View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11085_high_2 (Length: 862)

Name: NF11085_high_2
Description: NF11085
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11085_high_2
NF11085_high_2
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (19-853)||(11665595-11666429)
chr6 (19-853)||(11707107-11707939)
chr6 (25-520)||(11670742-11671235)
chr6 (306-844)||(11629115-11629651)
chr6 (25-199)||(11628836-11629010)
chr6 (288-521)||(11621083-11621316)
chr6 (19-222)||(11621485-11621688)
chr6 (25-513)||(12090050-12090536)
chr6 (61-199)||(11736441-11736579)
chr6 (61-513)||(11758886-11759337)
chr6 (669-844)||(11620761-11620936)
chr6 (717-845)||(11671435-11671563)
chr6 (306-485)||(11736687-11736866)
chr6 (723-845)||(12090709-12090831)
chr6 (733-845)||(11758595-11758707)
chr6 (723-844)||(11737186-11737307)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (31-516)||(16390356-16390839)
chr8 (599-853)||(16390874-16391128)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (31-521)||(5411-5899)
scaffold0019 (672-841)||(5985-6154)
[»] scaffold0196 (2 HSPs)
scaffold0196 (25-518)||(15598-16090)
scaffold0196 (672-844)||(15272-15444)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (323-511)||(44814340-44814528)
chr1 (61-199)||(44814654-44814792)
chr1 (723-845)||(44814043-44814165)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 11666429 - 11665595
Alignment:
19 gagatatctataccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaa 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
11666429 gagatgtctatgccatcaactacgacttttccttcggttggttccacaagacgaaataaagcactgataagagtggatttcccactgcctgttcttccaa 11666330  T
119 caataccaatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaaca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11666329 caataccaatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaaca 11666230  T
219 aattatgtacggtatttcaactcccattttttctgaacattatgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgactttg 318  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11666229 aattatgtacgctatttcaactcccattttttctgaacattatgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgactttg 11666130  T
319 cctgcaactggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatatta 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
11666129 cctgcaactggccaattcaaaggaggatgatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttagcctctctactgatatta 11666030  T
419 tatgatttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctggaatgaa 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||    
11666029 tatgatttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatataccaaggaagcatttagtgtaagaccataagacaaagccatgccgatatatcctggaatgaa 11665930  T
519 ggaaattgaaatttagttatttgcataacgagagttgaagatattttttgaggatagnnnnnnntaattagaatataattataatacagaaacaatgaca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11665929 ggaaattgaaatttagttatttgcataacgagagttgaagatattttttgaggatagaaaaaaataattagaatataattataatacagaaacaatgaca 11665830  T
619 tttcggatattcaaataagcaaattctcaccggaactgaaagtccccgacggaagcataaccatgcaaagcgctgtagtggcaagaagacttgcacctat 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11665829 tttcggatattcaaataagcaaattctcaccggaactgaaagtccccgatggaagcataaccatgcaaagcgctgtagtggcaagaagacttgcacctat 11665730  T
719 tgtctctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcga 818  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11665729 tgtttctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcga 11665630  T
819 tattcctcctcaaaagctcttattgtctctgctcc 853  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
11665629 tcttcctcctcaaaagctcttattgtcactgctcc 11665595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 853
Target Start/End: Original strand, 11707107 - 11707939
Alignment:
19 gagatatctataccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaa 118  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
11707107 gagatgtctatgccatcaaccataatgtttcctcctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtggatttcccgctgcctgttcttccga 11707206  T
119 caataccaatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaaca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | | || |||| |    
11707207 caataccaatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgataccatgaagtacaagtggtccgtcaggcctgtatcgtatctaacatagcatgaacaaaaa 11707306  T
