View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1111_low_16 (Length: 517)

Name: NF1111_low_16
Description: NF1111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1111_low_16
NF1111_low_16
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (28-261)||(44418544-44418777)
chr3 (260-510)||(54747991-54748240)
chr3 (260-502)||(26848111-26848352)
chr3 (259-447)||(25095992-25096180)
chr3 (256-502)||(35612969-35613216)
chr3 (262-450)||(25313366-25313555)
chr3 (260-446)||(50834007-50834194)
chr3 (260-446)||(50841659-50841846)
chr3 (257-502)||(46320431-46320676)
chr3 (314-502)||(48905585-48905772)
chr3 (259-446)||(23026292-23026480)
chr3 (259-437)||(22515638-22515817)
chr3 (314-502)||(9663857-9664041)
chr3 (262-496)||(49794914-49795149)
chr3 (276-502)||(20922724-20922951)
chr3 (464-510)||(25095945-25095991)
chr3 (207-260)||(18030081-18030134)
chr3 (356-426)||(33280346-33280416)
chr3 (358-403)||(31612861-31612906)
chr3 (188-225)||(45054764-45054801)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (259-510)||(24989713-24989963)
chr7 (259-436)||(8417658-8417835)
chr7 (314-502)||(7568130-7568317)
chr7 (322-509)||(45062518-45062704)
chr7 (255-502)||(18674498-18674745)
chr7 (264-501)||(23319928-23320165)
chr7 (325-502)||(41850965-41851142)
chr7 (259-502)||(48390271-48390514)
chr7 (260-444)||(48394171-48394354)
chr7 (459-510)||(8417896-8417947)
chr7 (354-410)||(965166-965222)
chr7 (174-261)||(7907545-7907631)
chr7 (459-492)||(8417853-8417886)
chr7 (183-224)||(42121445-42121486)
chr7 (178-222)||(38073711-38073755)
chr7 (180-252)||(45837909-45837981)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (259-510)||(43034073-43034323)
chr4 (257-508)||(50150263-50150512)
chr4 (259-502)||(30537582-30537824)
chr4 (259-502)||(27627752-27627994)
chr4 (259-502)||(3067728-3067968)
chr4 (258-446)||(26877161-26877350)
chr4 (259-502)||(782792-783035)
chr4 (259-510)||(36187318-36187569)
chr4 (259-446)||(25934340-25934526)
chr4 (316-502)||(33313287-33313473)
chr4 (459-502)||(25934545-25934588)
chr4 (180-252)||(50297625-50297697)
chr4 (350-405)||(56551518-56551573)
chr4 (182-260)||(30033474-30033552)
chr4 (183-255)||(22019487-22019559)
chr4 (181-261)||(28675674-28675754)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (258-495)||(11964149-11964384)
chr2 (259-509)||(10448718-10448967)
chr2 (259-510)||(41435552-41435802)
chr2 (259-502)||(21345032-21345271)
chr2 (259-444)||(22066384-22066569)
chr2 (259-502)||(39778601-39778846)
chr2 (259-502)||(10728244-10728487)
chr2 (260-502)||(13693481-13693722)
chr2 (265-502)||(42993757-42993994)
chr2 (314-502)||(7105608-7105795)
chr2 (259-502)||(25186939-25187180)
chr2 (267-502)||(10700175-10700410)
chr2 (265-443)||(36191585-36191763)
chr2 (259-502)||(19926738-19926979)
chr2 (259-502)||(28830957-28831199)
chr2 (260-398)||(41462666-41462805)
chr2 (179-220)||(410031-410072)
chr2 (188-252)||(25626574-25626638)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (260-510)||(13882086-13882334)
chr8 (260-502)||(8669735-8669975)
chr8 (269-502)||(29226286-29226517)
chr8 (257-509)||(37533764-37534016)
chr8 (259-502)||(32305707-32305950)
chr8 (265-502)||(8106899-8107135)
chr8 (267-502)||(35634742-35634977)
chr8 (311-449)||(42569953-42570092)
chr8 (309-444)||(17855397-17855533)
chr8 (335-432)||(36741715-36741815)
chr8 (459-500)||(45177557-45177598)
chr8 (180-261)||(6530398-6530479)
chr8 (180-220)||(8114292-8114332)
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (259-510)||(1553716-1553966)
chr1 (260-493)||(27332899-27333131)
chr1 (259-502)||(16130463-16130708)
chr1 (274-509)||(35050249-35050483)
chr1 (259-510)||(30222692-30222942)
chr1 (259-446)||(16129970-16130158)
chr1 (257-509)||(45192517-45192768)
chr1 (260-502)||(5800389-5800629)
chr1 (258-502)||(27654604-27654846)
chr1 (259-502)||(40988019-40988262)
chr1 (263-440)||(9411731-9411909)
chr1 (342-502)||(27846418-27846578)
chr1 (311-502)||(36834287-36834472)
chr1 (260-446)||(34546650-34546834)
chr1 (259-502)||(4813702-4813946)
chr1 (259-382)||(35121170-35121293)
chr1 (260-438)||(13879068-13879235)
chr1 (374-509)||(35428415-35428553)
chr1 (260-446)||(23933324-23933512)
chr1 (353-446)||(11907972-11908063)
chr1 (267-330)||(35428357-35428420)
chr1 (413-502)||(35121301-35121389)
chr1 (183-260)||(41884610-41884687)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (259-502)||(1365644-1365888)
chr6 (259-446)||(24338018-24338206)
chr6 (267-502)||(7243367-7243602)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (260-450)||(21262900-21263090)
chr5 (260-504)||(40385183-40385430)
chr5 (258-502)||(33314327-33314570)
chr5 (262-502)||(41174611-41174851)
chr5 (250-502)||(3097498-3097754)
chr5 (259-508)||(24868466-24868715)
chr5 (325-446)||(4237918-4238039)
chr5 (459-510)||(21262545-21262596)
chr5 (308-388)||(2934953-2935034)
[»] scaffold0067 (1 HSPs)
scaffold0067 (257-502)||(6700-6947)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (257-412)||(258356-258512)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (326-502)||(30477-30652)
[»] scaffold0263 (1 HSPs)
scaffold0263 (252-291)||(19315-19354)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 28 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 44418777 - 44418544
Alignment:
Q  28 catttttaacctgagtttttcaagaattattaaatttttgcttattacaagtcacaagtcagaggctgacttccaatgctagaactgctccatttgttag 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44418777 catttttaacctgagtttttcaagaattattaaatttttgcttattacaagtcacaagtcagaggctgacttccaatgctagaactgctccatttgttag 44418678  T
Q  128 gtaacgctgctaaggaaaaaggttacaaatggtcaaatacaactataaaacataagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaacttt 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| |||| | |||||||| ||||      
T  44418677 gtaacgctgctaaggaaaaaggttacaaatagtcaaatacaactataaaatataagggtgatgttaacttctgtcctcagggtatatgttaagtaactca 44418578  T
Q  228 aaaaggataactttgcattggaaaatataatata 261  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  44418577 aaaaggacaactttgcattgaaaaatataatata 44418544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 260 - 510
Target Start/End: Original strand, 54747991 - 54748240
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54747991 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 54748090  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnna 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||        |    
T  54748091 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaaattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatataa-ttttttta 54748189  T
Q  460 aatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||||    
T  54748190 aatgtagaagtgtattaaatgaagataactattttcaacgtattttcttgg 54748240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 260 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 26848352 - 26848111
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26848352 tactccctccggtcctttttattataaacaaaagtgagaatttttttggtcatttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 26848253  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnna 459  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||        |    
T  26848252 tcttttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtgttcatagaa-ttttttta 26848154  T
Q  460 aatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26848153 actgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 26848111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 259 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 25096180 - 25095992
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25096180 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaaatttcaagtatgtttgaagctaaat 25096081  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcata 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25096080 ttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaaattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcata 25095992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 256 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 35613216 - 35612969
Alignment:
Q  256 aatatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagct 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35613216 aatatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagct 35613117  T
Q  355 aaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnn 454  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||        
T  35613116 aaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaaataagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaatttt 35613017  T
Q  455 nnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
        ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  35613016 ttttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 35612969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 262 - 450
Target Start/End: Original strand, 25313366 - 25313555
Alignment:
Q  262 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaattt 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25313366 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttgggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaattt 25313465  T
Q  361 catttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaa 450  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  25313466 catttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatagaa 25313555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 260 - 446
Target Start/End: Original strand, 50834007 - 50834194
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50834007 tactccctccggtcctttttattaggaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 50834106  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50834107 ttcatttgtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcat 50834194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 260 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 50841846 - 50841659
