View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11109_high_6 (Length: 535)

Name: NF11109_high_6
Description: NF11109
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11109_high_6
NF11109_high_6
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (94-522)||(10446401-10446831)
chr2 (208-504)||(19348075-19348370)
chr2 (242-504)||(25402481-25402743)
chr2 (273-363)||(2737384-2737474)
chr2 (490-528)||(25402741-25402779)
chr2 (273-363)||(39681225-39681315)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (208-520)||(16624971-16625283)
chr4 (208-504)||(9225398-9225694)
chr4 (208-498)||(5146701-5146988)
chr4 (437-504)||(18241734-18241801)
chr4 (492-528)||(5146994-5147030)
chr4 (339-371)||(21549803-21549835)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (209-528)||(3324506-3324825)
chr3 (208-503)||(9602842-9603137)
chr3 (208-504)||(16263159-16263456)
chr3 (208-504)||(8515891-8516187)
chr3 (208-504)||(32479137-32479433)
chr3 (208-504)||(28490168-28490463)
chr3 (208-393)||(2673325-2673510)
chr3 (273-363)||(10898184-10898274)
chr3 (490-528)||(16263454-16263492)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (209-528)||(49090487-49090806)
chr7 (208-528)||(9186115-9186435)
chr7 (208-504)||(21987717-21988013)
chr7 (208-528)||(21644834-21645154)
chr7 (208-504)||(18412455-18412751)
chr7 (208-504)||(16883724-16884020)
chr7 (208-504)||(24262317-24262613)
chr7 (225-504)||(12405151-12405430)
chr7 (208-496)||(5818188-5818475)
chr7 (490-528)||(18412749-18412787)
chr7 (490-528)||(21988011-21988049)
chr7 (273-363)||(25352531-25352621)
chr7 (273-363)||(25406593-25406683)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (208-528)||(26300147-26300467)
chr8 (208-528)||(18856245-18856565)
chr8 (208-504)||(23800511-23800808)
chr8 (208-528)||(18866640-18866960)
chr8 (208-504)||(10685258-10685554)
chr8 (208-504)||(35744186-35744483)
chr8 (273-363)||(16756172-16756262)
chr8 (273-363)||(21038609-21038699)
chr8 (273-363)||(28329087-28329177)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (208-504)||(1304-1600)
scaffold0006 (490-528)||(1598-1636)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (208-504)||(4188-4484)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (208-504)||(47099812-47100108)
chr1 (208-504)||(19359832-19360128)
chr1 (208-504)||(41397036-41397332)
chr1 (213-420)||(9024878-9025084)
chr1 (258-462)||(17346550-17346753)
chr1 (273-361)||(2400136-2400224)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (230-504)||(29485393-29485667)
chr6 (208-504)||(14738566-14738862)
chr6 (208-504)||(24432315-24432611)
chr6 (208-448)||(33332126-33332366)
chr6 (208-493)||(24077727-24078012)
chr6 (452-504)||(33331440-33331492)
chr6 (273-363)||(13879918-13880008)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (208-504)||(15303-15599)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (208-504)||(27448619-27448915)
chr5 (208-504)||(33790112-33790408)
chr5 (208-504)||(24556579-24556874)
chr5 (208-504)||(24597611-24597906)
chr5 (208-504)||(43595918-43596214)
chr5 (208-504)||(43628712-43629008)
chr5 (208-504)||(31397986-31398282)
chr5 (208-504)||(37557618-37557914)
chr5 (216-414)||(34841421-34841619)
chr5 (208-266)||(28837089-28837147)
chr5 (490-528)||(27448913-27448951)
chr5 (273-331)||(31781371-31781429)
chr5 (490-528)||(43596212-43596250)
chr5 (490-528)||(43629006-43629044)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (208-504)||(149949-150245)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (247-504)||(18933-19190)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (209-390)||(35808-35989)
[»] scaffold0355 (1 HSPs)
scaffold0355 (409-504)||(871-966)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 94 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 10446831 - 10446401
Alignment:
Q  94 atcttttttcaaacttttgggttccaaatatggggactttcaggattttgataaagacattgt--tggcttcaagactggattttgctagaatcctggtg 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10446831 atcttttttcaaacttttgggttccaaatatggggactttcaggattttgatgaagacactgtgttggcttcaagactggattttgctagaatcctagtg 10446732  T
Q  192 tcttcataaagaaccggttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagca 291  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  10446731 tcttcatcaagaatgggttatttccgagtcgaacaactcctctttcttttagagccaaagtatcaaaatattccttcctgggacacatgtgataagagca 10446632  T
Q  292 tcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttga 391  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||    
T  10446631 tcccgagtccaaaacccaactcttctccggttcccaacttgtgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcgtcattggttgcctccgcaacttga 10446532  T
Q  392 acggaatgactactattgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagccct 491  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10446531 acggaatgactaccattgccccctttatccaggcaatccttcttgaagtgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagccct 10446432  T
Q  492 tggacctcgacttccccttgcattttcctct 522  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10446431 tggacctcgacttccccttgccttttcctct 10446401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 19348075 - 19348370
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19348075 gttatttctgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 19348174  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  19348175 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacctgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 19348274  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19348275 cgccccc-ttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 19348370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 242 - 504
Target Start/End: Original strand, 25402481 - 25402743
Alignment:
Q  242 agagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccacta 341  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||    
T  25402481 agagtcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaactcttctctggttcccaacttgtaaccacta 25402580  T
Q  342 gtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactattgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtg 441  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||| || |||||| |||||||  |||||||||||||| ||    
T  25402581 gtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgatgcctccgcaacttggaccgaaggactaccatcgccccccttatccggacaatccttcttgaaatg 25402680  T
Q  442 accttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25402681 accttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 25402743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 2737474 - 2737384
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  2737474 gacaaatgtgataagagcacccagagtccaagacccagctcttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 2737384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Original strand, 25402741 - 25402779
Alignment:
Q  490 cttggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  25402741 cttggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 25402779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 39681315 - 39681225