219 aattatgtacggta-tttcaactcccattttttctgaacattatgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgacttt 317  Q
    |||||||| || || ||| | || | ||||||||  ||||||||| ||  |||||| ||||||| ||   ||||||||||| ||||  |||||| |||||    
11707307 aattatgt-cgttaatttgagctgc-attttttcgtaacattatgctttgcattttgaaaataa-gtaacaattaccttcaagtcatttatttctacttt 11707403  T
318 gcctgcaactggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatatt 417  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
11707404 gcctgcaattggccagttcaaaggagggcgatttccttctacgatttctttggcctcactttgtatatgcatatattgatctagcctctcaactgatatt 11707503  T
418 atatgatttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctggaatga 517  Q
    || ||||||||||||||||| |||  |||| ||| || ||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11707504 atctgatttgcaagagtgcactgacattgaattgaatttactaagtaagaatttagtgcaaggccataagatagagccatgccaataaatcctggaatga 11707603  T
518 aggaaattgaaatttagttatttgcataacgagagttgaagatattttttgaggatagnnnnnnntaattagaatataattataatacagaaacaatgac 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
11707604 aggaaattgaaatttagttatttgcataacgagagttgatgatagtttttgaagatagaagaaaataattagaatataattataataccgaaacaatgac 11707703  T
618 atttcggatattcaaataagcaaattctcaccggaactgaaagtccccgacggaagcataaccatgcaaagcgctgtagtggcaagaagacttgcaccta 717  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| || |||||| |    
11707704 atttcggatgttaaaataagcaaattctcaccagaggtgaaagtccctgatggaagtataaccatgcaaagtgctgcagaggcaagaacacctgcaccaa 11707803  T
718 ttgtctctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcg 817  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||    
11707804 ttgtttctaaccgttggatcaaccactcgtttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtcaattagatcaagattcttctgaaagaaacg 11707903  T
818 atattcctcctcaaaagctcttattgtctctgctcc 853  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
11707904 atcttcctcctcaaaagcccttattgtcactgctcc 11707939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 25 - 520
Target Start/End: Original strand, 11670742 - 11671235
Alignment:
25 tctataccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaatac 124  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||    
11670742 tctattccatcgactataatttttcctcctgctggttccacaagacgaaataaagcactgataagagtggatttcccgctgcctgttcttccgacgatac 11670841  T
125 caatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaacaaattat 224  Q
    |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||  ||||||| || |||||  |||||    
11670842 caatcttgtgccctgctttgaatgtgcatgtgatcccgtgaagtactagtggtccgtcaggtctgtaacgaatctgacatggtatgaacaaactcattat 11670941  T
225 gtacggtatttcaactcccattttttctgaacattatgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgactttgcctgca 324  Q
    ||     |||| | || | ||||| |||||| || |||| ||||||||| ||||||| ||   || |||||||| ||||  |||||| |||||||| |||    
11670942 gtggttcatttaagctgc-attttctctgaatatcatgtgtcacattttgaaaataa-gtaaaaactaccttcaagtcatttatttctactttgccagca 11671039  T
325 actggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatattatatgat 424  Q
    |||||||||||| |||||| || |||| ||||||| |||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||    
11671040 actggccaattcgaaggagaacgattttcttctactatttcttccgcttcactttctatatgcatatattgatttagcctctctactgatattatgttat 11671139  T
425 ttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctggaatgaagg 520  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| | ||| ||||| | | ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
11671140 ttgcaagagtgcattgattttgaattgaaaatattaaggcaccgtttagtgaaaggccataagttagagccatgccaataattcctggaatgaagg 11671235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 306 - 844
Target Start/End: Original strand, 11629115 - 11629651
Alignment:
306 tatttcgactttgcctgcaactggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctc 405  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||    
11629115 tatttctactttgccggcaactggccaatacgaaggaggacggttttcttctactatttctttcgcctcactttctatatgcatgtattgttttagcctc 11629214  T
406 tctactgatattatatgatttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataa 505  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||| ||| | |||||||||||   |||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||    