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50841846 tactccctccggtcctttttattaggaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 50841747  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50841746 ttcatttgtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcat 50841659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 257 - 502
Target Start/End: Original strand, 46320431 - 46320676
Alignment:
Q  257 atatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagcta 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||    
T  46320431 atatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaagtta 46320530  T
Q  356 aatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnn 455  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||| ||||||| |||| || || |||         
T  46320531 aatttcatttgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtgaaataaagagtaattaatttaggggtgttaatggaa-gttt 46320629  T
Q  456 nnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
       |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  46320630 cttaaatatagaggtgtattaaatgaatattactattttcaatgtat 46320676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 314 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 48905772 - 48905585
Alignment:
Q  314 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttat 413  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  48905772 tttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggt 48905673  T
Q  414 ggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||        |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48905672 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 48905585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 259 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 23026480 - 23026292
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||  |||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  23026480 atacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcatttttataagaaatattgataaaatttcaagtatgtttgaagttaaa 23026381  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  23026380 tttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggcattcat 23026292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 259 - 437
Target Start/End: Original strand, 22515638 - 22515817
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |        |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22515638 atactccctccgatcctttttattagaaacaaaactgaaattctttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaa 22515737  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaag 437  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||    
T  22515738 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaag 22515817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 314 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 9664041 - 9663857
Alignment:
Q  314 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttat 413  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||  |    
T  9664041 tttataagaagattgaccaagtttcaag-atgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagaga--atattaaaagtaagtaagttggt 9663945  T
Q  414 ggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||        |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9663944 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 9663857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 262 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 49795149 - 49794914
Alignment:
Q  262 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtc--ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |   |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49795149 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatctttttttttttctttttataagaaatattgatcaagtttcaagtatgtt-gaagctaaat 49795051  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    ||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||            
T  49795050 ttcatttgtactcttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaattaaggggtattcat-gaaaaaaaatt 49794952  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttca 496  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  49794951 aaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttca 49794914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 276 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 20922951 - 20922724
Alignment:
Q  276 ttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccctta 374  Q
    ||||||||||||||||||||| |        ||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20922951 ttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggttctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtattcttgaagctaaatttcatttgtgctctta 20922852  T
Q  375 ttgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtat 474  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||| ||||||| || ||||||| ||         ||||||||| ||||||    
T  20922851 tttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaaataattaatttagggatattcattgatttttttttaaatgtagaggtgtat 20922752  T
Q  475 taaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||    
T  20922751 taaatgaagataaatattttcaatgtat 20922724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 464 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 25095991 - 25095945
Alignment:
Q  464 tagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  25095991 tagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgg 25095945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 207 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 18030134 - 18030081
Alignment:
Q  207 gggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaatataatat 260  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  18030134 gggcacatgttaaggaacctaaaaagagtaactttgcattggaaaatataatat 18030081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 356 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 33280416 - 33280346
Alignment:
Q  356 aatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagta 426  Q
    |||||||||||||  |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||  |||  |||||| |||||||    
T  33280416 aatttcatttgtgttcttatttattacgagagagaatattaaaagtaagttggttattggaattaagagta 33280346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 358 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 31612906 - 31612861
Alignment:
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaa 403  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  31612906 tttcatctgtgtccttattcattatgagagagaatattaaaagtaa 31612861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 45054801 - 45054764
Alignment:
Q  188 atgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaact 225  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  45054801 atgttaacttgtgccctaagggcacatgttaagcaact 45054764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 259 - 510
Target Start/End: Original strand, 24989713 - 24989963
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24989713 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttattagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 24989812  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||            
T  24989813 ttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaa-ttttttt 24989911  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  24989912 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttaaatgtattttcttgg 24989963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 259 - 436
Target Start/End: Original strand, 8417658 - 8417835
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8417658 atacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 8417757  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaa 436  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  8417758 ttcatttgtgcccttattaattatgagagataatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaa 8417835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 314 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 7568317 - 7568130
Alignment:
Q  314 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |    
T  7568317 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgaaagagaatattaaaagtaagtaagttggt 7568218  T
Q  414 ggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||        |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7568217 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaaatttttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 7568130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 322 - 509
Target Start/End: Original strand, 45062518 - 45062704
Alignment:
Q  322 aagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaa 421  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45062518 aagattgatcaagtttcaaatatgtttaaagctaaatttcatctgtgcccttgttgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaa 45062617  T
Q  422 gagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttg 509  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  45062618 aagtaattaatttaagggtattcatagaa-tttttttaaatgtaaaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttg 45062704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 255 - 502
Target Start/End: Original strand, 18674498 - 18674745
Alignment:
Q  255 taatatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnng-gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagc 353  Q
    |||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18674498 taatctactctctctgatcctttttattagaaacaaaagtgagattttttttttgtcctttttataagaaaattgaccaagtttcaagtatgtttgaagc 18674597  T
Q  354 taaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannn 453  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||       
T  18674598 taaatttcatttgtgcccttatttattataagagagaatattgaaaataagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaaatt 18674696  T
Q  454 nnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
