View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11085_low_27 (Length: 241)

Name: NF11085_low_27
Description: NF11085
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11085_low_27
NF11085_low_27
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (18-231)||(5315366-5315579)
chr7 (18-231)||(5284563-5284776)
chr7 (18-231)||(5302751-5302964)
chr7 (18-231)||(5310652-5310865)
chr7 (18-231)||(5289351-5289564)
chr7 (18-231)||(46706642-46706855)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-231)||(44141456-44141668)
chr1 (18-231)||(44128829-44129042)
chr1 (18-231)||(44133034-44133247)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (19-231)||(1492423-1492635)
chr5 (22-230)||(1478255-1478463)
chr5 (22-230)||(1482449-1482657)
chr5 (18-231)||(1505232-1505445)
chr5 (19-225)||(1509385-1509591)
chr5 (18-231)||(1499495-1499708)
chr5 (20-150)||(1487006-1487136)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-231)||(24163444-24163657)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-231)||(37863044-37863257)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5315579 - 5315366
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315579 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 5315480  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5315479 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaaca 5315380  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||||||||||    
T  5315379 cacgagcacctttg 5315366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5284776 - 5284563
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  5284776 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtctctcaatttctggtattgggtcagagccaacaataagagcagca 5284677  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5284676 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaaca 5284577  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||||||||||    
T  5284576 cacgagcacctttg 5284563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5302964 - 5302751
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  5302964 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtacggggtcagagccaacaataagagcagca 5302865  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||    
T  5302864 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccacgaaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaaca 5302765  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||||||||||    
T  5302764 cacgagcacctttg 5302751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 5310865 - 5310652
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  5310865 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagca 5310766  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5310765 gctccatctccaaacaatgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaaca 5310666  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||||||||||    
T  5310665 cacgagcacctttg 5310652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 5289351 - 5289564
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  5289351 tccttcactatccggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactgggtcagaaccaacaataagagcagca 5289450  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5289451 gctccatctccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaaca 5289550  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||||||||||    
T  5289551 cacgagcacctttg 5289564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 46706642 - 46706855
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||     
T  46706642 tccttcactatctggagcaattgtttgtgaagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtactggatcagaaccaacaataagtgcagca 46706741  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    ||||   ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |    
T  46706742 gctctgactccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaata 46706841  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    |||| |||||||||    
T  46706842 cacgggcacctttg 46706855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44141668 - 44141456
Alignment:
Q  19 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| || ||||| |    
T  44141668 ccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagcag 44141569  T
Q  119 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||    
T  44141568 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacac 44141469  T
Q  219 acgagcacctttg 231  Q
    |||||||||||||    
T  44141468 acgagcacctttg 44141456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44129042 - 44128829
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| || |||||     
T  44129042 tccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagca 44128943  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  44128942 gctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaaca 44128843  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||||||||||    
T  44128842 cacgagcacctttg 44128829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 44133247 - 44133034
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||| || |||||     
T  44133247 tccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcagca 44133148  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  44133147 gctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaaca 44133048  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||||||||||    
T  44133047 cacgagcacctttg 44133034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1492635 - 1492423
Alignment:
Q  19 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  1492635 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtaccggatcagacccaacaataagtgcagctg 1492536  T
Q  119 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||    
T  1492535 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaacac 1492436  T
Q  219 acgagcacctttg 231  Q
    |||||||||||||    
T  1492435 acgagcacctttg 1492423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 22 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1478463 - 1478255
Alignment:
Q  22 tcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctc 121  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||| || |    
T  1478463 tcactgtctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagcac 1478364  T
Q  122 catctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacg 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||    
T  1478363 catctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacg 1478264  T
Q  222 agcaccttt 230  Q
    |||||||||    
T  1478263 agcaccttt 1478255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 22 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1482657 - 1482449
Alignment:
Q  22 tcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgctc 121  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||| ||||    
T  1482657 tcactgtctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtattgggtcagaaccaacaatgagtgcagcagctc 1482558  T
Q  122 catctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacacacg 221  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||    
T  1482557 catctccaaagagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacg 1482458  T
Q  222 agcaccttt 230  Q
    |||||||||    
T  1482457 agcaccttt 1482449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1505445 - 1505232
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| || || |||||||| || |||||     
T  1505445 tccttcgctatcaggcgcgattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataggtttctcaatttctggtattggatctgaaccaacaattagtgcagca 1505346  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||    
T  1505345 gctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaaca 1505246  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    |||| |||||||||    
T  1505245 cacgggcacctttg 1505232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 1509591 - 1509385
Alignment:
Q  19 ccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccg 118  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| || ||||| |    
T  1509591 ccttcactatttggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatatagatttctcaatttctggtacagggtcagtaccaacaatgagtgcagcag 1509492  T
Q  119 ctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaacac 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||| |||| ||||||||| ||  |||||| ||| ||||||||||||||    
T  1509491 ctccatctccaaataatgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcaccagggccacaaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacac 1509392  T
Q  219 acgagca 225  Q
    |||||||    
T  1509391 acgagca 1509385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1499708 - 1499495
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |  || ||     
T  1499708 tccttcactatcagaagcaattgtttgtgcagtccaaactaactcaaataaaggtttctcaatttcaggtactaggtcagagccaacaatgactgccgca 1499609  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||| |||| ||||| ||  || |||| |||||| |||||||||||||    
T  1499608 gctccatctccaaatattgcttgtccaacaagtttgtgtaggtgagtattactaggtccacaaaatgagattgcagtgatttcagaacaaacaaccaaca 1499509  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||||||||||    
T  1499508 cacgagcacctttg 1499495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 1487136 - 1487006
Alignment:
Q  20 cttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagccgc 119  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||| |||| || ||  || || ||||||||||| |   || | ||    
T  1487136 cttcactatctagagctattgtttgtgcagtccaaacaagctcaaagagaggtttctcaatttttgatatcggatcggagccaacaatgactacaacagc 1487037  T
Q  120 tccatctccaaatagtgcttgtccaacaagg 150  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  1487036 tccatcaccaaataatgcttgtccaacaagg 1487006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 24163444 - 24163657
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||| |  |||||     
T  24163444 tccttcactatttggagcgattgtttgtgctgtccaaactaactcaaatagaggtttctcaatttcctgtattgggtcagagccaacaatgactgcagca 24163543  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||| ||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  24163544 gctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggttgtctaagtgagtatcgcttggtccacaaaatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaaccaaca 24163643  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    |||||| |||||||    
T  24163644 cacgagaacctttg 24163657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 37863044 - 37863257
Alignment:
Q  18 tccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtactgggtcagagccaacaataagagcagcc 117  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| | |||||| |  || || || |||||||| | ||| ||     
T  37863044 tccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacggatctgaaccaacaatcacagctgct 37863143  T
Q  118 gctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagagcaaacaaccaaca 217  Q
    || ||||||||||| | ||| || || ||||| || || |  |||||||||||||| ||||| || || || || ||||  || || ||||| ||||| |    
T  37863144 gcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaa 37863243  T
Q  218 cacgagcacctttg 231  Q
    ||||||| ||||||    
T  37863244 cacgagcgcctttg 37863257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University