View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11093_low_3 (Length: 760)

Name: NF11093_low_3
Description: NF11093
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11093_low_3
NF11093_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (23-747)||(10605772-10606499)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 10606499 - 10605772
Alignment:
Q  23 tcacattgatcaataattcaaaacatgtttatgcatatgttaaacttataannnnnnn-ggtgaacc-actattttggtccctgcaagtttaatgtgttg 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10606499 tcacattgatcaataattcaaaacatgtttatgcatatgttaaacttataattttttttggtgaacccactattttggtccctgcaagtgtaatgtgttg 10606400  T
Q  121 tttcaatggtcctaagacaaacctaaatgaaatctccattaattcttcactccgttgcctgacattaatccagggtgttaactcaatggaaaatactgat 220  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10606399 tctcaatggtcctaagacaaacctaaatgaaatctccattaattcttcacttcgttgcctgacattaatccagggtgttaactcaatggaaaatactgat 10606300  T
Q  221 gtggctgcagagaagggcaagtagcatgctgatgtgttttgagaaaccaatttgcagacaacataatttcctcctcttaagaaccgcaagtctgaaaaaa 320  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10606299 gtggctgcagagaagggctagtagcatgctgacgtgttttgagaaaccaatttgcagacaacataatttcctcctcttaagaaccgcaagtctgaaaaaa 10606200  T
Q  321 cataaaccctaatttcttcttggattcacattcttgttgcctctctacctcgattctttgtttgtagaaaacgattatctccgtgttaggattcattata 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10606199 cataaaccctaatttcttcttggattcacattcttgttgcctctctacctcgattctttgtttgtagaaaacgataatctccgtgttaggattcattata 10606100  T
Q  421 attaatactatcttggtgttctgattcatgcataaaacgatgtagttaatatcaaaatagtgaagtgaaatcagcaatgaacaatggatcctttagcttg 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10606099 attaatactatcttggtgttctgattcatgcataaaacgatgtagttaatatcaaaataacgaagtgaaatcagcaatgaacaatggatcctttagcttg 10606000  T
Q  521 ttgtcaaaaaagaacaagagagacttataaagaaagttatcgagcatgaatatcgacatgggaacatatggatacccaaagtcaaagaatggatagaagg 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10605999 ttgtcaaaaaagaacaagagagacttataaagaaagttatcgagcatgaatatcgacatgggaacatatggatacccaaagtcaaagaatggatagaagg 10605900  T
Q  621 atggagttaatgatatataatttccgaatacagaaagtttaatgaggactaaaatcaaacactgtcgtgcttaag-tttgtttactaaccaaacactaca 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||| ||    
T  10605899 atggagttaatgatatataatttccgaatacagaaagtttaatgaggactaaaaccaaacactgtcgtgcttaagttttttttacaaaacaaacactgca 10605800  T
Q  720 agagcaactttcaaatcaactggccttc 747  Q
    ||||  | |||||| |||||||||||||    
T  10605799 agagtgattttcaattcaactggccttc 10605772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University