         |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  18674697 tttttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactatattcaatgtat 18674745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 264 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 23320165 - 23319928
Alignment:
Q  264 ccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttca 362  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| | |||        |||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23320165 ccctccggtactttttattaaaaacaaaaattagatttttgttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttca 23320066  T
Q  363 tttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaat 462  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||        ||||    
T  23320065 tttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaa-attttttaaat 23319967  T
Q  463 gtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgta 501  Q
    ||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  23319966 gtagaggtgtattaaacgaagataactattttcaatgta 23319928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 325 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 41851142 - 41850965
Alignment:
Q  325 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagag 424  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  41851142 attgaccaagtttcaagtatgtttgaaactaaatttcatttgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtgagttggtggaataaagag 41851043  T
Q  425 taagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| ||        ||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  41851042 taattaatttaggggtattcataaaaaaaaatttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataacaattttcaatgtat 41850965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 48390514 - 48390271
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48390514 atactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttatcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 48390415  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||| ||||||| |||||||||| |||           
T  48390414 tttcatttgtgtccttatttattatgagtgagaatattaaaagtaagtaagttgatgaaataaaaaataattaatttaggggtattcatggaatattttt 48390315  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     |||||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  48390314 taaatgtagagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtat 48390271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 260 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 48394354 - 48394171
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  48394354 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttgtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaat 48394255  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattc 444  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  48394254 ttcatttgtgcccttatttattatgaaag--aatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattc 48394171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 510
Target Start/End: Original strand, 8417896 - 8417947
Alignment:
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  8417896 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgaatatttttaatgtattttcttgg 8417947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 354 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 965222 - 965166
Alignment:
Q  354 taaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtt 410  Q
    |||||||| ||||||  |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  965222 taaatttcgtttgtgttcttatttattatgagaaagaatattaaaagtaagtaagtt 965166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 7907631 - 7907545
Alignment:
Q  174 aaaacataagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaatataatata 261  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| | |||| | ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  7907631 aaaaaatatgggtcatgttaacttgtgcccttaaggcacatgttaagcaacctaaaaaag-taattttgcattggaaaatacaatata 7907545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 492
Target Start/End: Original strand, 8417853 - 8417886
Alignment:
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactatt 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8417853 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgaatatt 8417886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 42121486 - 42121445
Alignment:
Q  183 gggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaac 224  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  42121486 gggtcatgttaacttatgccctaagggcacatgttaagcaac 42121445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 178 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 38073755 - 38073711
Alignment:
Q  178 cataagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagca 222  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  38073755 cataagggaaatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagca 38073711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 180 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 45837981 - 45837909
Alignment:
Q  180 taagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaa 252  Q
    ||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||  | |||||   |||||||||||||||||    
T  45837981 taagggtcatgctaacttgtgcccttagggcacatgttaagcaatctaaaaagagcaactttgcattggaaaa 45837909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 170; Significance: 5e-91; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 259 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 43034323 - 43034073
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43034323 atactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaat 43034224  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||            
T  43034223 ttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaa-ttatttt 43034125  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  43034124 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtaatttcttgg 43034073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 257 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 50150512 - 50150263
Alignment:
Q  257 atatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  50150512 atatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagggagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaa 50150413  T
Q  357 atttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnn 456  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||           
T  50150412 atttcatttgtgtccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaaaagtaattaatttaagggtattcctaga--gtttt 50150315  T
Q  457 nnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattctt 508  Q
      |||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  50150314 ttaaatgtagaagcatattaaatgaagatgattattttcaatgtattttctt 50150263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 30537824 - 30537582
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30537824 atactccctccgatcctttttgttagaaacaaaagtgagatttttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 30537725  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||            
T  30537724 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaaaaattttt 30537626  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30537625 aaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 30537582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Original strand, 27627752 - 27627994
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||       | |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27627752 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtggaaatttttttgatcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 27627851  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||           
T  27627852 tttcatttgtgcccttatttattatgagag--aatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatgtaattttttt 27627949  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     |||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  27627950 taaatgtagaaatatattaaatgaagataactattttcaatgtat 27627994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Original strand, 3067728 - 3067968
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067728 atactccatccggtcctttttattagaaa-aaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 3067826  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||  | |||||||||  || |||||||  ||||||||| |||            
T  3067827 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtagaataaagaagaattaatttagaggtattcat-gaa-tttttct 3067924  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3067925 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 3067968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 258 - 446
Target Start/End: Original strand, 26877161 - 26877350
Alignment:
Q  258 tatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  26877161 tatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaaattttaagtatgtttgaagctaa 26877260  T
Q  357 atttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  26877261 atttcatttgtgtccttatttattatgagatagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat 26877350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Original strand, 782792 - 783035
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |         ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  782792 atactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgatatttttttttgtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 782891  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||           
T  782892 tttcttttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatattttt 782991  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     |||||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  782992 taaatgtagagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtat 783035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 259 - 510
Target Start/End: Original strand, 36187318 - 36187569
