View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11090_low_15 (Length: 426)

Name: NF11090_low_15
Description: NF11090
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11090_low_15
NF11090_low_15
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-409)||(8523812-8524196)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (16-409)||(42129657-42130050)
chr5 (101-374)||(41712564-41712837)
chr5 (115-402)||(34239584-34239871)
chr5 (15-323)||(42124368-42124676)
chr5 (160-408)||(34231877-34232125)
chr5 (289-417)||(41571211-41571339)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (63-399)||(25521997-25522333)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (15-401)||(12249264-12249650)
chr2 (17-262)||(32680983-32681217)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (15-182)||(11119079-11119246)
chr4 (273-380)||(11118950-11119057)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 25 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 8524196 - 8523812
Alignment:
Q  25 tcttcactattcaacttgtctcagcttggaacattaatttgttctcataacaaattagagggtcctatacccaaccaaattatagggatccaaaatctaa 124  Q
    |||||| |||| |||||| |||| ||||  || |||  |||||||||||| |||||||| |||||  |||||||| ||| || |||  | ||||| ||||    
T  8524196 tcttcattatttaacttgactcatcttgttactttagattgttctcataataaattagatggtcccttacccaacaaaactacaggtcttcaaaagctaa 8524097  T
Q  125 ctgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttggaagaattagatttatcaaataatcgact 224  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||    
T  8524096 ctaatttgcgattaaatgacaacttgctaaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttgctagtattagatttatcaaataatcaact 8523997  T
Q  225 tacagggcatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatatctaagtaacaacagcctacaaggcaatattccagaatccattttcaacctt 324  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523996 tacagggaatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatctctaagtaacaacaggctacaaggcaatattccagaatccattttcaacctt 8523897  T
Q  325 ccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaacttcaagatttga 409  Q
     ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  8523896 gcaaacctaagtagactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaccttcaacatttga 8523812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 42130050 - 42129657
Alignment:
Q  16 caaattccatcttcactattcaacttgtctcagcttggaacattaatttgttctcataacaaattagagggtcctatacccaaccaaattatagggatcc 115  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||  ||| |||   ||||||  ||||||| | || |||||||||||||| ||||||||| ||| || |||| |||    
T  42130050 caaattccatcttcattatttaacttgaatcaactttatacattagattgttctaaaaataaattagagggtcccatacccaacaaaactacagggttcc 42129951  T
Q  116 aaaatctaactgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttggaagaattagatttatcaaa 215  Q
    || | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||   | |||| | |||||||    
T  42129950 aagagctaaatgatttgagattaaatgacaacttgttaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccgtctttggttcatttagttctatcaaa 42129851  T
Q  216 taatcgacttacagggcatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatatctaagtaacaacagcctacaaggcaatattccagaatccatt 315  Q
    |||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||||   |||||  |||||||||||||||||| |||| |||    
T  42129850 taatcgtcttacaaggcatatcactgcaatctcatcatattccttaaagaagctagatctaagcggcaacaagctacaaggcaatattccaaaatctatt 42129751  T
Q  316 ttcaaccttccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaacttcaagatttga 409  Q
    ||||||||| ||| | ||| |   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||| ||| || |||||||||||||| ||||||    
T  42129750 ttcaaccttgcaaacttaactttgctagatctatcatcaaacaacttgagtgatgttattgattttcaacacttttccaaacttcaatatttga 42129657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 101 - 374
Target Start/End: Original strand, 41712564 - 41712837
Alignment:
Q  101 aaattatagggatccaaaatctaactgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttggaaga 200  Q
    |||||| |||| ||||||| |||||| |||||   ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||    
T  41712564 aaattacagggttccaaaagctaactaatttgtatttaaatggcaacttgttaaatggagcaattcctccctccttgttttcctttccttctttggaaga 41712663  T
Q  201 attagatttatcaaataatcgacttacagggcatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatatctaagtaacaacagcctacaaggcaat 300  Q
     |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||   |||||||||     |||||  ||| ||||||||    
T  41712664 tttagatctatcaaataaccgacttatagggcatatcattgcaatctcatcatattccttagaggagctatatctattcggcaacaaactagaaggcaat 41712763  T
Q  301 attccagaatccattttcaaccttccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgt 374  Q
