View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1111_low_24 (Length: 486)

Name: NF1111_low_24
Description: NF1111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1111_low_24
NF1111_low_24
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-481)||(23139954-23140434)
chr3 (1-481)||(23038949-23039429)
chr3 (1-481)||(23148666-23149146)
chr3 (1-481)||(23145828-23146308)
chr3 (1-481)||(23036078-23036558)
chr3 (6-481)||(23016975-23017450)
chr3 (6-481)||(23024185-23024660)
chr3 (6-481)||(23032627-23033087)
chr3 (156-304)||(22972014-22972162)
chr3 (156-277)||(22946467-22946588)
chr3 (153-202)||(22919134-22919183)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-481)||(21779721-21780201)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (6-479)||(6368-6841)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (6-450)||(12609818-12610262)
chr1 (6-479)||(15885576-15886049)
chr1 (38-289)||(12636946-12637197)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (6-470)||(62066-62530)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (67-123)||(2433652-2433708)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 23139954 - 23140434
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23139954 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 23140053  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140054 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 23140153  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140154 tctctcgcgattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaaatggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 23140253  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140254 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgacgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23140353  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23140354 aacctctctcacctcatcttgcactttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctatggtgct 23140434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 23038949 - 23039429
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  ||||||||| || ||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  23038949 cacttggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacattgcaagggccagctcaatacttctcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggc 23039048  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | | |  | | ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||    
T  23039049 accaaaaggaatgtactcataattacttcctttatagtcaatggcgctgtcaaggaatctctctggataaaatctctccggctcagtccagtaatttgga 23039148  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||    
T  23039149 tctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatctcacatgtttgacgacattctcttggcagcaaaa 23039248  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||    |||| ||||||||||| |||||||||||  | ||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23039249 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacaactgacttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23039348  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  23039349 aacctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccagtctatggtgct 23039429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 23148666 - 23149146
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  |||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  23148666 cactgggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacattgctagggccagctcaatatttctcaaaccaaatatgctccctgggcatattcttcttccggc 23148765  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||  | || | ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  23148766 accaaaaggaatgtactcgaagttactccctttatagtcaatatcgctttcaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagtagtttgaa 23148865  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  | ||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||| |||| |||||    
T  23148866 tctcttgcaattgcccaagcattgattatcactttagtcttaatcggaatgtgataaccatttatatcacacgcttgactacattctctcggtaacaaaa 23148965  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||  |||||| ||||| ||| |||||||||||||  | | |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23148966 gaggtgccggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacctttcctttcattttgaa 23149065  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  23149066 aacctctctcacctcatcttgtgctttcttcattattcttggatcctttaccatctctaccattgcccaatctatggtgct 23149146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 23145828 - 23146308
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||| ||  ||||||||  || ||||| |||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| ||    
T  23145828 cactaggaagcttccagtcaaaatgatacaataacattgcaaggaccagctcaatatttgtcaaaccaaatgtgctccctggacatattcttcttccagc 23145927  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  | |  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  23145928 accaaaaggaatgtactcaaagttactccctttatagtcaatatcgctgtcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagtagtttgga 23146027  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||| ||||| |||| |||||    