11629215 tctactgatattatgtgattagcaacagtgcattgattttgaattgaaaatactaaggaattgtttaatgaaaggccataagatagagccatgccgataa 11629314  T
506 atcctggaatgaaggaaattgaaatttagttatttgcataacgagagttgaagatattttttgaggatagnnnnnnntaattagaatataattataatac 605  Q
     |||||||||||| ||  |||||||||||  | |||||| | || || | | | |||| ||| || |||        | ||| || |||||||| |||||    
11629315 ttcctggaatgaaagatgttgaaatttagaaacttgcatcaagaaagataatgttattgttttagcata--aaaaaatgatttgagtataattacaatac 11629412  T
606 agaaacaatgacat-ttcg-gatattcaaataagcaaattctcaccggaactgaaagtccccgacggaagcataaccatgcaaagcgctgtagtggcaag 703  Q
      | |||| || || |||| ||||||  || || |||||||||||| ||  |||| || || |  |||||||||||||||||||| |||| ||  |  ||    
11629413 tcagacaacgatatcttcgagatatt--aacaaccaaattctcacctgaggtgaatgttccagggggaagcataaccatgcaaagtgctgcagcagtgag 11629510  T
704 aagacttgcacctattgtctctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattc 803  Q
    ||||  |||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||| | || ||||||||||| |||    
11629511 aagaactgcactgattgtttctaaccgttggatcaaccactcattcgaggcaaaactatggaaaaaagcacttgcattattatcaattagatcaaggttc 11629610  T
804 ttctcaaaaaagcgatattcctcctcaaaagctcttattgt 844  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||||||| || |||||    
11629611 ttctcaaaagaacgatcttcctcctcaaaagccctaattgt 11629651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 199
Target Start/End: Original strand, 11628836 - 11629010
Alignment:
25 tctataccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaatac 124  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||    
11628836 tctattccatcaactataattttgcctcctgctggttccacaagacgaaataaagcactgataagagtggatttcccactgcctgttcttccgacgatac 11628935  T
125 caatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatct 199  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
11628936 caatcttatgccctgcttcaaatgtgcatgtgatcccatgaagtacaagtggtccattagacctgtatcgtatct 11629010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 288 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 11621316 - 11621083
Alignment:
288 aattaccttcaggtcacatatttcgactttgcctgcaactggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgc 387  Q
    ||||||||||| || |  |||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||    
11621316 aattaccttcaagttatttatttctacttctccagcaactggccaattcaaaggaggacgatttccttctataatttcttcggcctcgctttgtatatgc 11621217  T
388 atatattgatttaacctctctactgatattatatgatttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataag 487  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||| | ||| ||||| | | |||||||  || |||||||    
11621216 atatattgatttagcctctctactgatattatgtgattagcaagagtgcattgattttgaattgcaaatattaaggcaccgtttagtgataggccataag 11621117  T
488 atagagccatgccaataaatcctggaatgaagga 521  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
11621116 ttagagccatgccaataattcctggaatgaagga 11621083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11621688 - 11621485
Alignment:
19 gagatatctataccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaa 118  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
11621688 gagatatctatgccatcaactacaatttttccacctgctggttccacaaggcgaaataaagcaccgataagagtggacttcccactgcctgttctgccaa 11621589  T
119 caataccaatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaaca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||  || | || |||||||||| | |||||| || ||||||    
11621588 caataccaatcttgtgacctgctttaaatgtacatgtgatgccatgaagtacaagtggtccgccatgtctatatcgtatctggtatggtatgaacaaaca 11621489  T
219 aatt 222  Q
    ||||    
11621488 aatt 11621485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 513
Target Start/End: Original strand, 12090050 - 12090536
Alignment:
25 tctataccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaatac 124  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||| ||| | || || |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||    
12090050 tctattccatcgactataattttgcctcccgtcggctccacaagacgaaacaaagcaccaatcagagttgattttccgctgccagttctaccgacaatac 12090149  T
125 caatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaacaaattat 224  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||  |||| || || |||||||||||| ||| |||||||||| |||||| | ||  ||  | |||| |||||||    
12090150 caatcttgtgccctccttcaaaggtgcaattgataccatgtagtacaagtggtgcattaggcctgtattgtatctggaattatataaacaaagaaattat 12090249  T
