View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11095_low_2 (Length: 1043)

Name: NF11095_low_2
Description: NF11095
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11095_low_2
NF11095_low_2
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (16-1027)||(39166342-39167353)
chr3 (681-722)||(39168755-39168796)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (456-499)||(37313763-37313806)
chr8 (449-496)||(37407114-37407161)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 955; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 955; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1027
Target Start/End: Complemental strand, 39167353 - 39166342
Alignment:
Q  16 atgaactacgaggtcccagacaaaatctcaatgattggtacaggtatgttggttttatggttgctctataggcaccttattgttcaaaagattgagtgtt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39167353 atgaactacgaggtcccagacaaaatctcaatgattggtacaggtatattggttttatggttgctctataggcaccttattgttcaaaagattgagtgtt 39167254  T
Q  116 attctaaatttgtagaacaatagatgaattaaaacatagtcttcatgggaatgagtgattatattgttttgatcttctgaattataggtacatgccaaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39167253 attctaaatttgtagaacaatagatgaattaaaacatagtcttcatgggaatgagtgattatattgttttgatcttctgaattataggtacatgccaaaa 39167154  T
Q  216 ggagcagaagtcgtgcatgctgcgaatccgaatgttcttgtcattctgtctggcttaaattttgacactgacttatcattcattacaaaccagccagtga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39167153 ggagcagaagtcgtgcatgctgcgaattcgaatgttcttgtcattctgtctggcttaaattttgacactgacttatcattcattacaaaccagccagtga 39167054  T
Q  316 agcttacctttaatgggaaactagtatttgaggagcattggtatagctttagtgacagtcaagcatggacattagagaatccaaaccaagtgtgtggaca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39167053 agcttacctttaatgggaaactagtatttgaggagcattggtatagctttagtgacagtcaagcatggacattagagaatccaaaccaagtgtgtggaca 39166954  T
Q  416 agttacaagtagctttgtgagaaagtcagggttcttgttagaccaaggatggccattgtttgtgagtgagtttggtttggatttaagaggcaaaaatgtg 515  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39166953 agttacaagtagctttgtgagaaattcagggttcttgttagaccaaggatggccattgtttgtgagtgagtttggtttggatttaagaggcaaaaatatg 39166854  T
Q  516 acccaaaacaggttctttaactgcttcatggcagtggcagctgagcttgatttggattgggcctattggacactttctggaagttattatattagacaag 615  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39166853 aaccaaaacaggttctttaactgcttcatggcagtggcagctgagcttgatttggattgggcctattggacactttctggaagttattatattagacaag 39166754  T
Q  616 gggttgttgatgttgatgagacttttggtattctcaatgggaattggagccaagttaggaatacaagtttctttcaaaggatatctgctattcaaatccc 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  39166753 gggttgttgatgttgatgagacttttggtattctcaatgggaattggagccaagttaggaatacaagtttcttacaaaggatatctgctattcaacaccc 39166654  T
Q  716 ttttcaaggtatnnnnnnncaaaagtgatttcatatatttttcttatttcacacctcacctataaagtttgtacgcgtaatgtgggtgcggtacatgctg 815  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39166653 ttttcaaggtataaaaaaacaaaagtgatttcatatatttttcttatttcacacctcacctataaagtttgtacgcgtagtgtgggtgcggtacatgctg 39166554  T
Q  816 atacatgagatttttaaattcatattataataggcctaaatacgaatcttgaagtagaccgtgtacatctccaccgatgcctcacattctttatacaccc 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39166553 atacatgagatttttaaattcatattataataggcctaaatacgaatcttgaagtagaccgtgtacatctccaccgatgcctcacattctttatacaccc 39166454  T
Q  916 ttcatcttttttagaatatgcgtttgtgtggattcgtaaagtcttttttcacatgcagggccaggcttattagaatctgaaccatataaagtgatttttc 1015  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39166453 ttcatcttttttagaatatgcgtttgtgtggattcgtaaagtcttttttcacatgcagggccaggcttattagaatctgaaccatataaagtgatttttc 39166354  T
Q  1016 acccattgagag 1027  Q
    ||||||||||||    
T  39166353 acccattgagag 39166342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 681 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 39168796 - 39168755
Alignment:
Q  681 agtttctttcaaaggatatctgctattcaaatcccttttcaa 722  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  39168796 agtttcttacaaaggatatctgctattcaacttccttttcaa 39168755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 456 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 37313806 - 37313763
Alignment:
Q  456 gaccaaggatggccattgtttgtgagtgagtttggtttggattt 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37313806 gaccaaggatggccattgtttgtgagtgagtttggtgtggattt 37313763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 449 - 496
Target Start/End: Original strand, 37407114 - 37407161
Alignment:
Q  449 cttgttagaccaaggatggccattgtttgtgagtgagtttggtttgga 496  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  37407114 cttggtagaccaaggatggccattgtttgtcagtgagtttggtgtgga 37407161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University