View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11117_low_7 (Length: 643)
Name: NF11117_low_7
Description: NF11117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11117_low_7 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 4013193 - 4012564
Alignment:
| Q |
1 |
taaatgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaa |
100 |
Q |
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| T |
4013193 |
taaatgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaa |
4013094 |
T |
|
| Q |
101 |
atatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgca |
200 |
Q |
| |
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| T |
4013093 |
atatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaaaatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgca |
4012994 |
T |
|
| Q |
201 |
agttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatgg |
300 |
Q |
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| T |
4012993 |
agttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatgg |
4012894 |
T |
|
| Q |
301 |
cttttataaatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagagnnnnnnnnnnnnntccttcagccatca |
400 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
4012893 |
cttttataaatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagag---aaaaaaaaaatccttcagccatca |
4012797 |
T |
|
| Q |
401 |
caattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaacaatattcataagctaaacatt |
500 |
Q |
| |
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|
| T |
4012796 |
caattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgaaaaaaatgaaatcatttctgccaaaacaatattcataagctaaatatt |
4012697 |
T |
|
| Q |
501 |
cagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattt |
600 |
Q |
| |
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| T |
4012696 |
cagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattt |
4012597 |
T |
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| Q |
601 |
taaaatcactactatatactacttcactctctg |
633 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4012596 |
taaaatcactactatatactacttcactctctg |
4012564 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 25880049 - 25879434
Alignment:
| Q |
9 |
ataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaaatatgtct |
108 |
Q |
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|
| T |
25880049 |
ataagttcttcaaaaatcatgactactactcacattcacttttttctagagaaatacttagtcaaacctcctctttcataagttcataggaaatatgtct |
25879950 |
T |
|
| Q |
109 |
taaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgcaagttcaat |
208 |
Q |
| |
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| T |
25879949 |
taaaatgggcacatgaaaagggtttcttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattagtgcaagttcaat |
25879850 |
T |
|
| Q |
209 |
gaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatggcttttata |
308 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
25879849 |
gaaaattaaagtttcatctgaggagaaacagaaaattaatacatactaaataagtaaactttaacacacttagaaagaaacggtgagaatggcttttata |
25879750 |
T |
|
| Q |
309 |
aatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagagnnnnnnnnnnnnntccttcagccatcacaattttg |
408 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25879749 |
aatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcacaccatat----atccgtttagag---aaaaaaaaaatccttcagccatcacaattttg |
25879657 |
T |
|
| Q |
409 |
attgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaacaatattcataagctaaacattcagatcat |
508 |
Q |
| |
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|
| T |
25879656 |
attgaaactacat-tatagatagtgtcggcataaccaacttt-aaaaaaatgcaatcatttctaccaaaacagtattcataagctaaacattcagatcat |
25879559 |
T |
|
| Q |
509 |
atattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattttaaaatca |
608 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
25879558 |
atattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacaaaagaatacaacttgctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattttaaaatca |
25879459 |
T |
|
| Q |
609 |
ctactatatactacttcactctctg |
633 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
25879458 |
ctactgtatactacttcactctctg |
25879434 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 2275859 - 2275230
Alignment:
| Q |
1 |
taaatgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaa |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275859 |
taaatgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaa |
2275760 |
T |
|
| Q |
101 |
atatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgca |
200 |
Q |
| |
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|
|
| T |
2275759 |
atatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaaaatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgca |
2275660 |
T |
|
| Q |
201 |
agttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatgg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275659 |
agttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatgg |
2275560 |
T |
|
| Q |
301 |
cttttataaatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagagnnnnnnnnnnnnntccttcagccatca |
400 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
2275559 |
cttttataaaccagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagag---aaaaaaaaaatccttcagccatca |
2275463 |
T |
|
| Q |
401 |
caattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaacaatattcataagctaaacatt |
500 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
2275462 |
caattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgaaaaaaatgaaatcatttctgccaaaacaatattcataagctaaatatt |
2275363 |
T |
|
| Q |
501 |
cagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattt |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275362 |
cagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattt |
2275263 |
T |
|
| Q |
601 |
taaaatcactactatatactacttcactctctg |
633 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275262 |
taaaatcactactatatactacttcactctctg |
2275230 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 39347350 - 39346720
Alignment:
| Q |
1 |
taaatgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaa |
100 |
Q |
| |
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|