225 gtacggtatttcaactcccattttttctgaacattatgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgactttgcctgca 324  Q
      |    |||||| ||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||||| |  | | ||||||||||| |||   |||||| ||||| ||  ||    
12090250 -aatttcatttcatctcacattttttctgaacaatacgattcacatttttaaaat-attttcgaattaccttcaagtcttttatttcaacttttccgaca 12090347  T
325 actggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatattatatgat 424  Q
     |||||||||| |  ||||||  |||||||||    | |||||  ||||||||| |||||||    |||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||    
12090348 tctggccaattgattggaggatgatttccttcactcacttcttgggcctcacttggtatatgagagtattgatttatcctttctactgatactatataat 12090447  T
425 ttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctgga 513  Q
    || | ||| ||||| |   ||||||  |||||||||||| |   |||| || ||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||    
12090448 tttctagaatgcatcggtattgagtgctatatactaaggcactgtttaatgcaaggccataagaaagggccataccaataaaacctgga 12090536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 61 - 199
Target Start/End: Original strand, 11736441 - 11736579
Alignment:
61 tccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaataccaatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcc 160  Q
    |||||||| ||||| |||||||  || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||  | || |    
11736441 tccacaagtcgaaacaaagcacctatcagagttgatttcccgctgcccgttcttccaacaataccaatcttgtgtcctccttcgaatgtgcaatttatac 11736540  T
161 cgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatct 199  Q
    | ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
11736541 catgaagtacaagtggtccagtaggcctgtatcgtatct 11736579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 61 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 11759337 - 11758886
Alignment:
61 tccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaataccaatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcc 160  Q
    |||||||||||||| |||||||  || || |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||  |||| |    
11759337 tccacaagacgaaacaaagcacctatcagtgtagattttccgctgccagttctaccgacaataccaatcttgtgccctccttcaaagatgcaattgatac 11759238  T
161 cgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaacaaattatgtacggtatttcaactcccattttttctgaacatta 260  Q
    | || |||||||| ||| ||| |||||| ||| |||||| | ||  ||  | |||| ||||||||||   ||||||| ||| || |||||||||||| ||    
11759237 catgtagtacaagaggtgcattaggcctatattgtatctggaattatataagcaaataaattatgtattttatttcatctcacaatttttctgaacaata 11759138  T
261 tgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgactttgcctgcaactggccaattcaaaggaggacaatttccttctaca 360  Q
    || |||||||||| ||||| || |   ||||||||||| |||   |||||| ||||| ||  || |||||||||| |  ||||||  |||||||||        
11759137 tgattcacattttaaaaat-aattttgaattaccttcaagtcttttatttcaacttttccaacatctggccaattgattggaggatgatttccttcactc 11759039  T
361 atttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatattatatgatttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatacta 460  Q
    | |||||  ||||||||| |||||||    |||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||| | ||| |||||||   |||| | ||||||||||    
11759038 acttcttgggcctcacttggtatatgagagtattgatttatcctttctactgatactatataattttcgagaatgcattggtattgaatggtatatacta 11758939  T
461 aggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctgga 513  Q
    ||| |   |||| || ||  |||||||| || ||||| |||||||| ||||||    
11758938 aggcactgtttaatgaaaagccataagaaagggccataccaataaaacctgga 11758886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 669 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 11620936 - 11620761
Alignment:
669 ggaagcataaccatgcaaagcgctgtagtggcaagaagacttgcacctattgtctctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaa 768  Q
    |||||||||||||||||||| | || || ||| |||| |  |||||  | ||| ||||| ||| |||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
11620936 ggaagcataaccatgcaaagtgttgcagcggcgagaacaactgcactgagtgtttctaatcgttggatcaaccattcgtttgaggcaaaactatgaaaaa 11620837  T
769 atgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcgatattcctcctcaaaagctcttattgt 844  Q
    | ||||| |||||| | || ||||||||||| |||||||||||| | |||| |||| |||||||||| ||||||||    