    ||||||||||| |||||||| |||  || ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41712764 attccagaatcaattttcaaacttataaacctaactagactagacctatcatcaaacaacttcagtggtgttgt 41712837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 115 - 402
Target Start/End: Original strand, 34239584 - 34239871
Alignment:
Q  115 caaaatctaactgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttggaagaattagatttatcaa 214  Q
    ||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||| |    |  || ||||||    
T  34239584 caaaagctaatttatttgaggttaaatgacaacttgctaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggtacttctgtatctatcaa 34239683  T
Q  215 ataatcgacttacagggcatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatatctaagtaacaacagcctacaaggcaatattccagaatccat 314  Q
    | |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||  ||||||||  |||||||| | || ||    
T  34239684 acaatcgacttacagggcctatcagtgaaatctcatcatattccttagagtatctatctctatgcaacaacaagctacaaggtgatattccaaattcaat 34239783  T
Q  315 tttcaaccttccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaacttcaa 402  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || | |||||||||    
T  34239784 tttcaaccttgcaaacctaattacactatgtctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaagactttacaaaacttcaa 34239871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 42124676 - 42124368
Alignment:
Q  15 acaaattccatcttcactattcaacttgtctcagcttggaacattaatttgttctcataacaaattagagggtcctatacccaaccaaattatagggatc 114  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||   ||||||  ||||     ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||  ||    
T  42124676 acaaattccatcttcactatttaacttgactcagcttttcacattagattgtagaggtaacaaattagagggtcccctacccaacaaaattacaggactc 42124577  T
Q  115 caaaatctaactgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttggaagaattagatttatcaa 214  Q
    ||||| ||||   ||||||  ||||| ||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||| | ||||| |   |||||| |||||     
T  42124576 caaaagctaatgtatttgaatttaaaagacaacttgctaaatggaacagttccttcctccttgttatctttgccttctttggcaattttagatctatcat 42124477  T
Q  215 ataatcgacttacagggcatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatatctaagtaacaacagcctacaaggcaatattccagaatccat 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||| |  | |||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  42124476 ataatcgacttacagggcatatcagtgaaatatcatcatattctttaaacatgctaactctaagcaacaacaggctacaaggcaatattcctgagtccat 42124377  T
Q  315 tttcaacct 323  Q
    |||||||||    
T  42124376 tttcaacct 42124368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 160 - 408
Target Start/End: Original strand, 34231877 - 34232125
Alignment:
Q  160 acaattcctccctccttgttatccttgccatttttggaagaattagatttatcaaataatcgacttacagggcatatcagcgcaatctcatcatattcct 259  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||   ||||  | | ||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |    
T  34231877 acaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaacttacagggcatatcagtgcaatctcgtcctattcgt 34231976  T
Q  260 tagagtttctatatctaagtaacaacagcctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaa 359  Q
    |||||  |||| ||||| |    ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||   ||  |    |||||||||||||||||||    
T  34231977 tagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaa 34232076  T
Q  360 cttgagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaacttcaagatttg 408  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || ||  |||||||||| |||||    
T  34232077 cttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttg 34232125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 289 - 417
Target Start/End: Original strand, 41571211 - 41571339
Alignment:
Q  289 ctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttccaaaaca 388  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||  || ||||| ||  |||   || ||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||     
T  41571211 ctacaaggcgatattcctgaatctattttcaaccttgtaaacctaactacactatgcctgtcatcaaacaacttgagtggtattgtcaattttaaatact 41571310  T
Q  389 tttccaaacttcaagatttgatttctctg 417  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  41571311 tttccaaacttcaaaatttgaattctctg 41571339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 63 - 399
Target Start/End: Original strand, 25521997 - 25522333
Alignment:
Q  63 ttgttctcataacaaattagagggtcctatacccaaccaaattatagggatccaaaatctaactgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtaca 162  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  25521997 ttgttctaataataaattagagggtcctttacctaacaaaattatagggttccaaaagctaactgatttaagtttacatgacaacttgttaaatggaaca 25522096  T
