View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11093_high_14 (Length: 468)

Name: NF11093_high_14
Description: NF11093
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11093_high_14
NF11093_high_14
[»] scaffold0006 (4 HSPs)
scaffold0006 (11-455)||(4046-4490)
scaffold0006 (12-451)||(211098-211537)
scaffold0006 (11-455)||(175609-176053)
scaffold0006 (11-455)||(191017-191461)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (11-455)||(13596761-13597205)
chr1 (11-455)||(13553130-13553574)
chr1 (11-455)||(13678027-13678471)
chr1 (17-455)||(20378471-20378909)
chr1 (22-455)||(15895027-15895460)
chr1 (29-455)||(13517791-13518217)
chr1 (50-455)||(20509644-20510049)
chr1 (19-452)||(16448708-16449141)
chr1 (17-455)||(16458281-16458719)
chr1 (16-303)||(19188428-19188715)
chr1 (11-406)||(16484378-16484757)
chr1 (302-455)||(19178127-19178280)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (38-455)||(20767982-20768399)
chr8 (16-455)||(20780412-20780851)
chr8 (38-455)||(20770618-20771035)
chr8 (41-310)||(20848759-20849028)
chr8 (38-245)||(20777986-20778193)
chr8 (41-273)||(20840702-20840934)
chr8 (269-455)||(20838553-20838739)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (12-455)||(21817448-21817891)
chr6 (16-455)||(22272629-22273068)
[»] scaffold0069 (2 HSPs)
scaffold0069 (17-455)||(48773-49211)
scaffold0069 (23-455)||(43184-43616)
[»] scaffold0068 (1 HSPs)
scaffold0068 (23-455)||(31447-31879)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (11-451)||(121132-121572)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (16-455)||(38053806-38054245)
chr2 (51-455)||(38051590-38051991)
chr2 (38-455)||(30701665-30702081)


Alignment Details
Target: scaffold0006 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 4)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 4046 - 4490
Alignment:
Q  11 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtt 110  Q
    |||||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| |||||    
T  4046 cagagagttggacttatgggacctgcccaagcttaaatatatatgcaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtt 4145  T
Q  111 tatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 210  Q
    || || ||||||||||||| || ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4146 taccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggtaacaagctgcaatgggttgataaatttga 4245  T
Q  211 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4246 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattcaaaggtgttattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagac 4345  T
Q  311 aaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4346 aaacgagatttcattttgcagtttacgatatctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 4445  T
Q  411 ctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4446 ctggaagttgtagttgtcaaaaaatgtcctcaaatgaaacttttt 4490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 12 - 451
Target Start/End: Original strand, 211098 - 211537
Alignment:
Q  12 agagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgttt 111  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||| ||||| ||||||    
T  211098 agagagttggacttatgggagctgcccaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaacgcattgatgttt 211197  T
Q  112 atcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgat 211  Q
    |  ||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  211198 acgagtgttccagtctgataaagttggttccatcctctgttacctttagttacatgacctatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgat 211297  T
Q  212 aacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagaca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  211298 aacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagaca 211397  T
Q  312 aacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgc 411  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||  |||    
T  211398 aacgagatatcattttgcaatttacaaactttagaactaatttctttaccaagactcagtcgattttgctcatgcccatgcccaattaagtttccattgc 211497  T
Q  412 tggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaact 451  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  211498 tggaagttgtagttatcaaagaatgtcctcaaatggaact 211537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 175609 - 176053
Alignment:
Q  11 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| |||||    
T  175609 cagagagttggaattattgcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtt 175708  T
Q  111 tatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 210  Q
    |  || ||||||||||||| || ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175709 tgccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 175808  T
Q  211 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  175809 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattgaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagac 175908  T
Q  311 aaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 410  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||    
T  175909 aaacgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaagactcattcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttg 176008  T
Q  411 ctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    ||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  176009 ctggaagttgttgttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 176053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 191017 - 191461
Alignment:
Q  11 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| |||||    
T  191017 cagagagttggaattattgcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtt 191116  T
Q  111 tatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 210  Q
    |  || ||||||||||||| || ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  191117 tgccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 191216  T
