View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11096_high_1 (Length: 663)

Name: NF11096_high_1
Description: NF11096
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11096_high_1
NF11096_high_1
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (322-652)||(38236739-38237069)
chr4 (19-262)||(38237129-38237372)
chr4 (19-262)||(38213225-38213468)
chr4 (19-262)||(38225710-38225953)
chr4 (19-261)||(38252623-38252865)
chr4 (19-237)||(38247616-38247834)
chr4 (19-222)||(38242369-38242572)
chr4 (19-262)||(38219623-38219866)
chr4 (322-442)||(38213037-38213163)
chr4 (387-441)||(38252439-38252493)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (19-261)||(17453538-17453780)
chr6 (62-262)||(17432651-17432851)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (41-154)||(49024-49137)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (41-154)||(21547842-21547955)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (81-231)||(11486477-11486627)
chr2 (80-225)||(11475243-11475388)
chr2 (81-170)||(11480655-11480744)
chr2 (81-152)||(11463351-11463422)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 322 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 38237069 - 38236739
Alignment:
Q  322 gtggagtttcatggatggtgtcaaagtaatatatgattgatcaaagaagaataagtttgacaagtgtaactgatcaattacacttctatctgtattctgc 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38237069 gtggagtttcatggatggtgtcaaagtaatatatgattgatcaaagaagaataagtttgacaagtgtaactgatcaattacacttctatctgtattctgc 38236970  T
Q  422 tagctataggagaaagacaagcttgatgccatttttgtgatatatagtttgtattttttacttattccactcttttttgtatcatatggctatgcaataa 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38236969 tagctataggagaaagacaagcttgatgccatttttgtgatatatagtttgtattttgtacttattccactcttttttgtatcgtatggctatgcaataa 38236870  T
Q  522 gtttgttctactatggagttgcttcattgtaattgtaatgtaaatcgcactttgtttgatattgggagcaagagaattaaagaatcctcgattgaaccat 621  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38236869 gtttgttctactatgtagttgcttcattgtaatcgtaatgtaaatcgcactttgtttgatattgggagcaagagaattaaagaatcctcgattgaaccat 38236770  T
Q  622 gctattgcaacgatgccaaggcgtgtttcat 652  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38236769 gctattgcaacgatgccaaggcgtgtttcat 38236739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 38237372 - 38237129
Alignment:
Q  19 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38237372 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 38237273  T
Q  119 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38237272 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 38237173  T
Q  219 aacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttca 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38237172 aacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttca 38237129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 38213468 - 38213225
Alignment:
Q  19 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38213468 tatatgttcttctataccaagttatggaactggaaatgaagcaggaaatgaggcaaactatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttct 38213369  T
Q  119 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38213368 gtcaagattattgatggtgaaactttgactctagtgtctaactacagcaacagcaaggagcacactggagtaatgggacttttctacttattggtggcag 38213269  T
Q  219 aacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttca 262  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38213268 aacaactcccataccaacacttcagacattctactcgttcttca 38213225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 38225953 - 38225710
Alignment:
Q  19 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38225953 tatatgttcctctataccaagttacggaaatggaaatgaagctgggaatgagacaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttct 38225854  T
Q  119 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 218  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  38225853 gtcaagatagttgatggtgaaactttaactctagtgtctaactacagcagcaccaaggagcacactggagtaatgggacttttctacttgttggtggcag 38225754  T
Q  219 aacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttca 262  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38225753 aacagctcccagatcaacacttcagacattctactcgttcttca 38225710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 38252865 - 38252623
Alignment:
Q  19 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 118  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38252865 tatatgttcttctataccaaattacggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttct 38252766  T
Q  119 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 218  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  38252765 gttaagataattgatggtgaaactttgactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatggggcttttctacatattggtggcag 38252666  T
Q  219 aacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttc 261  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||| || | ||||||||||    
T  38252665 aacagctcccatatcaacaactcagacttttttctcgttcttc 38252623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 38247834 - 38247616
Alignment:
Q  19 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| ||    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38247834 tatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttct 38247735  T
Q  119 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247734 gtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 38247635  T
Q  219 aacagctcccataccaaca 237  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  38247634 aacaactcccataccaaca 38247616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 38242572 - 38242369
Alignment:
Q  19 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 118  Q
    ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  38242572 tatatgttcttccaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagtgggatacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttca 38242473  T
Q  119 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | | || ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38242472 atcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacaatagccaagaacacactggtgtaatgggatttttctacctattggtggcag 38242373  T
Q  219 aaca 222  Q
    ||||    
T  38242372 aaca 38242369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 38219866 - 38219623
Alignment:
Q  19 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 118  Q
    |||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38219866 tatatgctcttcaataccaagatatggaaatggaaacgaagctggaaatgagacaggctacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttct 38219767  T