T  23146028 tctcttgcaactgcccaagcattgactaacaccttagtcttaatcggtatgtgataaccatttatatcacattcttgactacattctctcggtaacaaaa 23146127  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||  | |||| ||||| ||| |||||||||||||  | | |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23146128 gaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 23146227  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  23146228 aacctctctcacctcatcttgtgctttcttcatgattcttggatcctttaccaattctaccattgcccaatctatggtgct 23146308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 23036078 - 23036558
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  | ||||||| ||  |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  23036078 cacttggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacatcgcaagggccatgtcaatatttctcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggc 23036177  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| | |  | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23036178 accaaaaggaatgtactcaaagttactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttgga 23036277  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |     |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23036278 tctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaa 23036377  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||    |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  23036378 gaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaataaatgagttcgttgatacaattctcttcgacccttcctttcattttgaa 23036477  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  23036478 aacctctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattccttaccatttctgccattgcccaatctatggtgct 23036558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 6 - 481
Target Start/End: Original strand, 23016975 - 23017450
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||| |||  ||||||    
T  23016975 ggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacatcgcaagggccaactcaacatttctcaaaccgaatgtactcccagggcatattcttcttccaccaccaa 23017074  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    |||||||||| || || | |||||||||||||||||||  |||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23017075 aaggaatgtattcgaagttactccctttatagtcaataccgttgtcaatgaatctctctggataaaacttctctggttcagtccagtagtttggatctct 23017174  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
     || |||||||| ||||| |  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     
T  23017175 tgcgattgcccaagcattaattatcaccttagtcttaactggtatgtgataaccatgtatctcacatgctttaccacattctcttggtagcaaaagaggt 23017274  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
    || | ||  ||||| || | |||||||||||  | |||||||| ||||  ||| || || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||  |    
T  23017275 actgaaggatgtaatctaagggtttctttgacaactgatttcagataactgagttcatttatgcatttttcatcaacccgtcctttcatttttataacat 23017374  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23017375 ccctcacttcatcttgtgctttcttcattattcttggattccttatcatttctatcattgcccaatctgtggtgct 23017450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 6 - 481
Target Start/End: Original strand, 23024185 - 23024660
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23024185 ggaagcttccaatcaaaatggtacaacaactttgcaagggctagctcaacacttcgcaaaccaaatatgctccctggacatattcttcgtcccgcaccaa 23024284  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    |  | ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  23024285 aaggaatatactcaaagttactccctttatagtcaatatcactatcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcggtccagtaatttggatctct 23024384  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
     ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| |||| |||| |||||| | ||||| ||||| |||| |||| ||||| ||||  ||||| ||     
T  23024385 tgcaattgcccaagcattgactatcaccttagtcttagttggaatgtcataaccgtctatcttacatgattgagcacattctctcggtattaaaagtggt 23024484  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
     |||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||  || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23024485 gccggagggtgtaacctcagggtttctttgacaattgatttcaaataattaagttcattgatacaattctcttcaacccttcctttcatattgaaaatct 23024584  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  23024585 ctcgcacctcagcttgtgctttcttcattattcttggattctttaccatttctgccattgcccaatctatggtgct 23024660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 6 - 481
Target Start/End: Original strand, 23032627 - 23033087
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    |||||| |||| ||||||| | |||||||  | || |||| || ||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  23032627 ggaagcgtccagtcaaaatgatacaacaacatcgcgagggccagctcaatatttctcaaaccaaatgtactccctgggcatattcttcttccggcaccaa 23032726  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |  | |||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||    
T  23032727 agggaatgtactcaaaattacttcctttatagtcaatagcgctgtcgatgaatctctc---------------tggttcagtccagtagtttggatctct 23032811  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
     ||||||||||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||     
T  23032812 tgcaattgcccaagcattgactatcaccttacttttaattggtatgtgataaccatttatctcacatgcttgaccgcattctcttggtagcaaaagaggt 23032911  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
    || | || ||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  23032912 actgtagggtggaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaataattgagatcggggatgtaattttcatcaacctttcctttcattttgaaaacct 23033011  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||    