Q  163 attcctccctccttgttatccttgccatttttggaagaattagatttatcaaataatcgacttacagggcatatcagcgcaatctcatcatattccttag 262  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||| | ||||| | | ||| || |||| || ||||||||||||||   |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  25522097 attccttcctctttgttatctttgccttctttggtatatttatatctatctaacaatcgacttacaggatctatcagtgcaacctcatcatattccttag 25522196  T
Q  263 agtttctatatctaagtaacaacagcctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaactt 362  Q
    ||  | || |||||   |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| || ||||  |||||| | |||| ||||    
T  25522197 agagtttaaatctatacaacaacaagctacaaggcaatattccagaatccattttcaatcttacaaacctaactaatctaattctatctttaaacgactt 25522296  T
Q  363 gagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaactt 399  Q
    ||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||    
T  25522297 gagtggttttgtcaattttcaacacttttccaaactt 25522333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 12249650 - 12249264
Alignment:
Q  15 acaaattccatcttcactattcaacttgtctcagcttggaacattaatttgttctcataacaaattagagggtcctatacccaaccaaattatagggatc 114  Q
    ||||||||| | |||| |||| |||||| |||| ||||  ||||||  |||||| |||||||||||||| |||||  |   |||| |||| | |||| |     
T  12249650 acaaattccgttttcattatttaacttgactcaacttgttacattagattgttcgcataacaaattagaaggtccccttggcaacaaaatcacagggttt 12249551  T
Q  115 caaaatctaactgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttggaagaattagatttatcaa 214  Q
    |||||  ||||| |||| || |||| ||| |||||  | || || |||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||| |  ||||  | ||||    
T  12249550 caaaagttaacttatttcagtttaagtgataactttctaaacggaacaattcctcccaccttgttatctttgccttctttggaacatctagagctgtcaa 12249451  T
Q  215 ataatcgacttacagggcatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatatctaagtaacaacagcctacaaggcaatattccagaatccat 314  Q
    | |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||    |||||||||  |   ||||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  12249450 acaatcgatttacaggacatatcagtgcaatctcatcgtattcgttagatacgctatatctatctggtaacaagctacaaggcaatattccaaaatccat 12249351  T
Q  315 tttcaaccttccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaacttca 401  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||  | |||||||||||||    
T  12249350 tttcaaccttacaaccctaactagactagatttatcatcaaacaacttgagtggtgttgttgattttcaactcttttccaaacttca 12249264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 262
Target Start/End: Original strand, 32680983 - 32681217
Alignment:
Q  17 aaattccatcttcactattcaacttgtctcagcttggaacattaatttgttctcataacaaattagagggtcctataccca----accaaattataggga 112  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||| |||| ||||   |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||  |    || |||||  ||||     
T  32680983 aaattccatattcattatttaacttgactcatcttgttgcattagattgttctcataataaattagagggtcctatacatacagaacaaaattgcagggt 32681082  T
Q  113 tccaaaatctaactgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttggaagaattagatttatc 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||               | || |||||| ||| ||||||||| ||||| | ||||||| | || ||| ||||    
T  32681083 tccaaaagctaactgatttgagattaaatg---------------gaacgattccttccttcttgttatctttgccttatttggaatatttggatctatc 32681167  T
Q  213 aaataatcgacttacagggcatatcagcgcaatctcatcatattccttag 262  Q
    |||||| | ||||| |||| ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  32681168 aaataacctacttagagggtatatcaatgcaatctcatcatattacttag 32681217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 11119246 - 11119079
Alignment:
Q  15 acaaattccatcttcactattcaacttgtctcagcttggaacattaatttgttctcataacaaattagagggtcctatacccaaccaaattatagggatc 114  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||   |||||  ||||||| |||| |||||||| |||||  | |||||| |||||| |||| ||    
T  11119246 acaaattccatcatcattatttaacttgactcaacttgttgcattaggttgttctaataataaattagatggtcccctgcccaacaaaattacagggttc 11119147  T
Q  115 caaaatctaactgatttgagattaaatgacaacttgttcaatggtacaattcctccctccttgttatc 182  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11119146 caaaagctaacaaatttgagattaaatgacaacttgataaatggaacaattccttcctccttgttatc 11119079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 273 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 11119057 - 11118950
Alignment:
Q  273 tctaagtaacaacagcctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttccaagcctaagtagtctagatctatcatcaaacaacttgagtggtgtt 372  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||  |||  |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119057 tctaagcaacaaccggctacaaggcaatattccagaatgcattttcagcctaacaaagctagatgaactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgtt 11118958  T
Q  373 gtcaattt 380  Q
    ||||||||    
T  11118957 gtcaattt 11118950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University