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36187318 atactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaatttttttttggtcctttttataagaaatattaaccaagtttcaagtatatttgaagctaaa 36187417  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||           
T  36187418 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatattttt 36187517  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
     |||||||||  |||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||    
T  36187518 taaatgtagagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtattttcttgg 36187569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 259 - 446
Target Start/End: Original strand, 25934340 - 25934526
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  25934340 atactctctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagataaat 25934439  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||| ||||||  |||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  25934440 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaaataaataagttagtggaataaagaggaattaattt-agggtattcat 25934526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 316 - 502
Target Start/End: Original strand, 33313287 - 33313473
Alignment:
Q  316 tataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatgg 415  Q
    |||||||||||| | ||||||| || ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||  |||    
T  33313287 tataagaagattaaccaagttttaaatatgtttaaatataaattttatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtgg 33313386  T
Q  416 aataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    ||||||||  || ||||||| || |||||||  |         |||| || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  33313387 aataaagatgaattaatttatggatattcatgaatttttttttaaatataaaagtgtattaaatgaagatgactatttttaatgtat 33313473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 459 - 502
Target Start/End: Original strand, 25934545 - 25934588
Alignment:
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25934545 aaatatagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 25934588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 252
Target Start/End: Original strand, 50297625 - 50297697
Alignment:
Q  180 taagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaa 252  Q
    ||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||   |||||  ||| ||||||||||||||    
T  50297625 taagggtcatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagcaaccaaaaaagagtaattttgcattggaaaa 50297697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 350 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 56551573 - 56551518
Alignment:
Q  350 aagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||| |||||| ||||    
T  56551573 aagctaaatttcatttgtgcccttaattattattagagagaatactaaaagcaagt 56551518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 260
Target Start/End: Original strand, 30033474 - 30033552
Alignment:
Q  182 agggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaatataatat 260  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||| |||| |||||||| ||||  |||||   ||||||||||||||||| |||||||    
T  30033474 agggtcatgttaacttgtgccctaaaggcatatgttaaggaactcaaaaagagcaactttgcattggaaaacataatat 30033552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 183 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 22019559 - 22019487
Alignment:
Q  183 gggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaatat 255  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||   ||||||  || ||| |||||||||||||    
T  22019559 gggtcatgttaacttgtgccctaagggcacatgttaagaaacccgaaaagggcaattttacattggaaaatat 22019487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 181 - 261
Target Start/End: Original strand, 28675674 - 28675754
Alignment:
Q  181 aagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaatataatata 261  Q
    |||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| | | |||   || |||||||| ||||| ||||||||    
T  28675674 aagggtcatgttaacttgtgcccttagggcacatgttaagcaacctaataagagcaattttgcattagaaaacataatata 28675754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 258 - 495
Target Start/End: Original strand, 11964149 - 11964384
Alignment:
Q  258 tatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11964149 tatactccctccggtcctttctattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaa 11964248  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||           
T  11964249 tttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaa--ttttt 11964346  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttc 495  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11964347 taaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttc 11964384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 259 - 509
Target Start/End: Original strand, 10448718 - 10448967
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10448718 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctctttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagttaaat 10448817  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||            
T  10448818 ttcatttgtgctcttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaatagtaattaatttaagggtattcatataa-ctttttt 10448916  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttg 509  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  10448917 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatatattttcttg 10448967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 259 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 41435802 - 41435552
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41435802 atactcgctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataataagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 41435703  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||            
T  41435702 ttcatttgtgcccttattgattatgagatagaatattaaaagtaaataagttgatgaaataaagagtaattaatttaagggtattcat-gaaaaaaaatt 41435604  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  41435603 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgcattttcttgg 41435552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 21345271 - 21345032
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21345271 atacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttt-ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 21345173  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||            
T  21345172 ttcatttgtgtccttattgattgtgagagaga--attaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaa-ttgtttt 21345076  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  21345075 aaatgtagaagtgtaataaatgaagatgactattttcaatgtat 21345032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 259 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 22066569 - 22066384
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22066569 atactccctccgatcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttaaagctaaat 22066470  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattc 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  22066469 ttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagttagttgatggaataaaaagtaattaatttaagggtattc 22066384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 39778846 - 39778601
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39778846 atactccctccggtcttttttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 39778747  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaa-nnnnnn 456  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||           
T  39778746 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaattttttt 39778647  T
Q  457 nnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
      ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  39778646 ttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 39778601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 10728487 - 10728244
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  10728487 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgacaaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 10728388  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||           
T  10728387 tttcatttatgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaattttttt 10728289  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     ||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  10728288 taaatgtagaggtgtattaactgaagataactattttcaatgtat 10728244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 260 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 13693722 - 13693481
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13693722 tactctctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttaaagataaatt 13693623  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnna 459  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||||||| |||||||||| |||        |    
T  13693622 tcatttctgtccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcat-gaatatttttta 13693524  T
Q  460 aatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13693523 aatatagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 13693481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 265 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 42993994 - 42993757
Alignment:
Q  265 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnn-ggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcat 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42993994 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttggtcctttttataagaagattgaccaaatttcaagtatgtttgaagataaatttcat 42993895  T
Q  364 ttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatg 463  Q
    |||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||||||| |||||||||| | |        ||||     
T  42993894 ttgtgcccttatttgttatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcat-ggattttatttaaata 42993796  T
Q  464 tagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42993795 tagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 42993757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 314 - 502