Q  211 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  191217 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattgaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagac 191316  T
Q  311 aaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 410  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||    
T  191317 aaacgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaagactcattcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttg 191416  T
Q  411 ctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    ||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  191417 ctggaagttgttgttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 191461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 13596761 - 13597205
Alignment:
Q  11 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtt 110  Q
    |||||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| |||||    
T  13596761 cagagagttggacttatgggacctgcccaagcttaaatatatatgcaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtt 13596860  T
Q  111 tatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 210  Q
    || || ||||||||||||| || ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13596861 taccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggtaacaagctgcaatgggttgataaatttga 13596960  T
Q  211 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13596961 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattcaaaggtgttattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagac 13597060  T
Q  311 aaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13597061 aaacgagatttcattttgcagtttacgatatctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 13597160  T
Q  411 ctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  13597161 ctggaagttgtagttgtcaaaaaatgtcctcaaatgaaacttttt 13597205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 13553130 - 13553574
Alignment:
Q  11 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| |||||    
T  13553130 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattaatgtt 13553229  T
Q  111 tatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 210  Q
    ||| ||||||||||||||| || |||||||||||| |||| | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13553230 tatgagtgttccagtctgataaagttggttccatcctctgctacctttagttacatgacctatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 13553329  T
Q  211 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13553330 taacacactcaacagcaaatagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattgaaatgtgtaattggcttttggatatagtgaacggtaaagaagatgagac 13553429  T
Q  311 aaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 410  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||    
T  13553430 aaacgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaagactctttcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttg 13553529  T
Q  411 ctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    ||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||| |||||    
T  13553530 ctggaagttgttgttgtcaaagaatgtcctcgaatggaatttttt 13553574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 13678027 - 13678471
Alignment:
Q  11 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||||||| |||||    
T  13678027 cagagagttggaattattgcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagcattgatgtt 13678126  T
Q  111 tatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 210  Q
    |  || ||||||||||||| || ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13678127 tgccaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 13678226  T
Q  211 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  13678227 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattgaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagac 13678326  T
Q  311 aaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 410  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||    
T  13678327 aaacgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaagactcattcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttg 13678426  T
Q  411 ctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    ||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  13678427 ctggaagttgttgttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 13678471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 17 - 455
Target Start/End: Original strand, 20378471 - 20378909
Alignment:
Q  17 gttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcag 116  Q
    ||||||||| ||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  20378471 gttggaattgtggcaactgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatggaccccgttctacagtttcttgaaagcattgatgtttctcag 20378570  T
Q  117 tgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20378571 tgttccagtctgacaaagttggttccatcctctgttagctttagttatttgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 20378670  T
Q  217 actcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacga 316  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  20378671 actcaacagccacgagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagataaatga 20378770  T
Q  317 gatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaa 416  Q
     |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  20378771 tattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaagtttccgttgctggaa 20378870  T
Q  417 gttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||    
T  20378871 gttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatgaaacttttt 20378909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 22 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 15895460 - 15895027
Alignment:
