View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11090_low_63 (Length: 239)

Name: NF11090_low_63
Description: NF11090
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11090_low_63
NF11090_low_63
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (1-223)||(9466549-9466771)
chr1 (1-215)||(9300172-9300386)
chr1 (1-215)||(9257324-9257538)
chr1 (1-215)||(9364475-9364689)
chr1 (1-215)||(9337616-9337830)
chr1 (1-215)||(9242355-9242569)
chr1 (1-215)||(8939455-8939669)
chr1 (1-215)||(8927029-8927243)
chr1 (51-215)||(8962382-8962546)
chr1 (5-182)||(9377829-9378006)
chr1 (17-182)||(9236239-9236404)
chr1 (80-151)||(9125273-9125344)
chr1 (38-213)||(9420538-9420713)
chr1 (131-209)||(10992839-10992917)
chr1 (122-213)||(9437705-9437796)
chr1 (116-209)||(9495362-9495455)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-215)||(9171581-9171795)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (1-215)||(1684-1898)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-215)||(15910208-15910422)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (71-195)||(27696131-27696255)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 9466549 - 9466771
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466549 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 9466648  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9466649 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaattccattggctatgccta 9466748  T
Q  201 gagcaatttgttgcagcgtgtcc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  9466749 gagcaatttgttgcagcgtgtcc 9466771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 9300386 - 9300172
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  9300386 tgccatgtatcctaatgttcctttggccgcggtcatagatatagtactttgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtt 9300287  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  9300286 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactctattccattggctatgccta 9300187  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    |||||||||||||||    
T  9300186 gagcaatttgttgca 9300172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 9257324 - 9257538
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||| | ||||| |||||||| |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||| || ||     
T  9257324 tgccatgtatcctaatgttcctctcgctgcagtcatagatatagtactttgattttttgagcacatcttagccaaaccaaaatttgtaatttttggggtt 9257423  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  9257424 aaattgtcatcgatcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaactttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 9257523  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    |||||||||||||||    
T  9257524 gagcaatttgttgca 9257538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 9364689 - 9364475
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||  ||||| ||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  9364689 tgccatgtagcctaatgttcccttagctgcagtcatggatacgatactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtg 9364590  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  9364589 aaattgtcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgccta 9364490  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    ||||||||| |||||    
T  9364489 gagcaattttttgca 9364475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 9337830 - 9337616
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||   |||| ||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  9337830 tgccatgtagcctaatgttcccttagctgcagtcatggatacgacactttgattttttgaacatatcttggccaaaccaaaatctgtaattttgggagtg 9337731  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  9337730 aaattgtcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgccta 9337631  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    ||||||||| |||||    
T  9337630 gagcaattttttgca 9337616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 9242355 - 9242569
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||||||||  ||||| || || || ||||| || ||  ||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| |||| ||    
T  9242355 tgccatgtagcctactgttcccttagccgcagtcatggatacaatactttgatttttcgaacacatcttggccaaaccaaaatctgtaatttggggaatg 9242454  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  9242455 aaattgtcatctaacaagacattattaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattggctataccta 9242554  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    ||||||||| |||||    
T  9242555 gagcaattttttgca 9242569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 8939669 - 8939455
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||  ||||| |||  |    
T  8939669 tgccatgtaccctaaagttcccctggctgcggtcattgatactgtactttgatttttggagcacagcttagctaaaccgaagtctgatatttttggaacg 8939570  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |    
T  8939569 aaattgtcatctaataatacattatgtggattgatatcgaagtgaagaattctatgatcacagccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgccaa 8939470  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    |||||||||||||||    
T  8939469 gagcaatttgttgca 8939455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 8927243 - 8927029
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||| || || || ||  ||||||| ||||||| ||| || ||||||||||| |  ||||| ||| ||    
T  8927243 tgccatgtaacctaatgttcccctggctgcagtcatcgatacagtgctatgatttttagagcacagcttcgctaaaccgaagtccgatatttttggaatg 8927144  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  8927143 aaattgtcatctaacaagacattgtggggattgatatcaaagtgaagaattctatgatcacaaccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgccta 8927044  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    |||||||||||||||    
T  8927043 gagcaatttgttgca 8927029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 51 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 8962546 - 8962382
Alignment:
Q  51 gatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaat 150  Q
    ||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||  ||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| ||||||||    
T  8962546 gatttttggagcacaacttggctaaaccaaagtctgatatttttggagtaaaattgtcatctaacaagatattgtgcggattgatatcaaaatgaagaat 8962447  T
Q  151 tctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttgca 215  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  8962446 tctttgatcacagccctggtgaagatactcaattccattggcaatgcctagagcaatctgttgca 8962382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 5 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 9378006 - 9377829