T  23033012 ctctcacctcagcttgtgctttcttcattattcgttgatctcttatcatttctgtcatcgcccaatctatggtgct 23033087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 156 - 304
Target Start/End: Original strand, 22972014 - 22972162
Alignment:
Q  156 aatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgat 255  Q
    ||||| || |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||  |||||||||| |||||||  | |||| || | || |||||||||||||    
T  22972014 aatctttcaggataaaacttatctggatcagtccaatattttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctacttttgattggtatgtgat 22972113  T
Q  256 aaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagagg 304  Q
    ||||||  |||||||| ||||| |||||| | |||||||  ||||||||    
T  22972114 aaccatcaatctcacaagcttgtccacacacccttggtactaaaagagg 22972162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 156 - 277
Target Start/End: Original strand, 22946467 - 22946588
Alignment:
Q  156 aatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgat 255  Q
    ||||| || |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||  |||||||||| |||||||  | |||| || | || |||||||||||||    
T  22946467 aatctttcaggataaaacttatctggatcagtccaatattttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctactattgattggtatgtgat 22946566  T
Q  256 aaccatgtatctcacatgcttg 277  Q
    ||||||  ||||||||||||||    
T  22946567 aaccatcaatctcacatgcttg 22946588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 153 - 202
Target Start/End: Original strand, 22919134 - 22919183
Alignment:
Q  153 atgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatc 202  Q
    ||||| || ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  22919134 atgaacctttctggataaaatttcttcggttcattccagtagtttggatc 22919183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 21779721 - 21780201
Alignment:
Q  1 cactcggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgc 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  | |||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  21779721 cacttggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacatcgcaagggtcgtctcaatatttctcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggc 21779820  T
Q  101 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 200  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  | |  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  21779821 accaaatggaatgtactcaaaattactccctttaaagtcaatatcgctatcgatgaatctctctggataaaacatctctggttcagtccagtagtttgga 21779920  T
Q  201 tctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||    
T  21779921 tctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttagtcttaatcggaatgtggtaaccatttatatcacatgcttgactacattctctcggtaacaaaa 21780020  T
Q  301 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 400  Q
    ||||  | |||| ||||| ||| |||||||||||||  | |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21780021 gaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactgatttcaaataattgagttcattgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaa 21780120  T
Q  401 aatctctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtgct 481  Q
    ||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21780121 aacttctctcacttcatcttgtgctttcttcattattcttggatcccttaccatttctaccattgcccaatctatggtgct 21780201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 6841 - 6368
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||||  | ||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||    
T  6841 ggaagcttccagtcaaaatgatacaacaacatcgcaagcgccagctcaacatttctcaaaccaaatatacttcctgggcaaattcttcttccagcaccaa 6742  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6741 aaggaatgtactcaaaattaccccctttatagtcaatagtgctgtcagtgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagaagtttggatctct 6642  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
     ||||||||||| |||||||  | ||||||| || |||  ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     
T  6641 tgcaattgcccaagcattgattatcaccttactcctaaacggtatgttataaccatttatctcacatgctttaccacattctcttggtagcaaaagaggt 6542  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
     | |||| ||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| ||| | | | ||| |||||||||||||| |||| |||| | | ||||  |    
T  6541 gctggagggtgtaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaataattgagtttgctaatgtaattttcatcaacctttccattcaatgtaaaaactt 6442  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtg 479  Q
    ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  6441 ctcgcacctcagcttgtgctttcatcattattcttggctcccttatcatttctgccattgcccaatctatggtg 6368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 6 - 450
Target Start/End: Original strand, 12609818 - 12610262
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||    |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  12609818 ggaagcttccaatcaaagtgatacaacatcaatgcaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgtgctacctggacatattcttcttccagcaccaa 12609917  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    | |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| | | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12609918 agggaatgtactcaaaattattccctttgtagtcaatagagctaccgatgaatctctccggataaaacttctctggttcagtccagtactttggatctct 12610017  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
      |||| |||||||||||||| | ||||||  | || ||||||||  |||| ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||     