Q  22 aattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttc 121  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  15895460 aattatggcagttgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggatccttttctacattttattgaaagcattgatgtttaccagtgttc 15895361  T
Q  122 cagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactca 221  Q
    |||||||| || |||||||||||| || ||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15895360 cagtctgataaagttggttccatcctcagttacctttagttacatgacctatttggaggtaacaagctgcaatgggttgaaaaatttgataacacactca 15895261  T
Q  222 acagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagattt 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15895260 acagcaaagagtcttgtcaaactcataacaatgaagattacaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatat 15895161  T
Q  322 cattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgt 421  Q
    | |||||||||||||||    || ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||  |||||||||||||    
T  15895160 ccttttgcagtttacaatagatagaactagtttctttacaaaggctctgtcgattttgctcatgccgatgcccgattatgtttccattgctggaagttgt 15895061  T
Q  422 agttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  15895060 agttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 15895027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 29 - 455
Target Start/End: Original strand, 13517791 - 13518217
Alignment:
Q  29 gcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctg 128  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||||||| | |||||||| ||   ||| ||||||||||| ||||||    
T  13517791 gcagctgcataagcttaaatgtatatgcaaagaaggatttcagataaaccccgttctacagatgcttgaaagtataattgtgtatcagtgttctagtctg 13517890  T
Q  129 acaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaa 228  Q
    | |||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13517891 ataatgttagttccatcctctgttacctttagttatttgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaa 13517990  T
Q  229 agagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttg 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13517991 agagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacagtaaagaagatgagacaaacgagattgtattttg 13518090  T
Q  329 cagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtc 428  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  ||    
T  13518091 cagtttacaaactctagaactaatttctttacaaagactcggtcgattctgctcatgcccatgccccattatgtttccgttgctggaagttgtagtcatc 13518190  T
Q  429 gaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
     || ||||||||| |||||||||||||    
T  13518191 aaagaatgtcctcgaatggaacttttt 13518217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 50 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 20510049 - 20509644
Alignment:
Q  50 tatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttct 149  Q
    |||||| ||||||||| |||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  20510049 tatatgcaaagaaggagttcagattgatccagttctacattttcttgaaagcatttgggtttatcagtgttccagtctgataatgttagttccatcatct 20509950  T
Q  150 gtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaa 249  Q
    ||| |||||| ||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20509949 gttacctttaattacatgacctatttggaggttacaaactgtaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaa 20509850  T
Q  250 caatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaact 349  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  20509849 caatgaagattaaaatgtgtaattgtcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagataaatgatattgtattttgcagtttacaaactctagaact 20509750  T
Q  350 aatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaa 449  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||    
T  20509749 aatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaagtttccgttgctggaagttatagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaa 20509650  T
Q  450 cttttt 455  Q
    ||||||    
T  20509649 cttttt 20509644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 16449141 - 16448708
Alignment:
Q  19 tggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtg 118  Q
    |||| ||| ||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| ||    
T  16449141 tggagttagggcagttgcacaggcttcaatatatatgcaaagaagggtttaaaatggaccccattctacattttattgaaagcattaatgttaatcactg 16449042  T
Q  119 ttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacac 218  Q
    ||||||||| | || |||||||||||| |||||| |||||| |||  ||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16449041 ttccagtctaataaagttggttccatcatctgttacctttacttacctgacctatttggaggtgacaagctgcaatgggttgataaatttgataacatac 16448942  T
Q  219 tcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgaga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  16448941 tcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaatttgcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaaagaaa 16448842  T
Q  319 tttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagt 418  Q
    ||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||  | |||||||| |||||||||  |||||| |||| ||||||  |||| |||||    
T  16448841 ttgaattttgcagtttacaatctctagaactaatttctttaccaagggtttgtcgattctgctcatgcccatgcccaattacgtttccgttgctagaagt 16448742  T
Q  419 tgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaactt 452  Q
    |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||    
T  16448741 tgtagtcgtcaaagaatgtcctcgaatggaactt 16448708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 17 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 16458719 - 16458281
Alignment:
Q  17 gttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcag 116  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||| |||||| ||||  |||| |||||    
T  16458719 gttgaaattatggcagttgcacaagcttcaatatatatgcaaagaagggtttaaaatggaccccattctacattttattgaaatcattattgttcatcag 16458620  T
