View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11093_low_15 (Length: 432)

Name: NF11093_low_15
Description: NF11093
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11093_low_15
NF11093_low_15
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (6-416)||(28699147-28699557)
chr2 (6-227)||(28734836-28735057)
chr2 (1-226)||(28741970-28742195)
chr2 (256-401)||(28734700-28734842)
chr2 (264-341)||(28718009-28718083)
chr2 (90-213)||(28782803-28782926)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (26-221)||(2029802-2029997)
chr8 (26-221)||(2051935-2052130)
chr8 (26-203)||(2058996-2059173)
chr8 (80-221)||(10769503-10769644)
chr8 (26-221)||(1948036-1948231)
chr8 (26-168)||(2055792-2055934)
chr8 (80-169)||(2034774-2034863)
chr8 (80-169)||(2048095-2048184)
chr8 (80-221)||(2038852-2038993)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (87-145)||(48904892-48904950)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 28699557 - 28699147
Alignment:
Q  6 agagtactggcaaatgacaatggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaat 105  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28699557 agagtactggcaaatggcattggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggtcttagagcacataaaaagctttatggacctataacagaat 28699458  T
Q  106 tattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggtacttctgttcttca 205  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||| | |||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28699457 tattatcagaaaacaaccctcccagatacaaagaaaccactgttgctgattttatagcctacgtgtatgcaaaagggcttgatggcacttctgttcttca 28699358  T
Q  206 acatttcaagctttgagttggataatttggattgagctggtttatttagtagttgggaaataataacaattttcaatatgattgtagatcttaattatct 305  Q
    | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28699357 agacttcaagctttgagttggataatgtggattgagctggtttatttagtagttgggaaataataacaattttcaatatgattgtagatcttaattatct 28699258  T
Q  306 tggacttgaaatttttgctatgcttatgtcttgcaaataatacattgccaaggagatgcctatttctaacgtttgcttggttttggtttcaaaacaacgt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28699257 tggacttgaaatttttgctatgcttatgtcttgcaaataatacattgccaaggagatgcctatttctaacgtttgcttggttttggtttcaaaacaacgt 28699158  T
Q  406 catgtgtggtg 416  Q
    |||||||||||    
T  28699157 catgtgtggtg 28699147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 6 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28735057 - 28734836
Alignment:
Q  6 agagtactggcaaatgacaatggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaat 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28735057 agagtactggcaaatgacattggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaat 28734958  T
Q  106 tattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggtacttctgttcttca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28734957 tattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggcacttctgttcttca 28734858  T
Q  206 acatttcaagctttgagttgga 227  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  28734857 acatttcaagctttgagttgga 28734836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 28742195 - 28741970
Alignment:
Q  1 agcagagagtactggcaaatgacaatggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataac 100  Q
    |||| |||||||| ||||||   | |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||     
T  28742195 agcacagagtactagcaaatactattggtccaagagtatctgttgcatcttttttcagggcaggtcctagagcacaagaaaagctctatggacctataaa 28742096  T
Q  101 agaattattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggtacttctgtt 200  Q
    |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||||    |||||||||||||||||| |  || | |    
T  28742095 agaaattttatcagaagacaaccctccaagatatagagaaaccacttttacagattttgtagcctactacaatgcaaaagggcttgatggcatctcagct 28741996  T
Q  201 cttcaacatttcaagctttgagttgg 226  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  28741995 cttgaacatttcaagctttgagttgg 28741970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 256 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 28734842 - 28734700
Alignment:
Q  256 agttgggaaataataacaattttcaatatgattgtagatcttaattatcttggacttgaaatttttgctatgcttatgtcttgcaaataatacattgcca 355  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  28734842 agttggaaaataataacaattttcaatatgattgtagagcaaaattatct-ggacttggaatttttgctatgcttatgtcttcaaaataatacattgcca 28734744  T
Q  356 aggagatgcctatttctaacgtttgcttggttttggtttcaaaaca 401  Q
    || ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  28734743 agtagatgcctatttctaacgtttgct--gttttgatttcaaaaca 28734700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 264 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 28718083 - 28718009
Alignment:
Q  264 aataataacaattttcaatatgattgtagatcttaattatcttggacttgaaatttttgctatgcttatgtcttgcaa 341  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||||| || |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  28718083 aataataccatttttcaatttgattgtaggtcataatt---ttggacttgaaatttgtgctatgcttatgtgttgcaa 28718009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 28782926 - 28782803
Alignment:
Q  90 ggacctataacagaattattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatg 189  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| | |||||  ||  || | || |||||||||||||    | |||||||| ||||||    
T  28782926 ggacctataaaagaatttttatcagaagacaatcctcccaaatacaaagaaataactatttcagaatatgtagcctactacaatacaaaagggattgatg 28782827  T
Q  190 gtacttctgttcttcaacatttca 213  Q
    | |  |||| ||||||||||||||    
T  28782826 ggatctctgctcttcaacatttca 28782803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 221
Target Start/End: Original strand, 2029802 - 2029997
Alignment:
Q  26 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||  ||     |||||| ||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||| |||    
T  2029802 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttctccacaggccttaggccatcgtcaaagctctatggacctatgaaggaactattatcagaaaacaatcct 2029901  T
