View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11118_high_2 (Length: 371)

Name: NF11118_high_2
Description: NF11118
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11118_high_2
NF11118_high_2
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (20-365)||(38321252-38321597)
chr8 (20-365)||(38317157-38317502)
chr8 (20-364)||(38309154-38309498)
chr8 (20-346)||(38300507-38300833)
chr8 (20-365)||(38326002-38326347)
chr8 (20-363)||(38313748-38314089)
chr8 (20-346)||(38306416-38306730)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-364)||(38849835-38850188)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 38321252 - 38321597
Alignment:
Q  20 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321252 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 38321351  T
Q  120 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321352 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 38321451  T
Q  220 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321452 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacga 38321551  T
Q  320 atcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcac 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321552 atcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcac 38321597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 38317157 - 38317502
Alignment:
Q  20 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 119  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  38317157 gaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcgagtttgacaaatattgggat 38317256  T
Q  120 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 219  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||   ||  |||| |    
T  38317257 gagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattgttactcaaaacttgatccatcaacctgcg 38317356  T
Q  220 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacga 319  Q
    |   ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |  ||||||||| ||||||| |    
T  38317357 agcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttcttctggcctaaaaagaactactcaggacca 38317456  T
Q  320 atcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcac 365  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  38317457 atcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcac 38317502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 20 - 364
Target Start/End: Original strand, 38309154 - 38309498
Alignment:
Q  20 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 119  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||     
T  38309154 gaaagtccaatgtgttctagttgataatttgggagatgaagatgaagatataaagagaatggttgaaaggatgttgaccaagtttgagaaatattgggaa 38309253  T
Q  120 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||  |||| |    
T  38309254 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccaaggataaagctttccacattggcttattgttactcaaaacttaatgcatcaacctgcg 38309353  T
Q  220 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacga 319  Q
    |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  38309354 aaaggaagttgcagcaagtaaagagcaagttgtacatgctatttcacaagaattcttgcaaaagtacttcttctggcgtgcaaagaacaattcaggacca 38309453  T
Q  320 atcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctca 364  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  38309454 atcttctagtgtgccattgcaaaagaagttaaagtctttatctca 38309498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 20 - 346
Target Start/End: Original strand, 38300507 - 38300833
Alignment:
Q  20 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 119  Q
    |||||| |||||  |||||| |||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  38300507 gaaagtccaatgccttttagttgattgtttgggagatcaagatgaagatataaagagaatggctgaaaggatgctgaccaagtttgagaaatattgggat 38300606  T
Q  120 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 219  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |  |||    
T  38300607 gagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgacccaaggattaagctttcaacattggctaattgttactcaaaacttgatgcatcaacacgtg 38300706  T
Q  220 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacga 319  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||| ||| |||||| |    
T  38300707 aaaggaagttgcaacaagtaaagagcaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtactccttcttgcgtgcaaagaattatccaggacca 38300806  T
Q  320 atcttctagcatgccattgcaaaagaa 346  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  38300807 atcttctagcatgccatttcaagagaa 38300833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Original strand, 38326002 - 38326347
Alignment:
Q  20 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 119  Q
    |||||| ||||||||| ||| || || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  38326002 gaaagtccaatgtgttctagttgctactttgggagatgaagatgaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgacaaattttggaat 38326101  T
Q  120 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 219  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||||    
T  38326102 gagtacagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggattaaattttcaacattggcttattgttactcaaaacttgatgcatcaacctgtg 38326201  T
Q  220 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacga 319  Q
    |||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||  ||||||||||| |||||| | |    
T  38326202 aaaggaagttgcaacaagtaaggacgaagttgtacatgctatttggcaagtattctagccaacgtacttcttctggcatgcaaagaactgttcagggcca 38326301  T
Q  320 atcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcac 365  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||| |  ||||||| |||||||    
T  38326302 atcttcgaccatgtcattgcaaaagaactccaagtctttatctcac 38326347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 20 - 363
Target Start/End: Original strand, 38313748 - 38314089
Alignment:
Q  20 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 119  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | ||  |||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  38313748 gaaacttcaatgtgttttagttgatagtttgggagatgaagatgaatttgtagcgagaatggctaaaagtatgatgggcaagtttaagaaatattgggat 38313847  T
Q  120 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 219  Q
    |||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||  ||||||||||||||| |||   ||  | ||||    
T  38313848 gagta--gtgttgttcttgcaatgggagcagttcttgacccacggatgaaattttcaagattggctgcttgttactcaaaactagatccatcaacttgtg 38313945  T
Q  220 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacga 319  Q
    || ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||| | |    
T  38313946 aacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctatttgccaagtactctagcaaaagtacttcttctagggtgcaaacaactatttagggcca 38314045  T
Q  320 atcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctc 363  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||    
T  38314046 atcttctaccatgccattgcaaaagaactctgagtcttcatctc 38314089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 20 - 346
Target Start/End: Original strand, 38306416 - 38306730
Alignment:
Q  20 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 119  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  38306416 gaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaagatgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatgggcaagtttaagaaatattgggat 38306515  T
Q  120 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 219  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||            ||||||||||||| || || |  |||||| |||||||||||||||| |||   ||  | ||||    
T  38306516 gagcatagtgttgttcttgcaatgg------------acccacggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaactcgatccatcaacttgtg 38306603  T
Q  220 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattcaggacga 319  Q
    || ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||||| | |    
T  38306604 aacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttcagggcca 38306703  T
Q  320 atcttctagcatgccattgcaaaagaa 346  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  38306704 atcttctaccatgccattgcaaaagaa 38306730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 38850188 - 38849835
Alignment:
Q  20 gaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 119  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850188 gaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaatattgggat 38850089  T
Q  120 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcggcctgtg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||| |||||||| ||||  ||  ||||||    
T  38850088 gagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagtttacaaccttggcttattgttattcaaaactggatgcatcaacctgtg 38849989  T
Q  220 aaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat--------- 310  Q
    |||||||| | ||  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| || | | || ||||||| |||||||||||             
T  38849988 aaaggaagctacagcaagtaaagagaaagttgtgcatgctatttgagaagcattctggcaacagcactactgctggggttcaaagaactattaaggagaa 38849889  T
Q  311 tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctca 364  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  38849888 tcaggaccaatcttctagcatgccattacaaaagaaattaaagtctttatctca 38849835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University