Q  117 tgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 216  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||| |||||| |||||| |||  ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16458619 tgttccagtctaataaagttggttccatcatctgttacctttacttacctgacctatttggaggtggcaaactgcaatgggttgataaatttgataacat 16458520  T
Q  217 actcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacga 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||    
T  16458519 actcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaatttgcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacggacga 16458420  T
Q  317 gatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaa 416  Q
     |||  ||||   |||||||||  |||| || ||| |||||||| | | ||   || | |||||||||||  |||||| |||||||||||  |||| |||    
T  16458419 aattgaatttcaaagtttacaatttctagaattaaattctttaccacggcttcatcaactttgctcatgcccatgccctattaagtttccattgctagaa 16458320  T
Q  417 gttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||||||||| || ||||| | | |||||||||||||    
T  16458319 gttgtagttgtcaaagaatgtgcacgaatggaacttttt 16458281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 19188715 - 19188428
Alignment:
Q  16 agttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatca 115  Q
    ||||| |||||||| | |||  ||||||| ||| |||||| ||||||||| || | || |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  19188715 agttgaaattatggaacctggccaagcttcaatgtatatgcaaagaaggagtttagattgacccagttctacattttcttgaaagcatttgggtttatca 19188616  T
Q  116 gtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataaca 215  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||| |||| | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19188615 gtgttccagtctgataaagttggttccatcctctgctacctttagttacatgacctatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataaca 19188516  T
Q  216 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaag 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||    
T  19188515 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattgaaatgtgtaattggcttttggatatagtgagcggtaaagaag 19188428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 16484757 - 16484378
Alignment:
Q  11 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtt 110  Q
    ||||||||||  ||||  ||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||  |||| || ||| ||||||||||  |||||    
T  16484757 cagagagttgacattagcgcatctggacaagcttcaatatatatgcaaagaagaattt-aaatggaccccattcttcattttattgaaagcataaatgtt 16484659  T
Q  111 tatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 210  Q
     | || ||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||| |||          |||| ||||  |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  16484658 gagcattgttccaatctgataatgttggttccatcgtcagttacct----------gacctatttagaggtgacacactgcaatggattgatgaatttga 16484569  T
Q  211 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||   |||||||||||    
T  16484568 taacatactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaatttgcttgaggatatagtgaacggt---gaagatgagac 16484472  T
Q  311 aaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcc 406  Q
     |||||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||| ||| || || |||  ||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  16484471 gaacgagattgaatttttcagtttacaatctctagaaccaatttctttaccaaggctttgccga--ttgctcatgcccatgccctattaagtttcc 16484378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 302 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 19178280 - 19178127
Alignment:
Q  302 agatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaag 401  Q
    |||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  19178280 agatgatacaaatgagattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaag 19178181  T
Q  402 tttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  19178180 tttccattgctggaagttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 19178127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 38 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 20768399 - 20767982
Alignment:
Q  38 caagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 137  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20768399 caagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 20768300  T
Q  138 gttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20768299 gttccatcttctgtttcctttagttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaaattgataacacactcaacagcaaagagtcttg 20768200  T
Q  238 tcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttaca 337  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  20768199 tcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacgaatgagattgtattttgcagtttaca 20768100  T
Q  338 aactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgt 437  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||  ||| || |||||||||||  ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  20768099 aactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgatttagttcatgcccatgtcctattaagtttccgttgctgaaagttgtagttgtcaaagaatgt 20768000  T
Q  438 cctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||| |||||||||||||    
T  20767999 cctcgaatggaacttttt 20767982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 16 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 20780851 - 20780412
Alignment:
Q  16 agttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatca 115  Q
    ||||| ||||| |||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20780851 agttgaaattacggcacctgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatca 20780752  T
Q  116 gtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20780751 gtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataaca 20780652  T