Alignment:
Q  5 atgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaat 104  Q
    |||||||| || |||||| | |||||||| |||||||| |||||| ||||||| |  ||||  ||||| |  || ||||| |||||||| ||| | ||||    
T  9378006 atgtagcccaatgttcctctagctgcggttatagacaccgtactttgatttttgggacacagtttagcaagtccaaagtcagtaattttaggactcaaat 9377907  T
Q  105 tctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaa 182  Q
    | |||||||  || ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    |||||||||||||    
T  9377906 tatcatctattaacacattgtgtggattgatatcaaagtgaagtattctatgatcacaaccaatatgaagatactcaa 9377829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 182
Target Start/End: Original strand, 9236239 - 9236404
Alignment:
Q  17 gttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaaca 116  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||  ||||  ||||| |  || ||||| || ||||||||| | ||||| |||||||  |    
T  9236239 gttcctctcgctgcagtcatagacactgtgctttggtttttcggacacaatttagcaagtccaaagtcggttattttgggactcaaattatcatctatta 9236338  T
Q  117 agacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaa 182  Q
    | ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    |||||||||||||    
T  9236339 acacattgtgtggattgatatcaaagtgaagtattctatgatcacaaccaatatgaagatactcaa 9236404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 80 - 151
Target Start/End: Original strand, 9125273 - 9125344
Alignment:
Q  80 aagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaatt 151  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  | ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  9125273 aagtctgaaatttttggagtgaaggtgtcatctagcaaaacattgtgagggttgatgtcaaagtgaagaatt 9125344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 213
Target Start/End: Original strand, 9420538 - 9420713
Alignment:
Q  38 gacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgt 137  Q
    |||||| | ||| ||||||| |||||||  || |||||||| || || |||||||| |||   || || |||||||| || || ||||  ||||| || |    
T  9420538 gacactttgctttgatttttagagcacaatttcgccaaaccaaaatcagtaatttttggaacaaacttgtcatctaataacacgttatagggattaatat 9420637  T
Q  138 caaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttg 213  Q
    | ||||||||||||   ||||||||||    ||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  9420638 cgaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaagagcaatttgttg 9420713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 131 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 10992917 - 10992839
Alignment:
Q  131 ttgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaattt 209  Q
    ||||| ||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||    
T  10992917 ttgatatcaaaatgaaggatgcgttgatcacaaccttgatgaagatactcaactcctttagctatacctaaagcaattt 10992839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 122 - 213
Target Start/End: Original strand, 9437705 - 9437796
Alignment:
Q  122 ttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaatttgttg 213  Q
    ||||| ||||| || || ||||||||||||   ||||||||||    ||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  9437705 ttatggggattaatatcgaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaagagcaatttgttg 9437796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 116 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 9495455 - 9495362
Alignment:
Q  116 aagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgcctagagcaattt 209  Q
    |||| ||||||||| || || ||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||||| ||| || ||||| || || |||||||    
T  9495455 aagatattatgaggttttatatcaaagtgaagtatcctctggtcacatccttgatgaagatactcaattcctttcgctattccaagcgcaattt 9495362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 9171795 - 9171581
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| || |  |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  9171795 tgccatgtatcctaatgttcctctggctgcagtcattgatatagtactttgattttttgagcacaacttagccaaaccgaagtctgtaatttttggggtg 9171696  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| |||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  9171695 aaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattccta 9171596  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    |||||||||||||||    
T  9171595 gagcaatttgttgca 9171581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 1898 - 1684
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||  ||||| || ||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  1898 tgccatgtagcctaatgttcccttagctgtagtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtg 1799  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  1798 aaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgccta 1699  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    |||||||||||||||    
T  1698 gagcaatttgttgca 1684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 15910208 - 15910422
Alignment:
Q  1 tgccatgtagcctaacgttcctttggctgcggtcatagacactgtacttcgatttttcgagcacatcttagccaaaccgaagtctgtaattttgggagtg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  15910208 tgccatgtagcctaatgttcccttagctacagtcatggatacattactttgatttttcgaacacatcttagccaaaccaaaatctgtgattttgggagtg 15910307  T
Q  101 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaagtccattggctatgccta 200  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  15910308 aaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgccta 15910407  T
Q  201 gagcaatttgttgca 215  Q
    |||||||||||||||    
T  15910408 gagcaatttgttgca 15910422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 45; Significance: 9e-17; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 71 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 27696255 - 27696131
Alignment:
Q  71 gccaaaccgaagtctgtaattttgggagtgaaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggt 170  Q
    |||||||| || || | ||||||||| |||||||| || |||| ||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||||| || |||||||||||| |    
T  27696255 gccaaaccaaaatcagaaattttgggtgtgaaattgtcgtctagcaatacgttatgaggtttgatatcaaaatggagaattcgtttatcacaaccttgat 27696156  T
Q  171 gaagatactcaagtccattggctat 195  Q
    |||||||||||| ||| || |||||    
T  27696155 gaagatactcaattcccttcgctat 27696131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University