Target Start/End: Original strand, 7105608 - 7105795
Alignment:
Q  314 tttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttat 413  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  7105608 tttataagaagattgaccaagtttcaagtatgcttgaaggtaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttggt 7105707  T
Q  414 ggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||        |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7105708 ggaataaagagtaattaatttaggggtattcat-gaaaaaaatttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 7105795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Original strand, 25186939 - 25187180
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  25186939 atactccc-ccggtcctttttattagaaacaaaagtga-aatttttttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaa 25187036  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||           
T  25187037 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaattaagagtaattaatttaaggatattcatggaa-tttttt 25187135  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25187136 taaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 25187180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 267 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 10700410 - 10700175
Alignment:
Q  267 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 365  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10700410 tccgatcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttagtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcattt 10700311  T
Q  366 gtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgta 465  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||        |||||||    
T  10700310 gtgcccttacttattatgagagagaatattaaaagtaaataagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcatggaa-tttttttaaatgta 10700212  T
Q  466 gaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  10700211 gaggtgtattaaatgaaaataactattttcaatgtat 10700175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 265 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 36191763 - 36191585
Alignment:
Q  265 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcat 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36191763 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagattttttttggtcctttttataagaaatattgactaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcat 36191664  T
Q  364 ttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtatt 443  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  36191663 ttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaag-ttgtggaataaagagtaattaatttaggggtatt 36191585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 19926979 - 19926738
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  19926979 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaaa 19926880  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |||           
T  19926879 tttcatttgtgcccttatttattatgagag--aatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattc-ttgaagaagaaa 19926783  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     ||| ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  19926782 aaaaagtagaggtgtattaaatgaagataaatattttcaatgtat 19926738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Original strand, 28830957 - 28831199
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| ||||       |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  28830957 atacttcctctggtccattttattagaaataaaagtaagaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaaattttaagtatgtttgaagttaaa 28831056  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||  || |||||||||||| ||||||| ||||||||||   |           
T  28831057 tttcatttgtgtccttatttattatgagagaaaatattaaaagtaagtaaattggtgcaataaagagtaattaatttaggggtattcat--gattttttt 28831154  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     ||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  28831155 aaaacgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 28831199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 260 - 398
Target Start/End: Original strand, 41462666 - 41462805
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||||| |||||    
T  41462666 tactccctccagtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaaatatgtttgaagttaaat 41462765  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaa 398  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  41462766 ttcatttgtgcccttatttattatgagagagaataataaa 41462805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 410072 - 410031
Alignment:
Q  179 ataagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaag 220  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  410072 ataagggtcatgttaacttgtgccctaagggcacatgttaag 410031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 25626638 - 25626574
Alignment:
Q  188 atgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaa 252  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| | ||| | | ||||||| |||||||||    
T  25626638 atgttaacttgtgccctaagggcacatgttaaggaacctaaaatgaacaactttgaattggaaaa 25626574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 260 - 510
Target Start/End: Original strand, 13882086 - 13882334
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13882086 tactacctccggtcctttttattagaaataaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaatt 13882185  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnna 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |    
T  13882186 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatatt-aaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatagaa-ttatttta 13882283  T
Q  460 aatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||    
T  13882284 aatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtaatttcttgg 13882334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 260 - 502
Target Start/End: Original strand, 8669735 - 8669975
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||        | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8669735 tactccttccggtcctttttattagaaataaaagtgagattttttttg-tcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagttaaatt 8669833  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnna 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||        |    
T  8669834 tcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcata-aatttttttta 8669932  T
Q  460 aatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8669933 aatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 8669975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 269 - 502
Target Start/End: Original strand, 29226286 - 29226517
Alignment:
Q  269 cggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtg 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29226286 cggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttgttcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtg 29226385  T
Q  369 cccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaa 468  Q
     |||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||        ||||||||||    
T  29226386 -ccttattgattatgaatgaaaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattgatagaa-tttttttaaatgtagaa 29226483  T
Q  469 gtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29226484 gtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 29226517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 257 - 509
Target Start/End: Original strand, 37533764 - 37534016
Alignment:
Q  257 atatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 356  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||       | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||    
T  37533764 atatactttctccgatcctttttattataaacaaaagtgagaatttttttgatcctttttattagaagattgatcaagtttcaaatatatttgaagttaa 37533863  T
Q  357 atttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnn 456  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||          
T  37533864 atttcgtttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaaataagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaaatgtattcatataatttttt 37533963  T
Q  457 nnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttg 509  Q
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  37533964 ttaaatgtagaaatgtattaaatgaagatgactatttttaatgtattttcttg 37534016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Original strand, 32305707 - 32305950
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32305707 atactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 32305806  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||           
T  32305807 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcatggaatattttt 32305906  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     |||||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  32305907 taaatgtagagatgtattaaat-aagataactattttcaatgtat 32305950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 265 - 502
Target Start/End: Original strand, 8106899 - 8107135
Alignment:
Q  265 cctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatt 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||       | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8106899 cctccggtcctttttattagaaacaaaaatgagaatttttttgatcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaaactaaatttcatt 8106998  T
Q  365 tgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgt 464  Q
    |||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||||||| |||||||||| |||        ||||||    
T  8106999 tgtgtccttatttattatgagatagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcat-gaattttttttaaatgt 8107097  T
Q  465 agaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  8107098 agaagtgtattaaatgaagaggactattttcaatgtat 8107135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 267 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 35634977 - 35634742
Alignment:
Q  267 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 365  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35634977 tccggtcatttttattataaacaaaagtgagaattttttttgtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 35634878  T
Q  366 gtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgta 465  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||||| || ||||||| | |        |||||||    
T  35634877 gtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtgcgataaagagtaattaatttagggttattcat-ggattttttttaaatgta 35634779  T
Q  466 gaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     |||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  35634778 aaagtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 35634742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 311 - 449
Target Start/End: Original strand, 42569953 - 42570092
Alignment:
Q  311 ctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagt 409  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  42569953 ctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatcattgaagctaaattttatttgtgcatttatttattatgagagagaatattaaaaataagtaagt 42570052  T
Q  410 ttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcataga 449  Q
    | ||| |||||| ||||| ||||||| || ||||||||||    
T  42570053 tgatgaaataaatagtaattaatttagggatattcataga 42570092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 309 - 444
Target Start/End: Original strand, 17855397 - 17855533
Alignment:
Q  309 tcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaa 407  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||||| || |||||| ||| |||||||||||| |||    
T  17855397 tcctttttataagaaatattgaacaatttttaagtgtgttggaaactaaatttcatttgtatccttatttatgatgagaaatagtattaaaagtaattaa 17855496  T
Q  408 gtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattc 444  Q
    ||| |||||   || ||||| ||||||| ||||||||    
T  17855497 gttaatggaggcaatagtaattaatttaggggtattc 17855533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 335 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 36741815 - 36741715
Alignment:
Q  335 tttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatga---gagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaa 431  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |   |||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||    
T  36741815 tttcaaatgtgttagaagctaaatttcatttgtgtccttatttattattattagagagaatattaaaagtaagtaagttagtggaattaagagtaattaa 36741716  T
Q  432 t 432  Q
    |    
T  36741715 t 36741715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 459 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 45177598 - 45177557
Alignment:
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45177598 aaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgt 45177557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 180 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 6530479 - 6530398
Alignment:
Q  180 taagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaatataatata 261  Q
    ||||||| ||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||   |||||   ||||||||||||||||| ||||||||    
T  6530479 taagggtcatgttaacttgtgtcctaaggacacatgttaagcaacccaaaaagagcaactttgcattggaaaacataatata 6530398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 180 - 220
Target Start/End: Original strand, 8114292 - 8114332
Alignment:
Q  180 taagggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaag 220  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  8114292 taagggtcatgttaacttgtgccctaagggcacatgttaag 8114332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 155; Significance: 5e-82; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 259 - 510
Target Start/End: Original strand, 1553716 - 1553966
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1553716 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaa-tgagaatttttgtggtcctttttataagaagtattgatcaaatttcaagtatgtttgaagctaaa 1553814  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||           
T  1553815 tttcatttgtgcccttattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaa-tttttt 1553913  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
     ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  1553914 taaatgtagaagtgtattaaatgaagttgactattttcaatgtattttcttgg 1553966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 260 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 27333131 - 27332899
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27333131 tacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaaatt 27333032  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnna 459  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||        |    
T  27333031 tcatttgtacccttattgattatgagagaaaatattaaaagtaagtaagttaatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaa-ttttttta 27332933  T
Q  460 aatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattt 493  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27332932 aatatagaagtgtattaaatgaagatgactattt 27332899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 16130708 - 16130463
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16130708 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaaaaaatttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 16130609  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcataga-annnnnn 456  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||            
T  16130608 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaagtaattaatttaagggtattcatggatttttttt 16130509  T
Q  457 nnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
      ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  16130508 ttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 16130463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 274 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 35050483 - 35050249
Alignment:
Q  274 ctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgccctt 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||       ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  35050483 ctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggttctttttataaaaagatcgatcaagtttcaagtatgtctgaagctaaatttcatttgtgtcctt 35050384  T
Q  374 attgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgta 473  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||           |||||||||||||||    
T  35050383 attgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatgaaataaagagtaattaatttaagggtatacata-ttttttttttaaatgtagaagtgta 35050285  T
Q  474 ttaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttg 509  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35050284 ttaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttg 35050249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 259 - 510
Target Start/End: Original strand, 30222692 - 30222942
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||       | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||     
T  30222692 atactacctccggtcctttttattagaaacaaaaatgagaatttttttgatcatttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgatgctaaaa 30222791  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnn 458  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||  |            
T  30222792 ttcatttgtgttcttattgattatgaaagagaatattaaaagtaagtaagttgatggattaaagagtaattaatttaaggatattcata-tacttttttt 30222890  T
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  30222891 aaatgtagaagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgg 30222942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 259 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 16130158 - 16129970
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16130158 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaaaaaaaatttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 16130059  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  16130058 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaaaagtaattaatttaggggtattcat 16129970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 257 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 45192768 - 45192517
Alignment:
Q  257 atatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 356  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||| | |||||    
T  45192768 atatactacctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttgatcctttttataagaagattgattaagtttctaatattttttatgctaa 45192669  T
Q  357 atttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnn 456  Q
    | ||||||||||  |||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||          
T  45192668 aattcatttgtgttcttattaattatgagacagaatattaaaaataagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaa-ttttt 45192570  T
Q  457 nnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttg 509  Q
      |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  45192569 ttaaatgtagaagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttg 45192517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 260 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 5800629 - 5800389
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5800629 tactccctcagttcctttttattagaaacaaaagtgggaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagataaatt 5800530  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnna 459  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||||||| |||||||||| |||             
T  5800529 tcatttgtgtccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagagaaattaatttaggggtattcat-gaatttttttt- 5800432  T
Q  460 aatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5800431 aatatagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtat 5800389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 258 - 502
Target Start/End: Original strand, 27654604 - 27654846
Alignment:
Q  258 tatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||| |||    
T  27654604 tatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaaatattgatcaagttttaagtatctttgaagttaa 27654703  T