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  39681315 gacaaatgtgataagagcacccagagtccaagacccagctcttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 39681225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 208 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 16625283 - 16624971
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625283 gttatttccgattcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 16625184  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  16625183 caactcttctccggttcccaacttgtaaccactagtgcacccgcactctcagaaccatcttcattggacgcctccgcaacttgaacggaaggactacgat 16625084  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 507  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16625083 tgccccctttatccgggcaatccttcttgaaatgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttttcaaagcccttggacctcgacttccc 16624984  T
Q  508 cttgcattttcct 520  Q
    ||||| |||||||    
T  16624983 cttgccttttcct 16624971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 9225694 - 9225398
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9225694 gttatttccgagtcaaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 9225595  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  || | ||||| ||||||||| ||  |||||| ||    
T  9225594 cagctcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcaccctcactctcataaccttcttcatttgaagtctccgtaacttgaaccgagggactaccat 9225495  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9225494 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 9225398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 208 - 498
Target Start/End: Original strand, 5146701 - 5146988
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| |    
T  5146701 gttatttccgagtcgaacaactcctccttaatttagagccaaa---tcaaaatattccttcctaggacacatgcgataagagcatcctgagtccaaaaac 5146797  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    | ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  5146798 cgactcttctccagttcccaacttgtgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcatttgatgcctccgcaacttgaacggacggactaccat 5146897  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacct 498  Q
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  5146898 caccccctttatccggacaatccttcttgaagtgaccttgcttatgacaaagaaaacacttatacttttatttgtcaaagcctttggacct 5146988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 437 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 18241801 - 18241734
Alignment:
Q  437 aagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18241801 aagtgacattgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 18241734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 492 - 528
Target Start/End: Original strand, 5146994 - 5147030
Alignment:
Q  492 tggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  5146994 tggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 5147030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 339 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 21549835 - 21549803
Alignment:
Q  339 ctagtgcacccgcactctcataaccatcttcat 371  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21549835 ctagtgcacccccactctcataaccatcttcat 21549803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 209 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 3324825 - 3324506
Alignment:
Q  209 ttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaaccc 308  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  3324825 ttatttccgagtcaaacaactcctccttcttttagagccaaagtatcaaaatattccttcctaggacacatgtaataagagcatcccgagtccaacaccc 3324726  T
Q  309 aacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactatt 408  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| || ||| |||    
T  3324725 aactcttctccggttcccaacttgtgaccactagtgcacccgccctctcataaccatcttcattggacgccttcgcaacttgcacggaaggattaccatt 3324626  T
Q  409 gccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttcccc 508  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3324625 gccccctttattcgggcaatccttcttgaagtgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttcccc 3324526  T
Q  509 ttgcattttcctctctgctc 528  Q
    |||| ||||||||| |||||    
T  3324525 ttgccttttcctctatgctc 3324506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 208 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 9603137 - 9602842
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9603137 gttatttctgagtcgaacaacttctccttctcttagagccaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatatgataagagcatcccgagtccaaaacc 9603038  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| || ||    
T  9603037 caactcttctccggttcccaacttgtgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcatttgacgcctccgcaacttgaacggaaggacaaccat 9602938  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgact 503  Q
    ||||| || ||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9602937 tgccctctctatccggaaaatccttcttgaagtgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagact 9602842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 16263159 - 16263456
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16263159 gttatttctgagtcgaacaactcctccttattttagagccaaagtctcaaaatatttcttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 16263258  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  16263259 caactcttctccgattcccaacttgtaaccactagtgcacccgcactctcaaaaccatcttcatttgaagcctccgcaacttgaacggaaggactaccat 16263358  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttg-aagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  16263359 tgccccctttatcctggcaatccttcttgaaaatgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagccctgggacctagactt 16263456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 8515891 - 8516187
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8515891 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 8515990  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
     |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  8515991 taactcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcattcgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 8516090  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8516091 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 8516187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 32479137 - 32479433
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32479137 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 32479236  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  32479237 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcattcgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 32479336  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32479337 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 32479433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 28490463 - 28490168
