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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11093_high_1 (Length: 923)

Name: NF11093_high_1
Description: NF11093
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11093_high_1
NF11093_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-908)||(45628702-45629595)
[»] scaffold0568 (2 HSPs)
scaffold0568 (432-812)||(311-691)
scaffold0568 (14-300)||(34-318)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (770-908)||(29157680-29157818)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 45629595 - 45628702
Alignment:
Q  14 cacagacagcaaaaacaccagcagcaacagattttgtagcaaacaaaaacatgaggctgc-atataccctcctgcccaaacctgcaacagatcaccgcaa 112  Q
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T  45629595 cacagacagcaaaaacaccagcagcaaccgattttgtagcaaacaaaaacatgaggctgccatataccctcctgcccaaacctgcaacagatcaccgcaa 45629496  T
Q  113 attttcaaggcatacccaagcctcaaacatatgtctacgaaaagagtctgtttccagctcaattaaatactccccatattttcttgaatgtgataatagc 212  Q
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T  45629495 attttcaaggcatacccaagcctcaaacatatgtctccgaaaagagcctgtttccagctcaattaaataccccccatattttcttgaatgtgataatagc 45629396  T
Q  213 agcacattccattaaacattcaattggaatgacatataaagtatctgaaaactcaaagctactgcattctaacataaattctaatttatatttttcacta 312  Q
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T  45629395 agcacattccattaa---ttcaattggaatgacatataaagtacctgaaaactcaaagctactgcattctaacataaattctaatttatatttttcacta 45629299  T
Q  313 tgctcatacacaatgcagttacttctctatttcttacaaaacctcatattacaatgtatcaaaaagcaaacatgttgaaggggagttactctaaatcaaa 412  Q
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T  45629298 tgctcatacacaatgcagttacttctctatttcttacaaaacctcatattacaatgtatcaaaaagcaaacatgttgaaggggagttacactaaatcaaa 45629199  T
Q  413 agccagtcagactcattccctaatgtagagatggagatcatacaatacttcaagccatttctagttgtcacctgaagacatagaaagtaatcaatttctc 512  Q
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T  45629198 aaccagtcaaactcattccctaatgtagagatggagatcatacaatacttcaagccatttctagctgtcacctgaagacatagaaagtaatcaatttctc 45629099  T
Q  513 aaacttgttaaaaaggttttttcaacatttagcaaaaatactctacaagacacatattatgaaatagcaaaacagcacctaattaaatttaatattgaat 612  Q
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T  45629098 aaacttgttaaaaaggtttttccaatatttagcaaaaatactctacaagacacatattatgaaatagcaaaacagcacctaattaaatttaatattgaat 45628999  T
Q  613 caaaagcaagcagctcacttcacaatttgcaaaaatatagaattatagattacgacaaacaaaagatgga-aaaagttttcaaaaatccaaggataggag 711  Q
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T  45628998 aaaaagcaagcagctcacttcacaatttgcaaaaatatagaattatagattatcacaaacagaagatggaaaaaagttttcaaaaatccaaggataggag 45628899  T
Q  712 atacagaaaaggcaagttagtagtgttagaacacatgaatattttgtgacacttgaatattctagttaacattgttccaaatacagttatagcttataac 811  Q
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T  45628898 atacaaaaaaggcaagttagtagtgttagaacacttgaatattttgtgacacttgaatattctagttaacattgttccaaatgcagttatagcttataac 45628799  T
Q  812 aattttattttaattttgtagagaactttattttatgagcacaattatatggacatgccaaaacaagacaaaaatgaattaccaatggatagaaatg 908  Q
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T  45628798 aattttattttaattttgtagagaactttattttatgagcacaattaaatggacatgccaaaacaagacaaaaatgaattaccaatggatagaaatg 45628702  T

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Target: scaffold0568 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0568
Description:

Target: scaffold0568; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 432 - 812
Target Start/End: Original strand, 311 - 691
Alignment:
Q  432 ctaatgtagagatggagatcatacaatacttcaagccatttctagttgtcacctgaagacatagaaagtaatcaatttctcaaacttgttaaaaaggttt 531  Q
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T  311 ctaatttagagatggagatcatacaatacttcaagccatttctagctgtcacctaaagacatagaaagtaatcaatttctcaaacttgttaaaaaggttt 410  T
Q  532 tttcaacatttagcaaaaatactctacaagacacatattatgaaatagcaaaacagcacctaattaaatttaatattgaatcaaaagcaagcagctcact 631  Q
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T  411 ttccaacatttagcaaaaatactctacaagacacatattatgaaatagcaaaacagcacctaattaaatttaatattgaataaaaagcaagcagctcact 510  T
Q  632 tcacaatttgcaaaaatatagaattatagattacgacaaacaaaagatggaaaaagttttcaaaaatccaaggataggagatacagaaaaggcaagttag 731  Q
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T  511 tcacaatttgcaaaaatatagaattatagattatcacaaacagaagatggaaaaagttttcaaaaatccaaggataggagatacaaaaaaggcaagttag 610  T
Q  732 tagtgttagaacacatgaatattttgtgacacttgaatattctagttaacattgttccaaatacagttatagcttataaca 812  Q
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T  611 tagtgttagaacacttaaatattttgtgacacttgaatattcaagttaacattgttccaaatgcagttatagcttataaca 691  T

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Target: scaffold0568; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 14 - 300
Target Start/End: Original strand, 34 - 318
Alignment:
Q  14 cacagacagcaaaaacaccagcagcaacagattttgtagcaaacaaaaacatgaggctgc-atataccctcctgcccaaacctgcaacagatcaccgcaa 112  Q
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T  34 cacagacagcaaaaacaccagcagcaaccgattttgtagcaaacaaaaacatgaggctgccatataccctcctgcccaaacctgcaacagatcaccgcaa 133  T
Q  113 attttcaaggcatacccaagcctcaaacatatgtctacgaaaagagtctgtttccagctcaattaaatactccccatattttcttgaatgtgataatagc 212  Q
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T  134 attttcaaggcatacccaagcctcaaacatatgtctccgaaaagagcctgtttccagctcaattaaataccccccatattttcttgaatgtgataatagc 233  T
Q  213 agcacattccattaaacattcaattggaatgacatataaagtatctgaaaactcaaagctactgcattctaacataaattctaattta 300  Q
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T  234 agcacattccatta---attcaattggaatgacatataaagtacctgaaaactcaaagctactgcattctaacataaattctaattta 318  T

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Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 770 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 29157818 - 29157680
Alignment:
Q  770 attctagttaacattgttccaaatacagttatagcttataacaattttattttaattttgtagagaactttattttatgagcacaattatatggacatgc 869  Q
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T  29157818 attctagctaacattgttctaaatgcagttataacttataacaattttattttaattctgcagagaactttattttatgaacacaattatatggacatgc 29157719  T
Q  870 caaaacaagacaaaaatgaattaccaatggatagaaatg 908  Q
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T  29157718 caacacaagacaagaaagagttaccaatggatagaaatg 29157680  T

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