Q  126 cccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggtacttctgttcttcaacatttcaagctttga 221  Q
    |||| ||| |||||||||||  ||||||||| || |||||||||   ||||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||| |||| |||||    
T  2029902 cccaaatacagagaaaccacagttgctgattttgcagcctactttaatgcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttga 2029997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 221
Target Start/End: Original strand, 2051935 - 2052130
Alignment:
Q  26 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccct 125  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    ||| ||||| ||||  |  |||||| ||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||| |||    
T  2051935 tggtccaagaatatccgttgcatgctttttctccacagcacttaaagcatcttcaaagctctatggacctatgaaggaactgctatcagaagacaatcct 2052034  T
Q  126 cccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggtacttctgttcttcaacatttcaagctttga 221  Q
    |||| ||| ||||||||  |  ||||||||||||||||||||||  | |||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||| |||| |||||    
T  2052035 cccaaatacagagaaacttctgttgctgattatgtagcctactttcgagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttga 2052130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 26 - 203
Target Start/End: Original strand, 2058996 - 2059173
Alignment:
Q  26 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| | ||||  |  ||| || |||||||| || |  ||| |||||||||||||||| |||    
T  2058996 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttctccacaggactcaaagcatcttcaaaactctatggaccaatgaaggaactattatcagaagacaatcct 2059095  T
Q  126 cccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggtacttctgttctt 203  Q
    |||| ||| ||||||||  |  |||||||||||||||||| |||  | |||||| | || ||||||||||||| ||||    
T  2059096 cccaaatacagagaaacttctgttgctgattatgtagcctgctttcgagcaaaaagactagatggtacttctgctctt 2059173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 80 - 221
Target Start/End: Original strand, 10769503 - 10769644
Alignment:
Q  80 aaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaa 179  Q
    |||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||| ||    ||||||    
T  10769503 aaagctctatggacctataaaggaactattatcagaagacaatcctcccatatacagagaaacctcagttgctgactatgtagcctattttgaagcaaaa 10769602  T
Q  180 gggcttgatggtacttctgttcttcaacatttcaagctttga 221  Q
    || || ||||||||||||| ||||  ||||| |||| |||||    
T  10769603 ggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttga 10769644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 1948231 - 1948036
Alignment:
Q  26 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccct 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||     |||| |||||  ||     |||||| ||||||||||| |  ||| ||||||||||| | || |||    
T  1948231 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttttcaacaggtcttaggccatcgtcaaagctctatggacctatgaaggaactattatcagaaaagaatcct 1948132  T
Q  126 cccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgtgcaaaagggcttgatggtacttctgttcttcaacatttcaagctttga 221  Q
     ||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    |||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||| |||| |||||    
T  1948131 tccaaatatagagaaaccacagttgctgattatgcagcctactttaaagcaaaaggactagatggtacttctgctcttacacattacaagatttga 1948036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 168
Target Start/End: Original strand, 2055792 - 2055934
Alignment:
Q  26 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttcaaggcaggacttagagcacatgaaaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||| ||||     |||||| |||||||| || |  ||| | |||||||||||||| |||    
T  2055792 tggtccaagaatatctgttgcatgctttttctcgacgggacttaaagcatcctcaaagctctatggaccaatgaaggaactgttatcagaagacaatcct 2055891  T
Q  126 cccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctact 168  Q
    || | ||| | |||||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  2055892 cctaaatacaaagaaactactgttgctgattatgtagcctact 2055934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 169
Target Start/End: Original strand, 2034774 - 2034863
Alignment:
Q  80 aaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctactt 169  Q
    |||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||| || ||||||||||||| |||||    
T  2034774 aaagctctatggacctataaaggaactattatcagaagacaatcctcctaaatacagagaaacaacggtttctgattatgtagcttactt 2034863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 169
Target Start/End: Original strand, 2048095 - 2048184
Alignment:
Q  80 aaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctactt 169  Q
    |||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||  |||| || |||||| |||||||    
T  2048095 aaagctctatggacctatgaaagaactattatcagaagacaatcctcctaaatacagagaaaccacagttgcagactatgtaacctactt 2048184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 80 - 221
Target Start/End: Original strand, 2038852 - 2038993
Alignment:
Q  80 aaagctttatggacctataacagaattattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccacgtttgctgattatgtagcctacttatgt-gcaaa 178  Q
    |||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||  ||||||| ||| |||| ||||| ||| | |||    
T  2038852 aaagctctatggaccaataaaggatctattatcagaagacaatcctcctaaatacagagaaaccacagttgctgactatctagcgtactt-tgtagaaaa 2038950  T
Q  179 agggcttgatggtacttctgttcttcaacatttcaagctttga 221  Q
    |||  | ||||||||||||| ||||  ||||| |||| |||||    
T  2038951 aggattagatggtacttctgctcttacacattacaagatttga 2038993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 87 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48904950 - 48904892
Alignment:
Q  87 tatggacctataacagaattattatcagaagacaaccctcccagatatagagaaaccac 145  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  48904950 tatggacctataaaggaactattatctgaagacaatcctcccaaatacagagaaaccac 48904892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University