11620836 aagcacttgcattattatcaattagatcaaggttcttctcaaaagaacgatcttccccctcaaaagcccttattgt 11620761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 717 - 845
Target Start/End: Original strand, 11671435 - 11671563
Alignment:
717 attgtctctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagc 816  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| |  || ||||||  ||| |||||||||||| |      
11671435 attgtttctaaccgttggatcaaccactcatttgaagcaaaactatggaaaaaagcactagcatttaaatcaattagacaaaggttcttctcaaaagaat 11671534  T
817 gatattcctcctcaaaagctcttattgtc 845  Q
    ||   ||||||| |||||| |||||||||    
11671535 gagcctcctccttaaaagcccttattgtc 11671563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 306 - 485
Target Start/End: Original strand, 11736687 - 11736866
Alignment:
306 tatttcgactttgcctgcaactggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctc 405  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||| |  ||||||| ||||||||| |  | || ||  ||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||    
11736687 tatttctactttgcctgcagctggccaattaaccggaggacgatttccttcaatcacttgttgggcctcacttggtatatgagtgtattgatttatcctc 11736786  T
406 tctactgatattatatgatttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccata 485  Q
    || |  |||| ||||| |||||| | | |||||||  ||||| |||  |||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
11736787 tcaatagatactatataatttgctacaatgcattggctttgaattgagtatactaaggaaccatttagtgaaaggccata 11736866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 723 - 845
Target Start/End: Original strand, 12090709 - 12090831
Alignment:
723 tctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcgatatt 822  Q
    |||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||| || || ||| ||||||| |  || |||| |||||||||||| |  ||||| |||| ||    
12090709 tctacccgttggatcagccattcatttgaggcaaaactatggaagaaagcagtagcattgacatcaattaaatcaagattcttgttgaaaaaccgatctt 12090808  T
823 cctcctcaaaagctcttattgtc 845  Q
    | |||||||||||||||||||||    
12090809 cttcctcaaaagctcttattgtc 12090831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 733 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 11758707 - 11758595
Alignment:
733 ggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcgatattcctcctcaaa 832  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | || || || ||||||||||| |  || |||| |||||||||||| |  ||||| || | ||| ||||||||    
11758707 ggatcaaccactcatttgaggaaaaactgtggaagaaagcactagcattgacatcaattaaatcaagattcttgttgaaaaaacggtcttcttcctcaaa 11758608  T
833 agctcttattgtc 845  Q
    ||| |||||||||    
11758607 agcccttattgtc 11758595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 723 - 844
Target Start/End: Original strand, 11737186 - 11737307
Alignment:
723 tctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcgatatt 822  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | || || || ||||| ||||| |  || |||| || ||||||||| |  ||||| |||| ||    
11737186 tctacccgttggatcaaccactcatttgatgcaaaactgtggaagaaagcactcgcattgacatcaattaaattaagattcttgttgaaaaaacgatctt 11737285  T
823 cctcctcaaaagctcttattgt 844  Q
    | ||||| ||||| ||||||||    
11737286 cttcctcgaaagcccttattgt 11737307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 31 - 516
Target Start/End: Original strand, 16390356 - 16390839
Alignment:
31 ccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaataccaatct 130  Q
    ||||||| |||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
16390356 ccatcaattataatgtttcctcctgatggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtggattttccgctgcctgttcttccgacaataccaatct 16390455  T
131 tgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaacaaattatgtacgg 230  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  |  ||||||||||| |        
16390456 tgtgacctacttcgaatgtgcatgtgatcccatgaagtacaagtggtccgtcaggcctgtatcgtatctaacatagtaaaaataaacaaattattttgtt 16390555  T
231 tatttcaactcccattttttctgaacattatgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgactttgcctgcaactggc 330  Q
     || | | || | |||||||||  |||||||| ||| |||||| ||||||| ||   ||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||||    
16390556 aatatgagcttc-attttttcttcacattatgcttcgcattttgaaaataa-gtaacaattaccttcaagtcatttatttctactttgcctgcaattggc 16390653  T
331 caattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatattatatgatttgcaa 430  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
