||  ||||||| || |  || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9747899 atttatttgcaccaattcagactcggacggtttctggttcgtagtgaagtcctcgacatcactagaatcaagttgattgagttgtctccttagctctgcc 9747800  T
Q  309 aaatcaacaagcaatgagatctctatcagaaagagttcgaaaaaatattcacactgcattgaaaaaatattattggtcgatataattgcgtgtgaagtaa 408  Q
    ||||||||||||||  | |  |||||||||||||||  ||||| |||||||     | ||||||||| |||||| ||||||| ||||||   ||||||||    
T  9747799 aaatcaacaagcaa--ataaatctatcagaaagagtctgaaaagatattca-----cgttgaaaaaagattatttgtcgataaaattgcacatgaagtaa 9747707  T
Q  409 aaacataataaaacaacattaacc 432  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  9747706 gaacataataaaacaacattaacc 9747683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 13 - 438
Target Start/End: Original strand, 10297559 - 10297983
Alignment:
Q  13 agtttgttctcactttgatccttcatagaattttcatcattctc---gatcaatttcttatgagattattccacttcttcaaaaacagaatttccaatag 109  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10297559 agtttgttctcagtttgatccttcatagaattttcttcattctgcttgatcaatttcttatgagattcttccacttcttcaaaaacagaatttctaatag 10297658  T
Q  110 gctttgcatatgtgtccc-tcttaacaaagatttattccaggaaccaaagtataaaccagaagcaacaagtaaatcttttatgtaagattctgctggatc 208  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10297659 gctttgcatatgtgtcccctctaaacaaagatttattccaagaaccaaagaataaaccagaagcaacaagtaaatctcttatgtaagattctgctggatc 10297758  T
Q  209 atttagttgcaccaattcggactcggaaggtttctgttttatagtgaattctttaacttcaacagaatcaagttgattgagttgtctccttagctctgtc 308  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10297759 atttcgttacaccaattcagactcagaaggtttttgtttcatagtgaattcctcaacataatcagaatcaagttgattgagttgtctccttagcactgtc 10297858  T
Q  309 aaatcaacaagcaatgagatctctatcagaaagagttcgaaaaaatattcacactgcattg-aaaaaatattattggtcgatataattgcgtgtgaagta 407  Q
    |||||||||||||| | ||| || | |||||||||||||||||||  ||||    |||||| |||||| ||||||   | ||||||||||  | ||||||    
T  10297859 aaatcaacaagcaaagtgat-tc-accagaaagagttcgaaaaaaagttca----gcattgaaaaaaagattattcaccaatataattgcacgggaagta 10297952  T
Q  408 aaaacataataaaacaacattaaccaccttt 438  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  10297953 aaagcataataaaacaacattaaccgccttt 10297983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University