Q  119 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||  | | | || ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38219766 atcaagattattgatggtgaaactttaactttagtctctatctacaacaatagccaagaacacaatggtgtaatgggacttttctacctattggtggcag 38219667  T
Q  219 aacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttca 262  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38219666 aacaactcccagatcaacacttcagacattctacccgttcttca 38219623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 322 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 38213163 - 38213037
Alignment:
Q  322 gtggagtttcatggatggtgtcaaagtaatatatgattgatcaaagaagaat------aagtttgacaagtgtaactgatcaattacacttctatctgta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||| ||| |||||||||||||  |||||||||||| | ||||    
T  38213163 gtggagtttcatggatggtgtcaaagtaatatatgattgatcaaagaggaataaatacaagattggcaagtgtaactgagaaattacacttctctttgta 38213064  T
Q  416 ttctgctagctataggagaaagacaag 442  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  38213063 ttcagctagctataggagaaaaacaag 38213037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 387 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 38252493 - 38252439
Alignment:
Q  387 gtaactgatcaattacacttctatctgtattctgctagctataggagaaagacaa 441  Q
    ||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  38252493 gtaactgaataattacacttctctgtgtattctgctagatataggagaaaaacaa 38252439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 163; Significance: 1e-86; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 17453780 - 17453538
Alignment:
Q  19 tatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttct 118  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17453780 tatatgttcttctgtaccaagttatggacatggaaatgaagcaggaaatgaggcagggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttct 17453681  T
Q  119 gtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 218  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17453680 gtcaagataattgatggtgaaattttaactcatgaatctaactacaacaacaccaaagagcatactggagtaatgggacttttctacctattggtggcag 17453581  T
Q  219 aacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttc 261  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17453580 aacaactcccataccaacacttcagacattccactcgttcttc 17453538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 62 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 17432851 - 17432651
Alignment:
Q  62 ggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaact 161  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  17432851 ggaaatgaggcagggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataaatgatggtgaaattttaactctagaatctaact 17432752  T
Q  162 acaacagcaccaaggagcacaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacagctcccataccaacacttcagacattctactcgttcttc 261  Q
    ||| || |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  17432751 acaccaacaccaaagaccacactggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaagaacttccataccaacacttcagacattccactagttcttc 17432652  T
Q  262 a 262  Q
    |    
T  17432651 a 17432651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 66; Significance: 8e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 41 - 154
Target Start/End: Original strand, 49024 - 49137
Alignment:
Q  41 tatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaa 140  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||   |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||    
T  49024 tatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaaggatatgttgtaggaatgtccacttgttatcctcaaccaggttctatcaagatatttaatggtgaaa 49123  T
Q  141 ctttaactctagag 154  Q
    ||||||||||||||    
T  49124 ctttaactctagag 49137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 41 - 154
Target Start/End: Original strand, 21547842 - 21547955
Alignment:
Q  41 tatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcgggatacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaa 140  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||   || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||    
T  21547842 tatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaaaaagggtatgttgtaggaatgaccacttgttatcctcaaccaggttctatcaagatacttaatggtgaaa 21547941  T
Q  141 ctttaactctagag 154  Q
    |||||| |||||||    
T  21547942 ctttaattctagag 21547955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 81 - 231
Target Start/End: Original strand, 11486477 - 11486627
Alignment:
Q  81 ttgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcacca-aggagc 179  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||  |||| || | || |    
T  11486477 ttgtaggcatgtcaacatgttaccctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgaaaatttaacattagagactaactacagtagcaacataaga-c 11486575  T
Q  180 acaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacagctcccata 231  Q
    || | ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |||| |||||    
T  11486576 actctggagtaatgggacttttctatttcttggtggcagaaaagctaccata 11486627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 80 - 225
Target Start/End: Original strand, 11475243 - 11475388
Alignment:
Q  80 attgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaaggagc 179  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||  |||| ||     |    
T  11475243 attgtaggaatgtcaacatgttaccctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgagactttaacattagagagtaactacagtagcaacataagtc 11475342  T
Q  180 acaccggagtaatgggacttttctacctattggtggcagaacagct 225  Q
    || | ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  11475343 actctggagtaatgggacttttctatttcttggtggcagaaaagct 11475388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 81 - 170
Target Start/End: Original strand, 11480655 - 11480744
Alignment:
Q  81 ttgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagca 170  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||| |||||    
T  11480655 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctataccaggttctatcaagatatttgatggtgaaattttaactttagaggctaaccacagcagca 11480744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 152
Target Start/End: Original strand, 11463351 - 11463422
Alignment:
Q  81 ttgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctag 152  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| |||||| ||||    
T  11463351 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctaaaccaggttctatcaagttatttgatggtgaaattttaacactag 11463422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University