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28490463 gttatttccaagtcgaacaactcctccttctttaagaatcaaagtctcaaaatattcatttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaact 28490364  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||| ||||||||| ||| |||||| ||    
T  28490363 cagctcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccctcttcatttgaagcctccgtaacttgaaccgaaggactaccat 28490264  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||   |||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  28490263 cgccccc-ttatccggaaaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggatctagactt 28490168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 208 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 2673510 - 2673325
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2673510 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 2673411  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaac 393  Q
     |||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||    
T  2673410 taactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcattcgaagcctccgcaacttgaac 2673325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 10898274 - 10898184
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  10898274 gacaaatgtgataagagcatccagagtccaagacccagcccttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 10898184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Original strand, 16263454 - 16263492
Alignment:
Q  490 cttggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  16263454 cttggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 16263492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 209 - 528
Target Start/End: Original strand, 49090487 - 49090806
Alignment:
Q  209 ttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaaccc 308  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  49090487 ttatttccgagtcgagcaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattccttcctaagacacatgtgatcagagcatcccgagtccaaaactc 49090586  T
Q  309 aacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactatt 408  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  49090587 aactcttctccggttcccaacttgtgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcattggacgcctccgcaacttgaacggaaggactaccatt 49090686  T
Q  409 gccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttcccc 508  Q
     |||||||| |||| | ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  49090687 tccccctttgtccgggaaatccttattgaaatgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccca 49090786  T
Q  509 ttgcattttcctctctgctc 528  Q
    |||| ||||||||| |||||    
T  49090787 ttgccttttcctctatgctc 49090806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 208 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 9186435 - 9186115
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9186435 gttatttccgagtcaaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatatttctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 9186336  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  || |||||| |||||||||||||| |||||| ||    
T  9186335 caactcttctccggttcccaacttgtaaccactagtgcacccgtactctcataaccttcttcatttgaagcctccacaacttgaacggaaggactaccat 9186236  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 507  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  9186235 tgccccctttgtccgggcaatccttcttgaaatgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggatctcgactgccc 9186136  T
Q  508 cttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||| ||||||||| |||||    
T  9186135 cttgccttttcctctatgctc 9186115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 21987717 - 21988013
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21987717 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcctgagtccaaaacc 21987816  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
     |||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  21987817 taactcttctctggttcccaacttgtgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcatttgacgcctccgcaacttgaacggacggactaccat 21987916  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21987917 cgccccctttatccgagcaatccttcttgaaatgaccttgcttatgacaaagaaaatacttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 21988013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 208 - 528
Target Start/End: Original strand, 21644834 - 21645154
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21644834 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagtcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtggtaagagcatcccgagtccaaaacc 21644933  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||| ||    
T  21644934 caactcttctccagttcccaacttgtaaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttggaccgaaggactaccat 21645033  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 507  Q
     ||| || |||||||  |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21645034 cgccgcccttatccggacaatccttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 21645133  T
Q  508 cttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||| ||||||||| |||||    
T  21645134 cttgccttttcctctatgctc 21645154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 18412455 - 18412751
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18412455 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagtcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 18412554  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| ||||||| || ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||| ||    
T  18412555 caactcttctccgatttccaacttgtaaccactagtgcacccgtactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttggaccgaaggactaccat 18412654  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18412655 cgccccctttatccggacaatccttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 18412751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 16883724 - 16884020
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883724 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 16883823  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  16883824 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcattcgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 16883923  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16883924 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 16884020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 24262613 - 24262317
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24262613 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 24262514  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  24262513 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcattcgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 24262414  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24262413 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 24262317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 225 - 504
Target Start/End: Original strand, 12405151 - 12405430
Alignment:
Q  225 caactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttc 324  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  12405151 caactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaactcaactcttctccggttc 12405250  T
