View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11117_low_12 (Length: 515)

Name: NF11117_low_12
Description: NF11117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11117_low_12
NF11117_low_12
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-511)||(28524842-28525355)
chr6 (1-515)||(28245960-28246485)
chr6 (9-511)||(28328206-28328713)
chr6 (9-511)||(28505842-28506349)
chr6 (194-512)||(28238982-28239300)
chr6 (1-447)||(28191073-28191530)
chr6 (1-183)||(28239325-28239507)
chr6 (258-386)||(28142369-28142497)
chr6 (477-515)||(28190996-28191034)
chr6 (1-138)||(28095449-28095586)
chr6 (1-33)||(27217601-27217633)
[»] scaffold0038 (3 HSPs)
scaffold0038 (1-515)||(46122-46647)
scaffold0038 (194-512)||(39144-39462)
scaffold0038 (1-183)||(39487-39669)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (1-454)||(55283-55747)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 28525355 - 28524842
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggt 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  28525355 aagggaggttgttacgaaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggtgatcaaaccactctggaatccttgcaaatcctggcaaacaaaacctggt 28525256  T
Q  101 ttctccaccctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaaggg---nnnnnnnnncctg 197  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||    
T  28525255 tcctccagcctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaaggggaaaaaaaaaaacctg 28525156  T
Q  198 attcaatagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaatttctctaaggcac 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28525155 attcaatagcatgtttctggccgaggaagtcaaggatttgcagcctattgcagacaagtatgctaaatttggcggcatccctctaatttctctaaggcac 28525056  T
Q  298 ttgcaattattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggctaacaatttcacat 397  Q
    ||||||| || ||||  |||| |   |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||| | ||||||||    
T  28525055 ttgcaatcatccaatataagagcatataaaaactgaaaatctttgatgcattctggaagaattgtgaaattatttcctgataggtctaatattttcacat 28524956  T
Q  398 tggcggaccacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaatttatcaggtcgatattatgttcgattggagtcaccatggaactcaattt 497  Q
    | || ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| | |||||  | |  |  || |  |||||||||||| |||||    
T  28524955 tagcagaccacatgacaagtattggaagaaaatcatctgacaagttgcattttttcagtttgatatattttgggcatgtaaacaccatggaactaaattt 28524856  T
Q  498 atcatccagtttgg 511  Q
    ||||||||||||||    
T  28524855 atcatccagtttgg 28524842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 28246485 - 28245960
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggt 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  28246485 aagggagcttgttacgaaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgctttggtgatcaaaccaatctggaatccttgcaaatcctgaaaaacaaaatttggt 28246386  T
Q  101 ttctccaccctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaagg-----------gnnnnn 189  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||                     
T  28246385 tcctccagcctcatgcagttcctgttagccataaataattcattgagtaaacaatattatataatattaagtcaaatacaaggaaaacaataaacaaaac 28246286  T
Q  190 nnnncctgattcaatagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaatttctc 289  Q
        |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||   |||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  28246285 aaaacctgattcaatagcatgtttttgcacgaggaagtcaatgatttgcagcgtattgcagacaagtgttttaaatttggtggaatccctctaatttctc 28246186  T
Q  290 taaggcacttgcaattattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggctaacaa 389  Q
    ||||||||||||||| || |||   ||||     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||| ||||  ||| ||    
T  28246185 taaggcacttgcaatcatccaacctaagagaccataaaaagcgacaatctttgatgcattctggaagaattgtgaaattgttttctgataggtttaaaaa 28246086  T
Q  390 tttcacattggcggaccacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaatttatcaggtcgatattatgtt-cgattggagtcaccatgga 488  Q
    ||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| | |||| | ||||  | ||| || |||||||||    
T  28246085 ttctacattcgcagaccacatgacaactattggaagaaattcatctgacaagttgcattttaccagttggata-tctgttgggcttgtagacaccatgga 28245987  T
Q  489 actcaatttatcatccagtttgggaaa 515  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||    
T  28245986 actccatttatcatctagtttgggaaa 28245960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 9 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 28328713 - 28328206
Alignment:
Q  9 ttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggtttctccac 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| |  |||||||| || || ||||||     
