View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11102_low_1 (Length: 485)

Name: NF11102_low_1
Description: NF11102
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11102_low_1
NF11102_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-478)||(8599360-8599837)
chr1 (1-478)||(8534121-8534598)
chr1 (1-478)||(8613589-8614066)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (2-384)||(14751775-14752154)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Original strand, 8599360 - 8599837
Alignment:
Q  1 atacttacgactctcttccaaagactcagtagaagctccaattccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8599360 atacttacgactctcttccaaagactcagtagaagctccaattccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttca 8599459  T
Q  101 ataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccaccagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8599460 ataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccaccagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgt 8599559  T
Q  201 tcagcatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaaggttgctctgaatttttcaatggatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8599560 tcagcatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaaggttgctctgaatttttcaatcgatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaac 8599659  T
Q  301 aactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaacaccgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaaagtttctcttgtctct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8599660 aactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaacaccgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaaagtttctcttgtctct 8599759  T
Q  401 tgttctttaccgaacctagccattacaacttgaaccatcgctattagattcttgtgggaagatactactcctatgctt 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8599760 tgttctttaccgaacctagccattacaacttgaaccatcgctattagattcttgtgggaagatactactcctttgctt 8599837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Original strand, 8534121 - 8534598
Alignment:
Q  1 atacttacgactctcttccaaagactcagtagaagctccaattccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8534121 atacttacgactctcttccaaagactcggtagaagctccaattccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttca 8534220  T
Q  101 ataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccaccagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8534221 ataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccaccagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgt 8534320  T
Q  201 tcagcatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaaggttgctctgaatttttcaatggatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8534321 tcagcatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaaggttgctctgaatttttcaatcgatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaac 8534420  T
Q  301 aactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaacaccgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaaagtttctcttgtctct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8534421 aactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaacaccgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaaagtttctcttgtctct 8534520  T
Q  401 tgttctttaccgaacctagccattacaacttgaaccatcgctattagattcttgtgggaagatactactcctatgctt 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8534521 tgttctttaccgaacctagccattacaacttgaaccatcgctattagattcttgtgggaagatactactcctttgctt 8534598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 8614066 - 8613589
Alignment:
Q  1 atacttacgactctcttccaaagactcagtagaagctccaattccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8614066 atacttacgactctcttccaaagactcagtagaagctccaattccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttca 8613967  T
Q  101 ataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccaccagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8613966 ataaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccaccagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgt 8613867  T
Q  201 tcagcatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaaggttgctctgaatttttcaatggatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaac 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8613866 tcagtatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaaggttgctctgaatttttcaatcaatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaac 8613767  T
Q  301 aactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaacaccgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaaagtttctcttgtctct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8613766 aactatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaacaccgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaaagtttctcttgtctct 8613667  T
Q  401 tgttctttaccgaacctagccattacaacttgaaccatcgctattagattcttgtgggaagatactactcctatgctt 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8613666 tgttctttaccgaacctagccattacaacttgaaccatcgctattagattcttgtgggaagatactactcctttgctt 8613589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 384
Target Start/End: Original strand, 14751775 - 14752154
Alignment:
Q  2 tacttacgactctcttccaaagactcagtagaagctccaattccagaggattcagttaaaccataaccttgaaagatacttacattagggtacttttcaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||| ||||||| || | ||||||||| |||| |||    |||||||||||||| ||||    
T  14751775 tacttacgactctcttccaaagaatcagtagaagccccagctccaaaggattctgtcagaccataaccctgaaggatggcaacattagggtacttatcaa 14751874  T
Q  102 taaacccttccgttacttctttactcaaaggagcaccaccagaaaccaccgtatgaagcgaactcaaatcatactttctcttaatagcatctgcgttgct 201  Q
     ||||||||| || || ||||| || | |||||| |||||  | | |||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| || ||| |    
T  14751875 caaacccttcagtaacctctttgctaagaggagccccaccgcatagcaccgtatgaagggaactcaagtcgtattttctcttaatcgcatcagcattgtt 14751974  T
Q  202 cagcatagcaaccaatatcgggggcacaagaggtaagaaggttgctctgaatttttcaatggatgaaagcatgtcgtgcatctcgaatttagagagaaca 301  Q
     |||||||| || ||||| || |||||||| |||| ||| ||  || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||    
T  14751975 gagcatagcgacgaatatgggtggcacaagcggtaggaacgtgactttgaacttttcaatggatgaaagcatgtcatgcatttcgaacttggagagaaca 14752074  T
Q  302 actatggttgaacccatagcaagaagccccatagcaaacaccgcaagaccgtatatatgaaacatcggaacagtacatatgaa 384  Q
    || || |||||||| | ||  ||||||||   ||| ||||  || ||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||    
T  14752075 acgattgttgaacctaaagagagaagccc---agcgaacattgctagaccgtatatgtgaaacatgggaattgtgcatatgaa 14752154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University