Q  325 ccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactattgccccctttatccgag 424  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| || |||||| |||||||      
T  12405251 ccaacttgttaccactagtgcacccacactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccatcgccccccttatccgga 12405350  T
Q  425 caatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12405351 caatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 12405430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 208 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 5818475 - 5818188
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| || | || |||||||||||||||    
T  5818475 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatatttcttcctaggacacatgtgaaaaaa-caccccgagtccaaaacc 5818377  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| | || ||  ||||||||||  || || |     
T  5818376 cacctcttctccggttcccaacttgtgaccactaatgcacccgcactctcataaccatcttcattagacgtcaccacagtttgaacggaagaaccaccac 5818277  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggac 496  Q
    |||||||||| |||   |||||||| ||||||| |||  || ||||||||||||| ||||   ||  |||||||||||  |||||||||    
T  5818276 tgccccctttgtccagacaatccttgttgaagtcaccgggcttatgacaaagaaagcattgtaacaatgatttgtcaagccccttggac 5818188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Original strand, 18412749 - 18412787
Alignment:
Q  490 cttggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  18412749 cttggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 18412787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Original strand, 21988011 - 21988049
Alignment:
Q  490 cttggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  21988011 cttggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 21988049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25352621 - 25352531
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  25352621 gacaaatgtgataagagcacccagagtccaagacccagctcttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 25352531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25406683 - 25406593
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  25406683 gacaaatgtgataagagcacccagagtccaagacccagctcttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 25406593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 208 - 528
Target Start/End: Original strand, 26300147 - 26300467
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26300147 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagtcaaagtctcaaaatattcctttctatgacacatgtgataagagcatcccaagtccaaaacc 26300246  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   || |||||||||||||| || ||| |||||| ||    
T  26300247 caactcttctccggttcccaacttgtaaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcacttgaagcctccgcaacttggaccgaaggactaccat 26300346  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 507  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26300347 cgccccctttatccgaacaatccttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 26300446  T
Q  508 cttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||| ||||||||| |||||    
T  26300447 cttgccttttcctctatgctc 26300467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 208 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 18856565 - 18856245
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856565 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 18856466  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||| ||    
T  18856465 cagctcttctccggttcccaacttgtaaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttggaccgaaggactaccat 18856366  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 507  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856365 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 18856266  T
Q  508 cttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||| ||||||||| |||||    
T  18856265 cttgccttttcctctatgctc 18856245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 23800808 - 23800511
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23800808 gttatttccgagtcgaacaactcttccttcttttagaaccaaagtctcaaaatattccttcctaagacacatgtgataagagcatcccgagttcaaaacc 23800709  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| || | ||||||||||||||| |||||| ||    
T  23800708 caactcttctccggttcccaacttgtgaccactagtgcacccgcactctcataaccatgttaatcggacaccactgcaacttgaacggaaggactaccat 23800609  T
Q  408 tgccc-cctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  23800608 tgccctcctttatccaggcaatccttcttgaagtggccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtaaaagcccttggacctagactt 23800511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 208 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 18866960 - 18866640
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18866960 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 18866861  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| || ||| |||||| ||    
T  18866860 cagctcttctccggttcccaacttgtaaccactagtgcacctgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttggaccgaaggactaccat 18866761  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 507  Q
     |||||| ||||| |  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18866760 cgccccccttatctggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgacttccc 18866661  T
Q  508 cttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||| ||||||||| |||||    
T  18866660 cttgccttttcctctatgctc 18866640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 10685554 - 10685258
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10685554 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 10685455  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  10685454 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcattcgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 10685355  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10685354 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 10685258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 35744186 - 35744483
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcct-ccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaac 306  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35744186 gttatttccgagtcgaacaactccttccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgatatgagcatcccgagtccaaaac 35744285  T
Q  307 ccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactacta 406  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| |    
T  35744286 ccaactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactacca 35744385  T
Q  407 ttgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    | |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35744386 tcgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 35744483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Original strand, 16756172 - 16756262