T  12610018 tccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttgattggtatacgatacccatcaatctcacatgcttgtccacattctcttggaagtaaaagagga 12610117  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
     | ||||  |||||||| ||||| ||||| |  | ||| || ||||||  ||| || || || |||||||| |||||  |||||||||| ||||| || |    
T  12610118 cctggaggatgtaaccttaaggtctctttcacaactgactttaaataagtgagttcatttatacaattttcttcaacatttcctttcatgttgaatatat 12610217  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatccctta 450  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||  ||||||||    
T  12610218 ctcttacctcatcttgtgctttcttcatcactcttttatccctta 12610262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 6 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 15886049 - 15885576
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    |||||| |||||||||| | | |||||||   |||||| | |||||||||||||  |||||||||| |  | || ||||||||||||| ||| | |||||    
T  15886049 ggaagcctccaatcaaagtgatacaacaacaatgcaagtgccaactcaacatttaccaaaccaaatgttatgcccgggcatattcttcttccagaaccaa 15885950  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  15885949 aaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccaatactttggatctct 15885850  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
      |||| |||||||||||||| | ||||||  | ||  ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||||||     
T  15885849 tccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttggttggtatatgataaccatcaatctcacatgcttgttcacattctcttggaagtaaaagagga 15885750  T
Q  306 accggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatct 405  Q
     | |||| ||||||||| ||||| ||||| |  | ||| |||||||||  |||||| || ||  | || ||| ||||  |||||||  | ||||| || |    
T  15885749 gctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaataagtgagctcattaatatagttctcaccaacaattccttttgtgttgaacattt 15885650  T
Q  406 ctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaatctgtggtg 479  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||| | ||||  |||||||| ||  ||| ||||||||||| || |||||    
T  15885649 ctcttacttcatcttgtgctttcttcatcactctttcatcccttaccaactctgccattgcccaaactatggtg 15885576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 38 - 289
Target Start/End: Original strand, 12636946 - 12637197
Alignment:
Q  38 tgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatag 137  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||    
T  12636946 tgcaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgtgatgcctgggcatattcttcttcctgcaccaaaaggaatgtactcaaaattatttcctttgtag 12637045  T
Q  138 tcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctctcgcaattgcccatgcattgacgaccaccttag 237  Q
    ||||||| | | || |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||| || | |||||||     
T  12637046 tcaatagagctaccaatgaatctctctggatgaaacctctctggttcagtccagtactttggatctctaccaattgtccatgcatttactatcaccttac 12637145  T
Q  238 tcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctct 289  Q
    | ||   |||||| ||||| || |  || ||||||||||| ||||| |||||    
T  12637146 ttttggctggtatatgatacccttcaatttcacatgcttgtccacattctct 12637197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 6 - 470
Target Start/End: Original strand, 62066 - 62530
Alignment:
Q  6 ggaagcttccaatcaaaataaaacaacaatgttgcaagggtcaactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaa 105  Q
    ||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||| | || ||||| | |  ||||||||||| | || |||||||||||||||  ||| |||||||    
T  62066 ggaagcttccaatcaaagtgatacaacaacattgcaagtgccagctcaagactcatcaaaccaaatttactgcctgggcatattctttttccagcaccaa 62165  T
Q  106 aaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctct 205  Q
    ||||||||||||| |||| | |||| || ||||||||||   | || ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  62166 aaggaatgtactcgaaattattcccgttgtagtcaatagaactaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttccgtccagtaccttggatctct 62265  T
Q  206 cgcaattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaattggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggc 305  Q
      | |||||||||||||| || | || ||| || || |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||  | ||| |||||||| || |||||| ||    
T  62266 tccgattgcccatgcattaactatcagctttgttttcattggtatatgatacccatcaatctcacatgcttctctacattctcttggaagtaaaaga-gc 62364  T
Q  306 acc-ggagtgtgtaacctcaaggtttctttgatgattgatttcaaataatggagctcgttgatgcaattttcatcaacccttcctttcattttgaaaatc 404  Q
    ||| || | ||||||||||| ||| ||||| |  ||||| ||||  || | ||| || |  || ||| |||||||||    ||| ||||| ||| | ||     
T  62365 acctggggggtgtaacctcagggtctctttcacaattgacttcacgtatttgagttcatgcatacaactttcatcaaaagctcccttcatgttgtatatt 62464  T
Q  405 tctctcacctcatcttgcgctttcttcattattcttggatcccttatcatttctaccattgcccaa 470  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||| ||  ||| |||||||||||    
T  62465 tctctcacttcatcttgtgctttcttcatcactcttggatctcttaccaactctgccattgcccaa 62530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 67 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 2433708 - 2433652
Alignment:
Q  67 caaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaaaaggaatgtactcaaaat 123  Q
    ||||| || ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  2433708 caaatgtgattcctggacatattctccttcctgcaccaaaaggtatgtactcaaaat 2433652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University