T  28328713 ttgttacgaaaccaaaaagaaattgtatttcccatattttggtgctcaaaccactctggaatttttgcaaatcctgaaaaacaaaattttgtatctccag 28328614  T
Q  109 cctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaagg-----gnnnnnnnnncctgattcaa 203  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||    
T  28328613 cctcgtgcagttcctgttaaccatatagaattgatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaaggaataaaaacacaaaacctgattcaa 28328514  T
Q  204 tagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaatttctctaaggcacttgcaa 303  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28328513 tagcatgtttttgcacgaggaagtcaatgatttgcagcattttgcagacaaatattttaaatttggtggaatccctctaatttctcgaaggcacttgcaa 28328414  T
Q  304 ttattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggctaacaatttcacattggcgg 403  Q
    | || ||||  ||| |  |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| |||| |||| | || |||||| || |    
T  28328413 tcatccaatgtaagcttcgacaaaaagcgacaatctttgatgcattctggaagaattgtgaaactatttcctgataggtctaatatttccacattagcag 28328314  T
Q  404 accacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaatttatcaggtcgatattatgttcgattggagtcaccatggaactcaatttatcatc 503  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| | ||||| || |  |  || |  |||||||||||| |||||||||||    
T  28328313 accacatgacaagtattggaagaaattcatctgacaagttgcatttcttcagtttgatatcatttgggcatgtaaacaccatggaactaaatttatcatc 28328214  T
Q  504 cagtttgg 511  Q
    ||||||||    
T  28328213 cagtttgg 28328206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 9 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 28506349 - 28505842
Alignment:
Q  9 ttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggtttctccac 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| |  |||||||| || || ||||||     
T  28506349 ttgttacgaaaccaaaaagaaattgtatttcccatattttggtgctcaaaccactctggaatttttgcaaatcctgaaaaacaaaattttgtatctccag 28506250  T
Q  109 cctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaagg-----gnnnnnnnnncctgattcaa 203  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||    
T  28506249 cctcgtgcagttcctgttaaccatatagaattgatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaaggaataaaaacacaaaacctgattcaa 28506150  T
Q  204 tagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaatttctctaaggcacttgcaa 303  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28506149 tagcatgtttttgcacgaggaagtcaatgatttgcagcattttgcagacaaatattttaaatttggtggaatccctctaatttctcgaaggcacttgcaa 28506050  T
Q  304 ttattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggctaacaatttcacattggcgg 403  Q
    | || ||||  ||| |  |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| |||| |||| | || |||||| || |    
T  28506049 tcatccaatgtaagcttcgacaaaaagcgacaatctttgatgcattctggaagaattgtgaaactatttcctgataggtctaatatttccacattagcag 28505950  T
Q  404 accacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaatttatcaggtcgatattatgttcgattggagtcaccatggaactcaatttatcatc 503  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| | ||||| || |  |  || |  |||||||||||| |||||||||||    
T  28505949 accacatgacaagtattggaagaaattcatctgacaagttgcatttcttcagtttgatatcatttgggcatgtaaacaccatggaactaaatttatcatc 28505850  T
Q  504 cagtttgg 511  Q
    ||||||||    
T  28505849 cagtttgg 28505842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 194 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 28239300 - 28238982
Alignment:
Q  194 cctgattcaatagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaatttctctaag 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||  ||||||||||||   |||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  28239300 cctgattcaatagcatgtttctggccgaggaaatcaatgatttgcagtattttgcagacaagtgttttaaatttggtggaatccctctaatttctctaag 28239201  T
Q  294 gcacttgcaattattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggctaacaatttc 393  Q
    ||| ||||||| || ||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||  |  |    
T  28239200 gcatttgcaatcatccaatataagatccgttaaaaagcgacaatctttgatgcattctggaagaattgtgaaattatttcctgataggtctaactttgac 28239101  T
Q  394 acattggcggaccacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaatttatcaggtcgatattatgttcgattggagtcaccatggaactca 493  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||  ||||  | | || ||| |||||||||||||||||    
T  28239100 acattagcagaccacatgacaattattggaagaaattcatctgacaagatgcaatttctcaggtgcatatgctctgcgcttgaagtcaccatggaactca 28239001  T
Q  494 atttatcatccagtttggg 512  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  28239000 atttatcatccactttggg 28238982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 28191530 - 28191073
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggt 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |   |    