Q  216 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  20780651 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcgcaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaatg 20780552  T
Q  316 agatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctgga 415  Q
    |||||   ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| || | ||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||  || ||||    
T  20780551 agattgagttttgtagtttacaaactctagaactaacttctttagaaaggctctctcgattttgctcatgctcatgcaccatcatgtttccgttgttgga 20780452  T
Q  416 agttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  20780451 agttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 20780412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 38 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 20771035 - 20770618
Alignment:
Q  38 caagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 137  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20771035 caagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 20770936  T
Q  138 gttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20770935 gttccatcttctgtttcctttagttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 20770836  T
Q  238 tcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttaca 337  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||    
T  20770835 tcaaactcgcaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaatgagattgagttttgtagtttaca 20770736  T
Q  338 aactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgt 437  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||| || | ||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||  || ||||||||||||||||| || |||||    
T  20770735 aactctagaactaacttctttagaaaggctctctcgattttgctcatgctcatgcaccatcatgtttccgttgttggaagttgtagttgtcaaagaatgt 20770636  T
Q  438 cctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||| |||||||||||||    
T  20770635 cctcgaatggaacttttt 20770618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 41 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 20849028 - 20848759
Alignment:
Q  41 gcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggtt 140  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||   ||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  20849028 gcttcaatgtatatgcaaagaaggagttcaaattgacccagttctacattttgttaaaagcattcgggttcatcagtgttccagtctgataatgttagtt 20848929  T
Q  141 ccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtca 240  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20848928 ccatcctctgttacctttagttacatgaccaatttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtca 20848829  T
Q  241 aactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20848828 aactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagac 20848759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 38 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 20778193 - 20777986
Alignment:
Q  38 caagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 137  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20778193 caagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 20778094  T
Q  138 gttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20778093 gttccatcttctgtttcctttagttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaaattgataacacactcaacagcaaagagtcttg 20777994  T
Q  238 tcaaactc 245  Q
    ||||||||    
T  20777993 tcaaactc 20777986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 41 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 20840934 - 20840702
Alignment:
Q  41 gcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggtt 140  Q
    |||| ||| |||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| || ||||||||   ||| |||||||||||||||||| |||||| |||    
T  20840934 gcttcaatgtatatgcaaagaaggagttcaaattaacccagttctacattttgttaaaagcattcgggttcatcagtgttccagtctgataatgttagtt 20840835  T
Q  141 ccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtca 240  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||| ||| ||||    
T  20840834 ccatcctctgttacctttagttacatgacctatttggaggttacaaactacaatgggttgaaaaatttgatatcatactcgacagcaaagattctcgtca 20840735  T
Q  241 aactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaatt 273  Q
    || | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  20840734 aattgacaacaatgaagattaaaatgtgtaatt 20840702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 269 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 20838739 - 20838553
Alignment:
Q  269 taattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagacta 368  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |     
T  20838739 taattgccttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaagagagattgcattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaagtatc 20838640  T
Q  369 tgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||||  |||||||| ||||| ||||| || ||||||||  |||||||||||||    
T  20838639 tgtcgatttttctcatgcccatgcccaattgagtttcctttgctggaaattgtaattgtcaaagaatgtcctagaatggaacttttt 20838553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 12 - 455
Target Start/End: Original strand, 21817448 - 21817891
Alignment:
Q  12 agagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgttt 111  Q
    ||||||||| |||||||| | |||   ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||| ||| ||||||    
T  21817448 agagagttgaaattatggtacctggctaagcttcgatatatatgcaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagaattgatgttt 21817547  T
Q  112 atcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgat 211  Q
    | || ||||||||||||| || ||||||||| || || ||| |||||||||| |||||| ||||| ||||| || |||||||||||| || |||||||||    
T  21817548 accaatgttccagtctgataaagttggttccgtcctcggttacctttagttacatgacctatttggaggtatcatactgcaatgggtcgaaaaatttgat 21817647  T
