View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1111_high_2 (Length: 740)

Name: NF1111_high_2
Description: NF1111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1111_high_2
NF1111_high_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (21-687)||(36154247-36154913)
chr8 (21-687)||(36150861-36151527)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (205-655)||(5273544-5274006)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 619; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 687
Target Start/End: Original strand, 36154247 - 36154913
Alignment:
Q  21 acatcatcaccctcaccacccttaccatcaacaacagcatcaccaccattaccagcaacaacagcaacagcaccatcaccaggattaagtacagttccgc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154247 acatcatcaccctcaccacccttaccatcaacaacagcatcaccaccattaccagcaacaacagcaacagcaccatcaccaggattaagtacagttccgc 36154346  T
Q  121 ttgttccaacaacaccaactggagcaccatcacccaccataacaatcccaaaaggacccaccattgacataatcaacattcttcaaaaagccaaaaggtt 220  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154347 ttgttccaacaacaccaactggtgcaccatcacccaccataacagtcccaaaaggacccaccattgacataatcaacattcttcaaaaagccaaaaggtt 36154446  T
Q  221 ctccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcgcagctggtatcatcgccatcaggttccggtgggttaaccattttt 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36154447 ctccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcgcagctggtatcatcgccatcaggttccggagggttaaccattttt 36154546  T
Q  321 gcgccagaagattcttcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaactcttacagtttcactcccttgctt 420  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154547 gcaccagaagattctgcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaactcttacagtttcactcccttgctt 36154646  T
Q  421 cattcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgctaggcttcaactgaacgtcactacttatggtgg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36154647 cattcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgctaggcttcaactgaacgtcactacttatggtgg 36154746  T
Q  521 cactcaagtaagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaacttgctatttatcaagttgatagggtactt 620  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  36154747 cagtcaagttagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaacttgctatttatcaggttgataaggtactt 36154846  T
Q  621 atgcctcttgatcttgttcttccggctaaggctccagctctggctcctgcaacagctagggctttgt 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  36154847 atgcctcttgatcttgttcttccggctaaggctccagctctggctcctgcaccagctaagggtttgt 36154913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 687
Target Start/End: Original strand, 36150861 - 36151527
Alignment:
Q  21 acatcatcaccctcaccacccttaccatcaacaacagcatcaccaccattaccagcaacaacagcaacagcaccatcaccaggattaagtacagttccgc 120  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  36150861 acatcatctccatcaccacccttaccatcaacaacagcatcaacaccattaccagcaacaacagcaacagcgccatcaccaggattaagcacagttccac 36150960  T
Q  121 ttgttccaacaacaccaactggagcaccatcacccaccataacaatcccaaaaggacccaccattgacataatcaacattcttcaaaaagccaaaaggtt 220  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36150961 ttgttccaacaacaccagctggtgcaccatcacccaccataacagtcccaaaaggacccaccattgacataatcaacattcttcaaaaagccaaaaggtt 36151060  T
Q  221 ctccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcgcagctggtatcatcgccatcaggttccggtgggttaaccattttt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36151061 ctccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcgcagctggtatcatcgccatcaggttccggtgggttaaccattttt 36151160  T
Q  321 gcgccagaagattcttcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaactcttacagtttcactcccttgctt 420  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36151161 gcaccagaagattctgcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaactcttacagtttcactcccttgctt 36151260  T
Q  421 cattcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgctaggcttcaactgaacgtcactacttatggtgg 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36151261 cattcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgctaggcttcaactgaacgtcactacttatggtgg 36151360  T
Q  521 cactcaagtaagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaacttgctatttatcaagttgatagggtactt 620  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  36151361 cagtcaagttagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaacttgctatttatcaggttgataaggtactt 36151460  T
Q  621 atgcctcttgatcttgttcttccggctaaggctccagctctggctcctgcaacagctagggctttgt 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  36151461 atgcctcttgatcttgttcttccggctaaggctccagctctggctcctgcaccagctaagggtttgt 36151527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 205 - 655
Target Start/End: Original strand, 5273544 - 5274006
Alignment:
Q  205 aaaaagccaaaaggttctccgttctaatccgtcttctcaaaacaacacaattaatcaatcaactcaactcgcagctggt---atcatcgccatcaggttc 301  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || || ||   ||||||  |||||| |||    
T  5273544 aaaaagcaaaaagattctcagttctcattcgtcttctcaaaacaactcagttaataaaccaactcaactcacaactagttacatcatcatcatcagattc 5273643  T
Q  302 c------ggtgggttaaccatttttgcgccagaagattcttcattctccaaactcaaagcagggttcctcaactccctcactgatagacaaaaagtcgaa 395  Q
           ||||| |||||| ||||||| ||||||||   | | || || ||||||||| |||| ||||| || ||||||| ||| ||||| ||||| |||    
T  5273644 tagcagtggtggcttaaccctttttgcaccagaagacaatgccttttcaaaactcaaaccaggtttccttaattccctcagtgacagacacaaagtagaa 5273743  T
Q  396 ctcttacagtttcactcccttgcttcattcgtttctatttcaaacttcgataccttaaccaaccctgttcaaacacaagccggtgatgatgcta---ggc 492  Q
    || ||||| || ||| | ||| | |||||| | || || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |   |||    
T  5273744 ctgttacaattccacacactttcctcattcatctcaatctcgaacttcgacaccttaaccaacccggttcaaacacaagccggtgatgacgccaaaaggc 5273843  T
Q  493 ttcaactgaacgtcactacttatggtggcactcaagtaagtatggctaccggagcagtcaatgctaccgttaccggtactgtttataccgacagcaaact 592  Q
    | ||||| || || || |||| ||| || |  || || || ||| | || ||  | || ||||| |||||||| || || ||||| || |||| ||||||    
T  5273844 tacaacttaatgtaaccacttctggcggtagccatgtcagcatgacaactggcacggttaatgcaaccgttactggaacagtttacacagacaacaaact 5273943  T
Q  593 tgctatttatcaagttgatagggtacttatgcctcttgatcttgttcttccggctaaggctcc 655  Q
     ||||| ||||| ||||| | ||| ||| | |||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  5273944 agctatatatcaggttgacaaggttcttgttcctcttgatcttgtgcttcctgctaaagctcc 5274006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University