T  28191530 aagggagcttgttacgaaaccaaaaagaaaatttatgtcccatgtttcggtgatcaaaccactctggaatccttgcaaatcctggcaaataaaattcttt 28191431  T
Q  101 ttctccaccctcatgcagttcctgttagccataaataaatca----tagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaagggnnnnnnnnn--- 193  Q
    | ||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||| |     |||||||||| ||||||||||                 
T  28191430 tcctccagcctcatgaagatcctgttagccattaataaatcatatatagagtaaacaatat-----aatattaagtgaaatacaaggaaaacaaaagaat 28191336  T
Q  194 ---------cctgattcaatagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaat 284  Q
             ||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||| ||||  |  |||||||||   | |||||||| | || | |||||||||    
T  28191335 aaaacaaaacctgattcaatagcatgtttctacacgaggaagtcaatgatttgcagtttgctgcagacaagtttgttaaatttagtggaatccctctaat 28191236  T
Q  285 ttctctaaggcacttgcaattattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggct 384  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||  |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||    
T  28191235 ttctctaaggcacttgcaatcatccaatataagatccgataaaaggtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtgaaattatttcctgataggtct 28191136  T
Q  385 aacaatttcacattggcggaccacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaa 447  Q
    || | | |||| |  || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28191135 aagattctcacgtaagcagaccacatgacaaatattggaagaaattcatctgacaagttgcaa 28191073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 28239507 - 28239325
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggt 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||||||||  ||||    
T  28239507 aagggagcttgttacgaaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttgatgatcaaaccactctggaatcctcacaaatcctgaaaaacaaaatatggt 28239408  T
Q  101 ttctccaccctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaagg 183  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28239407 tcctccagcctcatgcagttcctgttagccataaataattcatagagtaaacaatcttataaaatattaagacaaatacaagg 28239325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 28142497 - 28142369
Alignment:
Q  258 ttttaaatttggcggcacccctctaatttctctaaggcacttgcaattattcaattcaaga-tctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaag 356  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||||||  |||  |||| ||||||| |||||||||  ||||| |||||||  || ||||||| |||||| |||||    
T  28142497 ttttaaatttggcggaatccccctaatttcttgaagagacttacaattatccaattcaaggctctgt-aaaaagttgcattctttgaggcattccggaag 28142399  T
Q  357 aattgtaaaattacttcctgttagggctaa 386  Q
     |||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  28142398 gattgtaaaattactccctgataggactaa 28142369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 477 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 28191034 - 28190996
Alignment:
Q  477 agtcaccatggaactcaatttatcatccagtttgggaaa 515  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28191034 agtcagcatggaactcaatttatcatccagtttgggaaa 28190996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 138
Target Start/End: Original strand, 28095449 - 28095586
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggt 100  Q
    ||||||| |||||| | ||||| ||||||||||  ||||   || ||||| | |||||||||  ||||||||||  |  ||| ||||| | |||| ||||    
T  28095449 aagggagcttgttatgaaaccagaaagaaattggctgtcgtgtgctttggtgctcaaaccaccttggaatccttaaagttcctggcaatcgaaacatggt 28095548  T
Q  101 ttctccaccctcatgcagttcctgttagccataaataa 138  Q
     |||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28095549 gtctccaacttcatgcagttcctattagtcataaataa 28095586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Complemental strand, 27217633 - 27217601
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattg 33  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27217633 aagggaggttgttacggaacgaaaaagaaattg 27217601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 46647 - 46122
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggt 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  46647 aagggagcttgttacgaaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgctttggtgatcaaaccaatctggaatccttgcaaatcctgaaaaacaaaatttggt 46548  T
Q  101 ttctccaccctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaagg-----------gnnnnn 189  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||                     
T  46547 tcctccagcctcatgcagttcctgttagccataaataattcattgagtaaacaatattatataatattaagtcaaatacaaggaaaacaataaacaaaac 46448  T
Q  190 nnnncctgattcaatagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaatttctc 289  Q
