View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11099_low_1 (Length: 686)

Name: NF11099_low_1
Description: NF11099
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11099_low_1
NF11099_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-667)||(2788171-2788822)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 667
Target Start/End: Original strand, 2788171 - 2788822
Alignment:
Q  13 atgaacatgaagatctttgcaatgtgttcatgatgaattgaatttttccttgttctttggatatgtttgtgtaacactttttccttcaacaattgttttc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788171 atgaacatgaagatctttgcaatgtgttcatgatgaattgaatttttccttgttctttggatatgtttgtgtaacactttttccttcaacaattgttttc 2788270  T
Q  113 aacttgatcatataagtctttttgatttggagagagaaattaggtatagttctggataacaaattgttttgtttggttttaacttttaagattatggtca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788271 aacttgatcatataagtctttttgatttggagagagaaattaggtatagttctggataacaaattgttttgtttggttttaacttttaagattatggtca 2788370  T
Q  213 ccattcatttagcttttaaatgcaaatatagtaaataaaaatttcaaattatgtcttatccgtacaatttgactgattannnnnnnnnnnngaggtgaat 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||    
T  2788371 ccattcatttagcttttaaatgcaaatatagtaaataaaattttcaaattatgtcttatccgtacaatttgactgattatttttcttttttgaggtgaat 2788470  T
Q  313 ttgactgattcttgattgttgcaatatcttgaatgcaacatgtggatgtggtgttatactataaaaagataatgctatattttagcatgtataatataat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| | |  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2788471 ttgactgattcttgattgttgcaatatcttgaatgcaacatgtg---gtgttatactactataaaaagatgatgctatattttagcttgtataatataat 2788567  T
Q  413 aataggcataacacactcataaccacaaatctagacgcttgtggttagggaattcaaacattcatgaataagcgaattatgattgtctaattaagatcaa 512  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  2788568 aatagacataacacactcataaccacaaatttagacgcttgtggttagggaattcaaacattcataaataagcgaatcatgaccgtctaattaagatcaa 2788667  T
Q  513 actatgagattttggagatttttatacatctttaaatatcgtttatctatattataaattgagttatataatcttgaatgaatggtctagatttgtaact 612  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2788668 actatgagattttggggatttttatacacctttaaatattgtttatctatattataaattgagtcatataatcttgaatgaatggtctagatttgtaact 2788767  T
Q  613 gtttgaatgatgaaattttttaaagctaaaaattcatattctataaccactatac 667  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||    
T  2788768 gtttgaatgatgaaattttttaaaccaaacaattcatattctataaccactatac 2788822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University