Q  212 aacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagaca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21817648 aacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcagaacaatgaagattcaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagaca 21817747  T
Q  312 aacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21817748 aacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgc 21817847  T
Q  412 tggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  21817848 tggaagttgtagttgtcaaaaaatgtcctcaaatggaacatttt 21817891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 16 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 22273068 - 22272629
Alignment:
Q  16 agttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatca 115  Q
    ||||| ||||| |||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22273068 agttgaaattacggcacctgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatggatccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatca 22272969  T
Q  116 gtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  22272968 gtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgttaccttttgttatatgacctttttggaggtaacaaactgcaatgggttgaataatttgataaca 22272869  T
Q  216 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22272868 cactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcataacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaatggtaaagaagatgagacaaacg 22272769  T
Q  316 agatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctgga 415  Q
    |||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||  |||||||    
T  22272768 agattgagttttgtagtttacaaactctagaactaatttctttagaaaggctctctcgattttgctcatgctcatgcaccatcatgtttccgttgctgga 22272669  T
Q  416 agttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  22272668 agttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 22272629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 17 - 455
Target Start/End: Original strand, 48773 - 49211
Alignment:
Q  17 gttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcag 116  Q
    ||||||||| ||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48773 gttggaattgtggcaactgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatggaccccgttctacagtttcttgaaagcattgatgtttctcag 48872  T
Q  117 tgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48873 tgttccagtctgacaaagttggttccatcctctgttagctttagttatttgacctatttggaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacac 48972  T
Q  217 actcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacga 316  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  48973 actcaacagccacgagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattgacttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagataaatga 49072  T
Q  317 gatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaa 416  Q
     |||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  49073 tattgtattttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaagtttccgttgctggaa 49172  T
Q  417 gttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||    
T  49173 gttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatgaaacttttt 49211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 23 - 455
Target Start/End: Original strand, 43184 - 43616
Alignment:
Q  23 attatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttcc 122  Q
    ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||| ||||| ||| | ||| ||||||    
T  43184 attatggcacctgaccaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatcgacccagttctacaattacttgaaaccatttgtgtgtctcaatgttcc 43283  T
Q  123 agtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaa 222  Q
    ||| ||| || |||||||||||| || ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  43284 agtatgataaagttggttccatcctcagtcacctttagttacatgacctatttgaaggtaacatactgcaatgggttgatcaatttaatatcacattcaa 43383  T
Q  223 cagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttc 322  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||    
T  43384 cagcgaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagataagataaacgagatatc 43483  T
Q  323 attttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgta 422  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| || || || | |||||||||||||  ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||    
T  43484 attttgcagtttacaatatctagaactaatttctttacagaggctctgccaattttgctcatgcccatgccccatcatgtttccgttgctggaagttgta 43583  T
Q  423 gttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  43584 gttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 43616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 23 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 31879 - 31447
Alignment:
Q  23 attatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttcc 122  Q
    ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||| ||||| ||||||    
T  31879 attatggcacctgaccaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatggacccagttctacaattacttgaaaccatttgtgtgtatcaatgttcc 31780  T
Q  123 agtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaa 222  Q
    ||| ||| || |||||||||||| || ||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  31779 agtatgataaagttggttccatcctcagtcacctttagttacatgaccgatttggaggtaacaaactgcaatgggttgatcaatttaatatcacattcaa 31680  T
Q  223 cagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttc 322  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||      
T  31679 cagcgaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagacaaatgagattgt 31580  T
Q  323 attttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgta 422  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  31579 attttgcagtttacaaactctagaactaatttctttacaaaggctatgtcgattttgttcatgcccatgccccattaagtttccgttgctggaagttgta 31480  T