16390654 caattcaaaggagggcgatttccttctacgatttctttggcctcactttgtatatgcatatattgatttagcctctcgactgatattatttgatttgcaa 16390753  T
431 gagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctggaatg 516  Q
    ||||||| ||| ||||| ||| ||  |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
16390754 gagtgcactgactttgaattgaattcactaagaaagaatttagtgcaagaccataagatagagccatgccaataaaacctggaatg 16390839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 599 - 853
Target Start/End: Original strand, 16390874 - 16391128
Alignment:
599 ataatacagaaacaatgacatttcggatattcaaataagcaaattctcaccggaactgaaagtccccgacggaagcataaccatgcaaagcgctgtagtg 698  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||  ||  ||||| |||||||||||| ||  |||||||||| |  ||||| |||||||||||||| |||| || |    
16390874 ataatacagaaacagtgacatttcagaggttagaataaccaaattctcaccagaggtgaaagtccctggtggaagtataaccatgcaaagtgctgcagag 16390973  T
699 gcaagaagacttgcacctattgtctctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaa 798  Q
    ||||||| || ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
16390974 gcaagaacacctgcacttattgtttctaaccgttggatcaaccactcgtttgaggcaaaattatgaaaaaatgaactagcattaatgtcaattagatcaa 16391073  T
799 gattcttctcaaaaaagcgatattcctcctcaaaagctcttattgtctctgctcc 853  Q
    ||||||||| ||| || |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||    
16391074 gattcttctgaaagaaacgatcttcctcctcaaaagttcttattgtcactgctcc 16391128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 215; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 31 - 521
Target Start/End: Original strand, 5411 - 5899
Alignment:
31 ccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaataccaatct 130  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
5411 ccatcaactataattttccctcctgctggttccactagacgaaataaagcactaataagagtggatttcccacttcctgttcttccaacaataccaatct 5510  T
131 tgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaacaaattatgtacgg 230  Q
    |||| ||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||  |||        
5511 tgtgccctgctgtaaacgtgcatgtgatcccgtcaagtacaagtggtccgtcaggcctgtatcgtatctggcatggtataaacaaacaaatggtgtgatt 5610  T
231 tatttcaactcccattttttctgaacattatgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgactttgcctgcaactggc 330  Q
      ||| |  | | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||| | |||   |||||  ||||||||||||||||||    
5611 cgtttaagatgc-atcttttctgaacattatgcttcacatttttaaaataa-gtaccaattacctttaagtcgtttatttttactttgcctgcaactggc 5708  T
331 caattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatattatatgatttgcaa 430  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
5709 caattcagaggaggacgattaccttctacagtttccttggcctcgctttgtatatgcatatattgatttaatctctctactgatattatgtgattcgcaa 5808  T
431 gagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctggaatgaagga 521  Q
    ||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||   ||||||| ||| || || |||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||    
5809 gagtgcattgattttgaattgaaaatactaaggaattgtttagtgaaaggccgtaggataaagccatgccaataattcctgaaataaagga 5899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 672 - 841
Target Start/End: Original strand, 5985 - 6154
Alignment:
672 agcataaccatgcaaagcgctgtagtggcaagaagacttgcacctattgtctctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatg 771  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||| ||||| |  |||||  ||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||| |    
5985 agcataaccatgcaaagtgctccagtggtaagaacaactgcactgattatttctaaccgttggatcaaccactcttttgaggaaaaactatggaaaaaag 6084  T
772 cactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcgatattcctcctcaaaagctcttat 841  Q
    |||||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||| | || ||||||||||||||| |||||    
6085 cactagcatttatatcaattaggtcaaggtttttctcaaaaaaacaatcttcctcctcaaaagcccttat 6154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 25 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 16090 - 15598
Alignment:
25 tctataccatcaactataacttttccttctgttggttccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaatac 124  Q
    ||||| ||||| | ||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||    
16090 tctattccatcgattataattttccctcctgctggttccacaagacgaaatagagcactaataagtgtggatttcccacagcctgttcttccaacaatac 15991  T