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  16756172 gacaaatgtgataagagcacccagagtccaagacccagctcttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 16756262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 21038699 - 21038609
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||  || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  21038699 gacagatgtgataagagcacccagagtccaagacccaacccttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 21038609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 28329177 - 28329087
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  28329177 gacaaatgtgataagagcacccagagtccaagacccagctcttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 28329087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 1304 - 1600
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1304 gttatttccgagtcgagctactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcatttctaagacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 1403  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||| |||||| ||    
T  1404 caactcttctccggttcccaacttgtgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcatcggacgccacaacaacttgaacggaaggactaccat 1503  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    |||||||||||| || | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  1504 tgccccctttattcgggaaatccttctttaagtgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagccctgggacctagactt 1600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Original strand, 1598 - 1636
Alignment:
Q  490 cttggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  1598 cttggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 1636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 4484 - 4188
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4484 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttaaagccaaagtctcaaaatatttcttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 4385  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| ||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||| |||||| ||    
T  4384 caactcttctccgatttccaacttgtaaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcatttgacgcctctgcaaattgaacggaaggactaccat 4285  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  4284 tgccccctttatccgggcaatccttcttgaaatgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagctcttggacctagactt 4188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 47100108 - 47099812
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||     
T  47100108 gttattttcgagtcaaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatatttcttcctatgacacatgtgataagagcatccaaggtccaaaact 47100009  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||    
T  47100008 caactcttctccggttcccaacttgtaaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcattggaagcctccacaacttgaacggaaggactaccat 47099909  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  47099908 tgccccctttatccgggtaatccttcttgaagtgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaaccccttggacctagactt 47099812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 19360128 - 19359832
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19360128 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagtcaaagcctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 19360029  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||| ||    
T  19360028 caactcttctccggttcccaacttgtaaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttggacggaaggactaccat 19359929  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19359928 cgccccctttatccgggaaatccttcttgaaatgaccttgctaatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggaccttgactt 19359832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 41397036 - 41397332
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41397036 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 41397135  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  || ||||||||||||||||| ||| ||||||  |    
T  41397136 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccttctttatttgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccgt 41397235  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41397236 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 41397332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 213 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 9025084 - 9024878
Alignment:
Q  213 ttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaa-gtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaac 311  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||  | |||  ||||||||||||||    
T  9025084 ttccgagtcgaacaactccttcttcttttagagccaaaagtcttaaaatattcctttctaggacacatgtgataagaaaaccccaggtccaaaacccaac 9024985  T
Q  312 ttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactattgcc 411  Q
    | |||||||  | | ||||| ||||||||||||||||||||    |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||  || || ||||||    
T  9024984 tcttctccgacttcgaacttgtgaccactagtgcacccgca--gacatatccatcttcatcggactccaccgcaacttgaacggaagaaccaccattgcc 9024887  T
Q  412 ccctttatc 420  Q
    |||||||||    
T  9024886 ccctttatc 9024878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 258 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 17346753 - 17346550
Alignment:
Q  258 aatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctc 357  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||     
T  17346753 aatattcattcctaggacacatgtgataagagcaccccgactccaaaacctaactcttctctggttcccaacttgtgaccactaatgcacccacactcta 17346654  T
Q  358 ataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactattgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaa 457  Q
    ||||||||||||||   ||||| || ||||||||| ||||  || || |||||||||||  |  || |||||||||||||||||| |  || | ||||||    
T  17346653 ataaccatcttcatcaaacgccaccacaacttgaatggaagaaccaccattgcccccttgttt-gaacaatccttcttgaagtgatcgggcttttgacaa 17346555  T
Q  458 agaaa 462  Q
    |||||    
T  17346554 agaaa 17346550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 273 - 361
Target Start/End: Original strand, 2400136 - 2400224
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataa 361  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||    
T  2400136 gacagatgtgataagagcatccagagtccaagacccagcccttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataa 2400224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 230 - 504
Target Start/End: Original strand, 29485393 - 29485667
Alignment:
Q  230 cctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaac 329  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29485393 cctccttcttttagaaccaaagtcccaaaatattccttcctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaactcttctccggttcccaac 29485492  T
Q  330 ttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactattgccccctttatccgagcaatc 429  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  29485493 ttgtaaccactagtgcacccgcactctcataacaatcttcattggacacctccgcaacttgaacggatggactaccattgccccctttagccgggcaatc 29485592  T