        |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||   |||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  46447 aaaacctgattcaatagcatgtttttgcacgaggaagtcaatgatttgcagcgtattgcagacaagtgttttaaatttggtggaatccctctaatttctc 46348  T
Q  290 taaggcacttgcaattattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggctaacaa 389  Q
    ||||||||||||||| || |||   ||||     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||| ||||  ||| ||    
T  46347 taaggcacttgcaatcatccaacctaagagaccataaaaagcgacaatctttgatgcattctggaagaattgtgaaattgttttctgataggtttaaaaa 46248  T
Q  390 tttcacattggcggaccacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaatttatcaggtcgatattatgtt-cgattggagtcaccatgga 488  Q
    ||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| | |||| | ||||  | ||| || |||||||||    
T  46247 ttctacattcgcagaccacatgacaactattggaagaaattcatctgacaagttgcattttaccagttggata-tctgttgggcttgtagacaccatgga 46149  T
Q  489 actcaatttatcatccagtttgggaaa 515  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||    
T  46148 actccatttatcatctagtttgggaaa 46122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 194 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 39462 - 39144
Alignment:
Q  194 cctgattcaatagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaatttctctaag 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||  ||||||||||||   |||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  39462 cctgattcaatagcatgtttctggccgaggaaatcaatgatttgcagtattttgcagacaagtgttttaaatttggtggaatccctctaatttctctaag 39363  T
Q  294 gcacttgcaattattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggctaacaatttc 393  Q
    ||| ||||||| || ||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||  |  |    
T  39362 gcatttgcaatcatccaatataagatccgttaaaaagcgacaatctttgatgcattctggaagaattgtgaaattatttcctgataggtctaactttgac 39263  T
Q  394 acattggcggaccacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaatttatcaggtcgatattatgttcgattggagtcaccatggaactca 493  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||  ||||  | | || ||| |||||||||||||||||    
T  39262 acattagcagaccacatgacaattattggaagaaattcatctgacaagatgcaatttctcaggtgcatatgctctgcgcttgaagtcaccatggaactca 39163  T
Q  494 atttatcatccagtttggg 512  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  39162 atttatcatccactttggg 39144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 39669 - 39487
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggt 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||||||||  ||||    
T  39669 aagggagcttgttacgaaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttgatgatcaaaccactctggaatcctcacaaatcctgaaaaacaaaatatggt 39570  T
Q  101 ttctccaccctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaagg 183  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39569 tcctccagcctcatgcagttcctgttagccataaataattcatagagtaaacaatcttataaaatattaagacaaatacaagg 39487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 168; Significance: 8e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Original strand, 55283 - 55747
Alignment:
Q  1 aagggaggttgttacggaaccaaaaagaaattgtatgtcccatgttttggcgatcaaaccactctggaatccttgcaaatccaggcaaacaaaacttggt 100  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  55283 aagggagcttgttacgaaaccaaaaagaaatcgtatgtcccatgttttggtgctcaaaccactctggaatccttgcaaatcccggcaaacaaaacatggt 55382  T
Q  101 ttctccaccctcatgcagttcctgttagccataaataaatcatagagtaaacaatcttataaaatattaagtcaaatacaagg-----------gnnnnn 189  Q
    || |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||                     
T  55383 ttgtccagcctcatgcatatcctgttagccataaataaatcaaagagtaaacagtattatataatattaagtcaaatacaaggaaaacaaaaaacaaaac 55482  T
Q  190 nnnncctgattcaatagcatgtttctggccgaggaagtcaaggattcgcagccttttgcagacaaccattttaaatttggcggcacccctctaatttctc 289  Q
        |||||||||||||||||| | ||  |||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||   ||||| |||||| || | ||||||||||||||    
T  55483 aaaacctgattcaatagcatgtgtttgcacgaggaagtcaatgatttgcagcgtattgcagacaagtgttttacatttggtggaatccctctaatttctc 55582  T
Q  290 taaggcacttgcaattattcaattcaagatctgttaaaaagtgacaatctttgatgcattctggaagaattgtaaaattacttcctgttagggctaacaa 389  Q
     |||||||||||||| || ||||| ||||      |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||| ||||       
T  55583 gaaggcacttgcaatcatccaatttaagaaaccacaaaaagcgacaatctttcatgcattccggaagaattgtgaaattatttcctgataggtctaaagt 55682  T
Q  390 tttcacattggcggaccacatgacaactattggaagaaattcagctgacaagttgcaatttatca 454  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||    
T  55683 tttcacattagcagaccacatgacaagtattggaagaaatttatctgataagttgcattttatca 55747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University