View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11095_low_15 (Length: 457)

Name: NF11095_low_15
Description: NF11095
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11095_low_15
NF11095_low_15
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (15-451)||(2952153-2952589)
chr6 (15-451)||(2937680-2938113)
chr6 (15-451)||(2934819-2935252)
chr6 (15-451)||(2927380-2927813)
chr6 (15-451)||(3003209-3003642)
chr6 (15-451)||(2929529-2929962)
chr6 (15-451)||(2996798-2997231)
chr6 (19-451)||(2974231-2974660)
chr6 (19-451)||(2983087-2983519)
chr6 (15-342)||(2964729-2965053)
chr6 (35-286)||(2658575-2658823)
chr6 (96-369)||(2979192-2979450)
chr6 (15-99)||(2978466-2978550)
chr6 (362-451)||(2965091-2965180)
chr6 (374-451)||(2658398-2658475)
chr6 (15-87)||(2954561-2954633)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (15-451)||(34667-35100)
scaffold0024 (15-237)||(44567-44789)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-451)||(3339245-3339678)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (15-442)||(49613656-49614080)
chr3 (15-442)||(49618644-49619055)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Original strand, 2952153 - 2952589
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952153 tacttgacttgaggttttcggaaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagca 2952252  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  2952253 gtgtcattaccctgaggagtcatatattgctgattatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggat 2952352  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  2952353 atactagataatatgcttggagaaagtagtgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattct 2952452  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     |||| |  |||||||  ||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952453 ctattattggcaaagaaataaatgcattttgtagtaatccttggaataagttgaaagccactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 2952552  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||||||| |||||||| |||| |||  |||||||    
T  2952553 tgcttccattgctggaatcgtactccttgctctcact 2952589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Original strand, 2937680 - 2938113
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  2937680 tacttgacttgagattttcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagca 2937779  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    |||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||  |||| || |||||||||| ||||  ||    
T  2937780 gtgtcattaccctcatgagtcatatattgctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaa 2937879  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||||||| |||  ||| ||||| |||   ||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||    
T  2937880 atactggaaaattggcttggagacagt---gattctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattct 2937976  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2937977 ctattctttgcaaagaattaaatgctttctgcagtaatccttggcataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 2938076  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  2938077 tgcttccattgctggaatcttactacttattctcact 2938113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Original strand, 2934819 - 2935252
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||  ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2934819 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagca 2934918  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    |||||||||||||   ||  |||||||  |||||||||||| | |  |||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||| |||    
T  2934919 gtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgttgctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaa 2935018  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||||| |||||||||| |  || |||   |||||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||  | | |||||||||||||||||| |||    
T  2935019 atactgcataatatgcttgcggatagt---gattctgtggctaacttgtttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttct 2935115  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2935116 ctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgc 2935215  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  2935216 tgcttccattgctggaatcttactactttttctcact 2935252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Original strand, 2927380 - 2927813
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2927380 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagca 2927479  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    |||||||||||||   ||  |||||||| ||||||||  |  | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  || ||||    
T  2927480 gtgtcattaccctgatgattcatatattactgattatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaa 2927579  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||||||| |||||||| |||||  |   ||||||||||||||||  |||||||||| || | |||||||||  |  |||||  |||||||||||  |||    
T  2927580 atactggaaaatatgcttggagacgg---tgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattct 2927676  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     |||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||   |  ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2927677 ctattctttgcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccacgacataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgc 2927776  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||  |||||||    
T  2927777 tgcttccattgcgggaatcttactacttgttctcact 2927813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 3003642 - 3003209
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003642 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattattagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagca 3003543  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    |||||||||||||   ||  |||||||| | ||||||  |  | ||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||  ||  |||    
T  3003542 gtgtcattaccctgatgattcatatattaccgattatcgttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaa 3003443  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||||||||  |||||||||| || ||||| || || ||  |||||  |||||||||||  |||    
T  3003442 atactggaaaatatgcttggagacagt---gattctgtggctaacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattct 3003346  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     ||||||  ||||||||||||||||||  ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  3003345 ctattcttggcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccatggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccctggcaaactgc 3003246  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||    
T  3003245 tgcttccattgctggaatcttactccttgctctcact 3003209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Original strand, 2929529 - 2929962
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||  |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2929529 tacttgacttaaggttttcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagca 2929628  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    || ||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||||  | || ||||||   |||||||||||||||  || |  ||||||||| ||  ||| |||    
T  2929629 gtttcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgttactattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaa 2929728  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||||||| |||  | | ||||| |   || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||| ||||| |||    