Q  423 gttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||  || ||||||||| |||||||||||||    
T  31479 gttgttaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 31447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Original strand, 121132 - 121572
Alignment:
Q  11 cagagagttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtt 110  Q
    |||||||||| |||||||| | |||   ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||| ||| |||||    
T  121132 cagagagttgaaattatggtacctggctaagcttcgatatatatgcaaagaaggatttcaaatggatccttttctgcattttcttgaaagaattgatgtt 121231  T
Q  111 tatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttga 210  Q
    || |  ||||||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  121232 taccgatgttccagtctgataaagttggttccatcctctgttacctttagttacatgacctatttgaaggtatcatactgcaatgggttgataaatttga 121331  T
Q  211 taacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagac 310  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  121332 tgacacactcaacaacaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgagac 121431  T
Q  311 aaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatg 410  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||  ||    
T  121432 aaacgagatatcattttgcaatttacaaactttagaactaatttctttaccaagactcagtcgattttgctcatgcccatgcccaattaagtttccattg 121531  T
Q  411 ctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaact 451  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||    
T  121532 ctggaagttgtagttatcaaagaatgtcctcaaatggaact 121572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 38054245 - 38053806
Alignment:
Q  16 agttggaattatggcagctgcacaagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttat-gtttatc 114  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||| ||| || |||| |     
T  38054245 agttggacttatggcacctgagcaagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcagatggaccccgttttacattttcttgaaag-attaattgtttcta 38054147  T
Q  115 agtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataac 214  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38054146 agtgttccagtctgacaaagttggttccatcctctgttaccttcagttacatgacctatttagaggtaacaaactgcaatgggttgaaaaatttgataac 38054047  T
Q  215 acactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaac 314  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  38054046 acactcaacagcaaagagctttatcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggtaaagaagatgggacaaac 38053947  T
Q  315 gagatttcattttgcagtttacaaactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctgg 414  Q
    |||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||    
T  38053946 gagattgcattttgcagtttacaatatctagaactaatttctttacaaaggctttgtcgattttgctcatgcccatgccccattaagtttccgttgctgg 38053847  T
Q  415 aagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  38053846 aagttgtagttgtcaaagaatgtcctcgaatggaacttttt 38053806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 51 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 38051991 - 38051590
Alignment:
Q  51 atatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttggttccatcttctg 150  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | || |    
T  38051991 atatgcaaagaaggttttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaaatttggttccaccctcag 38051892  T
Q  151 tttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgtcaaactcacaac 250  Q
    || ||||||||||  ||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38051891 ttacctttagttacgtgacctatttggaggtaacaaattgccatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttgccaaactcacaac 38051792  T
Q  251 aatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttacaaactctaaaacta 350  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  38051791 aatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatatagtgaacggta---aagatgagacaaacgggattgtattttgcagtttacaaactctagaacta 38051695  T
Q  351 atttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgtcctcaaatggaac 450  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||  || || ||||||||| ||||||||    
T  38051694 atttctttacaaagactcagtcgattttgctcatgcccatgccccattatgttcccgttgctggaagttgtagtcatcaaagaatgtcctcgaatggaac 38051595  T
Q  451 ttttt 455  Q
    |||||    
T  38051594 ttttt 38051590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 38 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 30702081 - 30701665
Alignment:
Q  38 caagcttaaatatatatgtaaagaaggatttcaaatggacccagttctacagtttcttgaaagcatttatgtttatcagtgttccagtctgacaatgttg 137  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||  ||   ||||| ||||||||||||||| | || ||||    
T  30702081 caagcttcaatgtatatgcaaagaaggatttcaaatagaccccattctagagtttcttgaaaaaataactgtttctcagtgttccagtctaataaagttg 30701982  T
Q  138 gttccatcttctgtttcctttagttatatgaccgatttgaaggtaacaaactgcaatgggttgataaatttgataacacactcaacagcaaagagtcttg 237  Q
    ||||| || | |||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  30701981 gttccgtcctttgttgccttttgttacatgacctatttggaggtaacaaactgcaatgagttgaaaaaattgataacacacccaacggcaaagagtcttg 30701882  T
Q  238 tcaaactcacaacaatgacgattaaaatgtgtaattggcttgaggatattgtgaacggtaaagaagatgagacaaacgagatttcattttgcagtttaca 337  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  30701881 tcaaactcacaacaatgaagattaaaatgtgtaattggcttgaggatgtagtgaacagtaaagaagacgagacaaacgagattgcattttggagtttaaa 30701782  T
Q  338 aactctaaaactaatttctttacaaagactatgtcgattttgctcatgcttatgccccattaagtttcccatgctggaagttgtagttgtcgaaaaatgt 437  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| || |||||    
T  30701781 atatctagaactaatttctttacaaaggctctgtcgattttgc-cttgccgatgccccattatgtttccctttctggaagttgtagttgtcaaagaatgt 30701683  T
Q  438 cctcaaatggaacttttt 455  Q
    |||| |||||||||||||    
T  30701682 cctcgaatggaacttttt 30701665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University