Q  430 cttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29485593 cttcttgaaatgaccttgcttatgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 29485667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 14738862 - 14738566
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14738862 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 14738763  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  14738762 cagctcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 14738663  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14738662 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 14738566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 24432611 - 24432315
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24432611 gttatttccgagtcgaacaactcctcattcttttagagccaaagtctcaaaatattcctttctatgacatacgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 24432512  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||  || ||| ||||||||||||||||| |||||  ||    
T  24432511 caactcttctctggttcccaacttatgaccgctagtgcacccacactctcataaacatcttcatcagatgccaccgcaacttgaacggaaggactagcat 24432412  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  24432411 tgccccctctatccgggtaatccttcttgaagtgacattgtttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaaacccttggacctagactt 24432315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 208 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 33332366 - 33332126
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33332366 gttatttctgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 33332267  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||  ||| ||| |    
T  33332266 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttgaaccgagggaccacttt 33332167  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgc 448  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| |||||||||    
T  33332166 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgc 33332126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 208 - 493
Target Start/End: Original strand, 24077727 - 24078012
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |    | |||||||||||||||| || |||||||| |||    
T  24077727 gttatttttgagtcgaacaactccaccttcttttagatccaaagtctcaaaatattcctttcccaaaaacatgtgataagagcaccctgagtccaagacc 24077826  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| ||||| | |||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||| |||  ||||| ||    
T  24077827 caactcttctctgattcccaacttgtgatcgctaatgcacccgcactctcataaccatcttcatcggacgccattgcaacttaaacagaagaactaccat 24077926  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaa-gaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttg 493  Q
    | || || || || |  |||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||| ||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  24077927 ttcctcccttgtcaggacaatccttcttgaagtgaccatgtttatgacaaatgaaat-atcgatactttgatttatcaaaccccttg 24078012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 452 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 33331492 - 33331440
Alignment:
Q  452 tgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33331492 tgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 33331440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 13880008 - 13879918
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataacc 363  Q
    |||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||||||||||| | ||   |||||| || ||||||||||||||    
T  13880008 gacaaatgtgataagagcacccagagtccaagacccagctcttttcaggttcccaacttgtcacagttagtgctccagcactctcataacc 13879918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 15599 - 15303
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15599 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 15500  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  15499 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 15400  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15399 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 15303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 27448619 - 27448915
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27448619 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcatttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 27448718  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||| ||    
T  27448719 cagctcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccacaacttgaaccgaaggactaccat 27448818  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27448819 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 27448915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 33790112 - 33790408
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790112 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 33790211  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  33790212 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 33790311  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33790312 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 33790408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 24556874 - 24556579
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  24556874 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcctttgtaggatacatgtgataagatcatcccaagtccaaaacc 24556775  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  24556774 caactcttctctggttcccaacttgtgaccactagtgcacccaca-tctcataaccatcttcatcggacgccaccgcaacttgaacggaaggactaccat 24556676  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  24556675 tgccccatttatccaggcaatccttcttgaagtgaccttgtttgagacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaaactcttggacctagactt 24556579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 24597906 - 24597611
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  24597906 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcctttgtaggatacatgtgataagatcatcccaagtccaaaacc 24597807  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  24597806 caactcttctctggttcccaacttgtgaccactagtgcacccaca-tctcataaccatcttcatcggacgccaccgcaacttgaacggaaggactaccat 24597708  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  24597707 tgccccatttatccaggcaatccttcttgaagtgaccttgtttgagacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaaactcttggacctagactt 24597611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 43595918 - 43596214
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595918 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 43596017  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||| ||    
T  43596018 cagctcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccacaacttgaaccgaaggactaccat 43596117  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||  |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43596118 cgcccctcttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 43596214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Original strand, 43628712 - 43629008
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43628712 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 43628811  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    || || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||||| ||    