T  2929729 atactggaaaattggtttggagaca---atcattctgtggctaacatgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttct 2929825  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||||||||    
T  2929826 ctattctatgcaaagacttaaatgctttttgttagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgaagtactccttggcaaactgc 2929925  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||    
T  2929926 tgcttccattgctggattcttactactttttctcact 2929962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2997231 - 2996798
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||  |||  ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2997231 tacttgacttgaggttttcgggagaagttcttgaaattccttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagca 2997132  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    || ||||||| |||   ||  ||||||| |||||||||||  | ||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||   || |||    
T  2997131 gtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaa 2997032  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||||||| |||  ||| ||||| |||   |||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||| || | ||||||||||||||  |||    
T  2997031 atactggaaaattggcttggagacagt---gattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattct 2996935  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     |||||| ||||| |||||||||||||| ||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  2996934 ctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgc 2996835  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    ||||||| || |||||||  ||||||||  |||||||    
T  2996834 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcact 2996798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 451
Target Start/End: Original strand, 2974231 - 2974660
Alignment:
Q  19 tgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagcagtgt 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974231 tgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgt 2974330  T
Q  119 cattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaaatac 218  Q
    |||||||||    || ||||||||  |||||||  | || ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||   | ||||    
T  2974331 cattacccttatcagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatac 2974430  T
Q  219 tggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtctttat 318  Q
    || | |||  ||| ||||| ||   ||||||||| |||| |   ||||||||| || |  ||||| ||  | |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  2974431 tgcaaaattggcttggagacag---tgattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctat 2974527  T
Q  319 tctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgct 418  Q
    ||| |||||||| || |||||||  ||||  |||| |||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  2974528 tctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataggttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgct 2974627  T
Q  419 tccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||| ||||||| || ||||||  |||||||    
T  2974628 tccattgctggaatttttctacttgttctcact 2974660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 451
Target Start/End: Original strand, 2983087 - 2983519
Alignment:
Q  19 tgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagac---cgaaattttatttcggaatatggttgctttggagcag 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||| |||   ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  2983087 tgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcat 2983186  T
Q  116 tgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaaa 215  Q
    ||||||||||||   ||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||  |||| |||    
T  2983187 tgtcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaa 2983286  T
Q  216 tactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtctt 315  Q
    |||| || ||  |||| |||||  || |    ||| |||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  |||||| |||| || |    
T  2983287 tactagaaaacttgcttggagacggtcaa---tctatggctatcttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgt 2983383  T
Q  316 tattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgct 415  Q
     | ||| | ||| || ||  ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  2983384 aagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcctaggaataagttgaaggccactctcaggcgtgattatggcaatactccttggaaaattgct 2983483  T
Q  416 gcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||  |||||||    
T  2983484 gcttccgttgctggagtcttactacttgttctcact 2983519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 342
Target Start/End: Original strand, 2964729 - 2965053
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  2964729 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagca 2964828  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    ||||| |||||||   ||| |||||||| |||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||  |||  ||    
T  2964829 gtgtcgttacccttatgagtcatatattactgactatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaa 2964928  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||||||| |||||||| |||||   || ||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||||  |||  |||    
T  2964929 atactggaaaatatgcttggaga---tagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattct 2965025  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgcttt 342  Q
     |||||| |||||||| || ||||||||    
T  2965026 ctattctttgcaaagatttgaatgcttt 2965053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 2658823 - 2658575
Alignment:
Q  35 ggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctatggaga 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||  ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||     
T  2658823 ggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattacccttatgagt 2658724  T
Q  135 catatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaaatactggataatatgctggg 234  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||   ||  |||||||||| |||  ||| ||    
T  2658723 catatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggcttgg 2658624  T
Q  235 agaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgtt 286  Q
    ||| ||   ||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||    
T  2658623 agacag---tgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgtt 2658575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 96 - 369
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979450
Alignment:
Q  96 atatggttgctttggagcagtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtgga 195  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||   | || |||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatgttg---tcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  196 tatacttgttgggaaggaaatactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattct 295  Q
    |||||||||| |||   |||||||||| ||| |||| ||||| ||   | ||||||  |||||   |||||||| | ||||| |||||||         |    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacag---tcattctgctgctaaattgtttaatgatctttgcgaaaatgt---------t 2979376  T
Q  296 aatatcagttctcatgtctttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaa 369  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| ||| | || ||||| |||| || |||||||    
T  2979377 aatatcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagttgaa 2979450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 99
Target Start/End: Original strand, 2978466 - 2978550