125 caatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcccgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatctagcatggtacgatcaaacaaattat 224  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||  |  ||||| |||||    
15990 caatcttgcggcctggttcaaatgtgcatgtgatcccatgaagtacaagtggtccttcaggcctgtatcgtatctgacatggtaaaaataaacatattat 15891  T
225 gtacggt---atttcaactcccattttttctgaacattatgtttcacatttttaaaataaagtcctaattaccttcaggtcacatatttcgactttgcct 321  Q
    ||  |||   |||| | ||  |||||||||||||||| |||| |  |||||| ||||| |||    |||||||||||  |||  |||||| |||||||||    
15890 gt--ggtttcatttaagct-gcattttttctgaacatgatgtgttgcattttgaaaat-aagcaagaattaccttcaaatcatttatttctactttgcct 15795  T
322 gcaactggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatattatat 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| |||| || |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |    
15794 gcaactggccaattcaaaggaggacggttttcttcaactatttcttccgcttcactttttatatgcatatattgatttagtctctccactgatattatgt 15695  T
422 gatttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctggaatgaa 518  Q
     |||||||||||||||||||  |||| |||  |||||||||| ||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
15694 aatttgcaagagtgcattgatgttgaattgagtatactaaggcagcgtttagtgataggccataagatagagccatgccaataaatcctgaaatgaa 15598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 672 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 15444 - 15272
Alignment:
672 agcataaccatgcaaagcgctgtagtggcaagaagacttgcacctattgtctctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatg 771  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||  |||| | ||||||  ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |    
15444 agcataaccatgcaaagtgctgcagcggtgagaacaattgcactgattatttctaaccgttggatcaaccactcatttgaggcaataatatggaaaaaag 15345  T
772 cactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcgatattcctcctcaaaagctcttattgt 844  Q
     |||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||||| | |||| ||| ||||||||||| ||||||||    
15344 aactagcattaacatcaattagataaaggttcttctcaaaagaacgatcttcatcctcaaaagcccttattgt 15272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 7e-33; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 323 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 44814528 - 44814340
Alignment:
323 caactggccaattcaaaggaggacaatttccttctacaatttctttagcctcactttgtatatgcatatattgatttaacctctctactgatattatatg 422  Q
    |||||||||||||||  ||||| | ||||||||| |   |||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||     
44814528 caactggccaattcaccggagggcgatttccttcaattctttctggagcctcacttggtacatgcatatattgatttagcctctccactgatattatata 44814429  T
423 atttgcaagagtgcattgaatttgagttgtatatactaaggaagcatttagtgtaagaccataagatagagccatgccaataaatcctg 511  Q
    |||||| | | |||||||| ||||| ||| | |||| |||||||| || |||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
44814428 atttgctatattgcattgattttgaattgaaaataccaaggaagcgttaagtgaaagaccatatgagagagccattccaataaatcctg 44814340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 61 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 44814792 - 44814654
Alignment:
61 tccacaagacgaaataaagcactaataagagtagatttcccactgcctgttcttccaacaataccaatcttgtgacctgcttcaaatgtgcatgtgatcc 160  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||| |  || ||||| || || |  ||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
44814792 tccactagacgaaataaagcgccaataagagtggtcttgccacttccggtgcgaccaactataccaattttgtgtcctccttcaaatgtacatgtgatcc 44814693  T
161 cgtgaagtacaagtggtccatcaggcctgtatcgtatct 199  Q
    || ||||||| |||||  |||||||||| || |||||||    
44814692 cgcgaagtactagtggcgcatcaggcctataccgtatct 44814654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 723 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 44814165 - 44814043
Alignment:
723 tctaaccgtaggatcaaccactcatttgaggcaaaattatgaaaaaatgcactagcattaatgtctattagatcaagattcttctcaaaaaagcgatatt 822  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| | ||||||| ||||||| || | | ||||||| || || |||| | ||||||||||  ||||||| |||  ||    
44814165 tctaaccgttgaatcaaccactcattagcggcaaaactatgaaagaaaggagtagcattgatatcaattaaaccaagattctttacaaaaaaacgacctt 44814066  T
823 cctcctcaaaagctcttattgtc 845  Q
    |||  |||||||| |||||||||    
44814065 cctgttcaaaagcccttattgtc 44814043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University