T  43628812 cagctcttctccggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccacaacttgaaccgaaggactaccat 43628911  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||  |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43628912 cgcccctcttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 43629008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 31398282 - 31397986
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398282 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatgttcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 31398183  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  31398182 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcattcgaagcctccgcaacttgaactgaaggactaccat 31398083  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31398082 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 31397986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 37557914 - 37557618
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  | ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37557914 gttatttccgagtcgaacaattcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattccattctaggaatcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 37557815  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||  ||| ||  |    
T  37557814 caactcttctctggttcccaacttgttaccactagtgcacccgcactctcataaccttcttcatttgaagcctccgcaacttgaaccgagggaccacctt 37557715  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37557714 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 37557618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 216 - 414
Target Start/End: Original strand, 34841421 - 34841619
Alignment:
Q  216 cgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaactttt 315  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||   |||||||||||||||| |  || |||  ||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||| |||| ||    
T  34841421 cgagtcgaacaactccgtcttcttttaactccaaagtctcaaaatacttctttctagaacacatgtgatcagagcaacccaagtccaagacctaactatt 34841520  T
Q  316 ctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactattgccccc 414  Q
     |  |||| |||| || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| | | | ||||||||||| |||  ||||| |||||||||    
T  34841521 ttttggtttccaatttgtgaccgctagtgcacctgcactctcctaaccatcttcatcggaagtcactgcaacttgaaccgaagaactaccattgccccc 34841619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 208 - 266
Target Start/End: Original strand, 28837089 - 28837147
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcat 266  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28837089 gttatttccaagtcgaacaactcctccttcttttaaagccaaagtctcaaaatattcat 28837147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Original strand, 27448913 - 27448951
Alignment:
Q  490 cttggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  27448913 cttggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 27448951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 331
Target Start/End: Original strand, 31781371 - 31781429
Alignment:
Q  273 gacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaactt 331  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||  || || ||||||||||||    
T  31781371 gacagatgtgataagagcatccagagtccaagacccaacccttttcaggttcccaactt 31781429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Original strand, 43596212 - 43596250
Alignment:
Q  490 cttggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  43596212 cttggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 43596250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 490 - 528
Target Start/End: Original strand, 43629006 - 43629044
Alignment:
Q  490 cttggacctcgacttccccttgcattttcctctctgctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  43629006 cttggacctcgacttccccttgccttttcctctatgctc 43629044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 208 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 150245 - 149949
Alignment:
Q  208 gttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 307  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  150245 gttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagaatcaaagtctcaaaatattcctttctagggctcatgtgataagagcatcccgagtccaaaacc 150146  T
Q  308 caacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactat 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  150145 caactcttctccggttcccaacttgttaccactagcgcacccgcactctcataaccttcttcattcgaagcctccgcaacttgaaccgaaggactaccat 150046  T
Q  408 tgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
     |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  150045 cgccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctagactt 149949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 247 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 19190 - 18933
Alignment:
Q  247 caaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacccaacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgca 346  Q
    |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  19190 caaagtctcaaaatattcctttctaggacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaacctatctcttctccggttcccaacttgtaaccactagtgca 19091  T
Q  347 cccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttgaacggaatgactactattgccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgacctt 446  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  || |||| ||||||||| || ||| |||||| || |||||| |||||||  ||||||||||| || | |||||    
T  19090 cccgcactctcataaccttcttcatttgaagccttcgcaacttggaccgaaggactaccatcgccccccttatccggacaatccttcttaaaataacctt 18991  T
Q  447 gcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    || | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  18990 gcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgtcaaatcccttggacctagactt 18933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 209 - 390
Target Start/End: Original strand, 35808 - 35989
Alignment:
Q  209 ttatttccgagtctaacaactcctccttcttttagagccaaagtctcaaaatattcattcctatgacacatgtgataagagcatcccgagtccaaaaccc 308  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35808 ttatttccgagtcgaacaactcctccttcttttagagccaaattctcaaaatattccttcataagacacatgtgataagagcaccccgagtccaaaaccc 35907  T
Q  309 aacttttctccggttcccaacttatgaccactagtgcacccgcactctcataaccatcttcataggacgcctccgcaacttg 390  Q
    |||| |||||  |||| |||||| | ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||    
T  35908 aactcttctctagttctcaacttgtaaccactagtgcaccgacactttcataaccatcttcaccggaggccaccgcaacttg 35989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 409 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 966 - 871
Alignment:
Q  409 gccccctttatccgagcaatccttcttgaagtgaccttgcatatgacaaagaaatcatttatactttgatttgtcaaagcccttggacctcgactt 504  Q
    |||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||    
T  966 gccccccttatccggacaatctttcttgaaatgaccttgcttgtgacaaagaaagcatttatactttgatttgttaaatcccttggatctagactt 871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University