|
| T |
39347350 |
taaatgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaa |
39347251 |
T |
|
| Q |
101 |
atatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgca |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39347250 |
atatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaaaatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgca |
39347151 |
T |
|
| Q |
201 |
agttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatgg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39347150 |
agttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatgg |
39347051 |
T |
|
| Q |
301 |
cttttataaatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagagnnnnnnnnnnnnntccttcagccatca |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
39347050 |
cttttataaaccagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagag--aaaaaaaaaaatccttcagccatca |
39346953 |
T |
|
| Q |
401 |
caattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaacaatattcataagctaaacatt |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
39346952 |
caattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgaaaaaaatgaaatcatttctgccaaaacaatattcataagctaaatatt |
39346853 |
T |
|
| Q |
501 |
cagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattt |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39346852 |
cagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattt |
39346753 |
T |
|
| Q |
601 |
taaaatcactactatatactacttcactctctg |
633 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39346752 |
taaaatcactactatatactacttcactctctg |
39346720 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 35348782 - 35348172
Alignment:
| Q |
1 |
taaatgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348782 |
taaatgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcacttttttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaa |
35348683 |
T |
|
| Q |
101 |
atatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgca |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348682 |
atatgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaaaatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgca |
35348583 |
T |
|
| Q |
201 |
agttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatgg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348582 |
agttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatacaaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatgg |
35348483 |
T |
|
| Q |
301 |
cttttataaatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagagnnnnnnnnnnnnntccttcagccatca |
400 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
35348482 |
ctttt-------------------ataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagag---agaaaaaaaatccttcagccatca |
35348405 |
T |
|
| Q |
401 |
caattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaacaatattcataagctaaacatt |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
35348404 |
caattttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgaaaaaaatgaaatcatttctgccaaaacaatattcataagctaaatatt |
35348305 |
T |
|
| Q |
501 |
cagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattt |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348304 |
cagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattt |
35348205 |
T |
|
| Q |
601 |
taaaatcactactatatactacttcactctctg |
633 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348204 |
taaaatcactactatatactacttcactctctg |
35348172 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 633
Target Start/End: Original strand, 10789346 - 10789967
Alignment:
| Q |
5 |
tgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacaatcactttt-ttctagagaaatacttagtcaaccctcctctttcataagttcataggaaata |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10789346 |
tgtcataagttcttcaaaaatcatgactactacccacattcactttttttctagagaaatacttagtcaaacctcctctttcataagttcataggaaata |
10789445 |
T |
|
| Q |
104 |
tgtcttaaaatgagcacatgaaaagggtttgttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattactgcaagt |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
10789446 |
tgtcttaaaatgggcacatgaaaaaggtttcttttagtcaagctgaaacatatttaacctgtgcaatttgagatatattcatcaattcattagtgcaagt |
10789545 |
T |
|
| Q |
204 |
tcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacacttagaaagaaagagtgagaatggctt |
303 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
10789546 |
tcaatgaaaattaaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcaatacatactaaataagtaaactttaacacacttagaaagaaacagtgagaatggctt |
10789645 |
T |
|
| Q |
304 |
ttataaatcagacataagtttataagtgaatgaaagaccatggtcaaaccatatatccatccgtttagagnnnnnnnnnnnnntccttcagccatcacaa |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10789646 |
ttataaatcagacataagtttataactgaatgaaagaccatggtcacaccatat----atccgtttagag--agaaaaaaaaatccttcagccatcacaa |
10789739 |
T |
|
| Q |
404 |
ttttgattgaaactacatacctagatagtgccggcacaaccaactttgnnnnnnntgaaatcatttctgcccaaacaatattcataagctaaacattcag |
503 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10789740 |
ttttgattgaaactacat-tatagatagtgccggcataaccaactttg-aaaaaatgcaatcatttctgccaaaacaatattcataagctaaacattcag |
10789837 |
T |
|
| Q |
504 |
atcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattttaa |
603 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10789838 |
atcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacaaaagaatacaacttgctaaatgcaatgctatacttttcaatactaattttaa |
10789937 |
T |
|
| Q |
604 |
aatcactactatatactacttcactctctg |
633 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10789938 |
aatcactactatatactacttcactctctg |
10789967 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 189 - 280
Target Start/End: Original strand, 8749646 - 8749737
Alignment:
| Q |
189 |
ttcattactgcaagttcaatgaaaatttaagtttcatctgaggagaaacagaaaatcagtacatactaaataattaaactttaacacactta |
280 |
Q |
| |
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||||||| ||||| ||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||| |||| |||| || | ||||| || |||||||||||||||| |
|
|
| T |
8749646 |
ttcattagtgcaacttcgatgaaaattaaaggttcacctgaggagaaacataaaaacagttcacataaaatagtttaactttaacacactta |
8749737 |
T |
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