Q  357 atttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnn 456  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||| || || |||          
T  27654704 atttcatttgtgcccttatttattatgagag--aatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggttttaatggaa-ttttc 27654800  T
Q  457 nnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
      |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  27654801 ttaaatatagaggtgtattaaatgaagattactattttcaatgtat 27654846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 40988262 - 40988019
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnn-ggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  40988262 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgaattttttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaaactaa 40988163  T
Q  357 atttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnn 456  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||          
T  40988162 atttcatttgtgcccttatttattatgagag--aatattaaaagtaagtaagttggcggaataaagagtaattaatttaggggtattcattgaatttttt 40988065  T
Q  457 nnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
      ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  40988064 ttaaatgtagaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 40988019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 263 - 440
Target Start/End: Original strand, 9411731 - 9411909
Alignment:
Q  263 tccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttc 361  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  9411731 tccctccggtccattttattagaaacaaaagtgaaaatttttttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatatttgaagttaaatttc 9411830  T
Q  362 atttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggt 440  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  9411831 acttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggt 9411909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 342 - 502
Target Start/End: Original strand, 27846418 - 27846578
Alignment:
Q  342 tatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggta 441  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||| |||||||||| ||    
T  27846418 tatgtttgaagttaaatttcatttgtacccttatttattatgagagataatattaaaagtaagtaagttggtggaatagatagtaattaatttaaggata 27846517  T
Q  442 ttcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    ||||| |||        |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  27846518 ttcatggaattgtttttaaatgtagaagtgtattaaatgaagataactattttcaaagtat 27846578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 311 - 502
Target Start/End: Original strand, 36834287 - 36834472
Alignment:
Q  311 ctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtt 410  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  36834287 ctttttataagaaaattgattaaatttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtacccttatttattataagag--aatattaaaagtaagtaagtt 36834384  T
Q  411 tatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
      ||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||        ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  36834385 ggtggaataaagagtaattaattta--ggtattcat-gaa-attttttaaatgtagaagtgtattaaataaagatgactatttttaatgtat 36834472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 260 - 446
Target Start/End: Original strand, 34546650 - 34546834
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||        ||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  34546650 tactcccttccgtcctttttattagaaataaaagtgagaattttttttgtcttttttataaaaaatattgatcaagttttaagtatgtttgaagctaa-t 34546748  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  34546749 ttcatttctgcccttatttattatgagaaa--atattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtattcat 34546834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 4813946 - 4813702
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagatt-gatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||        ||||| |||||  ||||  || || ||| ||| |||| || ||||| |||||    
T  4813946 atactccatccggtcctttttataagaaacaaaagtgagattttttttggtccattttacgagaaactttgaccaatttttaagtgtgcttgaaactaaa 4813847  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||  |||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||           
T  4813846 tttcatttgtgcccttatttattatgagaaggaatattaaaagtaagtaagttggtggaatgaaaagtaattaatttaaaggtattcatggaaaactatt 4813747  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     ||||| ||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  4813746 taaatggagaggtgtattaaatgaagataactatttttaatgtat 4813702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 259 - 382
Target Start/End: Original strand, 35121170 - 35121293
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    |||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35121170 atactccccccgatcatttttattagaaacaaatgtgcgaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagcaaaat 35121269  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattat 382  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  35121270 ttcatttgtgcccttatttattat 35121293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 260 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 13879235 - 13879068
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||           |||||||    
T  13879235 tactccctccgatcctttttattagaaacaaaagtgaaattttttttggtcctttttacaagaagattgatcaagtttaaag-----------ctaaatt 13879147  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagg 438  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  13879146 tcatttgtgcccttatttattatgagatagaatattaatagtaaataagttggtggaagaaagagtaattaatttaagg 13879068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 374 - 509
Target Start/End: Original strand, 35428415 - 35428553
Alignment:
Q  374 attgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttat----ggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaag 469  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||        |||| ||||||    
T  35428415 attgattatgagagagaaaattaaaagtaagtaagttgattgatggaataaagagtaattaatttaagggtattcata-aaaatttttaaaatatagaag 35428513  T
Q  470 tgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttg 509  Q
     || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35428514 cgtgttaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttg 35428553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 260 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 23933512 - 23933324
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaat 358  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||        |||| | |||||| ||  ||||| ||| |||||| | ||||||||| |||||    
T  23933512 tactccctctgatccattttattagaaacaaaagtgaaaattttgttagtccatattataataaacattgaccaattttcaaatgtgtttgaagttaaat 23933413  T
Q  359 ttcatttgtgcccttattgattatgagagataatatt-aaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    |||||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||| |||| |||||  | |||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  23933412 ttcatttgtgcccttatttattatatgagagaatattaaaaaataagaaagttggtagaatcaagagtaattaatttaggggtattcat 23933324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 446
Target Start/End: Original strand, 11907972 - 11908063
Alignment:
Q  353 ctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||  | |||||||| ||| ||||||  |||||| |||||||| |||| ||| |||||||||    
T  11907972 ctaaatttcatttgtgtctttatttattatgagag--agtattaaaaataaataagttggtggaatcaagagtaattaatgtaaaggtattcat 11908063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 267 - 330
Target Start/End: Original strand, 35428357 - 35428420
Alignment:
Q  267 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgat 330  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||    
T  35428357 tccggtcctttttattaaaaacaaaagtgagaattttttttatcctttttataagaagattgat 35428420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 413 - 502
Target Start/End: Original strand, 35121301 - 35121389
Alignment:
Q  413 tggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||  |         |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  35121301 tggaataaagaggaattaatttaagggtattcatgaatttttttttaaatgt-gaagtgtattaaatgaagatgactatttccaatgtat 35121389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 260
Target Start/End: Original strand, 41884610 - 41884687
Alignment:
Q  183 gggtaatgttaacttcagccctaagggcacatgttaagcaactttaaaaggataactttgcattggaaaatataatat 260  Q
    |||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||| ||| | | ||  | ||||||||||||||||||| |||||    
T  41884610 gggtaatgttaacttgtgccttaaaggcacatgttaaggaacctaacaaaaacaactttgcattggaaaataaaatat 41884687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 259 - 502
Target Start/End: Original strand, 1365644 - 1365888
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1365644 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttgttggtcctttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 1365743  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||           
T  1365744 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaagggtattcatggaattttttg 1365843  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     |||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  1365844 taaatgtagagatgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 1365888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 259 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 24338206 - 24338018
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24338206 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 24338107  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcat 446  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  24338106 tttcatttgtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttagggttattcat 24338018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 267 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 7243602 - 7243367
Alignment:
Q  267 tccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcattt 365  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7243602 tccggtcctttttattataaacaaaagtgagaacttttttggtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagttaaatttcattt 7243503  T
Q  366 gtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgta 465  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| | |        |||||||    
T  7243502 gtgcccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagaataattaatttaggggtattcat-ggattttttttaaatgta 7243404  T
Q  466 gaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  7243403 gaggtgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 7243367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 260 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 21263090 - 21262900
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21263090 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgataatttttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatt 21262991  T
Q  360 tcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaa 450  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  21262990 tcatttgcgcccatattgattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttgatggaataaagagtaattaatttaagggtatttatagaa 21262900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 260 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 40385430 - 40385183
Alignment:
Q  260 tactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaaga---ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaa 356  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40385430 tacttcctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagaagattgaccaagtttcaagtatgtttgaagctaa 40385331  T
Q  357 atttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnn 456  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||           
T  40385330 atttcatttgtgcccttatttattatgagagagaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggaattaatttaggggtattcatggattatttt 40385231  T
Q  457 nnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatat 504  Q
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40385230 ttaaatgtagaagtgtattaaatgaagatgactattttcaatgtatat 40385183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 258 - 502
Target Start/End: Original strand, 33314327 - 33314570
Alignment:
Q  258 tatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33314327 tatactccctccagtcctttttattataaacaaaagtgagattatttttggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaaatatgtttgaagctaaa 33314426  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||| |  ||||||| |||           
T  33314427 tttcatttgtgccctcatttattatgagagagaatattaaaagtaagcaagttggtggaataaagagtaattaatttaggaatattcat-gaaatttttt 33314525  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
     || ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33314526 taagtgtagaaatgtattaaatgaagatgaccattttcaatgtat 33314570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 262 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 41174851 - 41174611
Alignment:
Q  262 ctccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttc 361  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  41174851 ctccctccggtcctttttaatagaaacaaaagtgagaatttttttggtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatattttaagctaaatttc 41174752  T
Q  362 atttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaa 461  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||  || ||||||||| || ||||| | ||||||||||  |         |||    
T  41174751 atttgtgcccttatttattatgagagagaaagttaaaagtaaataagttagtgaaataaagaggaattaattgaggggtattcatgaattttttttaaaa 41174652  T
Q  462 tgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41174651 tatagaagtatattaaatgaagatgactattttcaatgtat 41174611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 250 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 3097754 - 3097498
Alignment:
Q  250 aaatataatatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnng-gtcctttttataagaagattgatcaagtttcaagtatgttt 348  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3097754 aaatttaatgtaatccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagattttttttttgtcctttttataagaagattgaccaagtttcaagtatgttt 3097655  T
Q  349 gaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatag 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||| ||||||  |||||||||||| |  ||||||| |||||| ||| |    
T  3097654 gaagctaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagtgaaaattaaaagtaaataagttagtggaataaagaggatttaatttaggggtatacatgg 3097555  T
Q  449 a---annnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    |            |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  3097554 attttttttttttaaatgtagaagtgtattaaatgaagattactattttcaatgtat 3097498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 259 - 508
Target Start/End: Original strand, 24868466 - 24868715
Alignment:
Q  259 atactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaa 357  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||        ||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  24868466 atactccctcccatcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttttgtcttttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagttaaa 24868565  T
Q  358 tttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatagaannnnnnn 457  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||| || || |||           
T  24868566 tttcatttgtacccttatttattatgagagagaatattaaaagtaagtaagttggtggaataaagagtaattaatttaggggtgttaatggaa-ttttct 24868664  T
Q  458 naaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattctt 508  Q
     || | |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||    
T  24868665 taattatagaggtgtattaaatgaagattactattttcaatgtattttctt 24868715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 325 - 446
Target Start/End: Original strand, 4237918 - 4238039
Alignment:
Q  325 attgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagag 424  Q
    |||||| || ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||| |||||  |||||| ||  |||||| |||||    
T  4237918 attgataaattttcatggatgtttgaagttaaatttcatttgtgccgttatttattatgagatagaataataaaatgaagtaaattggtggaatcaagag 4238017  T
Q  425 taagtaatttaagggtattcat 446  Q
    ||| ||||||| ||||||||||    
T  4238018 taattaatttaggggtattcat 4238039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 21262596 - 21262545
Alignment:
Q  459 aaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtatattcttgg 510  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  21262596 aaatgtagaagcgtattaaatgaagatgactattttcaatgtattttcttgg 21262545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 308 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 2935034 - 2934953
Alignment:
Q  308 gtcctttttataagaa-gattgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagaga 388  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||| ||| |||| | ||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  2935034 gtcctttttataagaaagatttaccaatttttaagtgtatttgaagttaaatttcatttatacccttatttattatgagaga 2934953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0067 (Bit Score: 111; Significance: 8e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0067
Description:

Target: scaffold0067; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 257 - 502
Target Start/End: Original strand, 6700 - 6947
Alignment:
Q  257 atatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagcta 355  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||       |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6700 atatactccatccggtcctttttattagaaacaaaagttaaaaaaaatttggtcatttttataagaaatattgaccaagtttcaagtatgtttgaagcta 6799  T
Q  356 aatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagtaagtaatttaagggtattcatag-aannnn 454  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||        
T  6800 aatttcatttgtgcgcttatttattatgagaaagaatattaaaagtaagtaagttggtagaataaagagtaattaatttaaggatattcatagaaaaaaa 6899  T
Q  455 nnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
        |||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  6900 aattaaatgtagagatgtattaaatgaagataactattttcaatgtat 6947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 257 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 258512 - 258356
Alignment:
Q  257 atatactccctccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaannnnnnnggtcctttttataagaag-attgatcaagtttcaagtatgtttgaagcta 355  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||    
T  258512 atatactccatccggtcctttttattagaaacaaaagtgagaattttttaggtcctttttataagaaatattgaccaagttttaagtatgtttgaagtta 258413  T
Q  356 aatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagttta 412  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  258412 aatttcatttgtgcctttatttattatgagagagaatattaaaattaagtaagttta 258356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 326 - 502
Target Start/End: Original strand, 30477 - 30652
Alignment:
Q  326 ttgatcaagtttcaagtatgtttgaagctaaatttcatttgtgcccttattgattatgagagataatattaaaagtaagtaagtttatggaataaagagt 425  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||    
T  30477 ttgaccaattttcaagtttgtttgaaattaaatttcatttgtgcccttatttattatgagagacaatattaaaagtaagtaagttggcggaatcaagagt 30576  T
Q  426 aagtaatttaagggtattcatagaannnnnnnnaaatgtagaagtgtattaaatgaatatgactattttcaatgtat 502  Q
    || ||||||| ||||||| || |||        ||||| ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  30577 aattaatttaggggtatttatggaa-aaaatttaaatgcagaggtgtattaaattaaaataactattttcaatgtat 30652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0263 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0263
Description:

Target: scaffold0263; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 252 - 291
Target Start/End: Original strand, 19315 - 19354
Alignment:
Q  252 atataatatactccctccggtcctttttattagaaacaaa 291  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  19315 atataatatacttcctccggtcctttttataagaaacaaa 19354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University