View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11119_low_1 (Length: 1089)

Name: NF11119_low_1
Description: NF11119
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11119_low_1
NF11119_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-1074)||(33904484-33905545)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (431-900)||(9326228-9326697)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1038; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1038; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1074
Target Start/End: Original strand, 33904484 - 33905545
Alignment:
Q  13 agcacagacagatttgttaggtaaaatgttggtttagccgtcctagtcgcataatcgagcacatctatttgatgtagcaagcatagctaagaagttaaac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33904484 agcacagacagatttgttaggtaaaatgttggtttaaccgtcctagtcgcataattgagcacatctatttgatttagcaagcatagctaagaagttaaac 33904583  T
Q  113 ctgtgattttactaacatcactaaagaaaataaaatagttttgtctagtaaattaactaccttcaacctctatatgtagcattcaattctatattactat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904584 ctgtgattttactaacatcactaaagaaaataaaatagttttgtctagtaaattaactaccttcaacctctatatgtagcattcaattctatattactat 33904683  T
Q  213 gtaaacaaaaaatactattaactggattattttctgaattgttgttactcttctgatcctcactttaagagaaattctgttctcccatgcttccttgggt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904684 gtaaacaaaaaatactattaactggattattttctgaattgttgttactcttctgatcctcactttaagagaaattctgttctcccatgcttccttgggt 33904783  T
Q  313 acgttacatatacatacaagggctaaagtgttcttaattttacttgaaattttgcatgtaacatgttttttaacttaaaaaatcattaattgtgctcaaa 412  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904784 tcgttacatatacatacaagggctaaagtgttcttaattttacttgaaattttgcatgtaacatgttttttaacttaaaaaatcattaattgtgctcaaa 33904883  T
Q  413 gtgggtttttctcatgcacagggtggttatgctaggcaagaactattttatcttctgaaagaagaaaaagatgtacatttttcatttggaagtgtacaga 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904884 gtgggtttttctcatgcacagggtggttatgctaggcaagaactattttatcttctgaaagaagaaaaagatgtacatttttcatttggaagtgtacaga 33904983  T
Q  513 aaggtggagtgaggaatgcaacaaacggcatgcgatcttcgaaattctgtctcaacatagctggcgacacgccatcatcaaatcgcttattcgatgcaat 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33904984 aaggtggagtgaggaatgcaacaaacggcatgcgatcttcgaaattctgtctcaacatagctggcgacacgccatcatcaaatcgcttattcgatgcaat 33905083  T
Q  613 tgcaagtcactgtgttcctgtcataatcagtgatgaaattgagcttccatatgaggatgttctcgactactccaagttctgcgtatttgttcgcacaagg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905084 tgcaagtcactgtgttcctgtcataatcagtgatgaaattgagcttccatatgaggatgttctcgactactccaagttctgcgtatttgttcgcacaagg 33905183  T
Q  713 gatgctgttaaaaagaagtatctgataaacttcattaggagtattggcaaagatgaatggacaagaatgtggaacagattgaaagaagttgaaaaattct 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905184 gatgctgttaaaaagaagtatctgataaacttcattaggagtattggcaaagatgaatggacaagaatgtggaacagattgaaagaagttgaaaaattct 33905283  T
Q  813 ttgaatttcagttcccttctaaggaaggtgatgctgttcaaatgatttggcaagctgtttcacgtaaggttccttttatgaagttgaaaacaaacaggtc 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905284 ttgaatttcagttcccttctaaggaaggtgatgctgttgaaatgatttggcaagctgtttcacgtaaggttccttttatgaagttgaaaacaaacaggtc 33905383  T
Q  913 taggagattttttagagccctttatggtaataataaatataaggggcataaatcaatacatgcaccacctaatttttggtgatattggtacatgaagttt 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905384 taggagattttttagagccctttatggtaataataaatataaggggcataaatcaatacatgcaccacctaatttttggtgatattggtacatgaagttt 33905483  T
Q  1013 tgtctttagaaattcaagaatctttttatatacaatatagttatgattttgatagtgaaatt 1074  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905484 tgtctttagaaattcaagaatgtttttatatacaatatagttatgattttgatagtgaaatt 33905545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 154; Significance: 4e-81; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 431 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 9326697 - 9326228
Alignment:
Q  431 cagggtggttatgctaggcaagaactattttatcttctgaaagaagaaaaagatgtacatttttcatttggaagtgtacagaaaggtggagtgaggaatg 530  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||  | ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||  | || |||| |||| | | ||| |    
T  9326697 cagggaggttatgtgaggcaagaactatattattctttgaaaaatgaaaaggatgtacatttttcatttggaagcattcaaaaagatggaatcaagaaag 9326598  T
Q  531 caacaaacggcatgcgatcttcgaaattctgtctcaacatagctggcgacacgccatcatcaaatcgcttattcgatgcaattgcaagtcactgtgttcc 630  Q
    ||||| | || ||||| |  |||||||| || || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||    
T  9326597 caacagaaggaatgcgtttgtcgaaattttgcctaaacatagcaggcgacacaccttcatcaaaccgcttgttcgacgcaattgctagtcattgtgtccc 9326498  T
Q  631 tgtcataatcagtgatgaaattgagcttccatatgaggatgttctcgactactccaagttctgcgtatttgttcgcacaagggatgctgttaaaaagaag 730  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| || |  |||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||| || || || ||| | ||  | ||     
T  9326497 tgtgatcatcagtgatgaaattgagctaccgttcgaggatatcctcgactactccgagttctgcatatttgttcgaactagcgacgctatcaaggaaaac 9326398  T
Q  731 tatctgataaacttcattaggagtattggcaaagatgaatggacaagaatgtggaacagattgaaagaagttgaaaaattctttgaatttcagttccctt 830  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||  |||||||| |||||| | |||||||||| | | || || |    
T  9326397 tatctgctaaatttcatcaggagtataggcaaagaagagtggacaaaaatgtggaacaagttgaaagaggttgaacatttctttgaatataattttccat 9326298  T
Q  831 ctaaggaaggtgatgctgttcaaatgatttggcaagctgtttcacgtaaggttccttttatgaagttgaa 900  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||    
T  9326297 ctaaggaaggtgatgctgtacaaatgatttggcaagctgtttcacataaagttccttctatgaaattgaa 9326228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University