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatat 99  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||| |||||| ||||    
T  2978466 tacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 451
Target Start/End: Original strand, 2965091 - 2965180
Alignment:
Q  362 aagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    ||||||||| | ||||||| |||||||||  |||  |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||    
T  2965091 aagttgaagtccactctgatgcgtgattactgcagtactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaatcttactacttgttctcact 2965180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 374 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2658475 - 2658398
Alignment:
Q  374 actctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||| || ||| ||||||| || |||||||||||||||||  |||||||    
T  2658475 actctgaggcgtgattattgcagtactccttggaaagctggtgcttcctttgctggaatcttactacttattctcact 2658398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 87
Target Start/End: Original strand, 2954561 - 2954633
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaatttt 87  Q
    |||||||||| ||||||||   | ||||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| |||||    
T  2954561 tacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaagagttgatgatcagaccgatatttt 2954633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 35100 - 34667
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||  ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35100 tacttgacttggggttttcggaaggagtgcttgaaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagca 35001  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    |||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||| |||    
T  35000 gtgtcattacccttatgagtcatatattactgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaa 34901  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    ||||||  |||| |||| ||||| |||   |||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||    
T  34900 atactgactaatttgcttggagacagt---gattctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttct 34804  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     |||||| |||||| |||||||||| || |||| ||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34803 ctattctttgcaaaaacttaaatgcattttgtagtaatccttggaataggttgaaggcttctctcaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 34704  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||||  |||||||    
T  34703 tgcttccgttgctggaattttactacttgttctcact 34667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 44789 - 44567
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    ||||||| || |||||||| | | |||||||||||||||||||||||| || |   |||||  | |||||||| ||| | |||||||||||| ||||| |    
T  44789 tacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatatggttgctatggagta 44690  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    || |||||||||||  ||  ||||||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||  ||||||| |||| |||   ||    
T  44689 gtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatatacatgttcggagcaaa 44590  T
Q  215 atactggataatatgctgggaga 237  Q
    |||||||| ||| |||| |||||    
T  44589 atactggaaaatttgcttggaga 44567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 451
Target Start/End: Original strand, 3339245 - 3339678
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3339245 tacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagca 3339344  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
    |||||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  ||  |||    
T  3339345 gtgtcattaccctgatgagtcatatattattgattatgttgcttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaa 3339444  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    ||||| || |||  ||| | ||| ||   |||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||| |  |||||| | | ||||||||| ||     
T  3339445 atactagaaaattggcttgcagacag---tgattctgtggctaaattgtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttcc 3339541  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     || |||  ||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  3339542 ctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatccttggcataggttgaaggccactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcaaactgc 3339641  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactacttcatctcact 451  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||  |||||||    
T  3339642 tgcttccattgctggaattgtactacttgttctcact 3339678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 442
Target Start/End: Original strand, 49613656 - 49614080
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    ||||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49613656 tacttgatttgaggttttcaggacgggttcttgaaattcctcaattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagca 49613755  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
     ||||| |||||||  ||| | || ||| | |||||||||| | ||||||||| | |||| |||||||| |  ||||||||||||||||||  |||| ||    
T  49613756 atgtcactaccctagtgagtcctacattacggattatgttgctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaa 49613855  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||||||  |||  ||| || ||   || ||||||||||||||||  ||||||| || |||| |||||||||  | |||   || ||||||||||   ||    
T  49613856 atactggtgaattggcttgggga---tagtgattctgtggctaacttgtttaatagtctttggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtact 49613952  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     |||||||||  ||||||| |||| ||| ||| || ||| |||| |||  |||||||| ||||| || ||||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  49613953 ctattctatgtgaagacttgaatggtttttgtcatgatccttggcatagattgaaggcgactctcagacgtgattattgcaacagtccttggcaaactgc 49614052  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactactt 442  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  49614053 tgcttccattgctggaattttactactt 49614080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 442
Target Start/End: Original strand, 49618644 - 49619055
Alignment:
Q  15 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 114  Q
    |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||| | ||||| || ||||||| |||||||||||||||           
T  49618644 tacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaattaagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgctt------- 49618735  T
Q  115 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 214  Q
        |||||||||   ||  | ||||||| ||||||| ||  | ||||||||||| |||||||||  ||||  |||| |||||||||||||  ||  | |    
T  49618736 ----cattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgttttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagagga 49618831  T
Q  215 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 314  Q
    |||| |||||||||||| | ||| |||   ||||||||||| |||  || ||||||| |||| |||||||||  | ||   ||| ||||||||||| |||    
T  49618832 atacaggataatatgcttgcagacagt---gattctgtggcaaacttgtataatggtctttggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttct 49618928  T
Q  315 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 414  Q
     | ||||    |||||||| | || ||| |||||||||| |||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  49618929 gtcttcttcctaaagacttga-tggtttttgtaataatccttggcataaactgaaggctactctcaggcgtgattatggcagtactccttggcaaactgc 49619027  T
Q  415 tgcttccattactggaatcttactactt 442  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  49619028 tgcttccattgctggaattttactactt 49619055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University